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- EMDB-14926: Structure of 60S ribosomal subunit from S. cerevisiae with eIF6 a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14926
タイトルStructure of 60S ribosomal subunit from S. cerevisiae with eIF6 and tRNA
マップデータlocally filtered and refined map of the ribosomal 60S subunit
試料
  • 複合体: 60S ribosome
    • 複合体: rRNA
      • RNA: x 4種
    • 複合体: ribosomal proteins
      • タンパク質・ペプチド: x 41種
  • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 1種
キーワードcollision / splitting / RQC / eIF6 / Tif6p / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / maturation of 5.8S rRNA / response to cycloheximide / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) ...maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / maturation of 5.8S rRNA / response to cycloheximide / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Formation of a pool of free 40S subunits / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / ribosomal subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / protein-RNA complex assembly / translational termination / maturation of LSU-rRNA / translation initiation factor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / translational initiation / macroautophagy / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / rRNA processing / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / : / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily ...Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / : / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / : / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / : / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / : / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L30e signature 1. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / : / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L6E / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e, N-terminal domain / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L32e, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A ...Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein eL42A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL2A / Large ribosomal subunit protein eL18A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Large ribosomal subunit protein eL14A / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Large ribosomal subunit protein eL6A / Large ribosomal subunit protein eL21A / Eukaryotic translation initiation factor 6 / Large ribosomal subunit protein eL13A / Large ribosomal subunit protein uL5B
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Best KM / Ikeuchi K / Kater L / Best DM / Musial J / Matsuo Y / Berninghausen O / Becker T / Inada T / Beckmann R
資金援助European Union, ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)885711European Union
German Research Foundation (DFG)BE 1814/15-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)RTG1721 ドイツ
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis for clearing of ribosome collisions by the RQT complex.
著者: Katharina Best / Ken Ikeuchi / Lukas Kater / Daniel Best / Joanna Musial / Yoshitaka Matsuo / Otto Berninghausen / Thomas Becker / Toshifumi Inada / Roland Beckmann /
要旨: Translation of aberrant messenger RNAs can cause stalling of ribosomes resulting in ribosomal collisions. Collided ribosomes are specifically recognized to initiate stress responses and quality ...Translation of aberrant messenger RNAs can cause stalling of ribosomes resulting in ribosomal collisions. Collided ribosomes are specifically recognized to initiate stress responses and quality control pathways. Ribosome-associated quality control facilitates the degradation of incomplete translation products and requires dissociation of the stalled ribosomes. A central event is therefore the splitting of collided ribosomes by the ribosome quality control trigger complex, RQT, by an unknown mechanism. Here we show that RQT requires accessible mRNA and the presence of a neighboring ribosome. Cryogenic electron microscopy of RQT-ribosome complexes reveals that RQT engages the 40S subunit of the lead ribosome and can switch between two conformations. We propose that the Ski2-like helicase 1 (Slh1) subunit of RQT applies a pulling force on the mRNA, causing destabilizing conformational changes of the small ribosomal subunit, ultimately resulting in subunit dissociation. Our findings provide conceptual framework for a helicase-driven ribosomal splitting mechanism.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography.
著者: Afonine PV / Poon BK / Read RJ / Sobolev OV / Terwilliger TC / Urzhumtsev A / Adams PD
履歴
登録2022年5月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月22日-
マップ公開2023年2月22日-
更新2025年2月5日-
現状2025年2月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14926.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14926.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈locally filtered and refined map of the ribosomal 60S subunit
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 560 pix.
= 585.2 Å		1.05 Å/pix.
x 560 pix.
= 585.2 Å		1.05 Å/pix.
x 560 pix.
= 585.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.4846524 - 3.1512249
平均 (標準偏差)0.004762006 (±0.070366345)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 585.19995 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14926_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: halfmap 1 of the 60S

ファイルemd_14926_half_map_1.map
注釈halfmap 1 of the 60S
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: halfmap 2 of the 60S

ファイルemd_14926_half_map_2.map
注釈halfmap 2 of the 60S
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 60S ribosome

全体名称: 60S ribosome
要素
  • 複合体: 60S ribosome
    • 複合体: rRNA
      • RNA: 25S ribosomal RNA
      • RNA: 5S ribosomal RNA
      • RNA: 5.8S ribosomal RNA
      • RNA: tRNA
    • 複合体: ribosomal proteins
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 6
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L42-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L43-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L2-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L3
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L4-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L5
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L6-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L7-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L8-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L9-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L11-B
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L13-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L14-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L15-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L16-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L17-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L18-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L19-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L20-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L21-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L22-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L23-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L24-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L25
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L26-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L27-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L28
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L29
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L30
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L31-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L32
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L33-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L34-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L35-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L36-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L37-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L38
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L39
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L40-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L10
  • タンパク質・ペプチド: Unknown chain
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: 60S ribosome

超分子名称: 60S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#45
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #2: rRNA

超分子名称: rRNA / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3, #5
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #3: ribosomal proteins

超分子名称: ribosomal proteins / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4, #6-#45
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: 25S ribosomal RNA

