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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15087 | |||||||||
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タイトル | murine perforin-2 pore on liposome by subtomogram averaging | |||||||||
マップデータ | main map, low pass filtered to 18 Angstrom | |||||||||
試料 |
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生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Yu X / Ni T / Zhang P / Gilbert R | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structures of perforin-2 in isolation and assembled on a membrane suggest a mechanism for pore formation. 著者: Xiulian Yu / Tao Ni / George Munson / Peijun Zhang / Robert J C Gilbert / 要旨: Perforin-2 (PFN2, MPEG1) is a key pore-forming protein in mammalian innate immunity restricting intracellular bacteria proliferation. It forms a membrane-bound pre-pore complex that converts to a ...Perforin-2 (PFN2, MPEG1) is a key pore-forming protein in mammalian innate immunity restricting intracellular bacteria proliferation. It forms a membrane-bound pre-pore complex that converts to a pore-forming structure upon acidification; but its mechanism of conformational transition has been debated. Here we used cryo-electron microscopy, tomography and subtomogram averaging to determine structures of PFN2 in pre-pore and pore conformations in isolation and bound to liposomes. In isolation and upon acidification, the pre-assembled complete pre-pore rings convert to pores in both flat ring and twisted conformations. On membranes, in situ assembled PFN2 pre-pores display various degrees of completeness; whereas PFN2 pores are mainly incomplete arc structures that follow the same subunit packing arrangements as found in isolation. Both assemblies on membranes use their P2 β-hairpin for binding to the lipid membrane surface. Overall, these structural snapshots suggest a molecular mechanism for PFN2 pre-pore to pore transition on a targeted membrane, potentially using the twisted pore as an intermediate or alternative state to the flat conformation, with the capacity to cause bilayer distortion during membrane insertion. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15087.map.gz | 88 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15087-v30.xml emd-15087.xml | 13.1 KB 13.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_15087.png | 59 KB | ||
マスクデータ | emd_15087_msk_1.map | 95 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_15087_half_map_1.map.gz emd_15087_half_map_2.map.gz | 77.9 MB 77.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15087 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15087 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15087_validation.pdf.gz | 944.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15087_full_validation.pdf.gz | 943.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15087_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15087_validation.cif.gz | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15087 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15087 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15087.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 95 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | main map, low pass filtered to 18 Angstrom | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.63 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_15087_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15087_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15087_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : murine perforin-2 (Mpeg1) ectodomain pore
全体 | 名称: murine perforin-2 (Mpeg1) ectodomain pore |
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要素 |
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-超分子 #1: murine perforin-2 (Mpeg1) ectodomain pore
超分子 | 名称: murine perforin-2 (Mpeg1) ectodomain pore / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 3.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | purified perforin-2 ecto domain protein was added to liposomes at pH3.8 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 123.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: emClarity, RELION) / 使用したサブトモグラム数: 992 |
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抽出 | トモグラム数: 141 / 使用した粒子像数: 1369 |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / 詳細: cross correlation |