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- EMDB-15674: Cryo-EM structure of the plant 40S subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15674
タイトルCryo-EM structure of the plant 40S subunit
マップデータThe small subunit (40S) of the tobacco ribosome from cytosol
試料
  • 複合体: 40S subunit of the cytosolic 80S ribosome from tobacco
    • タンパク質・ペプチド: x 33種
    • RNA: x 2種
  • リガンド: x 6種
キーワードPlant / 80S / Modifications / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity ...endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / positive regulation of protein phosphorylation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein S26e signature. / : / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e ...: / Ribosomal protein S26e signature. / : / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / 40S Ribosomal protein S10 / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S6, eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family
類似検索 - ドメイン・相同性
40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S14-2 / 40S ribosomal protein S2-3-like / 40S ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S20-2 / 40S ribosomal protein S27 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 40S ribosomal protein S19-3 / 40S ribosomal protein S18 / 40S ribosomal protein S6 ...40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S14-2 / 40S ribosomal protein S2-3-like / 40S ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S20-2 / 40S ribosomal protein S27 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 40S ribosomal protein S19-3 / 40S ribosomal protein S18 / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S17-like / 40S ribosomal protein S13 / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S21 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / 40S ribosomal protein S28 / 40S ribosomal protein S16 / 40S ribosomal protein S12 / 40S ribosomal protein S9-2-like / 40S ribosomal protein S11-like / 40S ribosomal protein S5-like / 40S ribosomal protein S3-2-like / Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a-like / 40S ribosomal protein S23 / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S15a-1 / 40S ribosomal protein S15-like / 40S ribosomal protein S10-1-like / 40S ribosomal protein S29 / 40S ribosomal protein S4 / Small ribosomal subunit protein eS1
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Smirnova J / Loerke J / Kleinau G / Schmidt A / Buerger J / Meyer EH / Mielke T / Scheerer P / Bock R / Spahn CMT / Zoschke R
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)416210002 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 335/588-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023
タイトル: Structure of the actively translating plant 80S ribosome at 2.2 Å resolution.
著者: Julia Smirnova / Justus Loerke / Gunnar Kleinau / Andrea Schmidt / Jörg Bürger / Etienne H Meyer / Thorsten Mielke / Patrick Scheerer / Ralph Bock / Christian M T Spahn / Reimo Zoschke /
要旨: In plant cells, translation occurs in three compartments: the cytosol, the plastids and the mitochondria. While the structures of the (prokaryotic-type) ribosomes in plastids and mitochondria are ...In plant cells, translation occurs in three compartments: the cytosol, the plastids and the mitochondria. While the structures of the (prokaryotic-type) ribosomes in plastids and mitochondria are well characterized, high-resolution structures of the eukaryotic 80S ribosomes in the cytosol have been lacking. Here the structure of translating tobacco (Nicotiana tabacum) 80S ribosomes was solved by cryo-electron microscopy with a global resolution of 2.2 Å. The ribosome structure includes two tRNAs, decoded mRNA and the nascent peptide chain, thus providing insights into the molecular underpinnings of the cytosolic translation process in plants. The map displays conserved and plant-specific rRNA modifications and the positions of numerous ionic cofactors, and it uncovers the role of monovalent ions in the decoding centre. The model of the plant 80S ribosome enables broad phylogenetic comparisons that reveal commonalities and differences in the ribosomes of plants and those of other eukaryotes, thus putting our knowledge about eukaryotic translation on a firmer footing.
履歴
登録2022年8月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月7日-
マップ公開2023年6月7日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15674.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15674.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The small subunit (40S) of the tobacco ribosome from cytosol
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 450 pix.
= 381.6 Å		0.85 Å/pix.
x 450 pix.
= 381.6 Å		0.85 Å/pix.
x 450 pix.
= 381.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.848 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.426
最小 - 最大-6.21226 - 11.349276
平均 (標準偏差)0.010203969 (±0.18939641)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 381.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15674_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-map A of the tobacco ribosome after local refinement...

ファイルemd_15674_half_map_1.map
注釈Half-map_A of the tobacco ribosome after local refinement of the small subunit (40S)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-map B of the tobacco ribosome after local refinement...

