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- EMDB-15716: Resting state GluA1/A2 AMPA receptor in complex with TARP gamma 8... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15716
タイトルResting state GluA1/A2 AMPA receptor in complex with TARP gamma 8 and ligand JNJ-55511118
マップデータ
試料
  • 複合体: GluA1/A2 AMPA receptor in complex with TARP gamma 8 and ligand JNJ-55511118
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Isoform Flip of Glutamate receptor 1
    • タンパク質・ペプチド: Isoform Flip of Glutamate receptor 2
  • リガンド: 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
キーワードAMPAR / ion channels / neurotransmission / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Phase 0 - rapid depolarisation / Phase 2 - plateau phase / Cargo concentration in the ER / axonal spine / positive regulation of locomotion involved in locomotory behavior / positive regulation of membrane potential / COPII-mediated vesicle transport / cellular response to ammonium ion / response to sucrose / L-type voltage-gated calcium channel complex ...Phase 0 - rapid depolarisation / Phase 2 - plateau phase / Cargo concentration in the ER / axonal spine / positive regulation of locomotion involved in locomotory behavior / positive regulation of membrane potential / COPII-mediated vesicle transport / cellular response to ammonium ion / response to sucrose / L-type voltage-gated calcium channel complex / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / neuron spine / myosin V binding / Trafficking of AMPA receptors / channel regulator activity / regulation of AMPA receptor activity / LGI-ADAM interactions / proximal dendrite / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / protein phosphatase 2B binding / response to arsenic-containing substance / cellular response to dsRNA / cellular response to L-glutamate / dendritic spine membrane / long-term synaptic depression / Synaptic adhesion-like molecules / beta-2 adrenergic receptor binding / cellular response to peptide hormone stimulus / response to morphine / neuronal cell body membrane / spine synapse / dendritic spine neck / protein kinase A binding / dendritic spine head / peptide hormone receptor binding / cellular response to amine stimulus / response to psychosocial stress / spinal cord development / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / ligand-gated monoatomic cation channel activity / AMPA glutamate receptor activity / transmission of nerve impulse / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / behavioral response to pain / kainate selective glutamate receptor activity / AMPA glutamate receptor complex / cellular response to glycine / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / adenylate cyclase binding / ionotropic glutamate receptor complex / immunoglobulin binding / asymmetric synapse / conditioned place preference / excitatory synapse / response to electrical stimulus / regulation of receptor recycling / G-protein alpha-subunit binding / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / glutamate receptor binding / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / long-term memory / positive regulation of synaptic transmission / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / postsynaptic density, intracellular component / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / neuronal action potential / voltage-gated calcium channel activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / response to fungicide / glutamate-gated receptor activity / cytoskeletal protein binding / synapse assembly / regulation of long-term synaptic depression / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / glutamate-gated calcium ion channel activity / presynaptic active zone membrane / somatodendritic compartment / ionotropic glutamate receptor binding / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / dendrite cytoplasm / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / synaptic membrane / SNARE binding / dendritic shaft / calcium channel regulator activity / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / response to cocaine / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / protein tetramerization / cellular response to amino acid stimulus / neuromuscular junction / response to nutrient levels / establishment of protein localization / response to peptide hormone / postsynaptic density membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, gamma-8 subunit / : / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel ...Voltage-dependent calcium channel, gamma-8 subunit / : / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor 1 / Glutamate receptor 2 / Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhang D / Lape R / Shaikh S / Kohegyi B / Watson JF / Cais O / Nakagawa T / Greger IH
資金援助 英国, 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MRU105174197 英国
Wellcome Trust223194/Z/21/Z
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R56/R01MH123474 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Modulatory mechanisms of TARP γ8-selective AMPA receptor therapeutics.
著者: Danyang Zhang / Remigijus Lape / Saher A Shaikh / Bianka K Kohegyi / Jake F Watson / Ondrej Cais / Terunaga Nakagawa / Ingo H Greger /
要旨: AMPA glutamate receptors (AMPARs) mediate excitatory neurotransmission throughout the brain. Their signalling is uniquely diversified by brain region-specific auxiliary subunits, providing an ...AMPA glutamate receptors (AMPARs) mediate excitatory neurotransmission throughout the brain. Their signalling is uniquely diversified by brain region-specific auxiliary subunits, providing an opportunity for the development of selective therapeutics. AMPARs associated with TARP γ8 are enriched in the hippocampus, and are targets of emerging anti-epileptic drugs. To understand their therapeutic activity, we determined cryo-EM structures of the GluA1/2-γ8 receptor associated with three potent, chemically diverse ligands. We find that despite sharing a lipid-exposed and water-accessible binding pocket, drug action is differentially affected by binding-site mutants. Together with patch-clamp recordings and MD simulations we also demonstrate that ligand-triggered reorganisation of the AMPAR-TARP interface contributes to modulation. Unexpectedly, one ligand (JNJ-61432059) acts bifunctionally, negatively affecting GluA1 but exerting positive modulatory action on GluA2-containing AMPARs, in a TARP stoichiometry-dependent manner. These results further illuminate the action of TARPs, demonstrate the sensitive balance between positive and negative modulatory action, and provide a mechanistic platform for development of both positive and negative selective AMPAR modulators.
履歴
登録2022年9月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月19日-
マップ公開2023年4月19日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15716.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15716.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 342.4 Å		1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 342.4 Å		1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 342.4 Å

