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万見
- EMDB-1568: E.coli core RNA polymerase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1568
タイトルE.coli core RNA polymerase
マップデータE.coli RNA polymerase
試料
  • 試料: Complex of E.coli RNA polymerase and Sigma 54
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase
キーワードRNA polymerase / RNAP / Sigma 54 / transcription initiation / sigma factor
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Bose D / Pape T / Burrows PC / Rappas M / Wigneshweraraj SR / Buck M / Zhang X
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2008
タイトル: Organization of an activator-bound RNA polymerase holoenzyme.
著者: Daniel Bose / Tillmann Pape / Patricia C Burrows / Mathieu Rappas / Siva R Wigneshweraraj / Martin Buck / Xiaodong Zhang /
要旨: Transcription initiation involves the conversion from closed promoter complexes, comprising RNA polymerase (RNAP) and double-stranded promoter DNA, to open complexes, in which the enzyme is able to ...Transcription initiation involves the conversion from closed promoter complexes, comprising RNA polymerase (RNAP) and double-stranded promoter DNA, to open complexes, in which the enzyme is able to access the DNA template in a single-stranded form. The complex between bacterial RNAP and its major variant sigma factor sigma(54) remains as a closed complex until ATP hydrolysis-dependent remodeling by activator proteins occurs. This remodeling facilitates DNA melting and allows the transition to the open complex. Here we present cryoelectron microscopy reconstructions of bacterial RNAP in complex with sigma(54) alone, and of RNAP-sigma(54) with an AAA+ activator. Together with photo-crosslinking data that establish the location of promoter DNA within the complexes, we explain why the RNAP-sigma(54) closed complex is unable to access the DNA template and propose how the structural changes induced by activator binding can initiate conformational changes that ultimately result in formation of the open complex.
履歴
登録2008年10月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年10月3日-
マップ公開2009年4月1日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1568.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1568.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈E.coli RNA polymerase
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.6 Å
密度
表面レベル1: 0.005 / ムービー #1: 0.005
最小 - 最大-0.0457197 - 0.107853
平均 (標準偏差)0.000000000001862 (±0.00329641)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 332.8 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.62.62.6
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z332.800332.800332.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0460.1080.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of E.coli RNA polymerase and Sigma 54

全体名称: Complex of E.coli RNA polymerase and Sigma 54
要素
  • 試料: Complex of E.coli RNA polymerase and Sigma 54
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase

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超分子 #1000: Complex of E.coli RNA polymerase and Sigma 54

超分子名称: Complex of E.coli RNA polymerase and Sigma 54 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: All components are present on SDS-PAGE. / 集合状態: monomer of RNAP sigma 54 holoenzyme / Number unique components: 1
分子量理論値: 390 KDa

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分子 #1: RNA polymerase

分子名称: RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RNAP / コピー数: 1 / 集合状態: pentamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 細胞: E.coli
分子量理論値: 390 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pvs10

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 10mM Tris-HCl pH8.0, 150mM NaCl, 10mM MgCl2,
グリッド詳細: Copper 400 mesh
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 83 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG/UT
温度平均: 91 K
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
実像数: 100 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / 詳細: CCD images
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 48700 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: particles
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Imagic V / 使用した粒子像数: 4327
最終 2次元分類クラス数: 173

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1iw7

ソフトウェア名称: Situs
詳細Protocol: Rigid body. Structure positioned by hand and fitting refined in Situs
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 0.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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