分子名称: 25S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 1.0974938749999998 MDa
配列文字列: GUUUGACCUC AAAUCAGGUA GGAGUACCCG CUGAACUUAA GCAUAUCAAU AAGCGGAGGA AAAGAAACCA ACCGGGAUUG CCUUAGUAA CGGCGAGUGA AGCGGCAAAA GCUCAAAUUU GAAAUCUGGU ACCUUCGGUG CCCGAGUUGU AAUUUGGAGA G GGCAACUU ...文字列:
GUUUGACCUC AAAUCAGGUA GGAGUACCCG CUGAACUUAA GCAUAUCAAU AAGCGGAGGA AAAGAAACCA ACCGGGAUUG CCUUAGUAA CGGCGAGUGA AGCGGCAAAA GCUCAAAUUU GAAAUCUGGU ACCUUCGGUG CCCGAGUUGU AAUUUGGAGA G GGCAACUU UGGGGCCGUU CCUUGUCUAU GUUCCUUGGA ACAGGACGUC AUAGAGGGUG AGAAUCCCGU GUGGCGAGGA GU GCGGUUC UUUGUAAAGU GCCUUCGAAG AGUCGAGUUG UUUGGGAAUG CAGCUCUAAG UGGGUGGUAA AUUCCAUCUA AAG CUAAAU AUUGGCGAGA GACCGAUAGC GAACAAGUAC AGUGAUGGAA AGAUGAAAAG AACUUUGAAA AGAGAGUGAA AAAG UACGU GAAAUUGUUG AAAGGGAAGG GCAUUUGAUC AGACAUGGUG UUUUGUGCCC UCUGCUCCUU GUGGGUAGGG GAAUC UCGC AUUUCACUGG GCCAGCAUCA GUUUUGGUGG CAGGAUAAAU CCAUAGGAAU GUAGCUUGCC UCGGUAAGUA UUAUAG CCU GUGGGAAUAC UGCCAGCUGG GACUGAGGAC UGCGACGUAA GUCAAGGAUG CUGGCAUAAU GGUUAUAUGC CGCCCGU CU UGAAACACGG ACCAAGGAGU CUAACGUCUA UGCGAGUGUU UGGGUGUAAA ACCCAUACGC GUAAUGAAAG UGAACGUA G GUUGGGGCCU CGCAAGAGGU GCACAAUCGA CCGAUCCUGA UGUCUUCGGA UGGAUUUGAG UAAGAGCAUA GCUGUUGGG ACCCGAAAGA UGGUGAACUA UGCCUGAAUA GGGUGAAGCC AGAGGAAACU CUGGUGGAGG CUCGUAGCGG UUCUGACGUG CAAAUCGAU CGUCGAAUUU GGGUAUAGGG GCGAAAGACU AAUCGAACCA UCUAGUAGCU GGUUCCUGCC GAAGUUUCCC U CAGGAUAG CAGAAGCUCG UAUCAGUUUU AUGAGGUAAA GCGAAUGAUU AGAGGUUCCG GGGUCGAAAU GACCUUGACC UA UUCUCAA ACUUUAAAUA UGUAAGAAGU CCUUGUUACU UAAUUGAACG UGGACAUUUG AAUGAAGAGC UUUUAGUGGG CCA UUUUUG GUAAGCAGAA CUGGCGAUGC GGGAUGAACC GAACGUAGAG UUAAGGUGCC GGAAUACACG CUCAUCAGAC ACCA CAAAA GGUGUUAGUU CAUCUAGACA GCCGGACGGU GGCCAUGGAA GUCGGAAUCC GCUAAGGAGU GUGUAACAAC UCACC GGCC GAAUGAACUA GCCCUGAAAA UGGAUGGCGC UCAAGCGUGU UACCUAUACU CUACCGUCAG GGUUGAUAUG AUGCCC UGA CGAGUAGGCA GGCGUGGAGG UCAGUGACGA AGCCUAGACC GUAAGGUCGG GUCGAACGGC CUCUAGUGCA GAUCUUG GU GGUAGUAGCA AAUAUUCAAA UGAGAACUUU GAAGACUGAA GUGGGGAAAG GUUCCACGUC AACAGCAGUU GGACGUGG G UUAGUCGAUC CUAAGAGAUG GGGAAGCUCC GUUUCAAAGG CCUGAUUUUA UGCAGGCCAC CAUCGAAAGG GAAUCCGGU UAAGAUUCCG GAACCUGGAU AUGGAUUCUU CACGGUAACG UAACUGAAUG UGGAGACGUC GGCGCGAGCC CUGGGAGGAG UUAUCUUUU CUUCUUAACA GCUUAUCACC CCGGAAUUGG UUUAUCCGGA GAUGGGGUCU UAUGGCUGGA AGAGGCCAGC A CCUUUGCU GGCUCCGGUG CGCUUGUGAC GGCCCGUGAA AAUCCACAGG AAGGAAUAGU UUUCAUGCCA GGUCGUACUG AU AACCGCA GCAGGUCUCC AAGGUGAACA GCCUCUAGUU GAUAGAAUAA UGUAGAUAAG GGAAGUCGGC AAAAUAGAUC CGU AACUUC GGGAUAAGGA UUGGCUCUAA GGGUCGGGUA GUGAGGGCCU UGGUCAGACG CAGCGGGCGU GCUUGUGGAC UGCU UGGUG GGGCUUGCUC UGCUAGGCGG ACUACUUGCG UGCCUUGUUG UAGACGGCCU UGGUAGGUCU CUUGUAGACC GUCGC UUGC UACAAUUAAC GAUCAACUUA GAACUGGUAC GGACAAGGGG AAUCUGACUG UCUAAUUAAA ACAUAGCAUU GCGAUG GUC AGAAAGUGAU GUUGACGCAA UGUGAUUUCU GCCCAGUGCU CUGAAUGUCA AAGUGAAGAA AUUCAACCAA GCGCGGG UA AACGGCGGGA GUAACUAUGA CUCUCUUAAG GUAGCCAAAU GCCUCGUCAU CUAAUUAGUG ACGCGCAUGA AUGGAUUA A CGAGAUUCCC ACUGUCCCUA UCUACUAUCU AGCGAAACCA CAGCCAAGGG AACGGGCUUG GCAGAAUCAG CGGGGAAAG AAGACCCUGU UGAGCUUGAC UCUAGUUUGA CAUUGUGAAG AGACAUAGAG GGUGUAGAAU AAGUGGGAGC UUCGGCGCCA GUGAAAUAC CACUACCUUU AUAGUUUCUU UACUUAUUCA AUGAAGCGGA GCUGGAAUUC AUUUUCCACG UUCUAGCAUU C AAGGUCCC AUUCGGGGCU GAUCCGGGUU GAAGACAUUG UCAGGUGGGG AGUUUGGCUG GGGCGGCACA UCUGUUAAAC GA UAACGCA GAUGUCCUAA GGGGGGCUCA UGGAGAACAG AAAUCUCCAG UAGAACAAAA GGGUAAAAGC CCCCUUGAUU UUG AUUUUC AGUGUGAAUA CAAACCAUGA AAGUGUGGCC UAUCGAUCCU UUAGUCCCUC GGAAUUUGAG GCUAGAGGUG CCAG AAAAG UUACCACAGG GAUAACUGGC UUGUGGCAGU CAAGCGUUCA UAGCGACAUU GCUUUUUGAU UCUUCGAUGU CGGCU CUUC CUAUCAUACC GAAGCAGAAU UCGGUAAGCG UUGGAUUGUU CACCCACUAA UAGGGAACGU GAGCUGGGUU UAGACC GUC GUGAGACAGG UUAGUUUUAC CCUACUGAUG AAUGUUACCG CAAUAGUAAU UGAACUUAGU ACGAGAGGAA CAGUUCA UU CGGAUAAUUG GUUUUUGCGG CUGUCUGAUC AGGCAUUGCC GCGAAGCUAC CAUCCGCUGG AUUAUGGCUG AACGCCUC U AAGUCAGAAU CCAUGCUAGA ACGCGGUGAU UUCUUUGCUC CACACAAUAU AGAUGGAUAC GAAUAAGGCG UCCUUGUGG CGUCGCUGAA CCAUAGCAGG CUAGCAACGG UGCACUUGGC GGAAAGGCCU UGGGUGCUUG CUGGCGAAUU GCAAUGUCAU UUUGCGUGG GGAUAAAUCA UUUGUAUACG ACUUAGAUGU ACAACGGGGU AUUGUAAGCA GUAGAGUAGC CUUGUUGUUA C GAUCUGCU GAGAUUAAGC CUUUGUUGUC UGAUUUGU

