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- EMDB-14796: CryoEM structure of mitochondrial complex I from Chaetomium therm... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14796
タイトルCryoEM structure of mitochondrial complex I from Chaetomium thermophilum (state 2) - membrane arm
マップデータDensity modified map (Terwilliger et al., 2020)
試料
  • 複合体: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase in LMNG
    • タンパク質・ペプチド: x 26種
  • リガンド: x 6種
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclease activity / single-stranded DNA helicase activity / ubiquinone binding / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / electron transport coupled proton transport ...nuclease activity / single-stranded DNA helicase activity / ubiquinone binding / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / electron transport coupled proton transport / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / : / aerobic respiration / mitochondrial membrane / electron transport chain / mitochondrial intermembrane space / fatty acid biosynthetic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA helicase / DNA replication / mitochondrial inner membrane / DNA repair / mitochondrion / DNA binding / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NADH-ubiquinone oxidoreductase 17.8kDa subunit / : / Dna2 Rift barrel domain / DNA replication factor Dna2, N-terminal / DNA replication ATP-dependent helicase/nuclease Dna2 / DNA replication factor Dna2 / Dna2/Cas4, domain of unknown function DUF83 / Domain of unknown function DUF83 / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, C-terminal, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.5kDa subunit ...NADH-ubiquinone oxidoreductase 17.8kDa subunit / : / Dna2 Rift barrel domain / DNA replication factor Dna2, N-terminal / DNA replication ATP-dependent helicase/nuclease Dna2 / DNA replication factor Dna2 / Dna2/Cas4, domain of unknown function DUF83 / Domain of unknown function DUF83 / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, C-terminal, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.5kDa subunit / C-terminal of NADH-ubiquinone oxidoreductase 21 kDa subunit / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / : / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / DNA2/NAM7-like helicase / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit (CI-ASHI or NDUFB8) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NDUFB9, LYR domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / Complex 1 LYR protein domain / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / Complex 1 protein (LYR family) / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH:ubiquinone oxidoreductase / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / CHCH / CHCH domain / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
NADH dehydrogenase (Ubiquinone)-like protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.5 kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase-like protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase / NADH-ubiquinone oxidoreductase-like protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase-like protein / Uncharacterized protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein ...NADH dehydrogenase (Ubiquinone)-like protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.5 kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase-like protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase / NADH-ubiquinone oxidoreductase-like protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase-like protein / Uncharacterized protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / DNA replication ATP-dependent helicase/nuclease DNA2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / Acyl carrier protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase-like protein / Uncharacterized protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Laube E / Kuehlbrandt W
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Conformational changes in mitochondrial complex I of the thermophilic eukaryote .
著者: Eike Laube / Jakob Meier-Credo / Julian D Langer / Werner Kühlbrandt /
要旨: Mitochondrial complex I is a redox-driven proton pump that generates proton-motive force across the inner mitochondrial membrane, powering oxidative phosphorylation and ATP synthesis in eukaryotes. ...Mitochondrial complex I is a redox-driven proton pump that generates proton-motive force across the inner mitochondrial membrane, powering oxidative phosphorylation and ATP synthesis in eukaryotes. We report the structure of complex I from the thermophilic fungus , determined by cryoEM up to 2.4-Å resolution. We show that the complex undergoes a transition between two conformations, which we refer to as state 1 and state 2. The conformational switch is manifest in a twisting movement of the peripheral arm relative to the membrane arm, but most notably in substantial rearrangements of the Q-binding cavity and the E-channel, resulting in a continuous aqueous passage from the E-channel to subunit ND5 at the far end of the membrane arm. The conformational changes in the complex interior resemble those reported for mammalian complex I, suggesting a highly conserved, universal mechanism of coupling electron transport to proton pumping.
履歴
登録2022年4月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月30日-
マップ公開2022年11月30日-
更新2022年12月7日-
現状2022年12月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14796.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14796.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 46.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Density modified map (Terwilliger et al., 2020)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.84 Å/pix.
x 172 pix.
= 143.964 Å		0.84 Å/pix.
x 261 pix.
= 218.457 Å		0.84 Å/pix.
x 272 pix.
= 227.664 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.837 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-1.1863972 - 2.225606
平均 (標準偏差)-7.996144e-13 (±0.1329043)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin153100210
サイズ261272172
Spacing172261272
セルA: 143.964 Å / B: 218.457 Å / C: 227.664 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