表面

投影像

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断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.024
最小 - 最大-0.09494366 - 0.17376831
平均 (標準偏差)0.00024140574 (±0.0030034042)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 342.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_15716_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15716_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15716_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GluA1/A2 AMPA receptor in complex with TARP gamma 8 and ligand JN...

全体名称: GluA1/A2 AMPA receptor in complex with TARP gamma 8 and ligand JNJ-55511118
要素
  • 複合体: GluA1/A2 AMPA receptor in complex with TARP gamma 8 and ligand JNJ-55511118
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Isoform Flip of Glutamate receptor 1
    • タンパク質・ペプチド: Isoform Flip of Glutamate receptor 2
  • リガンド: 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate

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超分子 #1: GluA1/A2 AMPA receptor in complex with TARP gamma 8 and ligand JN...

超分子名称: GluA1/A2 AMPA receptor in complex with TARP gamma 8 and ligand JNJ-55511118
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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分子 #1: Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit

分子名称: Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 43.576004 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GESLKRWNEE RGLWCEKGVQ VLLTTIGAFA AFGLMTIAIS TDYWLYTRAL ICNTTNLTAG DDGPPHRGGS GSSEKKDPGG LTHSGLWRI CCLEGLKRGV CVKINHFPED TDYDHDSAEY LLRVVRASSI FPILSAILLL LGGVCVAASR VYKSKRNIIL G AGILFVAA ...文字列:
GESLKRWNEE RGLWCEKGVQ VLLTTIGAFA AFGLMTIAIS TDYWLYTRAL ICNTTNLTAG DDGPPHRGGS GSSEKKDPGG LTHSGLWRI CCLEGLKRGV CVKINHFPED TDYDHDSAEY LLRVVRASSI FPILSAILLL LGGVCVAASR VYKSKRNIIL G AGILFVAA GLSNIIGVIV YISANAGEPG PKRDEEKKNH YSYGWSFYFG GLSFILAEVI GVLAVNIYIE RSREAHCQSR SD LLKAGGG AGGSGGSGPS AILRLPSYRF RYRRRSRSSS RGSSEASPSR DASPGGPGGP GFASTDISMY TLSRDPSKGS VAA GLASAG GGGGGAGVGA YGGAAGAAGG GGTGSERDRG SSAGFLTLHN AFPKEAASGV TVTVTGPPAA PAPAPPAPAA PAPG TLSKE AAASNTNTLN RKLEVLFQ

UniProtKB: Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit

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分子 #2: Isoform Flip of Glutamate receptor 1

分子名称: Isoform Flip of Glutamate receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 102.66193 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPYIFAFFCT GFLGAVVGAD YKDDDDKNFP NNIQIGGLFP NQQSQEHAAF RFALSQLTEP PKLLPQIDIV NISDSFEMTY RFCSQFSKG VYAIFGFYER RTVNMLTSFC GALHVCFITP SFPVDTSNQF VLQLRPELQE ALISIIDHYK WQTFVYIYDA D RGLSVLQR ...文字列:
MPYIFAFFCT GFLGAVVGAD YKDDDDKNFP NNIQIGGLFP NQQSQEHAAF RFALSQLTEP PKLLPQIDIV NISDSFEMTY RFCSQFSKG VYAIFGFYER RTVNMLTSFC GALHVCFITP SFPVDTSNQF VLQLRPELQE ALISIIDHYK WQTFVYIYDA D RGLSVLQR VLDTAAEKNW QVTAVNILTT TEEGYRMLFQ DLEKKKERLV VVDCESERLN AILGQIVKLE KNGIGYHYIL AN LGFMDID LNKFKESGAN VTGFQLVNYT DTIPARIMQQ WRTSDSRDHT RVDWKRPKYT SALTYDGVKV MAEAFQSLRR QRI DISRRG NAGDCLANPA VPWGQGIDIQ RALQQVRFEG LTGNVQFNEK GRRTNYTLHV IEMKHDGIRK IGYWNEDDKF VPAA TDAQA GGDNSSVQNR TYIVTTILED PYVMLKKNAN QFEGNDRYEG YCVELAAEIA KHVGYSYRLE IVSDGKYGAR DPDTK AWNG MVGELVYGRA DVAVAPLTIT LVREEVIDFS KPFMSLGISI MIKKPQKSKP GVFSFLDPLA YEIWMCIVFA YIGVSV VLF LVSRFSPYEW HSEEFEEGRD QTTSDQSNEF GIFNSLWFSL GAFMQQGCDI SPRSLSGRIV GGVWWFFTLI IISSYTA NL AAFLTVERMV SPIESAEDLA KQTEIAYGTL EAGSTKEFFR RSKIAVFEKM WTYMKSAEPS VFVRTTEEGM IRVRKSKG K YAYLLESTMN EYIEQRKPCD TMKVGGNLDS KGYGIATPKG SALRGPVNLA VLKLSEQGVL DKLKSKWWYD KGECGSKDS GSKDKTSALS LSNVAGVFYI LIGGLGLAML VALIEFCYKS RSESKRMKGF CLIPQQSINE AIRTSTLPRN SGAGASGGGG SGENGRVVS QDFPKSMQSI PCMSHSSGMP LGATGL

