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- EMDB-15284: Cryo-EM structure of USP1-UAF1 bound to FANCI and mono-ubiquitina... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15284
タイトルCryo-EM structure of USP1-UAF1 bound to FANCI and mono-ubiquitinated FANCD2 without ML323 (consensus reconstruction)
マップデータGlobally sharpened map
試料
  • 複合体: USP1(C90S)-UAF1 bound to FANCI and mono-ubiquitinated FANCD2 with dsDNA
    • 複合体: Fanconi anemia group I protein, Fanconi anemia group D2 protein with ubiquitin conjugated to K561, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1, WD repeat-containing protein 48
      • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia group I protein
      • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia group D2 protein
      • タンパク質・ペプチド: Polyubiquitin-C
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1
      • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing protein 48
      • DNA: DNA (61-MER)
  • リガンド: ZINC ION
キーワードDeubiquitinase / Complex / Enzyme-Substrate / Inhibitor / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein monoubiquitination / positive regulation of error-prone translesion synthesis / Signaling by cytosolic PDGFRA and PDGFRB fusion proteins / regulation of CD40 signaling pathway / double-strand break repair involved in meiotic recombination / gamete generation / monoubiquitinated protein deubiquitination / homologous chromosome pairing at meiosis / regulation of regulatory T cell differentiation / neuronal stem cell population maintenance ...regulation of protein monoubiquitination / positive regulation of error-prone translesion synthesis / Signaling by cytosolic PDGFRA and PDGFRB fusion proteins / regulation of CD40 signaling pathway / double-strand break repair involved in meiotic recombination / gamete generation / monoubiquitinated protein deubiquitination / homologous chromosome pairing at meiosis / regulation of regulatory T cell differentiation / neuronal stem cell population maintenance / brain morphogenesis / deubiquitinase activator activity / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / DNA repair complex / skeletal system morphogenesis / skin development / seminiferous tubule development / homeostasis of number of cells / protein deubiquitination / embryonic organ development / single fertilization / interstrand cross-link repair / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / regulation of DNA repair / response to UV / condensed chromosome / DNA polymerase binding / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / p75NTR recruits signalling complexes / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / NF-kB is activated and signals survival / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Pexophagy / NRIF signals cell death from the nucleus / VLDLR internalisation and degradation / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / positive regulation of epithelial cell proliferation / Translesion synthesis by REV1 / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLK / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Josephin domain DUBs / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / ubiquitin binding / Translesion synthesis by POLI / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / positive regulation of protein ubiquitination / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / skeletal system development / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / TCF dependent signaling in response to WNT / response to gamma radiation / Asymmetric localization of PCP proteins / Regulation of NF-kappa B signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling
類似検索 - 分子機能
WDR48/Bun107 / Ubiquitin specific peptidase 1 / : / Domain of unknown function (DUF3337) / Fanconi anemia group I protein / FANCI solenoid 1 cap / FANCI solenoid 1 domain / FANCI helical domain 1 / FANCI helical domain 2 / FANCI solenoid 3 domain ...WDR48/Bun107 / Ubiquitin specific peptidase 1 / : / Domain of unknown function (DUF3337) / Fanconi anemia group I protein / FANCI solenoid 1 cap / FANCI solenoid 1 domain / FANCI helical domain 1 / FANCI helical domain 2 / FANCI solenoid 3 domain / FANCI solenoid 4 domain / FANCI solenoid 2 domain / FANCI solenoid 1 cap / FANCI solenoid 1 / FANCI solenoid 2 / FANCI solenoid 3 / FANCI solenoid 4 / FANCI helical domain 1 / FANCI helical domain 2 / Fanconi anaemia protein FANCD2 / Fanconi anaemia protein FancD2 nuclease / : / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Papain-like cysteine peptidase superfamily / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / WD domain, G-beta repeat / Ubiquitin-like domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1 / Polyubiquitin-C / WD repeat-containing protein 48 / Fanconi anemia group D2 protein / Fanconi anemia group I protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Rennie ML / Walden H
資金援助European Union, 英国, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)ERC-2015-CoG-681582European Union
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_12016/12 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM reveals a mechanism of USP1 inhibition through a cryptic binding site.
著者: Martin L Rennie / Connor Arkinson / Viduth K Chaugule / Helen Walden /
要旨: Repair of DNA damage is critical to genomic integrity and frequently disrupted in cancers. Ubiquitin-specific protease 1 (USP1), a nucleus-localized deubiquitinase, lies at the interface of multiple ...Repair of DNA damage is critical to genomic integrity and frequently disrupted in cancers. Ubiquitin-specific protease 1 (USP1), a nucleus-localized deubiquitinase, lies at the interface of multiple DNA repair pathways and is a promising drug target for certain cancers. Although multiple inhibitors of this enzyme, including one in phase 1 clinical trials, have been established, their binding mode is unknown. Here, we use cryo-electron microscopy to study an assembled enzyme-substrate-inhibitor complex of USP1 and the well-established inhibitor, ML323. Achieving 2.5-Å resolution, with and without ML323, we find an unusual binding mode in which the inhibitor disrupts part of the hydrophobic core of USP1. The consequent conformational changes in the secondary structure lead to subtle rearrangements in the active site that underlie the mechanism of inhibition. These structures provide a platform for structure-based drug design targeting USP1.
履歴
登録2022年6月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月12日-
マップ公開2022年10月12日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15284.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15284.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Globally sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.2 Å		1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.2 Å		1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.8
最小 - 最大-4.965067 - 7.4988832
平均 (標準偏差)0.0000413695 (±0.13127278)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 339.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15284_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15284_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15284_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : USP1(C90S)-UAF1 bound to FANCI and mono-ubiquitinated FANCD2 with...

