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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Consensus map of dynein-dynactin-BICDR on microtubules | ||||||||||||
![]() | Consensus map of Dynein-Dynactin-BICDR on microtubules | ||||||||||||
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生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.33 Å | ||||||||||||
![]() | Chaaban S / Carter AP | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of dynein-dynactin on microtubules shows tandem adaptor binding. 著者: Sami Chaaban / Andrew P Carter / ![]() 要旨: Cytoplasmic dynein is a microtubule motor that is activated by its cofactor dynactin and a coiled-coil cargo adaptor. Up to two dynein dimers can be recruited per dynactin, and interactions between ...Cytoplasmic dynein is a microtubule motor that is activated by its cofactor dynactin and a coiled-coil cargo adaptor. Up to two dynein dimers can be recruited per dynactin, and interactions between them affect their combined motile behaviour. Different coiled-coil adaptors are linked to different cargos, and some share motifs known to contact sites on dynein and dynactin. There is limited structural information on how the resulting complex interacts with microtubules and how adaptors are recruited. Here we develop a cryo-electron microscopy processing pipeline to solve the high-resolution structure of dynein-dynactin and the adaptor BICDR1 bound to microtubules. This reveals the asymmetric interactions between neighbouring dynein motor domains and how they relate to motile behaviour. We found that two adaptors occupy the complex. Both adaptors make similar interactions with the dyneins but diverge in their contacts with each other and dynactin. Our structure has implications for the stability and stoichiometry of motor recruitment by cargos. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 202.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23.6 KB 23.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 17.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 75 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 216 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 193.9 MB 193.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 630.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 629.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Consensus map of Dynein-Dynactin-BICDR on microtubules | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.489 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 of Dynein-Dynactin-BICDR on microtubules
ファイル | emd_15396_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 of Dynein-Dynactin-BICDR on microtubules | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2 of Dynein-Dynactin-BICDR on microtubules
ファイル | emd_15396_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 of Dynein-Dynactin-BICDR on microtubules | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Complex of dynein, dynactin, and BICDR1 bound to microtubules
全体 | 名称: Complex of dynein, dynactin, and BICDR1 bound to microtubules |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of dynein, dynactin, and BICDR1 bound to microtubules
超分子 | 名称: Complex of dynein, dynactin, and BICDR1 bound to microtubules タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7 |
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分子量 | 理論値: 4 MDa |
-超分子 #2: Dynein, cytoplasmic 1
超分子 | 名称: Dynein, cytoplasmic 1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #13-#16 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 1.4 MDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: Dynactin
超分子 | 名称: Dynactin / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#10 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 1.1 MDa |
-超分子 #4: BICDR1
超分子 | 名称: BICDR1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #11 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 130 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 20 second incubation. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 14 / 実像数: 88715 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 53.0 e/Å2 詳細: Images were collected in movie-mode and fractionated into 53 movie frames |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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