-
追加マップ: unmodified/unsharpened map

ファイルemd_14796_additional_1.map
注釈unmodified/unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: EM half map A

ファイルemd_14796_half_map_1.map
注釈EM_half_map_A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: EM half map B

ファイルemd_14796_half_map_2.map
注釈EM_half_map_B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase in LMNG

全体名称: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase in LMNG
要素
  • 複合体: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase in LMNG
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NDUFS5 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NDUFA1 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase-like protein
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
    • タンパク質・ペプチド: Acyl carrier protein
    • タンパク質・ペプチド: Complex I-B22
    • タンパク質・ペプチド: Complex I-ESSS
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase-like protein
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase (Ubiquinone)-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NDUFC2 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NDUFB3 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NDUFB10 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NDUFB2 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NDUFA3 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NDUFB6 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NDUFB4 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NDUFB5 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol
  • リガンド: S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate
  • リガンド: water

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超分子 #1: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase in LMNG

超分子名称: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase in LMNG
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#26
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 970 KDa

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分子 #1: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 41.716406 KDa
配列文字列: MSYSQTINSL VEVVLVLVPS LVGIAYVTVG ERKTMGSMQR RLGPNAVGIY GLLQAFADAL KLLLKEYVGP TQANLVLFFL GPVITLIFS LLGYAVIPYG PGLAVNDLST GILYMLAVSS LATYGILLAG WSANSKYAFL GSLRSTAQLI SYELVLSSSI L LVIMLSGS ...文字列:
MSYSQTINSL VEVVLVLVPS LVGIAYVTVG ERKTMGSMQR RLGPNAVGIY GLLQAFADAL KLLLKEYVGP TQANLVLFFL GPVITLIFS LLGYAVIPYG PGLAVNDLST GILYMLAVSS LATYGILLAG WSANSKYAFL GSLRSTAQLI SYELVLSSSI L LVIMLSGS LSLTVIVESQ RAIWYILPLL PVFIIFFIGS VAETNRAPFD LAEAESELVS GFMTEHAAVI FVFFFLAEYG SI VLMCILT SILFLGGYLL ISLLDIIYNN LLSWIVIGKY IIFIFPFWGP VFIDLGLYEI ISYLYNAPTV EGSFYGLSLG VKT SILIFV FIWTRASFPR IRFDQLMSFC WTVLLPILFA LIVLVPCILY SFNIFPVNIS LL

+
分子 #2: NADH dehydrogenase subunit 2

分子名称: NADH dehydrogenase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 64.12918 KDa
配列文字列: MIMISILSLL LSTSVTLRRD MSILFNRISI IALAYCILHD TMSLSFISKG IGLHGGLLHI TNLTQIFHIF IFIISILILQ LTSFYPRKV WIPEYSSLKD IFFNKILYYR TKIINKMGEH MKIIEYPLIL LFVISGAVFL ISTNDLVSIF LSIELQSYGL Y LLSTIYRN ...文字列:
MIMISILSLL LSTSVTLRRD MSILFNRISI IALAYCILHD TMSLSFISKG IGLHGGLLHI TNLTQIFHIF IFIISILILQ LTSFYPRKV WIPEYSSLKD IFFNKILYYR TKIINKMGEH MKIIEYPLIL LFVISGAVFL ISTNDLVSIF LSIELQSYGL Y LLSTIYRN SELSTTGGLI YFLLGGLSSC FILLGTSLLY VNSGTTSLDG LYILNSISDV NPVVAGVGED GGLTSWYKPY YL NFSLLIF SIGFLFKVSA APFHFWSPDV YDAIPTIVTT FVAIIAKISI FIFLLELVYY TNSNANSYLS EFSWTYALLI SSL LSLIIG TVVGLTQFRI KRLLAYSTIS HVGFILLALS VSSIESTQAF IFYLIQYSIS NLNAFFILIT IGFSLYGYVT NNKE YKSLL DKNNSPIQLI SQLKGYFYIN PLLSLSLAIT IFSFVGVPPL VGFFAKQMVL SAALDNGYIF LSLIAIITSV IGAVY YLNV IKEIFFYSPE HEVNPVLNES DSNFSLRILN EKNVLIRSVL LKGRNIFISS PFSITISIIT NVILLFIFMN KEWLSM GTI LVQILFSA