GENBANK: GENBANK: CP011821.1

+
分子 #2: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 38.951105 KDa
配列文字列:
GGUUGCGGCC AUAUCUACCA GAAAGCACCG UUUCCCGUCC GAUCAACUGU AGUUAAGCUG GUAAGAGCCU GACCGAGUAG UGUAGUGGG UGACCAUACG CGAAACUCAG GUGCUGCAAU CU

GENBANK: GENBANK: CP022977.1

+
分子 #3: 5.8S ribosomal RNA

分子名称: 5.8S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 50.682922 KDa
配列文字列:
AAACUUUCAA CAACGGAUCU CUUGGUUCUC GCAUCGAUGA AGAACGCAGC GAAAUGCGAU ACGUAAUGUG AAUUGCAGAA UUCCGUGAA UCAUCGAAUC UUUGAACGCA CAUUGCGCCC CUUGGUAUUC CAGGGGGCAU GCCUGUUUGA GCGUCAUUU

GENBANK: GENBANK: MG817620.1

+
分子 #5: tRNA

分子名称: tRNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 24.445512 KDa
配列文字列:
UUCCUCGUGG CCCAAUGGUC ACGGCGUCUG GCUUCGAACC AGAAGAUUCC AGGUUCAAGU CCUGGCGGGG AAGCCA

+
分子 #4: Eukaryotic translation initiation factor 6

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 24.15615 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MATRTQFENS NEIGVFSKLT NTYCLVAVGG SENFYSAFEA ELGDAIPIVH TTIAGTRIIG RMTAGNRRGL LVPTQTTDQE LQHLRNSLP DSVKIQRVEE RLSALGNVIC CNDYVALVHP DIDRETEELI SDVLGVEVFR QTISGNILVG SYCSLSNQGG L VHPQTSVQ ...文字列:
MATRTQFENS NEIGVFSKLT NTYCLVAVGG SENFYSAFEA ELGDAIPIVH TTIAGTRIIG RMTAGNRRGL LVPTQTTDQE LQHLRNSLP DSVKIQRVEE RLSALGNVIC CNDYVALVHP DIDRETEELI SDVLGVEVFR QTISGNILVG SYCSLSNQGG L VHPQTSVQ DQEELSSLLQ VPLVAGTVNR GSSVVGAGMV VNDYLAVTGL DTTAPELSVI ESIFRL

