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- EMDB-14950: Dps nanocage with a medium mineral core -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14950
タイトルDps nanocage with a medium mineral core
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Dps control
生物種Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.8 Å
データ登録者Chesnokov YM / Kamyshinsky RA
資金援助 ロシア, 1件
OrganizationGrant number国
Russian Foundation for Basic Research19-04-00835 ロシア
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Structural Insights into Iron Ions Accumulation in Dps Nanocage.
著者: Yury Chesnokov / Andrey Mozhaev / Roman Kamyshinsky / Alexander Gordienko / Liubov Dadinova /
要旨: Dps (DNA-binding protein from starved cells) is well known for the structural protection of bacterial DNA by the formation of highly ordered intracellular assemblies under stress conditions. ...Dps (DNA-binding protein from starved cells) is well known for the structural protection of bacterial DNA by the formation of highly ordered intracellular assemblies under stress conditions. Moreover, this ferritin-like protein can perform fast oxidation of ferrous ions and subsequently accumulate clusters of ferric ions in its nanocages, thus providing the bacterium with physical and chemical protection. Here, cryo-electron microscopy was used to study the accumulation of iron ions in the nanocage of a Dps protein from . We demonstrate that Fe concentration in the solution and incubation time have an insignificant effect on the volume and the morphology of iron minerals formed in Dps nanocages. However, an increase in the Fe level leads to an increase in the proportion of larger clusters and the clusters themselves are composed of discrete ~1-1.5 nm subunits.
履歴
登録2022年5月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月25日-
マップ公開2022年5月25日-
更新2022年6月8日-
現状2022年6月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14950.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14950.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 200 pix.
= 172. Å		0.86 Å/pix.
x 200 pix.
= 172. Å		0.86 Å/pix.
x 200 pix.
= 172. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-0.8736085 - 4.697214
平均 (標準偏差)-0.019542743 (±0.15186158)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 172.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14950_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_14950_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_14950_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dps control

全体名称: Dps control
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Dps control

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超分子 #1: Dps control

超分子名称: Dps control / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
分子量理論値: 224 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTris-HClTris-HCl
50.0 mMNaClNaCl
0.5 mMEDTAEDTA
5.0 mMFeSO4FeSO4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blotting for 2.5 seconds.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 78.0 K / 最高: 90.0 K
特殊光学系球面収差補正装置: Cs corrector by CEOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1419 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.8 µm / 倍率（補正後）: 162790 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.001 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 822217
CTF補正ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.0.9)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 使用した粒子像数: 64995
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 137036 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1dps

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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