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- EMDB-14799: Tail tip of siphophage T5 : full complex after interaction with i... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14799
タイトルTail tip of siphophage T5 : full complex after interaction with its bacterial receptor FhuA
マップデータ
試料
  • ウイルス: Escherichia virus T5 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Probable baseplate hub protein
    • タンパク質・ペプチド: Pore-forming tail tip protein pb2
    • タンパク質・ペプチド: Straight fiber protein pb4
    • タンパク質・ペプチド: L-shaped tail fiber protein p132
    • タンパク質・ペプチド: Minor tail protein
    • タンパク質・ペプチド: Distal tail protein
    • タンパク質・ペプチド: Tail tube protein
キーワードBacteriophage / Siphophage / T5 / baseplate / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan muralytic activity / : / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, tube / symbiont genome ejection through host cell envelope, long flexible tail mechanism / virus tail, baseplate / virus tail, fiber / viral tail assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / symbiont entry into host ...peptidoglycan muralytic activity / : / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, tube / symbiont genome ejection through host cell envelope, long flexible tail mechanism / virus tail, baseplate / virus tail, fiber / viral tail assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / symbiont entry into host / virus tail / viral release from host cell by cytolysis / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / killing of cells of another organism / lyase activity / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Distal tail protein pb9, A domain C-terminal / Distal tail protein pb9, A domain, N-terminal / Distal tail protein pb9, B domain / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain 2 / Bacterial Ig-like domain, group 2
類似検索 - ドメイン・相同性
Tail tube protein pb6 / Baseplate tube protein p140 / Distal tail protein pb9 / Baseplate hub protein pb3 / Straight fiber protein pb4 / Collar protein p132 / Tape measure protein pb2 precursor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage T5 (ファージ) / Escherichia virus T5 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.29 Å
データ登録者Linares R / Arnaud CA / Effantin G / Darnault C / Epalle N / Boeri Erba E / Schoehn G / Breyton C
資金援助 フランス, 2件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-16-CE11-0027 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-21-CE11-0023 フランス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structural basis of bacteriophage T5 infection trigger and cell wall perforation.
著者: Romain Linares / Charles-Adrien Arnaud / Grégory Effantin / Claudine Darnault / Nathan Hugo Epalle / Elisabetta Boeri Erba / Guy Schoehn / Cécile Breyton /
要旨: Most bacteriophages present a tail allowing host recognition, cell wall perforation, and viral DNA channeling from the capsid to the infected bacterium cytoplasm. The majority of tailed phages bear a ...Most bacteriophages present a tail allowing host recognition, cell wall perforation, and viral DNA channeling from the capsid to the infected bacterium cytoplasm. The majority of tailed phages bear a long flexible tail () at the tip of which receptor binding proteins (RBPs) specifically interact with their host, triggering infection. In siphophage T5, the unique RBP is located at the extremity of a central fiber. We present the structures of T5 tail tip, determined by cryo-electron microscopy before and after interaction with its receptor, FhuA, reconstituted into nanodisc. These structures bring out the important conformational changes undergone by T5 tail tip upon infection, which include bending of T5 central fiber on the side of the tail tip, tail anchoring to the membrane, tail tube opening, and formation of a transmembrane channel. The data allow to detail the first steps of an otherwise undescribed infection mechanism.
履歴
登録2022年4月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2023年7月5日-
現状2023年7月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_14799.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14799.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 340 pix.
= 459.34 Å		1.35 Å/pix.
x 340 pix.
= 459.34 Å		1.35 Å/pix.
x 340 pix.
= 459.34 Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.351 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0214
最小 - 最大-0.03823096 - 0.0929793
平均 (標準偏差)0.00047636672 (±0.003728263)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 459.34 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_14799_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14799_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_14799_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia virus T5

全体名称: Escherichia virus T5 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Escherichia virus T5 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Probable baseplate hub protein
    • タンパク質・ペプチド: Pore-forming tail tip protein pb2
    • タンパク質・ペプチド: Straight fiber protein pb4
    • タンパク質・ペプチド: L-shaped tail fiber protein p132
    • タンパク質・ペプチド: Minor tail protein
    • タンパク質・ペプチド: Distal tail protein
    • タンパク質・ペプチド: Tail tube protein

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超分子 #1: Escherichia virus T5

超分子名称: Escherichia virus T5 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Pure T5 tails obtained by infecting E. coli F strain with the amber mutant phage T5D20am30d, incubated with E. coli receptor FhuA reconstituted into nanodisc
NCBI-ID: 2695836 / 生物種: Escherichia virus T5 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: F

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分子 #1: Probable baseplate hub protein

