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万見
- EMDB-15290: Core SusCD transporter units from the levan utilisome with levan ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15290
タイトルCore SusCD transporter units from the levan utilisome with levan fructo-oligosaccharides DP 8-12
マップデータPost-processed map with ad-hoc low-pass filter of 3.0 A
試料
  • 複合体: Levan utilisation machinery (utilisome) in the presence of levan fructo-oligosaccharides DP 8-12
    • タンパク質・ペプチド: SusD homolog
    • タンパク質・ペプチド: SusC homolog
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードMembrane protein transporter / glycan transporter / SusCD / utilisome / TonB dependent transporter / TBDT / levan / TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CarboxypepD_reg-like domain / TonB-dependent outer membrane protein, SusC/RagA / TonB-dependent outer membrane protein SusC/RagA, conserved site / SusD-like, N-terminal / Starch-binding associating with outer membrane / RagB/SusD domain / SusD family / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel ...CarboxypepD_reg-like domain / TonB-dependent outer membrane protein, SusC/RagA / TonB-dependent outer membrane protein SusC/RagA, conserved site / SusD-like, N-terminal / Starch-binding associating with outer membrane / RagB/SusD domain / SusD family / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
SusC homolog / SusD homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者White JBR / Silale A / Ranson NA / van den Berg B
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust215064/Z/18/Z 英国
Wellcome Trust214222/Z/18/Z 英国
Wellcome Trust108466/Z/15/Z 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Outer membrane utilisomes mediate glycan uptake in gut Bacteroidetes.
著者: Joshua B R White / Augustinas Silale / Matthew Feasey / Tiaan Heunis / Yiling Zhu / Hong Zheng / Akshada Gajbhiye / Susan Firbank / Arnaud Baslé / Matthias Trost / David N Bolam / Bert van ...著者: Joshua B R White / Augustinas Silale / Matthew Feasey / Tiaan Heunis / Yiling Zhu / Hong Zheng / Akshada Gajbhiye / Susan Firbank / Arnaud Baslé / Matthias Trost / David N Bolam / Bert van den Berg / Neil A Ranson /
要旨: Bacteroidetes are abundant members of the human microbiota, utilizing a myriad of diet- and host-derived glycans in the distal gut. Glycan uptake across the bacterial outer membrane of these bacteria ...Bacteroidetes are abundant members of the human microbiota, utilizing a myriad of diet- and host-derived glycans in the distal gut. Glycan uptake across the bacterial outer membrane of these bacteria is mediated by SusCD protein complexes, comprising a membrane-embedded barrel and a lipoprotein lid, which is thought to open and close to facilitate substrate binding and transport. However, surface-exposed glycan-binding proteins and glycoside hydrolases also play critical roles in the capture, processing and transport of large glycan chains. The interactions between these components in the outer membrane are poorly understood, despite being crucial for nutrient acquisition by our colonic microbiota. Here we show that for both the levan and dextran utilization systems of Bacteroides thetaiotaomicron, the additional outer membrane components assemble on the core SusCD transporter, forming stable glycan-utilizing machines that we term utilisomes. Single-particle cryogenic electron microscopy structures in the absence and presence of substrate reveal concerted conformational changes that demonstrate the mechanism of substrate capture, and rationalize the role of each component in the utilisome.
履歴
登録2022年6月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月7日-
マップ公開2023年6月7日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15290.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15290.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Post-processed map with ad-hoc low-pass filter of 3.0 A
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 319.5 Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 319.5 Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 319.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.065 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.067
最小 - 最大-0.08193614 - 0.21125019
平均 (標準偏差)0.00060762966 (±0.006079973)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 319.50003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15290_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Unsharpened map from 3D refinement

ファイルemd_15290_additional_1.map
注釈Unsharpened map from 3D refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15290_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15290_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Levan utilisation machinery (utilisome) in the presence of levan ...

全体名称: Levan utilisation machinery (utilisome) in the presence of levan fructo-oligosaccharides DP 8-12
要素
  • 複合体: Levan utilisation machinery (utilisome) in the presence of levan fructo-oligosaccharides DP 8-12
    • タンパク質・ペプチド: SusD homolog
    • タンパク質・ペプチド: SusC homolog
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Levan utilisation machinery (utilisome) in the presence of levan ...

超分子名称: Levan utilisation machinery (utilisome) in the presence of levan fructo-oligosaccharides DP 8-12
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: Sample for EM experiments was the purified levan utilisome (Bt1760-Bt1763) in the presence of levan-fructo-oligosaccharides DP 8-12. Particle subtraction and focused refinement were used to ...詳細: Sample for EM experiments was the purified levan utilisome (Bt1760-Bt1763) in the presence of levan-fructo-oligosaccharides DP 8-12. Particle subtraction and focused refinement were used to generate a map of the core SusC2D2 transport unit with bound fructo-oligosaccharides.
由来(天然)生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