UniProtKB: Glutamate receptor 1

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分子 #3: Isoform Flip of Glutamate receptor 2

分子名称: Isoform Flip of Glutamate receptor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 96.247055 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MQKIMHISVL LSPVLWGLIF GVSSNSIQIG GLFPRGADQE YSAFRVGMVQ FSTSEFRLTP HIDNLEVANS FAVTNAFCSQ FSRGVYAIF GFYDKKSVNT ITSFCGTLHV SFITPSFPTD GTHPFVIQMR PDLKGALLSL IEYYQWDKFA YLYDSDRGLS T LQAVLDSA ...文字列:
MQKIMHISVL LSPVLWGLIF GVSSNSIQIG GLFPRGADQE YSAFRVGMVQ FSTSEFRLTP HIDNLEVANS FAVTNAFCSQ FSRGVYAIF GFYDKKSVNT ITSFCGTLHV SFITPSFPTD GTHPFVIQMR PDLKGALLSL IEYYQWDKFA YLYDSDRGLS T LQAVLDSA AEKKWQVTAI NVGNINNDKK DETYRSLFQD LELKKERRVI LDCERDKVND IVDQVITIGK HVKGYHYIIA NL GFTDGDL LKIQFGGANV SGFQIVDYDD SLVSKFIERW STLEEKEYPG AHTATIKYTS ALTYDAVQVM TEAFRNLRKQ RIE ISRRGN AGDCLANPAV PWGQGVEIER ALKQVQVEGL SGNIKFDQNG KRINYTINIM ELKTNGPRKI GYWSEVDKMV VTLT ELPSG NDTSGLENKT VVVTTILESP YVMMKKNHEM LEGNERYEGY CVDLAAEIAK HCGFKYKLTI VGDGKYGARD ADTKI WNGM VGELVYGKAD IAIAPLTITL VREEVIDFSK PFMSLGISIM IKKPQKSKPG VFSFLDPLAY EIWMCIVFAY IGVSVV LFL VSRFSPYEWH TEEFEDGRET QSSESTNEFG IFNSLWFSLG AFMRQGCDIS PRSLSGRIVG GVWWFFTLII ISSYTAN LA AFLTVERMVS PIESAEDLSK QTEIAYGTLD SGSTKEFFRR SKIAVFDKMW TYMRSAEPSV FVRTTAEGVA RVRKSKGK Y AYLLESTMNE YIEQRKPCDT MKVGGNLDSK GYGIATPKGS SLGTPVNLAV LKLSEQGVLD KLKNKWWYDK GECGAKDSG SKEKTSALSL SNVAGVFYIL VGGLGLAMLV ALIEFCYKSR AEAKRMKVAK NPQNINPSSS

UniProtKB: Glutamate receptor 2

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分子 #4: 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol

分子名称: 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: XVD
分子量理論値: 328.674 Da
Chemical component information

ChemComp-XVD:
6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol

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分子 #5: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 14 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

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分子 #6: {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquino...

分子名称: {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: ZK1
分子量理論値: 409.254 Da
Chemical component information

ChemComp-ZK1:
{[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid / ZK-200775 / アンタゴニスト, 薬剤*YM

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分子 #7: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 6 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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分子 #8: (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate

分子名称: (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: OLC
分子量理論値: 356.54 Da
Chemical component information

ChemComp-OLC:
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / L-グリセロ-ル3-オレア-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

12804

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 270219
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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