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 6

+
分子 #6: 60S ribosomal protein L42-A

分子名称: 60S ribosomal protein L42-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 12.115462 KDa
配列文字列:
VNVPKTRKTY CKGKTCRKHT QHKVTQYKAG KASLFAQGKR RYDRKQSGFG GQTKPVFHKK AKTTKKVVLR LECVKCKTRA QLTLKRCKH FELGGEKKQK GQALQF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL42A

+
分子 #7: 60S ribosomal protein L43-A

分子名称: 60S ribosomal protein L43-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 9.981756 KDa
配列文字列:
AKRTKKVGIT GKYGVRYGSS LRRQVKKLEI QQHARYDCSF CGKKTVKRGA AGIWTCSCCK KTVAGGAYTV STAAAATVRS TIRRLREMV EA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL43A

+
分子 #8: 60S ribosomal protein L2-A

分子名称: 60S ribosomal protein L2-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 27.217289 KDa
配列文字列: GRVIRNQRKG AGSIFTSHTR LRQGAAKLRT LDYAERHGYI RGIVKQIVHD SGRGAPLAKV VFRDPYKYRL REEIFIANEG VHTGQFIYA GKKASLNVGN VLPLGSVPEG TIVSNVEEKP GDRGALARAS GNYVIIIGHN PDENKTRVRL PSGAKKVISS D ARGVIGVI ...文字列:
GRVIRNQRKG AGSIFTSHTR LRQGAAKLRT LDYAERHGYI RGIVKQIVHD SGRGAPLAKV VFRDPYKYRL REEIFIANEG VHTGQFIYA GKKASLNVGN VLPLGSVPEG TIVSNVEEKP GDRGALARAS GNYVIIIGHN PDENKTRVRL PSGAKKVISS D ARGVIGVI AGGGRVDKPL LKAGRAFHKY RLKRNSWPKT RGVAMNPVDH PHGGGNHQHI GKASTISRGA VSGQKAGLIA AR RTGLLRG SQKTQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2A

+
分子 #9: 60S ribosomal protein L3

分子名称: 60S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 43.719602 KDa
配列文字列: SHRKYEAPRH GHLGFLPRKR AASIRARVKA FPKDDRSKPV ALTSFLGYKA GMTTIVRDLD RPGSKFHKRE VVEAVTVVDT PPVVVVGVV GYVETPRGLR SLTTVWAEHL SDEVKRRFYK NWYKSKKKAF TKYSAKYAQD GAGIERELAR IKKYASVVRV L VHTQIRKT ...文字列:
SHRKYEAPRH GHLGFLPRKR AASIRARVKA FPKDDRSKPV ALTSFLGYKA GMTTIVRDLD RPGSKFHKRE VVEAVTVVDT PPVVVVGVV GYVETPRGLR SLTTVWAEHL SDEVKRRFYK NWYKSKKKAF TKYSAKYAQD GAGIERELAR IKKYASVVRV L VHTQIRKT PLAQKKAHLA EIQLNGGSIS EKVDWAREHF EKTVAVDSVF EQNEMIDAIA VTKGHGFEGV THRWGTKKLP RK THRGLRK VACIGAWHPA HVMWSVARAG QRGYHSRTSI NHKIYRVGKG DDEANGATSF DRTKKTITPM GGFVHYGEIK NDF IMVKGC IPGNRKRIVT LRKSLYTNTS RKALEEVSLK WIDTASKFGK GRFQTPAEKH AFMGTLKKDL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #10: 60S ribosomal protein L4-A

分子名称: 60S ribosomal protein L4-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 39.027926 KDa
配列文字列: SRPQVTVHSL TGEATANALP LPAVFSAPIR PDIVHTVFTS VNKNKRQAYA VSEKAGHQTS AESWGTGRAV ARIPRVGGGG TGRSGQGAF GNMCRGGRMF APTKTWRKWN VKVNHNEKRY ATASAIAATA VASLVLARGH RVEKIPEIPL VVSTDLESIQ K TKEAVAAL ...文字列:
SRPQVTVHSL TGEATANALP LPAVFSAPIR PDIVHTVFTS VNKNKRQAYA VSEKAGHQTS AESWGTGRAV ARIPRVGGGG TGRSGQGAF GNMCRGGRMF APTKTWRKWN VKVNHNEKRY ATASAIAATA VASLVLARGH RVEKIPEIPL VVSTDLESIQ K TKEAVAAL KAVGAHSDLL KVLKSKKLRA GKGKYRNRRW TQRRGPLVVY AEDNGIVKAL RNVPGVETAN VASLNLLQLA PG AHLGRFV IWTEAAFTKL DQVWGSETVA SSKVGYTLPS HIISTSDVTR IINSSEIQSA IRPAGQATQK RTHVLKKNPL KNK QVLLRL NPYAKVFAAE KLGSKKAEKT GTKPAAVFTE TLKHD