ファイルemd_15674_half_map_2.map
注釈Half-map_B of the tobacco ribosome after local refinement of the small subunit (40S)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 40S subunit of the cytosolic 80S ribosome from tobacco

全体名称: 40S subunit of the cytosolic 80S ribosome from tobacco
要素
  • 複合体: 40S subunit of the cytosolic 80S ribosome from tobacco
    • タンパク質・ペプチド: eS4 (40S ribosomal protein S4)
    • タンパク質・ペプチド: eS6 (40S ribosomal protein S6)
    • RNA: 18S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: eS10 (40S ribosomal protein S10)
    • タンパク質・ペプチド: eS12 (40S ribosomal protein S12)
    • タンパク質・ペプチド: eS17 (40S ribosomal protein S17)
    • タンパク質・ペプチド: eS19 (40S ribosomal protein S19)
    • タンパク質・ペプチド: eS1 (40S ribosomal protein S3a)
    • タンパク質・ペプチド: eS21 (40S ribosomal protein S21)
    • タンパク質・ペプチド: eS24 (40S ribosomal protein S24)
    • タンパク質・ペプチド: eS25 (40S ribosomal protein S25)
    • タンパク質・ペプチド: eS26 (40S ribosomal protein S26)
    • タンパク質・ペプチド: eS27 (40S ribosomal protein S27)
    • タンパク質・ペプチド: eS28 (40S ribosomal protein S28)
    • タンパク質・ペプチド: eS30 (40S ribosomal protein S30)
    • タンパク質・ペプチド: eS31 (ubiquitin-40S ribosomal protein S27a)
    • タンパク質・ペプチド: eS7 (40S ribosomal protein S7)
    • タンパク質・ペプチド: eS8 (40S ribosomal protein S8)
    • タンパク質・ペプチド: RACK1 (guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein)
    • タンパク質・ペプチド: uS10 (40S ribosomal protein S20)
    • タンパク質・ペプチド: uS11 (40S ribosomal protein S14)
    • タンパク質・ペプチド: uS12 (40S ribosomal protein S23)
    • タンパク質・ペプチド: uS13 (40S ribosomal protein S18)
    • タンパク質・ペプチド: uS14 (40S ribosomal protein S29)
    • タンパク質・ペプチド: uS15 (40S ribosomal protein S13)
    • タンパク質・ペプチド: uS17 (40S ribosomal protein S11)
    • タンパク質・ペプチド: uS19 (40S ribosomal protein S15)
    • タンパク質・ペプチド: uS2 (40S ribosomal protein SA)
    • タンパク質・ペプチド: uS3 (40S ribosomal protein S3)
    • タンパク質・ペプチド: uS4 (40S ribosomal protein S9)
    • タンパク質・ペプチド: uS5 (40S ribosomal protein S2)
    • タンパク質・ペプチド: uS7 (40S ribosomal protein S5)
    • タンパク質・ペプチド: uS8 (40S ribosomal protein S15a)
    • タンパク質・ペプチド: uS9 (40S ribosomal protein S16)
    • RNA: mRNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: SPERMIDINE
  • リガンド: SPERMINE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: 40S subunit of the cytosolic 80S ribosome from tobacco

超分子名称: 40S subunit of the cytosolic 80S ribosome from tobacco
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#35
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)

+
分子 #1: eS4 (40S ribosomal protein S4)

分子名称: eS4 (40S ribosomal protein S4) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 29.971178 KDa
配列文字列: MARGLKKHLK RLNAPKHWML DKLGGAFAPK PSSGPHKSRE CLPLIIILRN RLKYALTYRE VISILMQRQV MVDSKVRTDK TYPAGFMDV VSIPKTNENF RLLYDTKGRF RLHSVRDEEA KFKLCKVRSV QFGQKGIPYL NTYDGRTIRY PDPLIKANDT I KLDLESNK ...文字列:
MARGLKKHLK RLNAPKHWML DKLGGAFAPK PSSGPHKSRE CLPLIIILRN RLKYALTYRE VISILMQRQV MVDSKVRTDK TYPAGFMDV VSIPKTNENF RLLYDTKGRF RLHSVRDEEA KFKLCKVRSV QFGQKGIPYL NTYDGRTIRY PDPLIKANDT I KLDLESNK IVDFIKFDVG NVVMVTGGRN RGRVGVIKNR EKHKGSFETV HIQDALGHEF ATRLGNVFTL GKGTKPWVSL PK GKGIKLS IIEEARKRLA AQSATTA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S4

+
分子 #2: eS6 (40S ribosomal protein S6)

分子名称: eS6 (40S ribosomal protein S6) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 28.368293 KDa
配列文字列: MKFNIANPTT GCQKKLEIDD DQKLRAFFDK RISQEVSGDA LGDEFKGYVF KIMGGCDKQG FPMKQGVLTP GRVRLLLYRG TPCFRGYGR RNGERRRKSV RGCIVSPDLS VLNLVIVKKG ENDLPGLTDT EKPRMRGPKR ASKIRKLFNL SKEDDVRKYV N TYRRNFTT ...文字列:
MKFNIANPTT GCQKKLEIDD DQKLRAFFDK RISQEVSGDA LGDEFKGYVF KIMGGCDKQG FPMKQGVLTP GRVRLLLYRG TPCFRGYGR RNGERRRKSV RGCIVSPDLS VLNLVIVKKG ENDLPGLTDT EKPRMRGPKR ASKIRKLFNL SKEDDVRKYV N TYRRNFTT KNGKKASKAP KIQRLVTPLT LQRKRARIAD KKKRIAKAKS EAAEYQKLLA SRLKEQREKR SESLAKKRSR LS AASKPSI AA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S6

