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- EMDB-14882: Chaetomium thermophilum Rad50 zinc-hook tetramer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14882
タイトルChaetomium thermophilum Rad50 zinc-hook tetramer
マップデータZinc hook. the main map
試料
  • 複合体: Chaetomium thermophilum Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to ATPyS
    • タンパク質・ペプチド: Double-strand break repair protein
  • タンパク質・ペプチド: DH domain-containing protein
  • タンパク質・ペプチド: FHA domain-containing protein
キーワードDNA repair / complex / ATPase / coiled-coils / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Mre11 complex / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA endonuclease activity / meiotic cell cycle / double-strand break repair / manganese ion binding / chromosome, telomeric region / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
類似検索 - 分子機能
DNA double-strand break repair protein Mre11 / Mre11, DNA-binding / Mre11, capping domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Double-strand break repair protein MRE11
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類) / Thermochaetoides thermophila (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Stakyte K / Rotheneder M / Bartho JD / Lammens K / Hopfner KP
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)CRC1361 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1361 ドイツ
German Research Foundation (DFG)GRK1721 ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the Mre11-Rad50-Nbs1 complex reveals the molecular mechanism of scaffolding functions.
著者: Matthias Rotheneder / Kristina Stakyte / Erik van de Logt / Joseph D Bartho / Katja Lammens / Yilan Fan / Aaron Alt / Brigitte Kessler / Christophe Jung / Wynand P Roos / Barbara ...著者: Matthias Rotheneder / Kristina Stakyte / Erik van de Logt / Joseph D Bartho / Katja Lammens / Yilan Fan / Aaron Alt / Brigitte Kessler / Christophe Jung / Wynand P Roos / Barbara Steigenberger / Karl-Peter Hopfner /
要旨: The DNA double-strand break repair complex Mre11-Rad50-Nbs1 (MRN) detects and nucleolytically processes DNA ends, activates the ATM kinase, and tethers DNA at break sites. How MRN can act both as ...The DNA double-strand break repair complex Mre11-Rad50-Nbs1 (MRN) detects and nucleolytically processes DNA ends, activates the ATM kinase, and tethers DNA at break sites. How MRN can act both as nuclease and scaffold protein is not well understood. The cryo-EM structure of MRN from Chaetomium thermophilum reveals a 2:2:1 complex with a single Nbs1 wrapping around the autoinhibited Mre11 nuclease dimer. MRN has two DNA-binding modes, one ATP-dependent mode for loading onto DNA ends and one ATP-independent mode through Mre11's C terminus, suggesting how it may interact with DSBs and intact DNA. MRNs two 60-nm-long coiled-coil domains form a linear rod structure, the apex of which is assembled by the two joined zinc-hook motifs. Apices from two MRN complexes can further dimerize, forming 120-nm spanning MRN-MRN structures. Our results illustrate the architecture of MRN and suggest how it mechanistically integrates catalytic and tethering functions.
履歴
登録2022年5月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月28日-
マップ公開2022年12月28日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14882.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14882.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Zinc hook. the main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 352 pix.
= 372.768 Å		1.06 Å/pix.
x 352 pix.
= 372.768 Å		1.06 Å/pix.
x 352 pix.
= 372.768 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.059 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.063769735 - 0.45774072
平均 (標準偏差)-0.0001591245 (±0.012502395)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 372.768 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14882_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Zinc hook. half map a

ファイルemd_14882_half_map_1.map
注釈Zinc hook. half map a
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Zinc hook. half map b

ファイルemd_14882_half_map_2.map
注釈Zinc hook. half map b
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Chaetomium thermophilum Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to ATPyS

全体名称: Chaetomium thermophilum Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to ATPyS
要素
  • 複合体: Chaetomium thermophilum Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to ATPyS
    • タンパク質・ペプチド: Double-strand break repair protein
  • タンパク質・ペプチド: DH domain-containing protein
  • タンパク質・ペプチド: FHA domain-containing protein

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超分子 #1: Chaetomium thermophilum Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to ATPyS

超分子名称: Chaetomium thermophilum Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to ATPyS
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

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分子 #1: Double-strand break repair protein

