[日本語] English
万見
- EMDB-15539: Plasmodium falciparum gametocyte subpellicular microtubule with 1... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15539
タイトルPlasmodium falciparum gametocyte subpellicular microtubule with 18 protofilaments determined in situ
マップデータPlasmodium falciparum gametocyte subpellicular microtubule with 18 protofilaments
試料
  • 細胞: Plasmodium falciparum gametocyte
キーワードCytoskeleton / microtubules / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 24.0 Å
データ登録者Ferreira JL / Prazak V / Vasishtan D / Grunewald K / Siggel M / Hentzschel F / Pietsch E / Kosinski J / Frischknecht F / Gilberger TW
資金援助 フランス, 英国, ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
Human Frontier Science Program (HFSP)LT000024/2020-L フランス
Wellcome Trust107806/Z/15/Z and 209250/Z/17/ Z 英国
German Research Foundation (DFG)SFB 1129, SPP 2332, SPP 2225 and grant FR 2140/10-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Variable microtubule architecture in the malaria parasite.
著者: Josie L Ferreira / Vojtěch Pražák / Daven Vasishtan / Marc Siggel / Franziska Hentzschel / Annika M Binder / Emma Pietsch / Jan Kosinski / Friedrich Frischknecht / Tim W Gilberger / Kay Grünewald /
要旨: Microtubules are a ubiquitous eukaryotic cytoskeletal element typically consisting of 13 protofilaments arranged in a hollow cylinder. This arrangement is considered the canonical form and is adopted ...Microtubules are a ubiquitous eukaryotic cytoskeletal element typically consisting of 13 protofilaments arranged in a hollow cylinder. This arrangement is considered the canonical form and is adopted by most organisms, with rare exceptions. Here, we use in situ electron cryo-tomography and subvolume averaging to analyse the changing microtubule cytoskeleton of Plasmodium falciparum, the causative agent of malaria, throughout its life cycle. Unexpectedly, different parasite forms have distinct microtubule structures coordinated by unique organising centres. In merozoites, the most widely studied form, we observe canonical microtubules. In migrating mosquito forms, the 13 protofilament structure is further reinforced by interrupted luminal helices. Surprisingly, gametocytes contain a wide distribution of microtubule structures ranging from 13 to 18 protofilaments, doublets and triplets. Such a diversity of microtubule structures has not been observed in any other organism to date and is likely evidence of a distinct role in each life cycle form. This data provides a unique view into an unusual microtubule cytoskeleton of a relevant human pathogen.
履歴
登録2022年8月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月15日-
マップ公開2023年3月15日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_15539.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15539.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Plasmodium falciparum gametocyte subpellicular microtubule with 18 protofilaments
ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.712 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.25
最小 - 最大-2.6317682 - 4.1863303
平均 (標準偏差)0.000000000013892 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 536.95996 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Unsharpened half map 1

ファイルemd_15539_half_map_1.map
注釈Unsharpened half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Unsharpened half map 2

ファイルemd_15539_half_map_2.map
注釈Unsharpened half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Plasmodium falciparum gametocyte

全体名称: Plasmodium falciparum gametocyte
要素
  • 細胞: Plasmodium falciparum gametocyte

-
超分子 #1: Plasmodium falciparum gametocyte

超分子名称: Plasmodium falciparum gametocyte / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Subpellicular microtubules
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

-
試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: RPMI
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細FIB-milled Plasmodium falciparum gametocytes

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 26000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 9.0 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 20 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C18 (18回回転対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET / 使用したサブトモグラム数: 15045
抽出トモグラム数: 20 / 使用した粒子像数: 15045
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る