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- EMDB-15420: Structure of yeast oligosaccharylransferase complex with lipid-li... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15420
タイトルStructure of yeast oligosaccharylransferase complex with lipid-linked oligosaccharide and non-acceptor peptide bound
マップデータ
試料
  • 複合体: Yeast OST complex with lipid-linked oligosaccharide and non-acceptor peptide bound
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
  • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 6種
キーワードN-glycosylation OST complex / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


: / oligosaccharyltransferase complex / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / protein N-linked glycosylation / protein glycosylation / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DAD/Ost2 / Oligosaccharyltransferase complex subunit / DAD family / Oligosaccharyltransferase subunit 5 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48kDa subunit / Oligosaccharyltransferase 48 kDa subunit beta / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit Swp1 / Oligosaccharyltransferase subunit Ribophorin II / Oligosaccaryltransferase / Oligosaccharyltransferase subunit ost4p superfamily ...DAD/Ost2 / Oligosaccharyltransferase complex subunit / DAD family / Oligosaccharyltransferase subunit 5 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48kDa subunit / Oligosaccharyltransferase 48 kDa subunit beta / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit Swp1 / Oligosaccharyltransferase subunit Ribophorin II / Oligosaccaryltransferase / Oligosaccharyltransferase subunit ost4p superfamily / Oligosaccaryltransferase / Ribophorin I / Ribophorin I / Oligosaccharyl transferase complex, subunit OST3/OST6 / OST3 / OST6 family, transporter family / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1 / dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase / OST3 isoform 1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 2 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST2 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit WBP1 / OST4 isoform 1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ramirez AS / de Capitani M / Pesciullesi G / Kowal J / Bloch JS / Irobalieva RN / Aebi M / Reymond JL / Locher KP
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular basis for glycan recognition and reaction priming of eukaryotic oligosaccharyltransferase.
著者: Ana S Ramírez / Mario de Capitani / Giorgio Pesciullesi / Julia Kowal / Joël S Bloch / Rossitza N Irobalieva / Jean-Louis Reymond / Markus Aebi / Kaspar P Locher /
要旨: Oligosaccharyltransferase (OST) is the central enzyme of N-linked protein glycosylation. It catalyzes the transfer of a pre-assembled glycan, GlcNAcManGlc, from a dolichyl-pyrophosphate donor to ...Oligosaccharyltransferase (OST) is the central enzyme of N-linked protein glycosylation. It catalyzes the transfer of a pre-assembled glycan, GlcNAcManGlc, from a dolichyl-pyrophosphate donor to acceptor sites in secretory proteins in the lumen of the endoplasmic reticulum. Precise recognition of the fully assembled glycan by OST is essential for the subsequent quality control steps of glycoprotein biosynthesis. However, the molecular basis of the OST-donor glycan interaction is unknown. Here we present cryo-EM structures of S. cerevisiae OST in distinct functional states. Our findings reveal that the terminal glucoses (Glc) of a chemo-enzymatically generated donor glycan analog bind to a pocket formed by the non-catalytic subunits WBP1 and OST2. We further find that binding either donor or acceptor substrate leads to distinct primed states of OST, where subsequent binding of the other substrate triggers conformational changes required for catalysis. This alternate priming allows OST to efficiently process closely spaced N-glycosylation sites.
履歴
登録2022年7月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月7日-
マップ公開2022年12月7日-
更新2023年10月18日-
現状2023年10月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15420.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15420.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 384 pix.
= 326.4 Å		0.85 Å/pix.
x 384 pix.
= 326.4 Å		0.85 Å/pix.
x 384 pix.
= 326.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.386
最小 - 最大-1.0776811 - 2.1983266
平均 (標準偏差)0.0022371972 (±0.0616464)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 326.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15420_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_15420_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Yeast OST complex with lipid-linked oligosaccharide and non-accep...

全体名称: Yeast OST complex with lipid-linked oligosaccharide and non-acceptor peptide bound
要素
  • 複合体: Yeast OST complex with lipid-linked oligosaccharide and non-acceptor peptide bound
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase
    • タンパク質・ペプチド: OST4 isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST5
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST2
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit WBP1
    • タンパク質・ペプチド: OST3 isoform 1
  • タンパク質・ペプチド: PEPTIDE
  • リガンド: phosphono [(3~{R},6~{E},10~{E})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-6,10,14-trienyl] hydrogen phosphate
  • リガンド: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 2-[3,6-bis(dimethylamino)xanthen-9-yl]-5-methanoyl-benzoate

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超分子 #1: Yeast OST complex with lipid-linked oligosaccharide and non-accep...