全体名称: USP1(C90S)-UAF1 bound to FANCI and mono-ubiquitinated FANCD2 with dsDNA
要素
  • 複合体: USP1(C90S)-UAF1 bound to FANCI and mono-ubiquitinated FANCD2 with dsDNA
    • 複合体: Fanconi anemia group I protein, Fanconi anemia group D2 protein with ubiquitin conjugated to K561, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1, WD repeat-containing protein 48
      • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia group I protein
      • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia group D2 protein
      • タンパク質・ペプチド: Polyubiquitin-C
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1
      • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing protein 48
      • DNA: DNA (61-MER)
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: USP1(C90S)-UAF1 bound to FANCI and mono-ubiquitinated FANCD2 with...

超分子名称: USP1(C90S)-UAF1 bound to FANCI and mono-ubiquitinated FANCD2 with dsDNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6

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超分子 #2: Fanconi anemia group I protein, Fanconi anemia group D2 protein w...

超分子名称: Fanconi anemia group I protein, Fanconi anemia group D2 protein with ubiquitin conjugated to K561, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1, WD repeat-containing protein 48
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Fanconi anemia group I protein

分子名称: Fanconi anemia group I protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 150.459125 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHMDQ KILSLAAEKT ADKLQEFLQT LREGDLTNLL QNQAVKGKVA GALLRAIFKG SPCSEEAGTL RRRKIYTCCI QLVESGDLQ KEIASEIIGL LMLEAHHFPG PLLVELANEF ISAVREGSLV NGKSLELLPI ILTALATKKE NLAYGKGVLS G EECKKQLI ...文字列:
MHHHHHHMDQ KILSLAAEKT ADKLQEFLQT LREGDLTNLL QNQAVKGKVA GALLRAIFKG SPCSEEAGTL RRRKIYTCCI QLVESGDLQ KEIASEIIGL LMLEAHHFPG PLLVELANEF ISAVREGSLV NGKSLELLPI ILTALATKKE NLAYGKGVLS G EECKKQLI NTLCSGRWDQ QYVIQLTSMF KDVPLTAEEV EFVVEKALSM FSKMNLQEIP PLVYQLLVLS SKGSRKSVLE GI IAFFSAL DKQHNEEQSG DELLDVVTVP SGELRHVEGT IILHIVFAIK LDYELGRELV KHLKVGQQGD SNNNLSPFSI ALL LSVTRI QRFQDQVLDL LKTSVVKSFK DLQLLQGSKF LQNLVPHRSY VSTMILEVVK NSVHSWDHVT QGLVELGFIL MDSY GPKKV LDGKTIETSP SLSRMPNQHA CKLGANILLE TFKIHEMIRQ EILEQVLNRV VTRASSPISH FLDLLSNIVM YAPLV LQSC SSKVTEAFDY LSFLPLQTVQ RLLKAVQPLL KVSMSMRDCL ILVLRKAMFA NQLDARKSAV AGFLLLLKNF KVLGSL SSS QCSQSLSVSQ VHVDVHSHYN SVANETFCLE IMDSLRRCLS QQADVRLMLY EGFYDVLRRN SQLANSVMQT LLSQLKQ FY EPKPDLLPPL KLEACILTQG DKISLQEPLD YLLCCIQHCL AWYKNTVIPL QQGEEEEEEE EAFYEDLDDI LESITNRM I KSELEDFELD KSADFSQSTS IGIKNNICAF LVMGVCEVLI EYNFSISSFS KNRFEDILSL FMCYKKLSDI LNEKAGKAK TKMANKTSDS LLSMKFVSSL LTALFRDSIQ SHQESLSVLR SSNEFMRYAV NVALQKVQQL KETGHVSGPD GQNPEKIFQN LCDITRVLL WRYTSIPTSV EESGKKEKGK SISLLCLEGL QKIFSAVQQF YQPKIQQFLR ALDVTDKEGE EREDADVSVT Q RTAFQIRQ FQRSLLNLLS SQEEDFNSKE ALLLVTVLTS LSKLLEPSSP QFVQMLSWTS KICKENSRED ALFCKSLMNL LF SLHVSYK SPVILLRDLS QDIHGHLGDI DQDVEVEKTN HFAIVNLRTA APTVCLLVLS QAEKVLEEVD WLITKLKGQV SQE TLSEEA SSQATLPNQP VEKAIIMQLG TLLTFFHELV QTALPSGSCV DTLLKDLCKM YTTLTALVRY YLQVCQSSGG IPKN MEKLV KLSGSHLTPL CYSFISYVQN KSKSLNYTGE KKEKPAAVAT AMARVLRETK PIPNLIFAIE QYEKFLIHLS KKSKV NLMQ HMKLSTSRDF KIKGNILDMV LREDGEDENE EGTASEHGGQ NKEPAKKKRK K

UniProtKB: Fanconi anemia group I protein

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分子 #2: Fanconi anemia group D2 protein