分子名称: Double-strand break repair protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MPQTAGPDTI RILVSTDNHV GYEERDPIRK DDSWRTFDEI MQLARTKDVD MVLLGGDLFH DNKPSRKAMY QVMRSLRKNC LGMKPCELEF LSDPAEVFEG AFPHVNYYDP DINVSIPVFS IHGNHDDPSG DGHLCSLDLL QVAGLVNYFG RVPEADNIHV KPILLQKGKT ...文字列:
MPQTAGPDTI RILVSTDNHV GYEERDPIRK DDSWRTFDEI MQLARTKDVD MVLLGGDLFH DNKPSRKAMY QVMRSLRKNC LGMKPCELEF LSDPAEVFEG AFPHVNYYDP DINVSIPVFS IHGNHDDPSG DGHLCSLDLL QVAGLVNYFG RVPEADNIHV KPILLQKGKT KLALYGMSNV RDERIHRTFR DNKVRFYRPS QQTGDWFNLL TLHQNHYAHT PTGYLSENML PDFLDLVIWG HEHECLIDPK KNPETGFHVM QPGSSIATSL VPGEAVPKHI AILSITGKSF EVEKIPLRTV RPFVIREITL ATDKRFKGLE KKQDNRQEVT KRLMQIVEEM IAEANEMWRS LHEDSQDDED EEQPLPLIRL KVEYSSPEGT KFEVENPQRF SNRFAGKVAN QNDVVHFYRK KTGTTRKPKE GKRELPEGIA EALEDSDSIS VDALVQEFFA QQSLKILPQA PFGDAVNQFV SKDDKHAVEM FVMDSLSSQV RGLLQLDDDK INEGLDSHIE DFRKVMEKNF LSGQQKQAQR RRRFKEKPEG WDSDLNGHWT LQPEAIEELS SSPEPAKEGG RVRPASRITV GDEDNLFEEE EFVQKTTAKR APTTRATRKT AAATRATTAT KASAPAKKSI AAPRGRKRAN PFQDSAEEEE DVIMDDDDDY KPAPPVKAPP PKPARETQTR GAPKTRQTTL NFSQAERPTR TTQKAIEISD DEISEDDAFE SMPARKSKRY

UniProtKB: Double-strand break repair protein MRE11

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分子 #2: DH domain-containing protein

分子名称: DH domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSKIEKLSIL GVRSFGPHHP ETIAFNTPLT LIVGYNGSGK TTVIECLKYA TTGELPPNST RNGAFIHDPD LVGEKEVRAQ VKLSFRSTIG ESYVVTRNIQ LLVQRNNKRT QKTLEGSLLL RNNGERTVIS TRVAELDKLV SEKLGVPPAI LDAVIFCHQD DSLWPMSEPA ...文字列:
MSKIEKLSIL GVRSFGPHHP ETIAFNTPLT LIVGYNGSGK TTVIECLKYA TTGELPPNST RNGAFIHDPD LVGEKEVRAQ VKLSFRSTIG ESYVVTRNIQ LLVQRNNKRT QKTLEGSLLL RNNGERTVIS TRVAELDKLV SEKLGVPPAI LDAVIFCHQD DSLWPMSEPA ALKKRFDEIF EAQKYTKVIE NIRLLKKKKG DELKILKERE VQDKANKERA EKVDRLMAQL TREILEAREK CNELSKQMEE ESAKIKDKYE QANSFLKIMN DLQTKTEKLE YKKDAIVELR SRIEELPDPD EVLRNTLDEY EQTINRIVAD RDHKAAQFHD LQAELKSARD QHTAKAAEQG KHQSDKEKYE RQLVARERMI REAAERHEIR GYNGDLDDRR IAIFNERIQK ILNDKRRELE RLQRENQEEL DRKTAVIAER ESRKQSVIRD RKAAKDRIIS LGKDMASIQG ELSSIDIDEG TEEMLRAEMK ELQARIEAAK ADEQNANLDA QIKEVNEEIW KLESLSAKLA RELVECTRLA SERAQLDLRR KQLAERKREL EIMTNTWNEQ FSTLLGEGWR PETLERDFSD VLKQQQLLVG EHRKKKDATQ QELKQAEYQL SNARNLHNKL TNEMEACMRA VQTAMKEARD LDSAPPVDEY ITMLETDEKE LAEVETALKL YDELKKHYST IKDRALRFNK CYICDRDFTN QEAAKTRLLE KVAKRLGDEE KKELLEDQAA FMKSLDILRA VRVKYDTYQR LSSELPQLSR EIDSETNRRE DLVRRLEDQD LAFREADNKL QEMETLNKHV MKITQLLKDI SDAEKQVERS QQLSNIETRS ADEINEEQTT CAEQTRAAQA KLTKLTAEKQ RLKDLVRQLE VERLQLENKI SSAVQQLERK KRLQESIARH KEDQNQARNA VQEADEELER LEPEIAGARA ALDEARQACR AKEQKVAAER DAIAQTVSEL NMINSEIQEY LDRGGPSSLA ANQRAIANLE TQMANLEGEM RELTVQINKL NKEIDNSDAK KRNIADNLTY RKNLREKDAL EREIAELEAR NAQEDYDRLI KEAHYLEAHR SKLNADRERL MGMMSTKDEE FRRLNEEYEL DLKDAKAKYK ETHIKVETTK AAIEDLGRGM AAVDHAIMQY HSKMMEQINR TIAELWQSTY QGTDIDTIQI RSDVESTTSS DSGTRRNYNY RVSMVKGDTE MDMRGRCSAG QKVLASIIIR LALAESFCAN CGLIALDEPT TNLDSDNIRS LAESLHGIIK ARQAQGNLQL IVITHDEEFL KYMQCSDFCD DFYRVKRDEK QNSVIVRESI TRITE

