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- EMDB-14764: Late assembly intermediate of the proximal proton pumping module ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14764
タイトルLate assembly intermediate of the proximal proton pumping module of complex I with assembly factors NDUFAF1 and CIA84
マップデータLate assembly intermediate of the proximal proton pumping module of complex I with assembly factors NDUFAF1 and CIA84.
試料
  • 複合体: Late assembly intermediate of the proximal proton pumping module of complex I with assembly factors NDUFAF1 and CIA84
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
  • リガンド: x 5種
キーワードassembly respiratory chain membrane protein mitochondria / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH dehydrogenase complex assembly / NADH dehydrogenase complex / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / mitochondrial membrane ...NADH dehydrogenase complex assembly / NADH dehydrogenase complex / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / mitochondrial membrane / mitochondrial intermembrane space / unfolded protein binding / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / membrane
類似検索 - 分子機能
NADH:ubiquinone oxidoreductase intermediate-associated protein 30 / Complex I intermediate-associated protein 30, mitochondrial / Complex I intermediate-associated protein 30 (CIA30) / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, C-terminal, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.5kDa subunit / C-terminal of NADH-ubiquinone oxidoreductase 21 kDa subunit / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 ...NADH:ubiquinone oxidoreductase intermediate-associated protein 30 / Complex I intermediate-associated protein 30, mitochondrial / Complex I intermediate-associated protein 30 (CIA30) / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, C-terminal, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.5kDa subunit / C-terminal of NADH-ubiquinone oxidoreductase 21 kDa subunit / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, TM / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / CHCH / CHCH domain / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial group I intron splicing factor CCM1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH:ubiquinone oxidoreductase intermediate-associated protein 30 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit-domain-containing protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / NADH-ubiquinone oxidoreductase / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 ...Mitochondrial group I intron splicing factor CCM1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH:ubiquinone oxidoreductase intermediate-associated protein 30 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit-domain-containing protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / NADH-ubiquinone oxidoreductase / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
類似検索 - 構成要素
生物種Yarrowia lipolytica (酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Schiller J / Laube E / Vonck J / Zickermann V
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)ZI 552/4-2 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Insights into complex I assembly: Function of NDUFAF1 and a link with cardiolipin remodeling.
著者: Jonathan Schiller / Eike Laube / Ilka Wittig / Werner Kühlbrandt / Janet Vonck / Volker Zickermann /
要旨: Respiratory complex I is a ~1-MDa proton pump in mitochondria. Its structure has been revealed in great detail, but the structural basis of its assembly, in humans involving at least 15 assembly ...Respiratory complex I is a ~1-MDa proton pump in mitochondria. Its structure has been revealed in great detail, but the structural basis of its assembly, in humans involving at least 15 assembly factors, is essentially unknown. We determined cryo-electron microscopy structures of assembly intermediates associated with assembly factor NDUFAF1 in a yeast model system. Subunits ND2 and NDUFC2 together with assembly factors NDUFAF1 and CIA84 form the nucleation point of the NDUFAF1-dependent assembly pathway. Unexpectedly, the cardiolipin remodeling enzyme tafazzin is an integral component of this core complex. In a later intermediate, all 12 subunits of the proximal proton pump module have assembled. NDUFAF1 locks the central ND3 subunit in an assembly-competent conformation, and major rearrangements of central subunits are required for complex I maturation.
履歴
登録2022年4月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_14764.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14764.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 34.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Late assembly intermediate of the proximal proton pumping module of complex I with assembly factors NDUFAF1 and CIA84.
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.21 Å/pix.
x 208 pix.
= 251.1 Å		1.21 Å/pix.
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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.20721 Å
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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-1.2728627 - 2.341034
平均 (標準偏差)0.009726462 (±0.098803915)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ208208208
Spacing208208208
セルA=B=C: 251.09967 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14764_msk_1.map
投影像・断面図
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追加マップ: map after density modification in Phenix

ファイルemd_14764_additional_1.map
注釈map after density modification in Phenix
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14764_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_14764_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Late assembly intermediate of the proximal proton pumping module ...

全体名称: Late assembly intermediate of the proximal proton pumping module of complex I with assembly factors NDUFAF1 and CIA84
要素
  • 複合体: Late assembly intermediate of the proximal proton pumping module of complex I with assembly factors NDUFAF1 and CIA84
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NIMM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NUPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NB6M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit-domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
    • タンパク質・ペプチド: subunit NI9M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NEBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NIPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: assembly factor CIA84
    • タンパク質・ペプチド: CIA30 domain-containing protein
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
  • リガンド: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: Phosphatidylinositol

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超分子 #1: Late assembly intermediate of the proximal proton pumping module ...