分子名称: Probable baseplate hub protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T5 (ファージ)
分子量理論値: 107.279766 KDa
配列文字列: MKKILDSAKN YLNTHDKLKT ACLIALELPS SSGSAATYIY LTDYFRDVTY NGILYRSGKV KSISSHKQNR QLSIGSLSFT ITGTAEDEV LKLVQNGVSF LDRGITIHQA IINEEGNILP VDPDTDGPLL FFRGRITGGG IKDNVNTSGI GTSVITWNCS N QFYDFDRV ...文字列:
MKKILDSAKN YLNTHDKLKT ACLIALELPS SSGSAATYIY LTDYFRDVTY NGILYRSGKV KSISSHKQNR QLSIGSLSFT ITGTAEDEV LKLVQNGVSF LDRGITIHQA IINEEGNILP VDPDTDGPLL FFRGRITGGG IKDNVNTSGI GTSVITWNCS N QFYDFDRV NGRYTDDASH RGLEVVNGTL QPSNGAKRPE YQEDYGFFHS NKSTTILAKY QVKEERYKLQ SKKKLFGLSR SY SLKKYYE TVTKEVDLDF NLAAKFIPVV YGVQKIPGIP IFADTELNNP NIVYVVYAFA EGEIDGFLDF YIGDSPMICF DET DSDTRT CFGRKKIVGD TMHRLAAGTS TSQPSVHGQE YKYNDGNGDI RIWTFHGKPD QTAAQVLVDI AKKKGFYLQN QNGN GPEYW DSRYKLLDTA YAIVRFTINE NRTEIPEISA EVQGKKVKVY NSDGTIKADK TSLNGIWQLM DYLTSDRYGA DITLD QFPL QKVISEAKIL DIIDESYQTS WQPYWRYVGW NDPLSENRQI VQLNTILDTS ESVFKNVQGI LESFGGAINN LSGEYR ITV EKYSTNPLRI NFLDTYGDLD LSDTTGRNKF NSVQASLVDP ALSWKTNSIT FYNSKFKEQD KGLDKKLQLS FANITNY YT ARSYADRELK KSRYSRTLSF SVPYKFIGIE PNDPIAFTYE RYGWKDKFFL VDEVENTRDG KINLVLQEYG EDVFINSE Q VDNSGNDIPD ISNNVLPPRD FKYTPTPGGV VGAIGKNGEL SWLPSLTNNV VYYSIAHSGH VNPYIVQQLE NNPNERMIQ EIIGEPAGLA IFELRAVDIN GRRSSPVTLS VDLNSAKNLS VVSNFRVVNT ASGDVTEFVG PDVKLAWDKI PEEEIIPEIY YTLEIYDSQ DRMLRSVRIE DVYTYDYLLT YNKADFALLN SGALGINRKL RFRIRAEGEN GEQSVGWATI

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分子 #2: Pore-forming tail tip protein pb2

分子名称: Pore-forming tail tip protein pb2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T5 (ファージ)
分子量理論値: 131.629547 KDa
配列文字列: MTDKLIRELL IDVKQKGATR TAKSIENVSD ALENAAAASE LTNEQLGKMP RTLYSIERAA DRAAKSLTKM QASRGMAGIT KSIDGIGDK LDYLAIQLIE VTDKLEIGFD GVSRSVKAMG NDVAAATEKV QDRLYDTNRA LGGTSKGFND TAGAAGRASR A LGNTSGSA ...文字列:
MTDKLIRELL IDVKQKGATR TAKSIENVSD ALENAAAASE LTNEQLGKMP RTLYSIERAA DRAAKSLTKM QASRGMAGIT KSIDGIGDK LDYLAIQLIE VTDKLEIGFD GVSRSVKAMG NDVAAATEKV QDRLYDTNRA LGGTSKGFND TAGAAGRASR A LGNTSGSA RGATRDFAAM AKIGGRLPIM YAALASNVFV LQTAFESLKV GDQLNRLEQF GTIVGTMTGT PVQTLALSLQ NA TNGAISF EEAMRQASSA SAYGFDSEQL EQFGLVARRA AAVLGVDMTD ALNRVIKGVS KQEIELLDEL GVTIRLNDAY ENY VKQLNA TSTGIKYTVD SLTTYQKQQA YANEVIAEST RRFGYLDDAL KATSWEQFAA NANSALRSLQ QSAATYLNPV MDTL NTFLY QTKSSQMRVS AMARSASAKT TPAENVTALI ENAVGAREDL DTYLKESEER VKKAQELKQQ LDDLKAKQAA TAPIA NALT AGGIGGDESN KLVVQLTNEL ARQNKEIEER TKTEKVLRQA VQDTGEALLR NGKLAEQLGA KMKYADTAVP GDKGVF EVD PNNLKAVSEI QKNFDFLKKS SSDTANNIRM AASSITNAKK ASSDLNSVVK AVEDTSKVTG QSADTLVKNL NLGFSSL DQ MKAAQKGLSE YVTAMDKSEQ NALEVAKRKD EVYNQTKDKA KAEAAAREVL LRQQQEQLTA AKALLAINPN DPEALKQV A KIETEILNTK AQGFENAKKT KDYTDKILGV DREIALLNDR TMTSTQYRLA QLRLELQLEQ EKTELYSKQA DGQAKVEQS RRAQAQISRE IWEAEKQGTA SHVSALMDAL EVSQTQRNVT GQSQILTERL SILQQQLELS KGNTEEELKY RNEIYKTSAA LEQLKKQRE SQMQQQVGSS VGATYTSTTG LIGEDKDFAD MQNRMASYDQ AISKLSELNS EATAVAQSMG NLTNAMIQFS Q GSLDTTSM IASGMQTVAS MIQYSTSQQV SAIDQAIAAE QKRDGKSEAS KAKLKKLEAE KLKIQQDAAK KQIIIQTAVA VM QAATAVP YPFSIPLMVA AGLAGALALA QASSASGMSS IADSGADTTQ YLTLGERQKN VDVSMQASSG ELSYLRGDKG IGN ANSFVP RAEGGMMYPG VSYQMGEHGT EVVTPMVPMK ATPNDQLSDG SKTTSGRPII LNISTMDAAS FRDFASNNST AFRD AVELA LNENGTTLKS LGNS