+
分子 #4: eS10 (40S ribosomal protein S10)

分子名称: eS10 (40S ribosomal protein S10) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 23.12141 KDa
配列文字列: MVQSFCCCNR LWLQCDFSPL SPLLPAAMII SEKNRREISK YLFQEGVCYA KKDYNLAKHP LIDVPNLQVI KLMQSFKSKE YVRETFAWM HYYWYLTNDG IEFLRTYLNL PSEIVPATLK KSAKPLGRPM GGPPGDRPRG PPRFEGDRPR FGDREGYRAG P RGPPGEFG ...文字列:
MVQSFCCCNR LWLQCDFSPL SPLLPAAMII SEKNRREISK YLFQEGVCYA KKDYNLAKHP LIDVPNLQVI KLMQSFKSKE YVRETFAWM HYYWYLTNDG IEFLRTYLNL PSEIVPATLK KSAKPLGRPM GGPPGDRPRG PPRFEGDRPR FGDREGYRAG P RGPPGEFG GEKGGAPADY QPAFRGSGGR PGFGRGSGGF GGAPPSSSFS

UniProtKB: 40S ribosomal protein S10-1-like

+
分子 #5: eS12 (40S ribosomal protein S12)

分子名称: eS12 (40S ribosomal protein S12) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 15.190561 KDa
配列文字列:
MSGEDAAVPV VAAAETPAPA LGEPMDIMTA LQLVLKKSKA HGGLARGLHE GAKVIEKHAA QLCVLAEDCD QPDYVKLVKA LCADHNVSL ITVPNAKTLG EWAGLCKIDS EGKARKVVGC GCVVVKDYGE ETEGLHIVQE YVKSH

UniProtKB: 40S ribosomal protein S12

+
分子 #6: eS17 (40S ribosomal protein S17)

分子名称: eS17 (40S ribosomal protein S17) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 16.643303 KDa
配列文字列:
MGRVRTKTVK KSSRQVIERY YSKMTLDFHT NKKILEEVAI IPSKRLRNKI AGFSTHLMKR IQKGPVRGIS LKLQEEERER RMDFVPDES AIQTDRIEVD KETIDLLASL GMSELPGVVL KEEQPVAIAA PVGFGGRGGF GGAGGRRGGY

UniProtKB: 40S ribosomal protein S17-like

+
分子 #7: eS19 (40S ribosomal protein S19)

分子名称: eS19 (40S ribosomal protein S19) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 16.034395 KDa
配列文字列:
MEAARTVKDV SPHEFVKAYA AHLKRSGKME LPEWTDIVKT GKLKELAPYD PDWYYIRAAS MARKIYLRGG LGVGGFRRIY GGNQRNGSR PRHFCKSSGS VARNILQQLQ NMNIVDFDPK GGRRITSNGQ RDLDQVAGRI AAAL

UniProtKB: 40S ribosomal protein S19-3

+
分子 #8: eS1 (40S ribosomal protein S3a)

分子名称: eS1 (40S ribosomal protein S3a) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 29.782572 KDa
配列文字列: MAVGKNKRIS KGKKGGKKKA ADPYAKKDWY DIKAPSVFDI KNVGKTLVTR TQGTKIASEG LKHRVFEVSL ADLQKDEDQS FRKIRLRAE DVQGKNVLTN FWGMDFTTDK LRSLVKKWQT LIEAHVDVKT TDSYTLRMFC IAFTKKRPNQ QKRTCYAQSS Q IRQIRRKM ...文字列:
MAVGKNKRIS KGKKGGKKKA ADPYAKKDWY DIKAPSVFDI KNVGKTLVTR TQGTKIASEG LKHRVFEVSL ADLQKDEDQS FRKIRLRAE DVQGKNVLTN FWGMDFTTDK LRSLVKKWQT LIEAHVDVKT TDSYTLRMFC IAFTKKRPNQ QKRTCYAQSS Q IRQIRRKM VEIMRNQASS CDLKELVAKF IPESIGREIE KATSSIFPLQ NVYIRKVKIL KAPKFDIGKL MEVHGDYSED VG VKLDRPA DETVAEAEPE IPGA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1

+
分子 #9: eS21 (40S ribosomal protein S21)

分子名称: eS21 (40S ribosomal protein S21) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 9.307461 KDa
配列文字列:
MQNEEGQNVD LYIPRKCSAT NRVITSKDHA SVQLNVGHLD DKGLYIPGSF TTFALCGFIR AQGDADSALD RLWQKKKVEA RQQ

UniProtKB: 40S ribosomal protein S21

+
分子 #10: eS24 (40S ribosomal protein S24)

