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- EMDB-15602: In situ subtomogram average of Vaccinia virus (WR) D13 lattice, o... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15602
タイトルIn situ subtomogram average of Vaccinia virus (WR) D13 lattice, on immature virions
マップデータ
試料
  • ウイルス: Vaccinia virus WR (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Scaffold protein D13
キーワードPalisade / Lattice / A4 / VIRUS
機能・相同性Poxvirus rifampicin-resistance / Poxvirus rifampicin resistance protein / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / Scaffold protein OPG125
機能・相同性情報
生物種Vaccinia virus WR (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 19.2 Å
データ登録者Calcraft T / Hernandez-Gonzalez M / Nans A / Rosenthal PB / Way M
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
The Francis Crick Institute 英国
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2023
タイトル: A succession of two viral lattices drives vaccinia virus assembly.
著者: Miguel Hernandez-Gonzalez / Thomas Calcraft / Andrea Nans / Peter B Rosenthal / Michael Way /
要旨: During its cytoplasmic replication, vaccinia virus assembles non-infectious spherical immature virions (IV) coated by a viral D13 lattice. Subsequently, IV mature into infectious brick-shaped ...During its cytoplasmic replication, vaccinia virus assembles non-infectious spherical immature virions (IV) coated by a viral D13 lattice. Subsequently, IV mature into infectious brick-shaped intracellular mature virions (IMV) that lack D13. Here, we performed cryo-electron tomography (cryo-ET) of frozen-hydrated vaccinia-infected cells to structurally characterise the maturation process in situ. During IMV formation, a new viral core forms inside IV with a wall consisting of trimeric pillars arranged in a new pseudohexagonal lattice. This lattice appears as a palisade in cross-section. As maturation occurs, which involves a 50% reduction in particle volume, the viral membrane becomes corrugated as it adapts to the newly formed viral core in a process that does not appear to require membrane removal. Our study suggests that the length of this core is determined by the D13 lattice and that the consecutive D13 and palisade lattices control virion shape and dimensions during vaccinia assembly and maturation.
履歴
登録2022年8月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月1日-
マップ公開2023年2月1日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15602.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15602.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.31 Å/pix.
x 192 pix.
= 827.52 Å		4.31 Å/pix.
x 192 pix.
= 827.52 Å		4.31 Å/pix.
x 192 pix.
= 827.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.31 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0285
最小 - 最大-0.096133925 - 0.10956741
平均 (標準偏差)0.000109687695 (±0.018030202)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 827.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15602_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15602_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15602_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Vaccinia virus WR

全体名称: Vaccinia virus WR (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Vaccinia virus WR (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Scaffold protein D13

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超分子 #1: Vaccinia virus WR

超分子名称: Vaccinia virus WR / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: A36-YdF deltaNPF1-3 deltaF11 / NCBI-ID: 10254 / 生物種: Vaccinia virus WR / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Scaffold protein D13

分子名称: Scaffold protein D13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vaccinia virus WR (ウイルス) / 株: Western Reserve
分子量理論値: 61.948531 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MNNTIINSLI GGDDSIKRSN VFAVDSQIPT LYMPQYISLS GVMTNDGPDN QAIASFEIRD QYITALNHLV LSLELPEVKG MGRFGYVPY VGYKCINHVS ISSCNGVIWE IEGEELYNNC INNTIALKHS GYSSELNDIS IGLTPNDTIK EPSTVYVYIK T PFDVEDTF ...文字列:
MNNTIINSLI GGDDSIKRSN VFAVDSQIPT LYMPQYISLS GVMTNDGPDN QAIASFEIRD QYITALNHLV LSLELPEVKG MGRFGYVPY VGYKCINHVS ISSCNGVIWE IEGEELYNNC INNTIALKHS GYSSELNDIS IGLTPNDTIK EPSTVYVYIK T PFDVEDTF SSLKLSDSKI TVTVTFNPVS DIVIRDSSFD FETFNKEFVY VPELSFIGYM VKNVQIKPSF IEKPRRVIGQ IN QPTATVT EVHAATSLSV YTKPYYGNTD NKFISYPGYS QDEKDYIDAY VSRLLDDLVI VSDGPPTGYP ESAEIVEVPE DGI VSIQDA DVYVKIDNVP DNMSVYLHTN LLMFGTRKNS FIYNISKKFS AITGTYSDAT KRTIFAHISH SINIIDTSIP VSLW TSQRN VYNGDNRSAE SKAKDLFIND PFIKGIDFKN KTDIISRLEV RFGNDVLYSE NGPISRIYNE LLTKSNNGTR TLTFN FTPK IFFRPTTITA NVSRGKDKLS VRVVYSTMDV NHPIYYVQKQ LVVVCNDLYK VSYDQGVSIT KIMGDNN

UniProtKB: Scaffold protein OPG125

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 平均電子線量: 1.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 倍率（公称値）: 11600
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用したサブトモグラム数: 34092
抽出トモグラム数: 13 / 使用した粒子像数: 341376
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7vfe


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8arh:
In situ subtomogram average of Vaccinia virus (WR) D13 lattice, on immature virions

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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