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4A

+
分子 #11: 60S ribosomal protein L5

分子名称: 60S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 33.633633 KDa
配列文字列: AFQKDAKSSA YSSRFQTPFR RRREGKTDYY QRKRLVTQHK AKYNTPKYRL VVRFTNKDII CQIISSTITG DVVLAAAYSH ELPRYGITH GLTNWAAAYA TGLLIARRTL QKLGLDETYK GVEEVEGEYE LTEAVEDGPR PFKVFLDIGL QRTTTGARVF G ALKGASDG ...文字列:
AFQKDAKSSA YSSRFQTPFR RRREGKTDYY QRKRLVTQHK AKYNTPKYRL VVRFTNKDII CQIISSTITG DVVLAAAYSH ELPRYGITH GLTNWAAAYA TGLLIARRTL QKLGLDETYK GVEEVEGEYE LTEAVEDGPR PFKVFLDIGL QRTTTGARVF G ALKGASDG GLYVPHSENR FPGWDFETEE IDPELLRSYI FGGHVSQYME ELADDDEERF SELFKGYLAD DIDADSLEDI YT SAHEAIR ADPAFKPTEK KFTKEQYAAE SKKYRQTKLS KEERAARVAA KIAALAGQQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #12: 60S ribosomal protein L6-A

分子名称: 60S ribosomal protein L6-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 20.000564 KDa
配列文字列:
MSAQKAPKWY PSEDVAALKK TRKAARPQKL RASLVPGTVL ILLAGRFRGK RVVYLKHLED NTLLISGPFK VNGVPLRRVN ARYVIATST KVSVEGVNVE KFNVEYFAKE KLTKKEKKEA NLFPEQQNKE IKAERVEDQK VVDKALIAEI KKTPLLKQYL S ASFSLKNG DKPHMLKF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL6A

+
分子 #13: 60S ribosomal protein L7-A

分子名称: 60S ribosomal protein L7-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 25.240377 KDa
配列文字列: AEQVAAERAA RKAANKEKRA IILERNAAYQ KEYETAERNI IQAKRDAKAA GSYYVEAQHK LVFVVRIKGI NKIPPKPRKV LQLLRLTRI NSGTFVKVTK ATLELLKLIE PYVAYGYPSY STIRQLVYKR GFGKINKQRV PLSDNAIIEA NLGKYGILSI D DLIHEIIT ...文字列:
AEQVAAERAA RKAANKEKRA IILERNAAYQ KEYETAERNI IQAKRDAKAA GSYYVEAQHK LVFVVRIKGI NKIPPKPRKV LQLLRLTRI NSGTFVKVTK ATLELLKLIE PYVAYGYPSY STIRQLVYKR GFGKINKQRV PLSDNAIIEA NLGKYGILSI D DLIHEIIT VGPHFKQANN FLWPFKLSNP SGGWGVPRKF KHFIQGGSFG NREEFINKLV KSMN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30A

+
分子 #14: 60S ribosomal protein L8-A

分子名称: 60S ribosomal protein L8-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 25.814998 KDa
配列文字列: NPLTHSTPKN FGIGQAVQPK RNLSRYVKWP EYVRVQRQKK ILSIRLKVPP TIAQFQYTLD RNTAAETFKL FNKYRPETAA EKKERLTKE AAAVAEGKSK QDASPKPYAV KYGLNHVVAL IENKKAKLVL IANDVDPIEL VVFLPALCKK MGVPYAIVKG K ARLGTLVN ...文字列:
NPLTHSTPKN FGIGQAVQPK RNLSRYVKWP EYVRVQRQKK ILSIRLKVPP TIAQFQYTLD RNTAAETFKL FNKYRPETAA EKKERLTKE AAAVAEGKSK QDASPKPYAV KYGLNHVVAL IENKKAKLVL IANDVDPIEL VVFLPALCKK MGVPYAIVKG K ARLGTLVN QKTSAVAALT EVRAEDEAAL AKLVSTIDAN FADKYDEVKK HWGGGILGNK AQAKMDKRAK NSDSA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL8A

+
分子 #15: 60S ribosomal protein L9-A

分子名称: 60S ribosomal protein L9-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 21.605061 KDa
配列文字列: MKYIQTEQQI EVPEGVTVSI KSRIVKVVGP RGTLTKNLKH IDVTFTKVNN QLIKVAVHNG GRKHVAALRT VKSLVDNMIT GVTKGYKYK MRYVYAHFPI NVNIVEKDGA KFIEVRNFLG DKKIRNVPVR DGVTIEFSTN VKDEIVLSGN SVEDVSQNAA D LQQICRVR ...文字列:
MKYIQTEQQI EVPEGVTVSI KSRIVKVVGP RGTLTKNLKH IDVTFTKVNN QLIKVAVHNG GRKHVAALRT VKSLVDNMIT GVTKGYKYK MRYVYAHFPI NVNIVEKDGA KFIEVRNFLG DKKIRNVPVR DGVTIEFSTN VKDEIVLSGN SVEDVSQNAA D LQQICRVR NKDIRKFLDG IYVSHKGFIT EDL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6A