分子名称: eS24 (40S ribosomal protein S24) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 15.429315 KDa
配列文字列:
MADKAVTIRT RKFMTNRLLA RKQFIIDVLH PGRANVSKAE LKEKLARMYE VKDPNAIFVF KFRTHFGGGK STGFGLIYDS VENAKKYEP KYRLIRNGLD TKVEKSRKQM KERKNRAKKV RGVKKTKAGD AKKK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S24

+
分子 #11: eS25 (40S ribosomal protein S25)

分子名称: eS25 (40S ribosomal protein S25) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 11.795916 KDa
配列文字列:
MAPKKAAPPP SSKPAKSGGG KQKKKKWSKG KQKEKVNNMV LFDKATYDKL LSEAPKYKLI TPSVLSDRLR ISGSLARKAI RDLMARGSI RMVSAHASQQ IYTRATNT

UniProtKB: 40S ribosomal protein S25

+
分子 #12: eS26 (40S ribosomal protein S26)

分子名称: eS26 (40S ribosomal protein S26) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 14.540069 KDa
配列文字列:
MTFKRRNGGR NKHGRGHTKF IRCSNCGKCC PKDKAIKRFL VRNIVEQAAV RDVQEACAFE TYTLPKLYLK MQYCVSCAIH SKVVRVRSV TDRRVREPPQ RFRRPRDDLP KPGQAPRPTG GAPAAPRT

UniProtKB: 40S ribosomal protein S26

+
分子 #13: eS27 (40S ribosomal protein S27)

分子名称: eS27 (40S ribosomal protein S27) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 9.613144 KDa
配列文字列:
MTLPNDVDLL NPPAELEKRK HKLKRLVQSP NSFFMDVKCQ GCFNITTVFS HSQTVVVCGN CQTVLCQPTG GRARLTEGCS FRRKGD

UniProtKB: 40S ribosomal protein S27

+
分子 #14: eS28 (40S ribosomal protein S28)

分子名称: eS28 (40S ribosomal protein S28) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 7.481715 KDa
配列文字列:
MESATKHAIV VKVMGRTGSR GQVTQVRVKF LDDQNRFIMR NVKGPVREGD VLTLLESERE ARRLR

UniProtKB: 40S ribosomal protein S28

+
分子 #15: eS30 (40S ribosomal protein S30)

分子名称: eS30 (40S ribosomal protein S30) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 6.953253 KDa
配列文字列:
MGKVHGSLAR AGKVRGQTPK VAKQDKKKKP RGRAHKRMQY NRRFVTAVVG FGKKRGPNSS EK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S30

+
分子 #16: eS31 (ubiquitin-40S ribosomal protein S27a)

分子名称: eS31 (ubiquitin-40S ribosomal protein S27a) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 17.739734 KDa
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVESS DTIDNVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLADYN IQKESTLHLV LRLRGGAKKR KKKTYTKPK KIKHKKKKVK LAVLQFYKVD DSGKVQRLRK ECPNAECGAG TFMANHFDRH YCGKCGLTYV YQKAGGD

UniProtKB: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a-like

+
分子 #17: eS7 (40S ribosomal protein S7)

分子名称: eS7 (40S ribosomal protein S7) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 22.121541 KDa
配列文字列: MYTSRQKIHK DKDAEPTEFE ESVAQALFDM ENTNQELKSE LKDLYINSAV QIDVSGNKKA VVIHVPYRLR KAFRKIHVRL VRELEKKFS GKDVIFIATR RIARPPKRGS AAQRPRSRTL TSVHDAILED VVVPAEIVGK RVRYRVDGSK IMKVFLDPKE R NNTEYKLE ...文字列:
MYTSRQKIHK DKDAEPTEFE ESVAQALFDM ENTNQELKSE LKDLYINSAV QIDVSGNKKA VVIHVPYRLR KAFRKIHVRL VRELEKKFS GKDVIFIATR RIARPPKRGS AAQRPRSRTL TSVHDAILED VVVPAEIVGK RVRYRVDGSK IMKVFLDPKE R NNTEYKLE TFSAVYRKLS GKDVVFEYPI TEA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S7

+
分子 #18: eS8 (40S ribosomal protein S8)

分子名称: eS8 (40S ribosomal protein S8) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 25.164039 KDa
配列文字列: MGISRDSMHK RRATGGKKKA WRKKRKYELG RQPANTKISA NKTVRRIRVR GGNVKWRALR LDTGNYSWGS EAVTRKTRIL DVVYNASNN ELVRTQTLVK SAIVQVDAAP FKQWYLQHYG VDIGRKKKGP AKKETTEEGE GAAAAAEETK KSNHVLRKIE T RQKDRKLD ...文字列:
MGISRDSMHK RRATGGKKKA WRKKRKYELG RQPANTKISA NKTVRRIRVR GGNVKWRALR LDTGNYSWGS EAVTRKTRIL DVVYNASNN ELVRTQTLVK SAIVQVDAAP FKQWYLQHYG VDIGRKKKGP AKKETTEEGE GAAAAAEETK KSNHVLRKIE T RQKDRKLD PHIEEQFGGG RLLACISSRP GQCGRADGYI LEGKELEFYM KKLQKKKGKA GAGGAA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S8