+
分子 #3: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 16.33003 KDa
配列文字列:
MSAMSIYIIF VSIIAILFLA IDLIFAPHNP YKEKLSAFEC GFHSFSQSRS PFNISFFIYG LVFLLLDLEI LLLYPFAVSE YVNSAYGLA AALIFIGIIT IGFVYELGHD ALKVHSRQNI STKDLKSSVV ISYLGNINND SVNLHIK

+
分子 #4: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 60.810309 KDa
配列文字列: MSLLYVLLII PIIGIFLIST IDSFYPVTNT NIVLNKKFFR GFNDARQPIK YLYFSEGESF NIENKEDSFF NVSYYKKIAL ITTILNLIV SLIIYILFDF SNNQFQFIQE NLDLSFYDIY LGVDGVSIYF VLLTTIIMPI ALVSNWNSIT NNIKSYLIIM L LLETLLLA ...文字列:
MSLLYVLLII PIIGIFLIST IDSFYPVTNT NIVLNKKFFR GFNDARQPIK YLYFSEGESF NIENKEDSFF NVSYYKKIAL ITTILNLIV SLIIYILFDF SNNQFQFIQE NLDLSFYDIY LGVDGVSIYF VLLTTIIMPI ALVSNWNSIT NNIKSYLIIM L LLETLLLA VFLVLDVLLF YIFFESILPP LFILIGLFGS SNKVRASFYI FLYTLLGSLF LLLSILTMSS IVGTTYFDVL LK SSFEYTT QLFLFFGIFI AFAVKTPVWG LNSWLLRAHV ESPLGGSIVL AAIVLKLSLY GVFRLILPIL PQASLNLTYI VYA IGAITV LYASFSTLRT VDVKELIAYS SVAHAAIYLM GVFSNTIQGL EGAILLGLAH GFVSSGLFIC AGGILYDRTG TRLI YFFRG LTQIMPLFSL FFFILCLGNA GTPLTLNFVG EFMSLYGTLE RLPIAGMLAS TSIIFSAAYS IYMYNRIAFG GSVSL YFID CFRDLTKREF FILFTLVSFT VILGIYPSFV LDGLHYNISS VVYGIEPNAS YLTQGGNL

+
分子 #5: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5
詳細: Discrepancy with annotated entry sequence. Probably wrong intron-exon boundaries. Amino acids added according to map density, genome sequence and MS data.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 75.872031 KDa
配列文字列: MYLSIIILPL LGSVVSGFFG RKVGVSGAQL ITCSSVIITT ILSIIAFFEV GFNNIPVTIN IFRWIDSEWF IINWGFQYDS LTVSMLIPV LIISSLVHIY SISYMSSDPH NQRFFSYLSL FTFMMIILVT ANNYLLMFVG WEGVGVCSYL LVSFWFTRIA A NQSSISAF ...文字列:
MYLSIIILPL LGSVVSGFFG RKVGVSGAQL ITCSSVIITT ILSIIAFFEV GFNNIPVTIN IFRWIDSEWF IINWGFQYDS LTVSMLIPV LIISSLVHIY SISYMSSDPH NQRFFSYLSL FTFMMIILVT ANNYLLMFVG WEGVGVCSYL LVSFWFTRIA A NQSSISAF LTNRVGDCFL TVGMFAILWS LGNLDYATVF SLAPYINSNV VIIIGICLLI GAMAKSSQVG LHVWLPMAME GP TPVSALI HAATMVTAGV YLLMRSSPLI EYSSTVLLLC LWLGAITTVF SSLIGLFQQD IKKVIAYSTM SQLGMMVLSI GLS SYNIAL FHLVNHAFYK ALLFLGAGSV IHAVADNQDF RKFGGLISYL PLTYSVMLIA SLSLVAFPFM TGFYSKDFIL ESAY GQFSF SGVAVYIIAT IGAIFTTLYS VKVLYLTFLS NPNGPRTYYR LAIDNFFSAQ AIKSYKPAHE GDFFLTLPLV ILALF SIFF GFITKDIFIG LGSNFFVDNS LFIHPIHEIM IDTEFAVPVL FKLLPFIFTI SFSVIALTLS ELLSELVIYF KFSRFG YNI FGFFNQRFLI EFFYNKYITN LILNLGGQIT KILDKGSIEL FGPYGLERGL VKLSKNISSL STSHVTTYAL YILVGFI LY LIYNNLLLDY SYLLLIIILL LLLMMIGESN SEDVTLH