+
分子 #16: 60S ribosomal protein L11-B

分子名称: 60S ribosomal protein L11-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 19.266082 KDa
配列文字列:
QNPMRDLKIE KLVLNISVGE SGDRLTRASK VLEQLSGQTP VQSKARYTVR TFGIRRNEKI AVHVTVRGPK AEEILERGLK VKEYQLRDR NFSATGNFGF GIDEHIDLGI KYDPSIGIFG MDFYVVMNRP GARVTRRKRC KGTVGNSHKT TKEDTVSWFK Q KYDADVLD K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5B

+
分子 #17: 60S ribosomal protein L13-A

分子名称: 60S ribosomal protein L13-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 21.885234 KDa
配列文字列: AISKNLPILK NHFRKHWQER VKVHFDQAGK KVSRRNARAT RAAKIAPRPL DLLRPVVRAP TVKYNRKVRA GRGFTLAEVK AAGLTAAYA RTIGIAVDHR RQNRNQEIFD ANVQRLKEYQ SKIIVFPRNG KAPEAEQVLS AAATFPIAQP ATDVEARAVQ D NGESAFRT ...文字列:
AISKNLPILK NHFRKHWQER VKVHFDQAGK KVSRRNARAT RAAKIAPRPL DLLRPVVRAP TVKYNRKVRA GRGFTLAEVK AAGLTAAYA RTIGIAVDHR RQNRNQEIFD ANVQRLKEYQ SKIIVFPRNG KAPEAEQVLS AAATFPIAQP ATDVEARAVQ D NGESAFRT LRLARSEKKF RGIREKRARE KAEAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL13A

+
分子 #18: 60S ribosomal protein L14-A

分子名称: 60S ribosomal protein L14-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 14.976794 KDa
配列文字列:
TDSIVKASNW RLVEVGRVVL IKKGQSAGKL AAIVEIIDQK KVLIDGPKAG VPRQAINLGQ VVLTPLTFAL PRGARTATVS KKWAAAAVC EKWAASSWAK KIAQRERRAA LTDFERFQVM VLRKQKRYTV KKALAKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL14A

+
分子 #19: 60S ribosomal protein L15-A

分子名称: 60S ribosomal protein L15-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 24.351162 KDa
配列文字列: GAYKYLEELQ RKKQSDVLRF LQRVRVWEYR QKNVIHRAAR PTRPDKARRL GYKAKQGFVI YRVRVRRGNR KRPVPKGATY GKPTNQGVN ELKYQRSLRA TAEERVGRRA ANLRVLNSYW VNQDSTYKYF EVILVDPQHK AIRRDARYNW ICDPVHKHRE A RGLTATGK ...文字列:
GAYKYLEELQ RKKQSDVLRF LQRVRVWEYR QKNVIHRAAR PTRPDKARRL GYKAKQGFVI YRVRVRRGNR KRPVPKGATY GKPTNQGVN ELKYQRSLRA TAEERVGRRA ANLRVLNSYW VNQDSTYKYF EVILVDPQHK AIRRDARYNW ICDPVHKHRE A RGLTATGK KSRGINKGHK FNNTKAGRRK TWKRQNTLSL WRYRK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL15A

+
分子 #20: 60S ribosomal protein L16-A

分子名称: 60S ribosomal protein L16-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 22.028951 KDa
配列文字列: VEPVVVIDGK GHLVGRLASV VAKQLLNGQK IVVVRAEELN ISGEFFRNKL KYHDFLRKAT AFNKTRGPFH FRAPSRIFYK ALRGMVSHK TARGKAALER LKVFEGIPPP YDKKKRVVVP QALRVLRLKP GRKYTTLGKL STSVGWKYED VVAKLEAKRK V SSAEYYAK ...文字列:
VEPVVVIDGK GHLVGRLASV VAKQLLNGQK IVVVRAEELN ISGEFFRNKL KYHDFLRKAT AFNKTRGPFH FRAPSRIFYK ALRGMVSHK TARGKAALER LKVFEGIPPP YDKKKRVVVP QALRVLRLKP GRKYTTLGKL STSVGWKYED VVAKLEAKRK V SSAEYYAK KRAFTKKVAS ANATAAESDV AKQLAALGY

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13A

+
分子 #21: 60S ribosomal protein L17-A

分子名称: 60S ribosomal protein L17-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 20.458322 KDa
配列文字列:
ARYGATSTNP AKSASARGSY LRVSFKNTRE TAQAINGWEL TKAQKYLEQV LDHQRAIPFR RFNSSIGRTA QGKEFGVTKA RWPAKSVKF VQGLLQNAAA NAEAKGLDAT KLYVSHIQVN QAPKQRRRTY RAHGRINKYE SSPSHIELVV TEKEEAVAKA A EKKVVRLT SRQRGRIAAQ KRIAA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22A

+
分子 #22: 60S ribosomal protein L18-A

分子名称: 60S ribosomal protein L18-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 20.478059 KDa
配列文字列:
GIDHTSKQHK RSGHRTAPKS DNVYLKLLVK LYTFLARRTD APFNKVVLKA LFLSKINRPP VSVSRIARAL KQEGAANKTV VVVGTVTDD ARIFEFPKTT VAALRFTAGA RAKIVKAGGE CITLDQLAVR APKGQNTLIL RGPRNSREAV RHFGMGPHKG K APRILSTG RKFERARGRR RSKGFKV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL18A