+
分子 #19: RACK1 (guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein)

分子名称: RACK1 (guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 36.061844 KDa
配列文字列: MAQESLVLRG TMKAHTDWVT AIATPIDNSD MIVTSSRDKS LIVWSLTKDG PQYGVPRRRL TGHGHFVQDV VLSSDGMFAL SGSWDGELR LWDLQAGTTA RRFVGHTKDV LSVAFSVDNR QIVSASRDKT IKLWNTLGEC KYTIQEGDSH SDWVSCVRFS P NTLQPTIV ...文字列:
MAQESLVLRG TMKAHTDWVT AIATPIDNSD MIVTSSRDKS LIVWSLTKDG PQYGVPRRRL TGHGHFVQDV VLSSDGMFAL SGSWDGELR LWDLQAGTTA RRFVGHTKDV LSVAFSVDNR QIVSASRDKT IKLWNTLGEC KYTIQEGDSH SDWVSCVRFS P NTLQPTIV SGSWDRTVKI WNLTNCKLRS TLAGHAGYVN TVAVSPDGSL CASGGKDGTI LLWDLAEGKK LYSLDAGSII HA LCFSPNR YWLCAATETS IKIWDLESKS IVVDLKVDLK QESEMATEGT TGSACKNKIM YCTCLSWSAD GSTLFSGYTD GLI RVWGIG RY

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein

+
分子 #20: uS10 (40S ribosomal protein S20)

分子名称: uS10 (40S ribosomal protein S20) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 13.651932 KDa
配列文字列:
MAYAAMKATK PGLEEPQEQI HKIRITLSSK NVKNLEKVCA DLVRGAKDKR LRVKGPVRMP TKVLNITTRK SPCGEGTNTW DRFELRVHK RVIDLFSSAD VVKQITSITI EPGVEVEVTI ADS

UniProtKB: 40S ribosomal protein S20-2

+
分子 #21: uS11 (40S ribosomal protein S14)

分子名称: uS11 (40S ribosomal protein S14) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 16.375829 KDa
配列文字列:
MSKRRTREPK EETVTLGPAT REGELVFGVA HIFASFNDTF IHVTDLSGRE TMVRITGGMK VKADRDESSP YAAMLAAQDV SQRCKELGI NALHIKLRAT GGNKTKTPGP GAQSALRALA RSGMKIGRIE DVTPIPTDST RRKGGRRGRR L

UniProtKB: 40S ribosomal protein S14-2

+
分子 #22: uS12 (40S ribosomal protein S23)

分子名称: uS12 (40S ribosomal protein S23) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 15.771567 KDa
配列文字列:
MGKTRGMGAG RKLKSHRRRQ RWADKSYKKS HLGNEWKKPF AGSSHAKGIV LEKIGIEAKQ PNSAIRKCAR VQLIKNGKKI AAFVPNDGC LNYIEENDEV LIAGFGRKGH AVGDIPGVRF KVVKVSGVSL LALFKEKKEK PRS

UniProtKB: 40S ribosomal protein S23

+
分子 #23: uS13 (40S ribosomal protein S18)

分子名称: uS13 (40S ribosomal protein S18) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 17.578473 KDa
配列文字列:
MSLVANEEFQ HILRVQNTNV DGKQKIMFAM TSIKGIGRRF ANIACKKADI DMNKRAGELS AAELDSLMVV VANPRQFKIP DWFLNRQKD YKDGKFSQVT SNALDMKLRD DLERLKKIRN HRGLRHYWGL RVRGQHTKTT GRRGKTVGVS KKR

UniProtKB: 40S ribosomal protein S18

+
分子 #24: uS14 (40S ribosomal protein S29)

分子名称: uS14 (40S ribosomal protein S29) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 6.455581 KDa
配列文字列:
MGHSNIWNAH PKNYGPGSRT CRVCGNPHAI IRKYGLMCCR QCFRSNAKEI GFIKYR

UniProtKB: 40S ribosomal protein S29

+
分子 #25: uS15 (40S ribosomal protein S13)

分子名称: uS15 (40S ribosomal protein S13) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 17.099254 KDa
配列文字列:
MGRMHSRGKG ISASALPYKR TPPSWLKISA PDVEDNICKF AKKGLTPSQI GVILRDSHGI AQVKSVTGSK ILRILKAHGL APEIPEDLY HLIKKAVAIR KHLERNRKDK DSKFRLILVE SRIHRLARYY KKTKKLPPVW KYESTTASTL VA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S13

+
分子 #26: uS17 (40S ribosomal protein S11)