超分子名称: Late assembly intermediate of the proximal proton pumping module of complex I with assembly factors NDUFAF1 and CIA84
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#14
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)

+
分子 #1: Subunit NIMM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NIMM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 9.806238 KDa
配列文字列:
MAIPFEALLP YGIIFGLLTA GGGAMQVLHV YRNGGVRDRF AIDQWDSQMM ERDLRLNGGQ GRKQVDQATA PEAFKHNHVW KSERPLI

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1

+
分子 #2: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 9.84386 KDa
配列文字列:
(FME)FIGTIILVL SFLGFVFNRR NIILAFICLE TMLLGINLIL LRNSVLFDDI SGSLFAIVII ILAGVESAIG LSLLVS YYR LRGVINSYGI

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L

+
分子 #3: Subunit NUPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NUPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 19.355197 KDa
配列文字列:
MPREAAAHWV PFEDKANMPD NVPDVVEVGA TSAPLLSASY FIGAKCKPYN DDFMLCREES QGSGAIDCLK EGRRVTRCAV SVIEDINKS CLDEFRLHWQ CLEQNNHQLS GCRKAEALLN KCVFTKLNLE KKIPGLRPDE EPVFLKKDPW IKPAVDDFKS V RAYAEAKK NGTL

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase

+
分子 #4: Subunit NB6M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NB6M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 14.112429 KDa
配列文字列:
MPSVGQDLPP VGGYEPVQWR RNLPARGFRP LVYLAALCGI CGYGFYRALG GIQERRELKR EKLWARIYLM PLLQAEEDRQ TVRRSIAQL EREKEIMKGT GFDVDKSVYN DGKFHAPALM IPPK

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13

+
分子 #5: NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit-domain-c...

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit-domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 18.588209 KDa
配列文字列:
MSSSTPLVKT SVNYSYGDYP LIDADPHFKR VVGYMRPSDY GVIGLATAAL PAGICFAEWL DPVKGKFARP SVKFLRVATM LGFAVGFGA AYARSSLRFF GVTENAREYK KDEAQMAARK AAGLEPYGTS SLTPELQEIA AKNSAHSIAG LFIFPWFNFV N HPYHGREQ K

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit-domain-containing protein

+
分子 #6: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 38.389277 KDa
配列文字列: (FME)IINIVEILI FLVCVLFSVA YLTVAERKTL AYMQRRLGPN FVGYYGLLQA FADAVKLLLK EIVLPKESNY IILVIS PLI TLITALIGWV VIPLGPGITL GELNLGILFS LAIGSLGVFG SLLSGWSSNS KYSLLGSIRS TAQLISYELI LTSIFII II ...文字列:
(FME)IINIVEILI FLVCVLFSVA YLTVAERKTL AYMQRRLGPN FVGYYGLLQA FADAVKLLLK EIVLPKESNY IILVIS PLI TLITALIGWV VIPLGPGITL GELNLGILFS LAIGSLGVFG SLLSGWSSNS KYSLLGSIRS TAQLISYELI LTSIFII II MFVSSLNITT IIETQRVVWY CIPLLPLLLI FFIASVAETA RPPFDLTESE SELVAGYFTE YSGSPFVFFF LAEYSNII L ISAFNGYLLL GGYLSFNYSY LFNILFNDYS YVSFLFEGLI NSSAYAIKLV FLMFSFIWVR AAFPRFTYDN LINFCWIIL LPLLFGIFLI IPSTLYIFDS FPTLI

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1

+
分子 #7: NADH dehydrogenase subunit 2

分子名称: NADH dehydrogenase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 53.381367 KDa
配列文字列: (FME)LILAIISLI TFVSMSKLSD NRAIIRLINI YLILVLVLDS FLYLLFLNNQ TYTVMGELLI FNSFTFYIDM LIYFIM IVI SSLYGYNLYN NNLYKTLFEP KKELIILFLI NILGALLIVH SNDFITLFVA IELQSYSIYL ITAIYNSSYK ASKASML YF ...文字列:
(FME)LILAIISLI TFVSMSKLSD NRAIIRLINI YLILVLVLDS FLYLLFLNNQ TYTVMGELLI FNSFTFYIDM LIYFIM IVI SSLYGYNLYN NNLYKTLFEP KKELIILFLI NILGALLIVH SNDFITLFVA IELQSYSIYL ITAIYNSSYK ASKASML YF FMGGILSILI AYSINTYYSV LNSYTLHSLD SLIINTLDLN LILIALSLGL LFKIGIAPLH KWLISIYENT PILITIYI S LIPKISILSY LVLSNISINS LVISILAILT LLVGSVGGLL QIKIKRLLAF SGLTNAGYMM LLLLLNNNEF SYLYYITQY SISHLAIFMI IIFSIYYINY INNQYNPIIY VNQLKGLIHD NAYLVLSMAI VVFSFIGIPP LLGFFGKLNI LMSILNNGYY FISIVLIVA SLISALYYLY LLNVSIQDKN NILINSNETV SSVLSYILSS LIILITFGFI YNSLIIDIFN VYFN