+
分子 #23: 60S ribosomal protein L19-A

分子名称: 60S ribosomal protein L19-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 18.275229 KDa
配列文字列:
ANLRTQKRLA ASVVGVGKRK VWLDPNETSE IAQANSRNAI RKLVKNGTIV KKAVTVHSKS RTRAHAQSKR EGRHSGYGKR KGTREARLP SQVVWIRRLR VLRRLLAKYR DAGKIDKHLY HVLYKESKGN AFKHKRALVE HIIQAKADAQ REKALNEEAE A

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL19A

+
分子 #24: 60S ribosomal protein L20-A

分子名称: 60S ribosomal protein L20-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 20.478852 KDa
配列文字列:
MAHFKEYQVI GRRLPTESVP EPKLFRMRIF ASNEVIAKSR YWYFLQKLHK VKKASGEIVS INQINEAHPT KVKNFGVWVR YDSRSGTHN MYKEIRDVSR VAAVETLYQD MAARHRARFR SIHILKVAEI EKTADVKRQY VKQFLTKDLK FPLPHRVQKS T KTFSYKRP STFY

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL20A

+
分子 #25: 60S ribosomal protein L21-A

分子名称: 60S ribosomal protein L21-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 18.148066 KDa
配列文字列:
GKSHGYRSRT RYMFQRDFRK HGAVHLSTYL KVYKVGDIVD IKANGSIQKG MPHKFYQGKT GVVYNVTKSS VGVIINKMVG NRYLEKRLN LRVEHIKHSK CRQEFLERVK ANAAKRAEAK AQGVAVQLKR QPAQPRESRI VSTEGNVPQT LAPVPYETFI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL21A

+
分子 #26: 60S ribosomal protein L22-A

分子名称: 60S ribosomal protein L22-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 11.263863 KDa
配列文字列:
QKIAKTFTVD VSSPTENGVF DPASYAKYLI DHIKVEGAVG NLGNAVTVTE DGTVVTVVST AKFSGKYLKY LTKKYLKKNQ LRDWIRFVS TKTNEYRLAF Y

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL22A

+
分子 #27: 60S ribosomal protein L23-A

分子名称: 60S ribosomal protein L23-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 14.362755 KDa
配列文字列:
SGNGAQGTKF RISLGLPVGA IMNCADNSGA RNLYIIAVKG SGSRLNRLPA ASLGDMVMAT VKKGKPELRK KVMPAIVVRQ AKSWRRRDG VFLYFEDNAG VIANPKGEMK GSAITGPVGK ECADLWPRVA SNSGVVV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14A

+
分子 #28: 60S ribosomal protein L24-A

分子名称: 60S ribosomal protein L24-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 8.043428 KDa
配列文字列:
MKVEIDSFSG AKIYPGRGTL FVRGDSKIFR FQNSKSASLF KQRKNPRRIA WTVLFRKHHK KGITEEVAK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL24A

+
分子 #29: 60S ribosomal protein L25

分子名称: 60S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 13.771176 KDa
配列文字列:
KALKVRTSAT FRLPKTLKLA RAPKYASKAV PHYNRLDSYK VIEQPITSET AMKKVEDGNI LVFQVSMKAN KYQIKKAVKE LYEVDVLKV NTLVRPNGTK KAYVRLTADY DALDIANRIG YI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #30: 60S ribosomal protein L26-A

分子名称: 60S ribosomal protein L26-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 14.265784 KDa
配列文字列:
MAKQSLDVSS DRRKARKAYF TAPSSQRRVL LSAPLSKELR AQYGIKALPI RRDDEVLVVR GSKKGQEGKI SSVYRLKFAV QVDKVTKEK VNGASVPINL HPSKLVITKL HLDKDRKALI QRKGGKLE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24A

+
分子 #31: 60S ribosomal protein L27-A

分子名称: 60S ribosomal protein L27-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 15.437166 KDa
配列文字列:
AKFLKAGKVA VVVRGRYAGK KVVIVKPHDE GSKSHPFGHA LVAGIERYPL KVTKKHGAKK VAKRTKIKPF IKVVNYNHLL PTRYTLDVE AFKSVVSTET FEQPSQREEA KKVVKKAFEE RHQAGKNQWF FSKLRF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL27A

+
分子 #32: 60S ribosomal protein L28

分子名称: 60S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 16.630471 KDa
配列文字列:
PSRFTKTRKH RGHVSAGKGR IGKHRKHPGG RGMAGGQHHH RINMDKYHPG YFGKVGMRYF HKQQAHFWKP VLNLDKLWTL IPEDKRDQY LKSASKETAP VIDTLAAGYG KILGKGRIPN VPVIVKARFV SKLAEEKIRA AGGVVELIA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #33: 60S ribosomal protein L29

分子名称: 60S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 6.560688 KDa
配列文字列:
AKSKNHTAHN QTRKAHRNGI KKPKTYKYPS LKGVDPKFRR NHKHALHGTA KALAAAKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL29

+
分子 #34: 60S ribosomal protein L30

分子名称: 60S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 10.558344 KDa
配列文字列:
SINQKLALVI KSGKYTLGYK STVKSLRQGK SKLIIIAANT PVLRKSELEY YAMLSKTKVY YFQGGNNELG TAVGKLFRVG VVSILEAGD SDILTTLA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL30