分子名称: uS17 (40S ribosomal protein S11) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 17.724816 KDa
配列文字列:
MAEQTEKAFL KQPGVFLSSK KTGKGKRPGK GGNRYFKSIG LGFKTPREAT EGTYIDKKCP FTGNVSIRGR ILAGTCHSAK MNRTIIVRR NYLHYVKKYQ RYEKRHSNIP AHISPCFRVK EGDHVIIGQC RPLSKTVRFN VLKVIPAGSA GGGKKAFTGM

UniProtKB: 40S ribosomal protein S11-like

+
分子 #27: uS19 (40S ribosomal protein S15)

分子名称: uS19 (40S ribosomal protein S15) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 17.274441 KDa
配列文字列:
MADVEGADVA AGQPKKRTFK KFSYRGVDLD ALLDMSTDEL VKLFPARPRR RFQRGLKRKP MALIKKLRKA KREAPPGEKP EVVRTHLRN MIIVPEMIGS VIGIYNGKTF NQIEVKPEMI SHYLAEFSIS YKPVKHGRPG IGATHSSRFI PLK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S15-like

+
分子 #28: uS2 (40S ribosomal protein SA)

分子名称: uS2 (40S ribosomal protein SA) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 35.894105 KDa
配列文字列: MAAEGRTLST KEADIQMMLA AEVHLGTKNC DFQMERYVFK RRNDGIYIIN LGKTWEKLQM AARVIVAIEN PKDIIVQSAR PYGQRAVLK FAQYTGANAI AGRHTPGTFT NQLQTSYSEP RLLILTDPRT DHQPIKEAAL GNIPTIAFCD TDSPMRYVDI G IPANNKGK ...文字列:
MAAEGRTLST KEADIQMMLA AEVHLGTKNC DFQMERYVFK RRNDGIYIIN LGKTWEKLQM AARVIVAIEN PKDIIVQSAR PYGQRAVLK FAQYTGANAI AGRHTPGTFT NQLQTSYSEP RLLILTDPRT DHQPIKEAAL GNIPTIAFCD TDSPMRYVDI G IPANNKGK HSIGVLFWLL ARMVLQMRGS INQGHKWDVM VDLFFYREPE EAKEQQEEEA PAIDYADYSA GGDWSSSQIP EA QWTGDAA PSGPVVASGW SGEGVAEGGG WDTAAAPVPV PVSDAAPTAG GGWDTAAAPV PVPVSDAAPT AGGGWDTAAA PVP VPVSDA APTAGATGWE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #29: uS3 (40S ribosomal protein S3)

分子名称: uS3 (40S ribosomal protein S3) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 27.758545 KDa
配列文字列: MDTPVTQISK KRKFVADGVF FAELNEVLTR ELAEDGYSGV EVRVTPVRTE IIIRATRTQN VLGEKGRRIR ELTSVVQKRF KFKENSVEL YAEKVNNRGL CAVAQAESLR YKLLGGLAVR RACYGVLRFI MESGAKGCEV IVSGKLRAQR AKSMKFKDGY M ISSGQPVK ...文字列:
MDTPVTQISK KRKFVADGVF FAELNEVLTR ELAEDGYSGV EVRVTPVRTE IIIRATRTQN VLGEKGRRIR ELTSVVQKRF KFKENSVEL YAEKVNNRGL CAVAQAESLR YKLLGGLAVR RACYGVLRFI MESGAKGCEV IVSGKLRAQR AKSMKFKDGY M ISSGQPVK EYIDSAVRHI LMRQGVLGIK VKIMLDWDPK GKQGPTTPLP DLVTIHSPKE EEDYIRASVV VPDVVPTMLP TD IPIPVPV M

UniProtKB: 40S ribosomal protein S3-2-like

+
分子 #30: uS4 (40S ribosomal protein S9)

分子名称: uS4 (40S ribosomal protein S9) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 23.103805 KDa
配列文字列: MVHVAFYRNY GKTFKKPRRP YEKERLDAEL KLVGEYGLRC KRELWRVQYA LSRIRNAARM LLTLDEKDPR RIFEGEALLR RMNRYGLLD ESQNKLDYVL SLTVENFLER RLQTLVFKTG MAKSIHHARV LIRQRHIRVG RQVVNVPSFM VRLDSQKHID F SLISPFGG ...文字列:
MVHVAFYRNY GKTFKKPRRP YEKERLDAEL KLVGEYGLRC KRELWRVQYA LSRIRNAARM LLTLDEKDPR RIFEGEALLR RMNRYGLLD ESQNKLDYVL SLTVENFLER RLQTLVFKTG MAKSIHHARV LIRQRHIRVG RQVVNVPSFM VRLDSQKHID F SLISPFGG GRPGRVKRKN QKAAAKKASG GDGDEEDEE

UniProtKB: 40S ribosomal protein S9-2-like

+
分子 #31: uS5 (40S ribosomal protein S2)