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分子 #3: Straight fiber protein pb4

分子名称: Straight fiber protein pb4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T5 (ファージ)
分子量理論値: 74.851703 KDa
配列文字列: MISNNAPAKM VLNSVLTGYT LAYIQHSIYS DYDVIGRSFW LKEGSNVTRR DFTGIDTFSV TINNLKPTTT YEVQGAFYDS IIDSELLNA QIGINLSDKQ TFKMKSAPRI TGARCESEPV DVGVGAPIVY IDTTGEADYC TIELKDNSNA NNPWVKYYVG A LMPTIMFG ...文字列:
MISNNAPAKM VLNSVLTGYT LAYIQHSIYS DYDVIGRSFW LKEGSNVTRR DFTGIDTFSV TINNLKPTTT YEVQGAFYDS IIDSELLNA QIGINLSDKQ TFKMKSAPRI TGARCESEPV DVGVGAPIVY IDTTGEADYC TIELKDNSNA NNPWVKYYVG A LMPTIMFG GVPIGSYKVR ISGQISLPDG VTIDSSGYYE YPNVFEVRYN FVPPAAPINI VFKAARIADG KERYDLRVQW DW NRGAGAN VREFVLSYID SAEFVRTGWT KAQKINVGAA QSATIISFPW KVEHKFKVSS IAWGPDAQDV TDSAVQTFIL NES TPLDNS FVNETGIEVN YAYIKGKIKD GSTWKQTFLI DAATGAINIG LLDAEGKAPI SFDPVKKIVN VDGSVITKTI NAAN FVMTN LTGQDNPAIY TQGKTWGDTK SGIWMGMDNV TAKPKLDIGN ATQYIRYDGN ILRISSEVVI GTPNGDIDIQ TGIQG KQTV FIYIIGTSLP AKPTSPAYPP SGWSKTPPNR TSNTQNIYCS TGTLDPVTNQ LVSGTSWSDV VQWSGTEGVD GRPGAT GQR GPGMYSLAIA NLTAWNDSQA NSFFTSNFGS GPVKYDVLTE YKSGAPGTAF TRQWNGSAWT SPAMVLHGDM IVNGTVT AS KIVANNAFLS QIGVNIIYDR AAALSSNPEG SYKMKIDLQN GYIHIR

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分子 #4: L-shaped tail fiber protein p132

分子名称: L-shaped tail fiber protein p132 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T5 (ファージ)
分子量理論値: 15.079864 KDa
配列文字列:
MSTENRVIDL VVDENVPYGL LMQFMDVDDS VYPSTSKPVD LTDFSLRGSI KSSLEDGAET VASFTTAIVD AAQGVASISL PVSAVTTIA SKASKERDRY NPRQRLAGYY DVIITRTAVG SAASSFRIME GKVYISDGVT Q