分子名称: Fanconi anemia group D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Ubiquitin conjugated to K561 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 164.623828 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GPGSMVSKRR LSKSEDKESL TEDASKTRKQ PLSKKTKKSH IANEVEENDS IFVKLLKISG IILKTGESQN QLAVDQIAFQ KKLFQTLRR HPSYPKIIEE FVSGLESYIE DEDSFRNCLL SCERLQDEEA SMGASYSKSL IKLLLGIDIL QPAIIKTLFE K LPEYFFEN ...文字列:
GPGSMVSKRR LSKSEDKESL TEDASKTRKQ PLSKKTKKSH IANEVEENDS IFVKLLKISG IILKTGESQN QLAVDQIAFQ KKLFQTLRR HPSYPKIIEE FVSGLESYIE DEDSFRNCLL SCERLQDEEA SMGASYSKSL IKLLLGIDIL QPAIIKTLFE K LPEYFFEN KNSDEINIPR LIVSQLKWLD RVVDGKDLTT KIMQLISIAP ENLQHDIITS LPEILGDSQH ADVGKELSDL LI ENTSLTV PILDVLSSLR LDPNFLLKVR QLVMDKLSSI RLEDLPVIIK FILHSVTAMD TLEVISELRE KLDLQHCVLP SRL QASQVK LKSKGRASSS GNQESSGQSC IILLFDVIKS AIRYEKTISE AWIKAIENTA SVSEHKVFDL VMLFIIYSTN TQTK KYIDR VLRNKIRSGC IQEQLLQSTF SVHYLVLKDM CSSILSLAQS LLHSLDQSII SFGSLLYKYA FKFFDTYCQQ EVVGA LVTH ICSGNEAEVD TALDVLLELV VLNPSAMMMN AVFVKGILDY LDNISPQQIR KLFYVLSTLA FSKQNEASSH IQDDMH LVI RKQLSSTVFK YKLIGIIGAV TMAGIMAADR SESPSLTQER ANLSDEQCTQ VTSLLQLVHS CSEQSPQASA LYYDEFA NL IQHEKLDPKA LEWVGHTICN DFQDAFVVDS CVVPEGDFPF PVKALYGLEE YDTQDGIAIN LLPLLFSQDF AKDGGPVT S QESGQKLVSP LCLAPYFRLL RLCVERQHNG NLEEIDGLLD CPIFLTDLEP GEKLESMSAK ERSFMCSLIF LTLNWFREI VNAFCQETSP EMKGKVLTRL KHIVELQIIL EKYLAVTPDY VPPLGNFDVE TLDITPHTVT AISAKIRKKG KIERKQKTDG SKTSSSDTL SEEKNSECDP TPSHRGQLNK EFTGKEEKTS LLLHNSHAFF RELDIEVFSI LHCGLVTKFI LDTEMHTEAT E VVQLGPPE LLFLLEDLSQ KLESMLTPPI ARRVPFLKNK GSRNIGFSHL QQRSAQEIVH CVFQLLTPMC NHLENIHNYF QC LAAENHG VVDGPGVKVQ EYHIMSSCYQ RLLQIFHGLF AWSGFSQPEN QNLLYSALHV LSSRLKQGEH SQPLEELLSQ SVH YLQNFH QSIPSFQCAL YLIRLLMVIL EKSTASAQNK EKIASLARQF LCRVWPSGDK EKSNISNDQL HALLCIYLEH TESI LKAIE EIAGVGVPEL INSPKDASSS TFPTLTRHTF VVFFRVMMAE LEKTVKKIEP GTAADSQQIH EEKLLYWNMA VRDFS ILIN LIKVFDSHPV LHVCLKYGRL FVEAFLKQCM PLLDFSFRKH REDVLSLLET FQLDTRLLHH LCGHSKIHQD TRLTQH VPL LKKTLELLVC RVKAMLTLNN CREAFWLGNL KNRDLQGEEI KSQNSQESTA DESEDDMSSQ ASKSKATEDG EEDEVSA GE KEQDSDESYD DSD

UniProtKB: Fanconi anemia group D2 protein

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分子 #3: Polyubiquitin-C

分子名称: Polyubiquitin-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.875125 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GPGSMQIFVK TLTGKTITLE VEPSDTIENV KAKIQDKEGI PPDQQRLIFA GKQLEDGRTL SDYNIQKEST LHLVLRLRGG

UniProtKB: Polyubiquitin-C

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分子 #4: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1

分子名称: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquitinyl hydrolase 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 88.390273 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GMPGVIPSES NGLSRGSPSK KNRLSLKFFQ KKETKRALDF TDSQENEEKA SEYRASEIDQ VVPAAQSSPI NCEKRENLLP FVGLNNLGN TSYLNSILQV LYFCPGFKSG VKHLFNIISR KKEALKDEAN QKDKGNCKED SLASYELICS LQSLIISVEQ L QASFLLNP ...文字列:
GMPGVIPSES NGLSRGSPSK KNRLSLKFFQ KKETKRALDF TDSQENEEKA SEYRASEIDQ VVPAAQSSPI NCEKRENLLP FVGLNNLGN TSYLNSILQV LYFCPGFKSG VKHLFNIISR KKEALKDEAN QKDKGNCKED SLASYELICS LQSLIISVEQ L QASFLLNP EKYTDELATQ PRRLLNTLRE LNPMYEGYLQ HDAQEVLQCI LGNIQETCQL LKKEEVKNVA ELPTKVEEIP HP KEEMNGI NSIEMDSMRH SEDFKEKLPK GNGKRKSDTE FGNMKKKVKL SKEHQSLEEN QRQTRSKRKA TSDTLESPPK IIP KYISEN ESPRPSQKKS RVKINWLKSA TKQPSILSKF CSLGKITTNQ GVKGQSKENE CDPEEDLGKC ESDNTTNGCG LESP GNTVT PVNVNEVKPI NKGEEQIGFE LVEKLFQGQL VLRTRCLECE SLTERREDFQ DISVPVQEDE LSKVEESSEI SPEPK TEMK TLRWAISQFA SVERIVGEDK YFCENCHHYT EAERSLLFDK MPEVITIHLK CFAASGLEFD CYGGGLSKIN TPLLTP LKL SLEEWSTKPT NDSYGLFAVV MHSGITISSG HYTASVKVTD LNSLELDKGN FVVDQMCEIG KPEPLNEEEA RGVVENY ND EEVSIRVGGN TQPSKVLNKK NVEAIGLLAA QKSKADYELY NKASNPDKVA STAFAENRNS ETSDTTGTHE SDRNKESS D QTGINISGFE NKISYVVQSL KEYEGKWLLF DDSEVKVTEE KDFLNSLSPS TSPTSTPYLL FYKKL

UniProtKB: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1

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分子 #5: WD repeat-containing protein 48

分子名称: WD repeat-containing protein 48 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 78.300656 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHLEV LFQGPGSMAA HHRQNTAGRR KVQVSYVIRD EVEKYNRNGV NALQLDPALN RLFTAGRDSI IRIWSVNQHK QDPYIASME HHTDWVNDIV LCCNGKTLIS ASSDTTVKVW NAHKGFCMST LRTHKDYVKA LAYAKDKELV ASAGLDRQIF L WDVNTLTA ...文字列:
MHHHHHHLEV LFQGPGSMAA HHRQNTAGRR KVQVSYVIRD EVEKYNRNGV NALQLDPALN RLFTAGRDSI IRIWSVNQHK QDPYIASME HHTDWVNDIV LCCNGKTLIS ASSDTTVKVW NAHKGFCMST LRTHKDYVKA LAYAKDKELV ASAGLDRQIF L WDVNTLTA LTASNNTVTT SSLSGNKDSI YSLAMNQLGT IIVSGSTEKV LRVWDPRTCA KLMKLKGHTD NVKALLLNRD GT QCLSGSS DGTIRLWSLG QQRCIATYRV HDEGVWALQV NDAFTHVYSG GRDRKIYCTD LRNPDIRVLI CEEKAPVLKM ELD RSADPP PAIWVATTKS TVNKWTLKGI HNFRASGDYD NDCTNPITPL CTQPDQVIKG GASIIQCHIL NDKRHILTKD TNNN VAYWD VLKACKVEDL GKVDFEDEIK KRFKMVYVPN WFSVDLKTGM LTITLDESDC FAAWVSAKDA GFSSPDGSDP KLNLG GLLL QALLEYWPRT HVNPMDEEEN EVNHVNGEQE NRVQKGNGYF QVPPHTPVIF GEAGGRTLFR LLCRDSGGET ESMLLN ETV PQWVIDITVD KNMPKFNKIP FYLQPHASSG AKTLKKDRLS ASDMLQVRKV MEHVYEKIIN LDNESQTTSS SNNEKPG EQ EKEEDIAVLA EEKIELLCQD QVLDPNMDLR TVKHFIWKSG GDLTLHYRQK ST

UniProtKB: WD repeat-containing protein 48

-
分子 #6: DNA (61-MER)

分子名称: DNA (61-MER) / タイプ: dna / ID: 6
詳細: Actual sequence: TGATCAGAGGTCATTTGAATTCATGGCTTCGAGCTTCATGTAGAGTCGACGGTGCTGGGAT
コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 5.17782 KDa
配列文字列:
(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN) (DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN) (DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)

-
分子 #7: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 288 K / 詳細: blotted for 3.0 secs before plunging.
詳細9.3 uM USP1-UAF1, 1.8 uM FANCI-FANCD2Ub, 2.2 uM dsDNA (61 base-pairs), 18 uM ML323

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細2x binning
粒子像選択選択した数: 6716868
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 583484
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

7ay1

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7ay1

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7ay1

chain_id: E, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7zh3

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6vae

chain_id: S, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6vae

chain_id: T, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / 温度因子: 94.9
得られたモデル

PDB-8a9j:
Cryo-EM structure of USP1-UAF1 bound to FANCI and mono-ubiquitinated FANCD2 without ML323 (consensus reconstruction)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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