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分子 #6: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 24.819291 KDa
配列文字列: MNSQISLLLL KEIYTNGSTH IMLDILSVLA VISGICVIIS KNPIVSVLHL IGLFAYVSFY LILIGLNFVG LSYLIVYIGA VSILFLFIL MLINIRTSEL QSNTSNSIPL TILVGIIISS FLFKMLPYGV IISNQFNSSN LNENLYTIQI VGGEDNNINN I NTDKNDLF ...文字列:
MNSQISLLLL KEIYTNGSTH IMLDILSVLA VISGICVIIS KNPIVSVLHL IGLFAYVSFY LILIGLNFVG LSYLIVYIGA VSILFLFIL MLINIRTSEL QSNTSNSIPL TILVGIIISS FLFKMLPYGV IISNQFNSSN LNENLYTIQI VGGEDNNINN I NTDKNDLF FITSKIWDGA LAENNHISSI GNIMYTNYNV WLILASFILL LAMVGAIVIT IKPRKI

+
分子 #7: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 10.31275 KDa
配列文字列:
MATDAAETSR RATREEMRDA KVPLAYRDSC AHLLIPLNRC RYETYYLPWK CEDERHSYEK CQYLEFKKRV QKMEELREAK GGARSN

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分子 #8: Subunit NDUFS5 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NDUFS5 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8
詳細: Discrepancy with annotated entry sequence. Probably wrong intron-exon boundaries. One additional amino acid modelled according to map density and genome sequence.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 87.142328 KDa
配列文字列: MASGYGLNGG PSRCFPFWQE LLACYVTNSS EDNPDGKNKC IPVMEDYYEC LHHRKEAARV RALQAAYREA EAKKLQENPP TAGQIRNLG LLNKEEDTKK VHCATATQQW MKMCFALSAK MPCLRGIEVF LTTRPDNEKI PEYPHPEGTS ARVICGQHLI R SPSLASNL ...文字列:
MASGYGLNGG PSRCFPFWQE LLACYVTNSS EDNPDGKNKC IPVMEDYYEC LHHRKEAARV RALQAAYREA EAKKLQENPP TAGQIRNLG LLNKEEDTKK VHCATATQQW MKMCFALSAK MPCLRGIEVF LTTRPDNEKI PEYPHPEGTS ARVICGQHLI R SPSLASNL SNSAITPPSS FSPRKANPLV SVYLPSVPGT PFTINYKISQ VPPEPCKYLF FRLYINARPM VSWGIDPHSR PY GKVIKSL WLPSDDRYRG LVGFEKRSFV FLPGEEFKSV AEDGGLIEVQ VFRAKDRRAR TPKLETFRFR DNYGIAAPSI GLL DKPQNA FFYDWLLIDP KDEPFAKFRM HYRSWRNLKS LNLIPSSEWE LLLAVSPKAL RTAASTGKIE KPTSPAFSDS DSDD SLCSA TDSDECVFDD HSKKTKSNRS KESPFAFLNS PPERFRAMAP SSEKLPQPSK LLRDSQRAPY QSRPLPELPV EAGVN STGL NPPSVKVAAD LRRKPSATSM ESNAVSITPS LLRCMEEGTL DLEKAEVGIA KLVKVAASGS EPSSSSSSAT QLTVSA VRE VELRPPQPER KGGLPMDYSF SDYEKSSQSS FGDDERMSNI SDMEEKPFPA PPTCYLPTTG SGLERELAMF DSPSPSP VP YSAMEPPVTP SPSSTPYKTK LGRKPLLFSR RLGLFSPRKS LPSDFLLGQA KKLVVEEETT NSNVSLAFGE LTVTDMRA E SPSPAPKGKP LRRFSTIRVE EISIKEKRPL FNSLRRIASA SPRKLAGRVL SMDLGKKGGE EKEG

