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万見- EMDB-15599: In situ subtomogram average of Vaccinia virus (WR) palisade, from IEVs -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15599 | |||||||||
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タイトル | In situ subtomogram average of Vaccinia virus (WR) palisade, from IEVs | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Palisade / Lattice / A4 / VIRUS | |||||||||
生物種 | Vaccinia virus WR (ウイルス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 30.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Calcraft T / Hernandez-Gonzalez M / Nans A / Rosenthal PB / Way M | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2023 タイトル: A succession of two viral lattices drives vaccinia virus assembly. 著者: Miguel Hernandez-Gonzalez / Thomas Calcraft / Andrea Nans / Peter B Rosenthal / Michael Way / 要旨: During its cytoplasmic replication, vaccinia virus assembles non-infectious spherical immature virions (IV) coated by a viral D13 lattice. Subsequently, IV mature into infectious brick-shaped ...During its cytoplasmic replication, vaccinia virus assembles non-infectious spherical immature virions (IV) coated by a viral D13 lattice. Subsequently, IV mature into infectious brick-shaped intracellular mature virions (IMV) that lack D13. Here, we performed cryo-electron tomography (cryo-ET) of frozen-hydrated vaccinia-infected cells to structurally characterise the maturation process in situ. During IMV formation, a new viral core forms inside IV with a wall consisting of trimeric pillars arranged in a new pseudohexagonal lattice. This lattice appears as a palisade in cross-section. As maturation occurs, which involves a 50% reduction in particle volume, the viral membrane becomes corrugated as it adapts to the newly formed viral core in a process that does not appear to require membrane removal. Our study suggests that the length of this core is determined by the D13 lattice and that the consecutive D13 and palisade lattices control virion shape and dimensions during vaccinia assembly and maturation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15599.map.gz | 7.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15599-v30.xml emd-15599.xml | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15599_fsc.xml | 4.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15599.png | 68.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-15599.cif.gz | 4.4 KB | ||
その他 | emd_15599_half_map_1.map.gz emd_15599_half_map_2.map.gz | 6 MB 6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15599 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15599 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15599_validation.pdf.gz | 847.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15599_full_validation.pdf.gz | 847.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15599_validation.xml.gz | 10.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15599_validation.cif.gz | 13.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15599 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15599 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15599.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15599_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15599_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Vaccinia virus WR
全体 | 名称: Vaccinia virus WR (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Vaccinia virus WR
超分子 | 名称: Vaccinia virus WR / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: A36-YdF deltaNPF1-3 deltaF11 / NCBI-ID: 10254 / 生物種: Vaccinia virus WR / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 詳細: 45mA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 平均電子線量: 1.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 8.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 8.0 µm / 倍率(公称値): 11600 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |