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- EMDB-15165: Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15165
タイトルStructure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of Chaetomium thermophilum INO80
マップデータmain map
試料
  • 複合体: Chaetomium thermophilum INO80 A-Module (Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA)
    • タンパク質・ペプチド: Ino80 ATPase
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 8
    • タンパク質・ペプチド: Actin
    • タンパク質・ペプチド: Actin related protein 4 (Arp4)
    • タンパク質・ペプチド: Ies4
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードchromatin remodeler / INO80 / Actin-related protein / DNA binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Ino80 complex / SWI/SNF complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / double-strand break repair / nervous system development / cytoskeleton / hydrolase activity / chromatin remodeling / DNA repair / chromatin binding ...Ino80 complex / SWI/SNF complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / double-strand break repair / nervous system development / cytoskeleton / hydrolase activity / chromatin remodeling / DNA repair / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding
類似検索 - 分子機能
INO80 complex, subunit Ies4 / INO80 complex subunit Ies4 / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Actin-related protein 8 / Actin-related protein 4 / INO80 complex subunit 4 / Actin
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kunert F / Metzner FJ / Eustermann S / Jung J / Woike S / Schall K / Kostrewa D / Hopfner KP
資金援助European Union, ドイツ, 5件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)833613 INO3DEuropean Union
German Research Foundation (DFG)CRC1064 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC1361 ドイツ
German Research Foundation (DFG)RTG1721 ドイツ
German Research Foundation (DFG)Gottfried-Wilhelm-Leibniz Prize ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structural mechanism of extranucleosomal DNA readout by the INO80 complex.
著者: Franziska Kunert / Felix J Metzner / James Jung / Markus Höpfler / Stephan Woike / Kevin Schall / Dirk Kostrewa / Manuela Moldt / Jia-Xuan Chen / Susanne Bantele / Boris Pfander / Sebastian ...著者: Franziska Kunert / Felix J Metzner / James Jung / Markus Höpfler / Stephan Woike / Kevin Schall / Dirk Kostrewa / Manuela Moldt / Jia-Xuan Chen / Susanne Bantele / Boris Pfander / Sebastian Eustermann / Karl-Peter Hopfner /
要旨: The nucleosomal landscape of chromatin depends on the concerted action of chromatin remodelers. The INO80 remodeler specifically places nucleosomes at the boundary of gene regulatory elements, which ...The nucleosomal landscape of chromatin depends on the concerted action of chromatin remodelers. The INO80 remodeler specifically places nucleosomes at the boundary of gene regulatory elements, which is proposed to be the result of an ATP-dependent nucleosome sliding activity that is regulated by extranucleosomal DNA features. Here, we use cryo-electron microscopy and functional assays to reveal how INO80 binds and is regulated by extranucleosomal DNA. Structures of the regulatory A-module bound to DNA clarify the mechanism of linker DNA binding. The A-module is connected to the motor unit via an HSA/post-HSA lever element to chemomechanically couple the motor and linker DNA sensing. Two notable sites of curved DNA recognition by coordinated action of the four actin/actin-related proteins and the motor suggest how sliding by INO80 can be regulated by extranucleosomal DNA features. Last, the structures clarify the recruitment of YY1/Ies4 subunits and reveal deep architectural similarities between the regulatory modules of INO80 and SWI/SNF complexes.
履歴
登録2022年6月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月28日-
マップ公開2022年12月28日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15165.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15165.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.104 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.104 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.104 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.059 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.0959293 - 0.20795052
平均 (標準偏差)0.00023553464 (±0.004032985)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 271.104 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_15165_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_15165_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Chaetomium thermophilum INO80 A-Module (Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-In...

全体名称: Chaetomium thermophilum INO80 A-Module (Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA)
要素
  • 複合体: Chaetomium thermophilum INO80 A-Module (Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA)
    • タンパク質・ペプチド: Ino80 ATPase
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 8
    • タンパク質・ペプチド: Actin
    • タンパク質・ペプチド: Actin related protein 4 (Arp4)
    • タンパク質・ペプチド: Ies4
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Chaetomium thermophilum INO80 A-Module (Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-In...

超分子名称: Chaetomium thermophilum INO80 A-Module (Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)

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分子 #1: Ino80 ATPase

分子名称: Ino80 ATPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 37.445441 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: RKRRREKSMA ATLEQQAAAL QKASQAEDEA ERLKYIREAE RANKKVQQTK YILQKGIKGP ARNLPPIEPN LEGGTMATFS AENMEPGKV KGKGRGGRLK KSKEQKQAEK EQAELAQAAI DAGEEPPSKE ETKIRIKLSK AKASAKEEAE KDKENKEPKQ P KEPEKPVE ...文字列:
RKRRREKSMA ATLEQQAAAL QKASQAEDEA ERLKYIREAE RANKKVQQTK YILQKGIKGP ARNLPPIEPN LEGGTMATFS AENMEPGKV KGKGRGGRLK KSKEQKQAEK EQAELAQAAI DAGEEPPSKE ETKIRIKLSK AKASAKEEAE KDKENKEPKQ P KEPEKPVE EPKDPLELKF QSKGYNQIYD QIWRDLARKD VSKVFRLATD SYATKASNLK KTAILASKEA KRWQLRTNKG TK DLQARAK RVMRDMMGFW KRNEREERDL RKAAERLELE NARKEEADRE AARQRRKLNF LISQTELYSD YKDDDDKGTD YKD DDDK

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分子 #2: Actin-related protein 8

分子名称: Actin-related protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 84.139266 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MVGKVSERVL AREGLERTDN GMRQTSWPEV QPINQKNYYT DYMKRDDQIL SLRLQNEANR ERLVKTAQDR DRALNTNTNG EVPLPLDEL QEDAPPAPSA AMDPSKIIVI HPGSQNLRIG FASDALPKTI PMVLGTQYSQ TESEMHEALP RRQFEGRTME Q QYGEEWVK ...文字列:
MVGKVSERVL AREGLERTDN GMRQTSWPEV QPINQKNYYT DYMKRDDQIL SLRLQNEANR ERLVKTAQDR DRALNTNTNG EVPLPLDEL QEDAPPAPSA AMDPSKIIVI HPGSQNLRIG FASDALPKTI PMVLGTQYSQ TESEMHEALP RRQFEGRTME Q QYGEEWVK KYQKMCSDLK VTMRANKLKV LPNSKDLVVN FNRRTEPEII SQHNDPLQVE WTNVNKAPED GTTQKVFIGQ QA LRIAEDS SPKYKLWWPI QHGWLNEDDY PTRAHLFDDL EMLLDRALRR ELGLTKKADW KQYSCVIVIP DLYDKRYVEL LLH LCIEFF DLSRVAFIQE SMAATFGAGY TQACVVDVGA QKTSISCVED GLVIEDSRVN LKYGGYDVTE TFIKMMLYDN FPYQ DINLR RRHDFLLAEE LKMKYCTLSQ ANISVQAFDF HLRAPNQPTR KYQFKFYDEV ILAPMGFYDP SIFDNSTKLR GRRKL IDRS YNAYDVDMPD DPTSSAQLAI LAMVQPSLAA PTATASFNGD PTATPSKERT QPFNFLSRPD ATGTPGTSKA PSPAPD GAS TPVPGPYIFG ASSREANGGS PAPSGRNGGT PAPANGTTVL PATSFDNPTS QQPQQRSAKE IAAERDAVLP IAPLDVA IL TSIQHAAKGD EKKVRELVGS IMVVGGGAKI PHFAPFLEEK LKIRRPDLAD RILVSRSARE MDEQVVVWKG ASVFAKLS T NDSWVTNYEY KMLGSRCIYM KLLWHY