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分子 #5: Minor tail protein

分子名称: Minor tail protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T5 (ファージ)
分子量理論値: 34.367605 KDa
配列文字列: MFYSLMRESK IVIEYDGRGY HFDALSNYDA STSFQEFKTL RRTIHNRTNY ADSIINAQDP SSISLAINFS TTLIESNFFD WMGFTREGN SLFLPRNTPN IEPIMFNMYI INHNNSCIYF ENCYVSTVDF SLDKSIPILN VGIESGKFSE VSTFRDGYTI T QGEVLPYS ...文字列:
MFYSLMRESK IVIEYDGRGY HFDALSNYDA STSFQEFKTL RRTIHNRTNY ADSIINAQDP SSISLAINFS TTLIESNFFD WMGFTREGN SLFLPRNTPN IEPIMFNMYI INHNNSCIYF ENCYVSTVDF SLDKSIPILN VGIESGKFSE VSTFRDGYTI T QGEVLPYS APAVYTNSSP LPALISASMS FQQQCSWRED RNIFDINKIY TNKRAYVNEM NASATLAFYY VKRLVGDKFL NL DPETRTP LIIKNKYVSI TFPLARISKR LNFSDLYQVE YDVIPTADSD PVEINFFGER K

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分子 #6: Distal tail protein

分子名称: Distal tail protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T5 (ファージ)
分子量理論値: 22.798641 KDa
配列文字列: MRLPDPYTNP EYPGLGFESV NLVDNDPMIR DELPNGKVKE VKISAQYWGI NISYPELFPD EYAFLDSRLL EYKRTGDYLD VLLPQYEAF RVRGDTKSVT IPAGQKGSQI ILNTNGTLTG QPKAGDLFKL STHPKVYKIT NFSSSGNVWN ISLYPDLFIT T TGSEKPVF ...文字列:
MRLPDPYTNP EYPGLGFESV NLVDNDPMIR DELPNGKVKE VKISAQYWGI NISYPELFPD EYAFLDSRLL EYKRTGDYLD VLLPQYEAF RVRGDTKSVT IPAGQKGSQI ILNTNGTLTG QPKAGDLFKL STHPKVYKIT NFSSSGNVWN ISLYPDLFIT T TGSEKPVF NGILFRTKLM NGDSFGSTLN NNGTYSGISL SLRESL

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分子 #7: Tail tube protein

分子名称: Tail tube protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T5 (ファージ)
分子量理論値: 50.459215 KDa
配列文字列: MSLQLLRNTR IFVSTVKTGH NKTNTQEILV QDDISWGQDS NSTDITVNEA GPRPTRGSKR FNDSLNAAEW SFSTYILPYK DKNTSKQIV PDYMLWHALS SGRAINLEGT TGAHNNATNF MVNFKDNSYH ELAMLHIYIL TDKTWSYIDS CQINQAEVNV D IEDIGRVT ...文字列:
MSLQLLRNTR IFVSTVKTGH NKTNTQEILV QDDISWGQDS NSTDITVNEA GPRPTRGSKR FNDSLNAAEW SFSTYILPYK DKNTSKQIV PDYMLWHALS SGRAINLEGT TGAHNNATNF MVNFKDNSYH ELAMLHIYIL TDKTWSYIDS CQINQAEVNV D IEDIGRVT WSGNGNQLIP LDEQPFDPDQ IGIDDETYMT IQGSYIKNKL TILKIKDMDT NKSYDIPITG GTFTINNNIT YL TPNVMSR VTIPIGSFTG AFELTGSLTA YLNDKSLGSM ELYKDLIKTL KVVNRFEIAL VLGGEYDDER PAAILVAKQA HVN IPTIET DDVLGTSVEF KAIPSDLDAG DEGYLGFSSK YTRTTINNLI VNGDGATDAV TAITVKSAGN VTTLNRSATL QMSV EVTPS SARNKEVTWA ITAGDAATIN ATGLLRADAS KTGAVTVEAT AKDGSGVKGT KVITVTAGG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC4H11NO3Tris
100.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMMgCl2magnesium chloride
1.0 mMCaCl2calcium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 詳細: Intensity 25 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 uL of T5 tails sample (with or without FhuA-ND) were deposited on a freshly glow discharged EM grid and plunge-frozen in nitrogen-cooled liquid ethane using a ThermoFisher Mark IV Vitrobot ...詳細: 3 uL of T5 tails sample (with or without FhuA-ND) were deposited on a freshly glow discharged EM grid and plunge-frozen in nitrogen-cooled liquid ethane using a ThermoFisher Mark IV Vitrobot device (100 percent humidity, 20 Celsius degrees, 5 s blotting time, blot force 0).
詳細Pure T5 tails obtained by infecting E. coli F strain with the amber mutant phage T5D20am30d, incubated with E. coli receptor FhuA reconstituted into nanodisc

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: low-resolution reconstruction from a previous data collection
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0/3.1) / 使用した粒子像数: 25558
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0/3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0/3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-7zn2:
Tail tip of siphophage T5 : full complex after interaction with its bacterial receptor FhuA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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