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分子 #1: SusD homolog

分子名称: SusD homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482
分子量理論値: 66.142625 KDa
組換発現生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
配列文字列: MKKIIYIATI GITLLTTSCD DFLDRQVPQG IVTGDQIASP EYVDNLVISA YAIWATGDDI NSSFSLWNYD VRSDDCYKGG SGTEDGGVF NALEISKGIN TTDWNINDIW KRLYQCITRA NTALQSLDQM DEKTYPLKNQ RIAEMRFLRG HAHFMLKQLF K KIVIVNDE ...文字列:
MKKIIYIATI GITLLTTSCD DFLDRQVPQG IVTGDQIASP EYVDNLVISA YAIWATGDDI NSSFSLWNYD VRSDDCYKGG SGTEDGGVF NALEISKGIN TTDWNINDIW KRLYQCITRA NTALQSLDQM DEKTYPLKNQ RIAEMRFLRG HAHFMLKQLF K KIVIVNDE NMEPDAYNEL SNTTYTNDEQ WQKIADDFQF AYDNLPEVQI EKGRPAQAAA AAYLAKTYLY KAYRQDGADN AL TGINEED LKQVVKYTDP LIMAKGGYGL ETDYSMNFLP QYENGAESVW AIQYSINDGT YNGNLNWGMG LTTPQILGCC DFH KPSQNL VNAFKTDSQG KPLFSTYDNE NYEVATDNVD PRLFHTVGMP GFPYKYNEGY IIQKNDDWSR SKGLYGYYVS LKEN VDPDC DCLKKGSYWA SSLNHIVIRY ADVLLMRAEA LIQLNDGRIT DAISLINEVR SRAAGSTMLI FNYKEDYGVN FKVTP YDLK AYAQDEAMKM LKWERRVEFG MESSRFFDLV RWGEAKDVIN AYYVTEASRC SIYKNAGFTE NKNEYLPVPF EQISAS NGN YTQNFGWAAA AHHHHHH

UniProtKB: SusD homolog

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分子 #2: SusC homolog

分子名称: SusC homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482
分子量理論値: 115.483602 KDa
組換発現生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
配列文字列: MPGIMKNKKL LCSVCFLFAF MSALWGQNIT VKGNVTSKTD GQPIIGASVV ETTATTNGTI TDFDGNFTLS VPVNSTLKIT YIGYKPVTV KAAAIVNVLL EEDTQMVDEV VVTGYTTQRK ADLTGAVSVV KVDEIQKQGE NNPVKALQGR VPGMNITADG N PSGSATVR ...文字列:
MPGIMKNKKL LCSVCFLFAF MSALWGQNIT VKGNVTSKTD GQPIIGASVV ETTATTNGTI TDFDGNFTLS VPVNSTLKIT YIGYKPVTV KAAAIVNVLL EEDTQMVDEV VVTGYTTQRK ADLTGAVSVV KVDEIQKQGE NNPVKALQGR VPGMNITADG N PSGSATVR IRGIGTLNNN DPLYIIDGVP TKAGMHELNG NDIESIQVLK DAASASIYGS RAANGVIIIT TKQGKKGQIK IN FDASVSA SMYQSKMNVL NTEQYGRAMW QAYVNDGENP NGNALGYAYN WGYNADGNPV LYGMTLSKYL DSKNTMPVAD TDW FDEITR TGVIQQYNLS VSNGSEKGSS FFSLGYYKNL GVIKDTDFDR FSARMNSDYK LIDDILTIGQ HFTLNRTSEV QAPG GIIET ALDIPSAIPV YASDGSWGGP VGGWPDRRNP RAVLEYNKDN RYTYWRMFGD AYVNLTPFKG FNLRSTFGLD YANKQ ARYF TYPYQEGTQT NNGKSAVEAK QEHWTKWMWN AIATYQLEVG KHRGDVMIGM ELNREDDSHF SGYKEDFSIL TPDYMW PDA GSGTAQAYGA GEGYSLVSFF GKMNYSYADR YLLSLTLRRD GSSRFGKNHR YATFPSVSLG WRITQENFMK ELTWLDD LK LRASWGQTGN QEISNLARYT IYAPNYGTTD SFGGQSYGTA YDITGSNGGG VLPSGFKRNQ IGNDNIKWET TTQTNVGI D FSLFKQSLYG SLEYYYKKAT DILTEMAGVG VLGEGGSRWI NSGAMKNQGF EFNLGYRNKT AFGLTYDLNG NISTYRNEI LELPETVAAN GKFGGNGVKS VVGHTYGAQV GYIADGIFKS QDEVDNHATQ EGAAVGRIRY RDIDHNGVID ERDQNWIYDP TPSFSYGLN IYLEYKNFDL TMFWQGVQGV DIISDVKKKS DFWSASNVGF LNKGTRLLNA WSPTNPNSDI PALTRSDTNN E QRVSTYFV ENGSFLKLRN IQLGYTVPAV ISKKMRMDRL RFYCSAQNLL TIKSKNFTGE DPENPNFSYP IPVNITFGLN IG F

UniProtKB: SusC homolog

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMHEPES
100.0 mMsodium chlorideNaCl
0.03 % w/vDDM

詳細: Supplemented with 0.5 mM levan fructo-oligosaccharides DP 8-12
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: 30 mA current
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 35.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 3.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 54736
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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