UniProtKB: Actin-related protein 8

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分子 #3: Actin

分子名称: Actin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 41.735512 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MEEEVAALVI DNGSGMCKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH HGIMIGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLRYP IEHGVVTNWD DMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPVLLTEAP INPKSNREKM TQIVFETFNA PAFYVSIQAV LSLYASGRTT GIVLDSGDGV T HVVPIYEG ...文字列:
MEEEVAALVI DNGSGMCKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH HGIMIGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLRYP IEHGVVTNWD DMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPVLLTEAP INPKSNREKM TQIVFETFNA PAFYVSIQAV LSLYASGRTT GIVLDSGDGV T HVVPIYEG FSLPHAIARL DMAGRDLTDY LMKILAERGY TFSTTAEREI VRDIKEKLCY VALDFEQEIQ TAAQSSHLEK SY ELPDGQV ITIGNERFRA PEALFQPSVL GLESGGIHVT TFNSIMKCDV DVRKDLYGNI VMSGGTTMYP GLSDRMQKEI TAL APSSMK VKIIAPPERK YSVWIGGSIL ASLSTFQQMW ISKQEYDESG PSIVHRKCF

UniProtKB: Actin

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分子 #4: Actin related protein 4 (Arp4)

分子名称: Actin related protein 4 (Arp4) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 51.761199 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSQQPLSSSV QPADIYGGDE VSALVLDPGY CNTRAGFAGE EMPKQVIPSF YGHVDGRDLF GDEVIVPRAG FEVRNYMNRD SMVEDWDAA TRVWEYLLVQ RLQPPRPTPA SKNGLNVSDD GDVQMEDSAP NEDALDALEK PLTENPLLMT EAPWNTPKAR E KAIEVVME ...文字列:
MSQQPLSSSV QPADIYGGDE VSALVLDPGY CNTRAGFAGE EMPKQVIPSF YGHVDGRDLF GDEVIVPRAG FEVRNYMNRD SMVEDWDAA TRVWEYLLVQ RLQPPRPTPA SKNGLNVSDD GDVQMEDSAP NEDALDALEK PLTENPLLMT EAPWNTPKAR E KAIEVVME NWGTPAFWLS RTPVLAAFAA GKATALVIDV GGANTSVTAI HDGMVLKRSI QRSPAAGVWL SGQIRSMWKS QD PPVNVVP TFMVENKKPV EAGAPPDCRL RNFGFPIHDS FRAFEEERVL TEFKESVVEV WRGPGKYLNP GNEDFAKTQP GRV FEFPDG SNQMWREQRY RVAEGMWDET AAYPSLNPDE AAITKAQTIP ALIKAALDGV DVDLRPNLLG NVVVTGSTSL LNGF NDRLN HELTNMYPGL KIKLHAAGLT SERRFGAWIG GSILASLGTF HQMWISRKEY EENGAGIVEK RCK

UniProtKB: Actin-related protein 4

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分子 #5: Ies4

分子名称: Ies4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 29.015457 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAPSSKNATP SNKDRRKSGI AAAGNGNAAA SSKIVTLKVT PERLRAIFDP DILMEDAPAS KASPAAANSN TENATESNPN SPSASTPAG QSVMGPPAEG PKKKGVKRGA AALGPNGEPK PRGKPGPKKK QRLEDGTIVE EPSRKLGPKA NQGAINAGLR A LDRSGKPC ...文字列:
MAPSSKNATP SNKDRRKSGI AAAGNGNAAA SSKIVTLKVT PERLRAIFDP DILMEDAPAS KASPAAANSN TENATESNPN SPSASTPAG QSVMGPPAEG PKKKGVKRGA AALGPNGEPK PRGKPGPKKK QRLEDGTIVE EPSRKLGPKA NQGAINAGLR A LDRSGKPC RKWTRGTFQM KSFTGVVWEI PRWTAPPRPK PETAAPDDAA ATVAVNGNGA TPASTAADNN SNKENNNPSI AA AKVEDAS SQTAVKSEMS TGSGDIEMQS VAPSIAPSPA PVPIAVA

UniProtKB: INO80 complex subunit 4

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分子 #6: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 44.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 343000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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