超分子名称: Yeast OST complex with lipid-linked oligosaccharide and non-acceptor peptide bound
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 284 KDa

+
分子 #1: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 81.604539 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MGSDRSCVLS VFQTILKLVI FVAIFGAAIS SRLFAVIKFE SIIHEFDPWF NYRATKYLVN NSFYKFLNWF DDRTWYPLGR VTGGTLYPG LMTTSAFIWH ALRNWLGLPI DIRNVCVLFA PLFSGVTAWA TYEFTKEIKD ASAGLLAAGF IAIVPGYISR S VAGSYDNE ...文字列:
MGSDRSCVLS VFQTILKLVI FVAIFGAAIS SRLFAVIKFE SIIHEFDPWF NYRATKYLVN NSFYKFLNWF DDRTWYPLGR VTGGTLYPG LMTTSAFIWH ALRNWLGLPI DIRNVCVLFA PLFSGVTAWA TYEFTKEIKD ASAGLLAAGF IAIVPGYISR S VAGSYDNE AIAITLLMVT FMFWIKAQKT GSIMHATCAA LFYFYMVSAW GGYVFITNLI PLHVFLLILM GRYSSKLYSA YT TWYAIGT VASMQIPFVG FLPIRSNDHM AALGVFGLIQ IVAFGDFVKG QISTAKFKVI MMVSLFLILV LGVVGLSALT YMG LIAPWT GRFYSLWDTN YAKIHIPIIA SVSEHQPVSW PAFFFDTHFL IWLFPAGVFL LFLDLKDEHV FVIAYSVLCS YFAG VMVRL MLTLTPVICV SAAVALSKIF DIYLDFKTSD RKYAIKPAAL LAKLIVSGSF IFYLYLFVFH STWVTRTAYS SPSVV LPSQ TPDGKLALID DFREAYYWLR MNSDEDSKVA AWWDYGYQIG GMADRTTLVD NNTWNNTHIA IVGKAMASPE EKSYEI LKE HDVDYVLVIF GGLIGFGGDD INKFLWMIRI SEGIWPEEIK ERDFYTAEGE YRVDARASET MRNSLLYKMS YKDFPQL FN GGQATDRVRQ QMITPLDVPP LDYFDEVFTS ENWMVRIYQL KKDDAQGRTL RDVGELTRSS TKTRRSIKRP ELGLRV

UniProtKB: dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase

+
分子 #2: OST4 isoform 1

分子名称: OST4 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 6.871818 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MISDEQLNSL AITFGIVMMT LIVIYHAVDS TMSPKNRTLQ VDGGSGGSLE VLFQGPTETS QVAPA

UniProtKB: OST4 isoform 1

+
分子 #3: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 9.52509 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MTYEQLYKEF HSSKSFQPFI HLDTQPKFAI CGLIVTLAVL SSALFAVGSK SSYIKKLFFY TILSVIGSLF AGLTTVFASN SFGVYV

UniProtKB: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST5

+
分子 #4: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 14.712531 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MAKAPKANTP KVTSTSSAVL TDFQETFKTS KRAYFAQIEK YPKLKLIDTF CFFLVLLGVI QCTFIILIRD NFPFNAFLAG FIICVGQFV LLMSLRLQLC NSFPGISKNR AFAEFIVASL ILHFVCLHFI N

UniProtKB: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST2

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分子 #5: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 54.116477 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MRQVWFSWIV GLFLCFFNVS SAAQYEPPAT WENVDYKRTI DVSNAYISET IEITIKNIAS EPATEYFTAF ESGIFSKVSF FSAYFTNEA TFLNSQLLAN STTAPGDDGE SEIRYGIIQF PNAISPQEEV SLVIKSFYNT VGIPYPEHVG MSEEQHLLWE T NRLPLSAY ...文字列:
MRQVWFSWIV GLFLCFFNVS SAAQYEPPAT WENVDYKRTI DVSNAYISET IEITIKNIAS EPATEYFTAF ESGIFSKVSF FSAYFTNEA TFLNSQLLAN STTAPGDDGE SEIRYGIIQF PNAISPQEEV SLVIKSFYNT VGIPYPEHVG MSEEQHLLWE T NRLPLSAY DTKKASFTLI GSSSFEEYHP PNDESLLGKA NGNSFEFGPW EDIPRFSSNE TLAIVYSHNA PLNQVVNLRR DI WLSHWAS TIQFEEYYEL TNKAAKLSKG FSRLELMKQI QTQNMRQTHF VTVLDMLLPE GATDHYFTDL VGLVSTSHAE RDH FFIRPR FPIFGGWNYN FTVGWTNKLS DFLHVSSGSD EKFVASIPIL NGPPDTVYDN VELSVFLPEG AEIFDIDSPV PFTN VSIET QKSYFDLNKG HVKLTFSYRN LISQVANGQV LIKYDYPKSS FFKKPLSIAC YIFTALMGVF VLKTLNMNVT N