+
分子 #35: 60S ribosomal protein L31-A

分子名称: 60S ribosomal protein L31-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 12.649754 KDa
配列文字列:
LKDVVTREYT INLHKRLHGV SFKKRAPRAV KEIKKFAKLH MGTDDVRLAP ELNQAIWKRG VKGVEYRLRL RISRKRNEEE DAKNPLFSY VEPVLVASAK GLQTVVVEED

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL31A

+
分子 #36: 60S ribosomal protein L32

分子名称: 60S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 14.478054 KDa
配列文字列:
ASLPHPKIVK KHTKKFKRHH SDRYHRVAEN WRKQKGIDSV VRRRFRGNIS QPKIGYGSNK KTKFLSPSGH KTFLVANVKD LETLTMHTK TYAAEIAHNI SAKNRVVILA RAKALGIKVT NPKGRLAL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL32

+
分子 #37: 60S ribosomal protein L33-A

分子名称: 60S ribosomal protein L33-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 12.045935 KDa
配列文字列:
AESHRLYVKG KHLSYQRSKR VNNPNVSLIK IEGVATPQDA QFYLGKRIAY VYRASKEVRG SKIRVMWGKV TRTHGNSGVV RATFRNNLP AKTFGASVRI FLYPSNI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL33A

+
分子 #38: 60S ribosomal protein L34-A

分子名称: 60S ribosomal protein L34-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 12.608831 KDa
配列文字列:
AQRVTFRRRN PYNTRSNKIK VVKTPGGILR AQHVKKLATR PKCGDCGSAL QGISTLRPRQ YATVSKTHKT VSRAYGGSRC ANCVKERII RAFLIEEQKI VKKVVKEQTE AAK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL34A

+
分子 #39: 60S ribosomal protein L35-A

分子名称: 60S ribosomal protein L35-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 13.811444 KDa
配列文字列:
AGVKAYELRT KSKEQLASQL VDLKKELAEL KVQKLSRPSL PKIKTVRKSI ACVLTVINEQ QREAVRQLYK GKKYQPKDLR AKKTRALRR ALTKFEASQV TEKQRKKQIA FPQRKYAIKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29A

+
分子 #40: 60S ribosomal protein L36-A

分子名称: 60S ribosomal protein L36-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 11.020063 KDa
配列文字列:
TVKTGIAIGL NKGKKVTSMT PAPKISYKKG AASNRTKFVR SLVREIAGLS PYERRLIDLI RNSGEKRARK VAKKRLGSFT RAKAKVEEM NNIIAASRRH

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL36A

+
分子 #41: 60S ribosomal protein L37-A

分子名称: 60S ribosomal protein L37-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 9.746199 KDa
配列文字列:
GKGTPSFGKR HNKSHTLCNR CGRRSFHVQK KTCSSCGYPA AKTRSYNWGA KAKRRHTTGT GRMRYLKHVS RRFKNGFQTG SASKASA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL37A

+
分子 #42: 60S ribosomal protein L38

分子名称: 60S ribosomal protein L38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 8.714363 KDa
配列文字列:
AREITDIKQF LELTRRADVK TATVKINKKL NKAGKPFRQT KFKVRGSSSL YTLVINDAGK AKKLIQSLPP TLKVNRL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL38

+
分子 #43: 60S ribosomal protein L39

分子名称: 60S ribosomal protein L39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 6.227444 KDa
配列文字列:
AAQKSFRIKQ KMAKAKKQNR PLPQWIRLRT NNTIRYNAKR RNWRRTKMNI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL39

+
分子 #44: 60S ribosomal protein L40-A

分子名称: 60S ribosomal protein L40-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 6.032321 KDa
配列文字列:
IIEPSLKALA SKYNCDKSVC RKCYARLPPR ATNCRKRKCG HTNQLRPKKK LK

UniProtKB: Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein

+
分子 #45: 60S ribosomal protein L10

分子名称: 60S ribosomal protein L10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 25.279271 KDa
配列文字列: ARRPARCYRY QKNKPYPKSR YNRAVPDSKI RIYDLGKKKA TVDEFPLCVH LVSNELEQLS SEALEAARIC ANKYMTTVSG RDAFHLRVR VHPFHVLRIN KMLSCAGADR LQQGMRGAWG KPHGLAARVD IGQIIFSVRT KDSNKDVVVE GLRRARYKFP G QQKIILSK ...文字列:
ARRPARCYRY QKNKPYPKSR YNRAVPDSKI RIYDLGKKKA TVDEFPLCVH LVSNELEQLS SEALEAARIC ANKYMTTVSG RDAFHLRVR VHPFHVLRIN KMLSCAGADR LQQGMRGAWG KPHGLAARVD IGQIIFSVRT KDSNKDVVVE GLRRARYKFP G QQKIILSK KWGFTNLDRP EYLKKREAGE VKDDGAFVKF LSKKGSLENN IREFPEYFAA QA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #46: Unknown chain

分子名称: Unknown chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 1.975426 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #47: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R3/3 / 支持フィルム - 材質: CARBON
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 43.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 25072
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6hd7

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6snt

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1g62

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7zs5:
Structure of 60S ribosomal subunit from S. cerevisiae with eIF6 and tRNA

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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