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- EMDB-15612: RNA polymerase at U-rich pause bound to regulatory RNA putL - Pau... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15612
タイトルRNA polymerase at U-rich pause bound to regulatory RNA putL - Pause-prone, closed clamp state
マップデータRNA polymerase at U-rich pause bound to regulatory RNA putL - Pause-prone, closed clamp state. Sharp map
試料
  • 複合体: Escherichia coli RNA polymerase putL complex - active closed clamp state
キーワードRNA polymerase / transcriptional pausing / transcription termination / regulatory RNA / TRANSCRIPTION
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.28 Å
データ登録者Weixlbaumer A / Dey S
資金援助European Union, フランス, 4件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)679734European Union
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INBS-05 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-10-LABX-0030-INRT フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-10-IDEX-0002-02 フランス
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Structural insights into RNA-mediated transcription regulation in bacteria.
著者: Sanjay Dey / Claire Batisse / Jinal Shukla / Michael W Webster / Maria Takacs / Charlotte Saint-André / Albert Weixlbaumer /
要旨: RNA can regulate its own synthesis without auxiliary proteins. For example, U-rich RNA sequences signal RNA polymerase (RNAP) to pause transcription and are required for transcript release at ...RNA can regulate its own synthesis without auxiliary proteins. For example, U-rich RNA sequences signal RNA polymerase (RNAP) to pause transcription and are required for transcript release at intrinsic terminators in all kingdoms of life. In contrast, the regulatory RNA putL suppresses pausing and termination in cis. However, how nascent RNA modulates its own synthesis remains largely unknown. We present cryo-EM reconstructions of RNAP captured during transcription of putL variants or an unrelated sequence at a U-rich pause site. Our results suggest how putL suppresses pausing and promotes its synthesis. We demonstrate that transcribing a U-rich sequence, a ubiquitous trigger of intrinsic termination, promotes widening of the RNAP nucleic-acid-binding channel. Widening destabilizes RNAP interactions with DNA and RNA to facilitate transcript dissociation reminiscent of intrinsic transcription termination. Surprisingly, RNAP remains bound to DNA after transcript release. Our results provide the structural framework to understand RNA-mediated intrinsic transcription termination.
履歴
登録2022年8月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月19日-
マップ公開2022年10月19日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15612.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15612.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RNA polymerase at U-rich pause bound to regulatory RNA putL - Pause-prone, closed clamp state. Sharp map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 360 pix.
= 310.32 Å		0.86 Å/pix.
x 360 pix.
= 310.32 Å		0.86 Å/pix.
x 360 pix.
= 310.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.862 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.095
最小 - 最大-0.14690803 - 0.38197315
平均 (標準偏差)0.00108842 (±0.015863234)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 310.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: RNA polymerase at U-rich pause bound to regulatory...

ファイルemd_15612_additional_1.map
注釈RNA polymerase at U-rich pause bound to regulatory RNA putL - Pause-prone, closed clamp state
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15612_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15612_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia coli RNA polymerase putL complex - active closed clam...

全体名称: Escherichia coli RNA polymerase putL complex - active closed clamp state
要素
  • 複合体: Escherichia coli RNA polymerase putL complex - active closed clamp state

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超分子 #1: Escherichia coli RNA polymerase putL complex - active closed clam...

超分子名称: Escherichia coli RNA polymerase putL complex - active closed clamp state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 0.435 kDa/nm

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度12 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM Tris-glutamate pH 8.0, 50 mM K-glutamate, 10 mM Mg-glutamate, 0.001 mM ZnCl2, 2mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Quantifoil UltrAuFoil R1.2/1.3 300 mesh holey gold grids were plasma cleaned on a Model 1070 (Fischione Instruments) for 30 sec at 70% power and with an 80% Argon and 20% Oxygen mixture prior ...詳細: Quantifoil UltrAuFoil R1.2/1.3 300 mesh holey gold grids were plasma cleaned on a Model 1070 (Fischione Instruments) for 30 sec at 70% power and with an 80% Argon and 20% Oxygen mixture prior to the application of 0.004 ml of sample. Grids were plunge frozen into liquid ethane using a Vitrobot mark IV (FEI) with 95% chamber humidity at 283K..
詳細The co-transcriptionally halted complexes for cryo-EM analysis were prepared in vitro by mixing E. coli RNAP holoenzyme with templates containing the DNA base analogue isoG. The RNAP ECs halted at the U-rich pause (G93). The complexes were prepared in 0.03 ml reactions and contained: 0.02 mM of E. coli RNAP, 0.080 mM of E. coli Sigma70, 0.02 mM of template DNA, 20 mM Tris-glutamate pH 8.0, 50 mM K-glutamate, 10 mM Mg-glutamate, 0.001 mM ZnCl2, 2mM DTT and 6 mM of each ATP, GTP, CTP and UTP. Initially, all the components except NTPs were added and incubated for 10 min at 310K. To allow transcription elongation, NTPs were added and the sample was incubated for 20 to 40 min at 310K. The final products were purified on a Superose 6 Increase 3.2/300 gel filtration column equilibrated in Glutamate buffer. Samples were concentrated to 10-12 mg/mL using an Amicon Ultra 0.5mL centrifugal filter unit (30 KDa MWCO). Before grid freezing, 8 mM of CHAPSO was added to freshly prepared sample to overcome preferred particle orientation.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 2.2 sec. / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3) / 使用した粒子像数: 37763
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6alh


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: map cross correlation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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