UniProtKB: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1

+
分子 #6: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 31.340443 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MQFFKTLAAL VSCISFVLAY VAQDVHVSFP STAGKSRVMI GKVEPRIGID ETVPTTITVE DPNEVIQVNF AIESTNKPFQ NTLLIGLPN KNLEMAFEPE IKDNGKLSMY KYRIDLAKLD AALLQEASRS PEPIKATLIL ASSTAKPKEN LFREILQLNL N FDVDHSDS ...文字列:
MQFFKTLAAL VSCISFVLAY VAQDVHVSFP STAGKSRVMI GKVEPRIGID ETVPTTITVE DPNEVIQVNF AIESTNKPFQ NTLLIGLPN KNLEMAFEPE IKDNGKLSMY KYRIDLAKLD AALLQEASRS PEPIKATLIL ASSTAKPKEN LFREILQLNL N FDVDHSDS SLVDKFGIKP EIHHIFHAEP KRVAKPIAVI FVLIIFITIL SLIVTWLNSC AAAFNNIPTG VTAVYFLGFI AT IVGFEVI FARYYLGTSI FETLFSSLYL GAPGLLTSTK FLRSFG

UniProtKB: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 2

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分子 #7: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit WBP1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 49.444438 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MRTDWNFFFC ILLQAIFVVG TQTSRTLVLY DQSTEPLEEY SVYLKDLEQR NYKLEYLDIN STSTTVDLYD KEQRLFDNII VFPTKGGKN LARQIPVKQL IKFFENEGNI LCMSSPGAVP NTIRLFLNEL GIYPSPKGHV IRDYFSPSSE ELVVSSNHLL N KYVYNARK ...文字列:
MRTDWNFFFC ILLQAIFVVG TQTSRTLVLY DQSTEPLEEY SVYLKDLEQR NYKLEYLDIN STSTTVDLYD KEQRLFDNII VFPTKGGKN LARQIPVKQL IKFFENEGNI LCMSSPGAVP NTIRLFLNEL GIYPSPKGHV IRDYFSPSSE ELVVSSNHLL N KYVYNARK SEDFVFGESS AALLENREQI VPILNAPRTS FTESKGKCNS WTSGSQGFLV VGFQNLNNAR LVWIGSSDFL KN KNQDSNQ EFAKELLKWT FNEKSVIKSV HAVHSHADGT SYDEEPYKIK DKVIYSVGFS EWNGEEWLPH IADDIQFELR QVD PYYRLT LSPSGNDSET QYYTTGEFIL PDRHGVFTFL TDYRKIGLSF TTDKDVKAIR HLANDEYPRS WEISNSWVYI SAIC GVIVA WIFFVVSFVT TSSVGKKLET FKKTN

UniProtKB: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit WBP1

+
分子 #8: OST3 isoform 1

分子名称: OST3 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 39.51816 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MNWLFLVSLV FFCGVSTHPA LAMSSNRLLK LANKSPKKII PLKDSSFENI LAPPHENAYI VALFTATAPE IGCSLCLELE SEYDTIVAS WFDDHPDAKS SNSDTSIFFT KVNLEDPSKT IPKAFQFFQL NNVPRLFIFK PNSPSILDHS VISISTDTGS E RMKQIIQA ...文字列:
MNWLFLVSLV FFCGVSTHPA LAMSSNRLLK LANKSPKKII PLKDSSFENI LAPPHENAYI VALFTATAPE IGCSLCLELE SEYDTIVAS WFDDHPDAKS SNSDTSIFFT KVNLEDPSKT IPKAFQFFQL NNVPRLFIFK PNSPSILDHS VISISTDTGS E RMKQIIQA IKQFSQVNDF SLHLPMDWTP IITSTIITFI TVLLFKKQSK LMFSIISSRI IWATLSTFFI ICMISAYMFN QI RNTQLAG VGPKGEVMYF LPNEFQHQFA IETQVMVLIY GTLAALVVVL VKGIQFLRSH LYPETKKAYF IDAILASFCA LFI YVFFAA LTTVFTIKSP AYPFPLLRLS APFK

UniProtKB: OST3 isoform 1

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分子 #9: PEPTIDE

分子名称: PEPTIDE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 682.723 Da
配列文字列:
YA(DAB)ATSA

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分子 #13: phosphono [(3~{R},6~{E},10~{E})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-6,1...

分子名称: phosphono [(3~{R},6~{E},10~{E})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-6,10,14-trienyl] hydrogen phosphate
タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: ELU
分子量理論値: 452.459 Da
Chemical component information

ChemComp-ELU:
phosphono [(3~{R},6~{E},10~{E})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-6,10,14-trienyl] hydrogen phosphate

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分子 #14: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 4 / 式: CPL
分子量理論値: 758.06 Da
Chemical component information

ChemComp-CPL:
1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

+
分子 #15: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

+
分子 #16: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

+
分子 #17: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

+
分子 #18: 2-[3,6-bis(dimethylamino)xanthen-9-yl]-5-methanoyl-benzoate

分子名称: 2-[3,6-bis(dimethylamino)xanthen-9-yl]-5-methanoyl-benzoate
タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: 323
分子量理論値: 414.453 Da
Chemical component information

ChemComp-323:
2-[3,6-bis(dimethylamino)xanthen-9-yl]-5-methanoyl-benzoate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 64.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6ezn

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 75382
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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