+
分子 #9: Subunit NDUFA1 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NDUFA1 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9
詳細: No entry (not annotated). Sequence modelled according to map density, genome sequence and MS data. Last five amino acids unknown and modelled as Poly-Ala
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 9.833353 KDa
配列文字列:
MPVPFETLIP YGIIIAMFGV TGAGMAKVRH MFNGDKRHRW SVDQWDKQQM ERDRRLTGHL RGQTDNPIAP PGFEFNNPWK V(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #10: NADH-ubiquinone oxidoreductase-like protein

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 21.612625 KDa
配列文字列: MAPIEEEHEH YHPKDAVHLG LKGAAVVGGI GLLFAAVRTS LARKNVGPWA IFTRNGKLAA TFAAVGGAYD FTRAAAANLR EKEDWVNNG IGGLFAGATM GLTTGRIPRV LGFAALTGVV LATAEYAGSG LRGVFKRDVD EYERKEFLRK NRRRPIEETL A EIGEGRGI ...文字列:
MAPIEEEHEH YHPKDAVHLG LKGAAVVGGI GLLFAAVRTS LARKNVGPWA IFTRNGKLAA TFAAVGGAYD FTRAAAANLR EKEDWVNNG IGGLFAGATM GLTTGRIPRV LGFAALTGVV LATAEYAGSG LRGVFKRDVD EYERKEFLRK NRRRPIEETL A EIGEGRGI KPPGYYERRA QRLKEKYGVD INPVCADPDQ A

+
分子 #11: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 9.837997 KDa
配列文字列:
MNITLILFLI GILGFVLNRK NIILMLISIE IMLLSITFLI LLSSLNMDDI IGQTYAIYII VVAGAESAIG LGILVAFYRL RGSIAIEYK

+
分子 #12: Acyl carrier protein

分子名称: Acyl carrier protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 15.593649 KDa
配列文字列:
MFRSAVLRSA AAATRTTIRS IPPAAAKKFA VAPVSRVTSF IPKTASWQVI RCYASNEGLQ KVEVYERIKS LLAGFDKVND PNNITETAH FANDLGLDSL DTVEVVMAIE EEFSIEIPDK DADQIHSVDK AIEYILRQPD AH

+
分子 #13: Complex I-B22

分子名称: Complex I-B22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 11.636524 KDa
配列文字列:
MSNRQAALSL YRRALKLALD WTVHRNLWRG QALYIRSLFE KNRNVTDPRL QRALLKETEK LLEKWKHPDP YCPPTAPGGS KYERNLPVP NLEPPPPLKF

+
分子 #14: Complex I-ESSS

分子名称: Complex I-ESSS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14
詳細: Sequence renumbered (compared to entry sequence) according to map density and genome sequence.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 15.847807 KDa
配列文字列:
MDGGPPTFAF RPTARQAPGK LSSAPVTTRL AAAALSRAST VSSKALTPAR FRFFSTTQRR AGGHGMQYDP PTGWLWGVRP GEKYQNEGW EGPFFYGFWG SLIVFAIAYA YKPDTSIQTW ALEEARRRLE AEGILEDPNP TKKE

+
分子 #15: NADH-ubiquinone oxidoreductase

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 21.517605 KDa
配列文字列:
MATRKPAFNQ HVLLDTTPLP DSIPKVKEIG ASSAPLLSAS FFIGARCKDY NDDYMQCKNE NPGRGEFECL KEGRRVTRCA RSVLKDINT HCLEQFRAHW QCLDNNNQQL WQCRPAEWKL NKCVYENLKL EKVIPDQPKN STPVHLRQRQ IFAHHAIPPW E RPFIPGQP EPQLPAGIEI PEKYKNQS