分子名称: uS5 (40S ribosomal protein S2) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 30.652682 KDa
配列文字列: MAERGGERGG FGRGFGGRGG RGGDRGGRGR GGRRPRRETE EEKWVPVTKL GRLVKDNKIR SLEQIYLHSL PIKEFQIIDT LIGPSLKDE VMKIMPVQKQ TRAGQRTRFK AFVVVGDGNG HVGLGVKCSK EVATAIRGAI ILAKLSVIPV RRGYWGNKIG K PHTVPCKV ...文字列:
MAERGGERGG FGRGFGGRGG RGGDRGGRGR GGRRPRRETE EEKWVPVTKL GRLVKDNKIR SLEQIYLHSL PIKEFQIIDT LIGPSLKDE VMKIMPVQKQ TRAGQRTRFK AFVVVGDGNG HVGLGVKCSK EVATAIRGAI ILAKLSVIPV RRGYWGNKIG K PHTVPCKV TGKCGSVTVR MVPAPRGAGI VAARVPKKVL QFAGIEDVFT SSRGSTKTLG NFVKATFDCL MKTYGFLTPD FW KETRFTK SPFQEYADIL SKPTSKVIIS TTEEAPAPER VEA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S2-3-like

+
分子 #32: uS7 (40S ribosomal protein S5)

分子名称: uS7 (40S ribosomal protein S5) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 23.373857 KDa
配列文字列: MDAGVVAAPV DASAENKVHS DVMLFNRWTY DDVQINDISV EDYITATASK HPVYMPHTAG RYQAKRFRKA QCPIVERLTN SLMMHGRNN GKKLMAVRII KHAMEIIHLL TDQNPIQVIV DAVINSGPRE DATRIGSAGV VRRQAVDISP LRRVNQAIYL L TTGARESA ...文字列:
MDAGVVAAPV DASAENKVHS DVMLFNRWTY DDVQINDISV EDYITATASK HPVYMPHTAG RYQAKRFRKA QCPIVERLTN SLMMHGRNN GKKLMAVRII KHAMEIIHLL TDQNPIQVIV DAVINSGPRE DATRIGSAGV VRRQAVDISP LRRVNQAIYL L TTGARESA FRNIKTIAEC LADELINAAK GSSNSYAIKK KDEIERVAKA NR

UniProtKB: 40S ribosomal protein S5-like

+
分子 #33: uS8 (40S ribosomal protein S15a)

分子名称: uS8 (40S ribosomal protein S15a) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 14.815363 KDa
配列文字列:
MVRVSVLNDA LKSMYNAEKR GKRQVMIRPS SKVIIKFLIV MQKHGYIGEF EYVDDHRSGK IVVELNGRLN KCGVISPRFD VGVKEIEGW TARLLPSRQF GYIVLTTSAG IMDHEEARRK NVGGKVLGFF Y

UniProtKB: 40S ribosomal protein S15a-1

+
分子 #34: uS9 (40S ribosomal protein S16)

分子名称: uS9 (40S ribosomal protein S16) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 16.731734 KDa
配列文字列:
MNAAPAAVES VQCFGRKKTA VAVTHCKRGR GLIKINGVPI ELVQPEILRY KAFEPILLLG RHRFAGVDMR IRVKGGGHTS QIYAIRQSI AKALVAFYQK YVDEQQKKEI KDILVRYDRT LLVADPRRCE PKKFGGRGAR ARFQKSYR

