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万見
- EMDB-1561: Electron tomography of isometrically contracting insect flight muscle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1561
タイトルElectron tomography of isometrically contracting insect flight muscle
マップデータThis is a dual axis tomogram of quick frozen, freeze This is a dual axis tomogram of quick frozen, freeze substituted, plastic embedded, thin sectioned insect flight muscle from Lethocerus sp.
試料
  • 試料: Isometrically contracting asynchronous insect flight muscle
  • 細胞器官・細胞要素: myofibril
キーワードinsect / muscle / myosin / troponin / tropomyosin / actin / light chains / thin filament / thick filament / electron microscopy / image processing / isometric contraction / freezing / freeze substitution / microtomy / multivariate data analysis
機能・相同性
機能・相同性情報


troponin C binding / contractile muscle fiber / troponin complex / Striated Muscle Contraction / regulation of muscle contraction / muscle myosin complex / myosin filament / myosin II complex / myosin complex / cytoskeletal motor activator activity ...troponin C binding / contractile muscle fiber / troponin complex / Striated Muscle Contraction / regulation of muscle contraction / muscle myosin complex / myosin filament / myosin II complex / myosin complex / cytoskeletal motor activator activity / sarcomere organization / microfilament motor activity / myofibril / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament bundle assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle contraction / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / cardiac muscle contraction / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / skeletal muscle tissue development / muscle contraction / actin filament polymerization / filopodium / actin filament organization / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / actin cytoskeleton / lamellipodium / actin binding / cell body / calmodulin binding / hydrolase activity / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Troponin T / : / Tropomyosins signature. / Troponin / Troponin domain superfamily / Troponin / : / Tropomyosin / Tropomyosin / EF-hand domain ...Troponin T / : / Tropomyosins signature. / Troponin / Troponin domain superfamily / Troponin / : / Tropomyosin / Tropomyosin / EF-hand domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / : / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / ATPase, nucleotide binding domain / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Troponin C, skeletal muscle / Myosin light chain 3, skeletal muscle isoform / Myosin regulatory light chain 11 / Myosin essential light chain, striated adductor muscle / Troponin T, fast skeletal muscle isoforms / Myosin heavy chain, skeletal muscle, adult / Myosin regulatory light chain, striated adductor muscle / Myosin heavy chain, striated muscle / Tropomyosin alpha-1 chain / Actin, alpha skeletal muscle / Troponin I, fast skeletal muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Lethocerus indicus (昆虫)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法
データ登録者Wu S / Liu J / Reedy MC / Tregear RT / Winkler H / Franzini-Armstrong C / Sasaki H / Lucaveche C / Goldman YE / Reedy MK / Taylor KA
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2009
タイトル: Methods for identifying and averaging variable molecular conformations in tomograms of actively contracting insect flight muscle.
著者: Shenping Wu / Jun Liu / Mary C Reedy / Hanspeter Winkler / Michael K Reedy / Kenneth A Taylor /
要旨: During active muscle contraction, tension is generated through many simultaneous, independent interactions between the molecular motor myosin and the actin filaments. The ensemble of myosin motors ...During active muscle contraction, tension is generated through many simultaneous, independent interactions between the molecular motor myosin and the actin filaments. The ensemble of myosin motors displays heterogeneous conformations reflecting different mechanochemical steps of the ATPase pathway. We used electron tomography of actively contracting insect flight muscle fast-frozen, freeze substituted, Araldite embedded, thin-sectioned and stained, to obtain 3D snapshots of the multiplicity of actin-attached myosin structures. We describe procedures for alignment of the repeating lattice of sub-volumes (38.7 nm cross-bridge repeats bounded by troponin) and multivariate data analysis to identify self-similar repeats for computing class averages. Improvements in alignment and classification of repeat sub-volumes reveals (for the first time in active muscle images) the helix of actin subunits in the thin filament and the troponin density with sufficient clarity that a quasiatomic model of the thin filament can be built into the class averages independent of the myosin cross-bridges. We show how quasiatomic model building can identify both strong and weak myosin attachments to actin. We evaluate the accuracy of image classification to enumerate the different types of actin-myosin attachments.
履歴
登録2008年9月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年9月29日-
マップ公開2010年4月12日-
更新2015年8月12日-
現状2015年8月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • UCSF Chimeraによる作画
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  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1561.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1561.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 560.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a dual axis tomogram of quick frozen, freeze This is a dual axis tomogram of quick frozen, freeze substituted, plastic embedded, thin sectioned insect flight muscle from Lethocerus sp.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.9 Å/pix.
x 70 pix.
= 483. Å		6.9 Å/pix.
x 1344 pix.
= 11040. Å		6.9 Å/pix.
x 1600 pix.
= 9273.601 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.9 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-3296.960000000000036 - 4848.859999999999673
平均 (標準偏差)5.83993 (±532.039999999999964)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ1344160070
Spacing1344160070
セルA: 9273.6 Å / B: 11040 Å / C: 483 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.90000074404766.96.9
M x/y/z1344160070
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z9273.60111040.000483.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS1600134470
D min/max/mean-3296.9594848.8645.840

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Isometrically contracting asynchronous insect flight muscle

全体名称: Isometrically contracting asynchronous insect flight muscle
要素
  • 試料: Isometrically contracting asynchronous insect flight muscle
  • 細胞器官・細胞要素: myofibril

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超分子 #1000: Isometrically contracting asynchronous insect flight muscle

超分子名称: Isometrically contracting asynchronous insect flight muscle
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: This specimen is obtained from a quick frozen, isometrically contracting asynchronous insect flight muscle that has been freeze substituted, plastic embedded, and thin sectioned
集合状態: tissue / Number unique components: 8

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超分子 #1: myofibril

超分子名称: myofibril / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: muscle
詳細: The sample was enblock stained using uranyl acetate and tannic acid, and post stained with lead citrate and potassium permanganate
集合状態: muscle fibril / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Lethocerus indicus (昆虫) / 別称: Water bug / 組織: asynchronous dorsal longitudinal flight muscle / Organelle: myofibril / 細胞中の位置: myooplasm

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法

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試料調製

緩衝液詳細: 20 mM MOPS buffer, 5 mM NaN3, and MgCl2, ATP, CaCl2, and EGTA in varying millimolar concentrations
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Freeze slammed fibers were freeze-substituted in acetone using a tannic aciduranyl acetate sequence, and ultimately embedded in Araldite-506 for thin-section electron microscopy. Ultrathin ...詳細: Freeze slammed fibers were freeze-substituted in acetone using a tannic aciduranyl acetate sequence, and ultimately embedded in Araldite-506 for thin-section electron microscopy. Ultrathin (25-30 nm) longitudinal sections were stained by permanganate-lead.
凍結凍結剤: HELIUM / チャンバー内温度: 4.5 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: modified Heuser Cryopress freezing head
手法: smash against a liquid helium cooled Au-coated Cu mirror

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F224 (2k x 2k)
詳細: Images recorded on a TVIPS Tem-Cam F224 2k x 2k CCD camera
ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm
試料ステージ試料ホルダー: Gatan model 670 Ultrahigh tilt analytical holder
試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -72 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 72 °

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PROTOMO, IMOD
詳細: Two tilt series at 90 degrees to one another were first independently aligned using marker-free alignment and area matching. The two resulting tomograms were then merged by patch correlation ...詳細: Two tilt series at 90 degrees to one another were first independently aligned using marker-free alignment and area matching. The two resulting tomograms were then merged by patch correlation and volume warp using IMOD. Tomogram computed using weighted back projection.
使用した粒子像数: 70

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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