+
分子 #16: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 14.039227 KDa
配列文字列:
MPQDMPPPGG YEAVQYKRNL PSRGLFRPRP LLAGAAVLML YGWYKLVKGI REQNELAREK MWARIHLIPL LQAEEDRDHV RRYLADQAR EKGLLGENIK VYNSDRYVRP TFAVTPSKPA QE

+
分子 #17: NADH-ubiquinone oxidoreductase-like protein

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 21.645502 KDa
配列文字列: MSNTPTQTYQ FPSKTVKTDY PLIDNDPHFT RVIRYARPSD YAHGLAAAAA GPAALWLMER ISPSQVGRGG FAKAMRLAGF IGLAGGFLY FYQRSILRFY GMSENAREVE MDMREMTDRV KAGLPLYGES RLSPAMQGVA ARQSRYSALF FGVMPWFNFV N HNQHGVDT ...文字列:
MSNTPTQTYQ FPSKTVKTDY PLIDNDPHFT RVIRYARPSD YAHGLAAAAA GPAALWLMER ISPSQVGRGG FAKAMRLAGF IGLAGGFLY FYQRSILRFY GMSENAREVE MDMREMTDRV KAGLPLYGES RLSPAMQGVA ARQSRYSALF FGVMPWFNFV N HNQHGVDT AKYYQQAERE LEAERLAREQ AQQ

+
分子 #18: NADH dehydrogenase (Ubiquinone)-like protein

分子名称: NADH dehydrogenase (Ubiquinone)-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18
詳細: Discrepancy with annotated entry sequence. Probably wrong intron-exon boundaries. Amino acids removed and added according to map density, genome sequence and MS data.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 89.210109 KDa
配列文字列: MLSRRLVRAV APLRSPVLPA ARRLPLIQQR TFLPEAMVGR SKIDEKYPDS DYPTLTDKED PDMNGGYINP PRIKRQFRDP HADWWDKQE RRNFGEPVHE DHDILGMFSP YEYTWITPGK GLFQIGLFIA SFLGLCYVVK LTYPDRVSYP REFEGGLERE L GGAGAVRA ...文字列:
MLSRRLVRAV APLRSPVLPA ARRLPLIQQR TFLPEAMVGR SKIDEKYPDS DYPTLTDKED PDMNGGYINP PRIKRQFRDP HADWWDKQE RRNFGEPVHE DHDILGMFSP YEYTWITPGK GLFQIGLFIA SFLGLCYVVK LTYPDRVSYP REFEGGLERE L GGAGAVRA FLCLDDEIMW MVSLYCLPAS KLISSPVALQ DKSTSSASAM RYDDWDVILF PTGRDSKIPF KEFKVACHVV PD IELAHLH GAVGSPVMTC FVPSLPPGTP FQVSIHCWRR PEISQFARTY SKNPDLVKFE ARVTLDGRLV ASAILDRDVN GPH LITSTF EFTKTGELER LTFPAFRQEI LRQNHWHPGD DLGRIKVIIS EGFPRDSLTV PIERVKNIVT FSFQHAPLGK IPGI AWPNP GMWRRPTPNP AVSVPTYFPG DGAESHAHSP GKRSLLLKGI RNHGFPSTVI PGSIFHHQSN PAGLLNPPGF KVPHF SASN PSVPNIFSPH DPFAEPTYRD WMSSITNVQA GDFWDGRTTW PINPRNFHKS DTIMADCPSQ GGDPMQISGS SLEDDP LRL KAPQNTPTEG GEGPNPGAQF AHPIPSELTA DLESALSQSL LNQAPTSAIS QRNFPMPHSD GLSRKEGRQV SLGQGTS AQ MPSTSSSMEA RRLSQALFGM NNLPIEASVN NGVSASVTPL FAANQRSVNN PLVATFGSAI LSQGSTNPSG TEQSTDTT A TTTAAAAAAV TDVQVEPPAP TSNAANESVI NLTSGTSSTS TVHANVPTSV SKRPRNFTPA SARVIDEEDE PRRTSPQVQ VGGFAETTSV EESIQ