UniProtKB: 40S ribosomal protein S16

+
分子 #3: 18S rRNA

分子名称: 18S rRNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 583.622188 KDa
配列文字列: UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAU(A2M)UG CUUGUCU(OMC)AA AGAUUAAGCC AUGCAUGUGU AAGUAUGAAC AA AUUCAGA CUGUGAAACU GCGAA(PSU)GGCU CAU(PSU)AAAUCA GUUAUAGUUU G(PSU)U(OMU)GAUGGU AUCUACU AC U(OMC) ...文字列:
UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAU(A2M)UG CUUGUCU(OMC)AA AGAUUAAGCC AUGCAUGUGU AAGUAUGAAC AA AUUCAGA CUGUGAAACU GCGAA(PSU)GGCU CAU(PSU)AAAUCA GUUAUAGUUU G(PSU)U(OMU)GAUGGU AUCUACU AC U(OMC)GGAUAACC GUAGUAAUUC UAG(A2M)GCUAAU ACGUGCAACA AACCCCGACU UCUGGAAGGG AUGCAUUUAU UAGAUAAAA GGUCGACGCG GGCUCUGCCC GUUGCUGC(OMG)A UGAUUCAUGA (PSU)AACUCGACG GAUCGCACGG CCA UCGUGC CGGCGACGCA UCAUUCAAA(PSU) UUC(PSU)GCCCUA UCAACUUUCG AUGGUAGGAU AG(PSU)GGCCUAC CA UGGUGGU GACGGG(PSU)GAC GGAGAAU(OMU)AG GGUUCGAUUC CGGAGA(OMG)GGA GCCUGAGAAA CGGCUACCAC A (PSU)(OMC)CAAGG(A2M) AGGCAGCAGG CGCGC(A2M)AAUU ACCCAA(PSU)CCU GACACGGGGA GGU(A2M)G (PSU)GA(OMC) AAUAAAUAAC AAUACCGGGC UCUAUGAGUC UGGUAAUUGG AAUGAGUACA AUCUAAAUCC CUUAACGA G G(A2M)UCCAUUGG AGGGCAAGUC UGGUGCCAGC AGCCGCGG(OMU)A A(PSU)UCCAGCUC CAAUA(OMG)CGUA (UY1)A(PSU)(PSU)(PSU)AAGU UG(OMU)UGCAGUU (A2M)AAAAGCUCG UAG(PSU)UGGACU UUGGGAUGGG CCG GCCGGU CCGCCUUAGG UGUGCACCGG UCGUCUCGUC CCUUCUGCCG GCGAUGCGCU CCUGGCCUUA AUUGGCCGGG UCGU GCCUC CGGCGCUGUU ACU(PSU)UGAAGA AA(PSU)(PSU)AGAGUG CUCAAAGCAA GCCUACGCUC UGUAUACAUU (A2M)GCAUGGGA (PSU)AACAUUAUA GGAUUUCGGU CCUAUUACGU UGGCCUUCGG GAUCGGAGUA AUGAUUAACA GGG ACAGUC GGGGGCAU(OMU)C GUAUUUCAUA GUCAGAGGUG AAAUUCUUGG AUUUAUGAAA GACGAACAAC UGCGAAAGCA UU(PSU)GCCAAG GAUG(PSU)UUUCA UUAAUCAAGA (A2M)CGAAAGUUG GGGGCUCGAA GACGA(PSU)CAGA UACCG (OMU)CCU AGUCUCAACC A(PSU)AAACGAUG CCGACCAGGG AUCGGCGGAU GUUGCUUUUA GGACUCCGCC GGCACCUU A UGAGAAAUCA AAGUUUUUGG G(PSU)UCCGGGGG GAGUA(PSU)GGUC GCAAGGCUGA AACUUAAAGG AAUUGACGGA A GGGCACCA CCAGGAGUGG AGCC(PSU)GCGGC (PSU)UAAUU(PSU)GAC (B8N)CAACACGGG GAAACU(PSU)ACC AG G(PSU)(OMC)CAGA CAUAGUAAGG A(OMU)UGACAGAC UGAGAGCUCU UUCUUGAUUC UAUGGGUGG(OMU) G(OMG)U GCAUGG C(4AC)GUUCUUAG U(PSU)GGUGGAGC GA(PSU)UUG(PSU)CUG GUUAAUUCCG UUAACGA(A2M)CG AGAC CUCAG CCUGCUAACU AGCUAUGCGG AGGUAUCCCU UCGCGGCCAG CU(OMU)CUUAGAG GGACUACGGC CUUUUAGGCC G CGGAAGUU UGAGGCAAUA ACA(OMG)GUCUGU GAUGCCC(OMU)UA GAUGUUCUGG GCCGCACGCG CGCUACACUG AUGU A(PSU)UCA ACGAGUUUAU AGCCUUGGCC GACAGGCCCG GGUAA(PSU)CUUU GAAAUU(PSU)CAU CGUGAUGGGG AUA GAUCAU UGCAAUUGU(PSU) GGUCUUCAAC G(A2M)GGAAUUCC UAGUAAGCGC GAGUCAUCAG CUCGCGU(PSU)GA CU ACGUCCC UGCCCUU(PSU)GU ACACACCG(OMC)C CGUCGCUCCU ACCGAUUGAA UGAUCCGGUG AAAUGUUCGG AUCGC GGCG ACGUGGGCGG UUCGCUGCCC GCGACGUCGC GAGAAGUCCA UUGAACCUUA UCAUUUAGAG GA(A2M)GGAGAAG UC GUA(6MZ)CAA GGUUUC(4AC)GUA GG(PSU)G(MA6)(MA6)CCUG CGGAAGGAUC AUUG

GENBANK: GENBANK: HQ384692.1

+
分子 #35: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 35 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 3.629032 KDa
配列文字列:
UUUUUUUUUU UU

+
分子 #36: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 76 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #37: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 47 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #38: SPERMIDINE

分子名称: SPERMIDINE / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 1 / 式: SPD
分子量理論値: 145.246 Da
Chemical component information

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE / スペルミジン

+
分子 #39: SPERMINE

分子名称: SPERMINE / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 3 / 式: SPM
分子量理論値: 202.34 Da
Chemical component information

ChemComp-SPM:
SPERMINE / スペルミン

+
分子 #40: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #41: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 2372 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 27.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 335672
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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