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タイトルVariable microtubule architecture in the malaria parasite.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 1216, Year 2023
掲載日2023年3月3日
著者Josie L Ferreira / Vojtěch Pražák / Daven Vasishtan / Marc Siggel / Franziska Hentzschel / Annika M Binder / Emma Pietsch / Jan Kosinski / Friedrich Frischknecht / Tim W Gilberger / Kay Grünewald /
PubMed 要旨Microtubules are a ubiquitous eukaryotic cytoskeletal element typically consisting of 13 protofilaments arranged in a hollow cylinder. This arrangement is considered the canonical form and is adopted ...Microtubules are a ubiquitous eukaryotic cytoskeletal element typically consisting of 13 protofilaments arranged in a hollow cylinder. This arrangement is considered the canonical form and is adopted by most organisms, with rare exceptions. Here, we use in situ electron cryo-tomography and subvolume averaging to analyse the changing microtubule cytoskeleton of Plasmodium falciparum, the causative agent of malaria, throughout its life cycle. Unexpectedly, different parasite forms have distinct microtubule structures coordinated by unique organising centres. In merozoites, the most widely studied form, we observe canonical microtubules. In migrating mosquito forms, the 13 protofilament structure is further reinforced by interrupted luminal helices. Surprisingly, gametocytes contain a wide distribution of microtubule structures ranging from 13 to 18 protofilaments, doublets and triplets. Such a diversity of microtubule structures has not been observed in any other organism to date and is likely evidence of a distinct role in each life cycle form. This data provides a unique view into an unusual microtubule cytoskeleton of a relevant human pathogen.
リンクNat Commun / PubMed:36869034 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度20.0 - 34.0 Å
構造データ

EMDB-15532: Plasmodium falciparum sporozoite subpellicular microtubule with interrupted luminal helix determined in situ
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-15534: Plasmodium falciparum gametocyte subpellicular microtubule with 13 protofilaments determined in situ
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 33.0 Å

EMDB-15535: Plasmodium falciparum gametocyte subpellicular microtubule with 14 protofilaments determined in situ
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 24.0 Å

EMDB-15536: Plasmodium falciparum gametocyte subpellicular microtubule with 15 protofilaments determined in situ
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 34.0 Å

EMDB-15537: Plasmodium falciparum gametocyte subpellicular microtubule with 16 protofilaments determined in situ
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 23.0 Å

EMDB-15538: Plasmodium falciparum gametocyte subpellicular microtubule with 17 protofilaments determined in situ
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-15539: Plasmodium falciparum gametocyte subpellicular microtubule with 18 protofilaments determined in situ
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 24.0 Å

由来
  • Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫)
  • Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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