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分子 #3: FHA domain-containing protein

分子名称: FHA domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MWILESELFD GKRLWLRPGK TYLFGRTVAE AGQLTISDKT VSRKHLTIHI DNVPEGGGRN LRSRSNVIVE DLESKKGTLV NGVQIRGQKT TLTEDVNEIK LGLCPKTLKI RWHPIVLSFS FTSKELRADP WTNLRDSLEQ LDIKYSAEYE PTTTHVVSKK RNTSKGLQAL ...文字列:
MWILESELFD GKRLWLRPGK TYLFGRTVAE AGQLTISDKT VSRKHLTIHI DNVPEGGGRN LRSRSNVIVE DLESKKGTLV NGVQIRGQKT TLTEDVNEIK LGLCPKTLKI RWHPIVLSFS FTSKELRADP WTNLRDSLEQ LDIKYSAEYE PTTTHVVSKK RNTSKGLQAL INGRYIVTDS FINAIVQATE IPEGEEGASS ALEQDFEANW PNPLDHLPPR GEEPGNHTTE TYAPDARRQE VFDGYTFIFY EKKQYDNLFP AISAGKGKAL LKEVVPNRTR VDEFVRYVKS VAGEKGLGSF EDGSEGKGVV VVRYTPKGED SAWYAEFFTK FAQQLDHRPI DQKEFLEAIL ACDASMLRRP LEAMSQPVSV SASVEPQSSE KVRPAVEDRK EVEQSAPKQL QPSAEVPATE ESAPAPHRRE RRTGRSRFKG FDFDDDDIII ETPQAQSSTQ VPALPQVPSA SQDSLFVSQR EPSLAPSEPM LEEEAPCNTR TTRQTHRKRV LSPLPEHDNS ALLDEIAPIT AAVKRRRIEA GQDPVPPLPE PEPEREDEDV EMVEESPPRK GKKGAATTAK GKGKKIKQED EENVLELARR RREEAEAAAA AERQRLAQLG DDDIDYAAIR RLHIIEEIEV RQPEPHGPNR TREQDIADGR WDPRWNGRKN FKRFRRQGET GVRMPVQSVI VPLEEVRTKE YGIGDDYWLE DEEGRVPRRP KETQTQERST IGSVRDGSGF AAAAASGKGK EKDKENEKEV GRPGSSAAAA KQRSKPAPRR TVLTLDSSDE DEDEPSPHAP GIDTISDSEP EVVSSFPSVI PASEPSRSRA AKAAERANAL RSSAHSSQSQ TQQHRESQLS TGSSKIQLTL APGSSSLSFS RSGTAAGRNE NGKRPFGSFV SGESTASGRG MSVESGSVRG ESASKRQKQG SSGGGSFLAT RRKDDGSEEE SEDDELKFRF GRRR

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 43.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 32603
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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