+
分子 #19: Subunit NDUFC2 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NDUFC2 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 10.823453 KDa
配列文字列:
MVNRILFWTG FGLAVRFWQL GIEMRPFFNR KSLWAYPLFG GVGASFGYWL QSIDEKQTKM LEERKQAILE KRARRAQRQA EAAATAPSP SAQEA

+
分子 #20: Subunit NDUFB3 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NDUFB3 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 11.153536 KDa
配列文字列:
MQPTRILRNN GEKPNITGFD MREFLRHTKT PTYDPWERHE AWRYTGRFSR FNRFKGALPG FGIATVAFTA YCVFEHFFLK DDHHGHHGE KEHH

+
分子 #21: Subunit NDUFB10 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NDUFB10 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 12.514257 KDa
配列文字列:
MPTPESEAFL AKKPQVPPTF DGVDYEDNKR LKQAQDAIIR EQWVQVMMGR LVREELSKCY YREGVNHLEK CGKLRERYLQ LLANAKVKG YLFEQQNYWS KENQQQ

+
分子 #22: Subunit NDUFB2 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NDUFB2 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 22
詳細: No entry (not annotated). Sequence modelled according to map density, genome sequence and MS data.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 5.27815 KDa
配列文字列:
MAGGGQHVSR VHRFLATGLG ASMWFWIFYR AKKDGPVLLG WKHPWD

+
分子 #23: Subunit NDUFA3 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NDUFA3 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 9.076461 KDa
配列文字列:
MSATTPRFWS TPLKYCRWAA RERPALFFSV VIGALGPVTL ATVPPLRRLI GDVDAAPIPL TYPIPPGPRK QLKGYDDDTE DN

+
分子 #24: Subunit NDUFB6 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NDUFB6 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 10.857294 KDa
配列文字列:
MGGGPKIPYP KHVWSPAGGW YAQPANWKQN TAIFGLVIFG ITAMVWKYSA EHEVRHKMPE PDRFYPSRYW VKQIKDYERA QKEKQQNNT EASS

+
分子 #25: Subunit NDUFB4 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NDUFB4 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 8.760336 KDa
配列文字列:
MAGLQHYKIA MDPALVRLGS MISNRYKYFR WTKRTALVSF MYVVVVPSTI GYLAYKTDGL WDLRAKRRGD LISER

+
分子 #26: Subunit NDUFB5 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NDUFB5 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 26
詳細: Discrepancy with annotated entry sequence. Probably wrong intron-exon boundaries. Amino acids added and removed according to map density and genome sequence.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 20.824342 KDa
配列文字列:
MLALRQRAAL LARRVRPTVV VPRNARTYAS SHDHDHHDHH HDHGHNVEEP LGAAFYIAVG GIASSFVIYN ISRPGPNGEP SSLHKWFSK ISDYKDEWET RNTLMAAALE QAAHDKHLLL TAERSRHIEL KYPEVFSHGS PFNVPAGFYP NLDHVIEHYR K QHLEEEER KAKKLAAAAA AASEAR

+
分子 #27: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 16 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

+
分子 #28: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 7 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

+
分子 #29: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 5 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #30: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol

分子名称: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 3 / 式: LMN
分子量理論値: 1.005188 KDa
Chemical component information

ChemComp-AV0:
Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / ラウリルマルト-スネオペンチルグリコ-ル

+
分子 #31: S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-b...

分子名称: S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate
タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 1 / 式: ZMP
分子量理論値: 568.704 Da
Chemical component information

ChemComp-ZMP:
S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate

+
分子 #32: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 633 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHepes/NaOH4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid (pH adjusted with sodium hydroxide)
100.0 mMNaClsodium chloride
0.0015 % [w/v]LMNGlauryl maltose neopentyl glycol
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6503 / 平均露光時間: 2.11 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1087651
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0.1) / 詳細: Local refinement on membrane arm of complex I / 使用した粒子像数: 21989
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0.1)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

6rfr

,

6rfq

)
得られたモデル

PDB-7zme:
CryoEM structure of mitochondrial complex I from Chaetomium thermophilum (state 2) - membrane arm

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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