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2

+
分子 #8: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 14.506339 KDa
配列文字列:
(FME)NTFIIFIIL IPIVGFALLA VNILLAVYKP YNEKLGAFEC GLTSFNQTRL AFNAAFILVA ILFLPFDLEI STLLPY VMS IYLVSNYGFT IVLLFLLILI IGFVYEINTN ALKINKHNKP NTDSLIYKL

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3

+
分子 #9: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 20.793111 KDa
配列文字列:
(FME)MYLTYYFIE ITIFLAILCT IFIISAKNPM VSILYMIALF VIAAMYLYLI GLGIFSLLYI MIYIGAIAVL FLFIIT LLD INSTELSVKS NIRDLPLVLI SLIVLTISGL MIYSNDSILI NKLLEAFGND YNTIITQDWF NIENTTLLTT IGNVLLT NN AFILLVLAIV LLLGIIGPIS ITMKHKE

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6

+
分子 #10: subunit NI9M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: subunit NI9M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 8.992229 KDa
配列文字列:
MINANPGFWN GPFRYLRWSA HNRPHLFFAF AIGIAGPVAA LTLTPLRRKY LYPDHSPLPQ SYPLPQRARE QLTGFDDE

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #11: Subunit NEBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NEBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 8.059366 KDa
配列文字列:
MALFTSLVGA SGLGFATKFL SNKIRLKPAG YYPLGYVFSG VAWAGLGLVL HNVHQHSLEV LEKKKTALSE QRTE

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #12: Subunit NIPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NIPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 10.035651 KDa
配列文字列:
MTAAGISLTG GRNRCFSEWQ SFMHCTAKTD AKSRAQCLPN FEDYMECLHH TKEKARLREI ESVLKQKKEG LEAPPVKVIP VKAIGLVEE

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5

+
分子 #13: assembly factor CIA84

分子名称: assembly factor CIA84 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 97.098469 KDa
配列文字列: MPKNALLRSA RQVAISRVFA TSRASHVVSH APILASVRPR SNPAPYRRNF SSSRALRNDY GLDTAERSLK ESLVPFNGAP VDRKVVRDQ LMELISVSPG QVFPISVIPV VKSAYYELFR ENERVLSAGD TKTLFGAVAG NNPEDVQDLP FVLAVYHQAE Q AAETNRDS ...文字列:
MPKNALLRSA RQVAISRVFA TSRASHVVSH APILASVRPR SNPAPYRRNF SSSRALRNDY GLDTAERSLK ESLVPFNGAP VDRKVVRDQ LMELISVSPG QVFPISVIPV VKSAYYELFR ENERVLSAGD TKTLFGAVAG NNPEDVQDLP FVLAVYHQAE Q AAETNRDS RDNILLLGKY FLFQDRLDNF WKLLEAQIKT HDDVDAGFVK QLLELISVDP HLTLGNVARV LQLKTDNHVS SS DELRNAL SATLEQLYYK ENEGSEFFLS LVENHILDSK DFTPSDSVVA MILNTCVNEG REDLGQSVLR NVVSRVGNLS PGQ EDPQNC WGFWSSVAMD LHGSKTDVKA FISRLEALPH RTKATWDILI RYAVFKADLA GRNDLLQVRA LLAEMQKVGF EPDA ETYFD AYRSSKSIKP DVVHLFEAEL DIEKDTSIFA IEMDKALKNH DTLEALSIFY ESFEQGAQWE NKRLHMEAMT ELLIQ YAGL NDTSVADILQ LVQRIEPICA QGRIPYSAET AIAQNVLQRH SDTANFYTFM NRQYGNTADK VTKQDPQIRP HTYQVI HDY IYSCESERAD LAWEMYGLLH KFYVVPFADY YKAIKFFAQD VKRQDYALLT FQQIRKNHDL HGQPAATSEM VAFLFHE FA KTKYKRGIKR LHEVVALETS FDVNRDVLNE MMAAYVSVED LNRVQDCWAQ LQQLPPSIGA NNRSVDVLLS YFKDNIHY T ERTWQGIPEF GLLPTLENYE QYLINNCRTG NYRRALEITK NMEIDSGLKP TAKIIAAVYN YTFTEQRKLE VEQWAEKAH PEMWLELKEG DKLKSLCLPA NSDNDNVESL LKQASADMDE EMSGGIVKVE SV

UniProtKB: Mitochondrial group I intron splicing factor CCM1

+
分子 #14: CIA30 domain-containing protein

分子名称: CIA30 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 詳細: NDUFAF1 has a C-terminal strep tag / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 32.629998 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列: MSFLTKALGG LKRLRPTETT EQVLVNFTKP NSLETVLTKC DEELGGYSTV NLALERPTTG KPYGRFFGNL SLDLPKDNKM VTRSGFAMF RTLDQPSSMF KTNAWNWEQY RHLELRVRGD RRKYFVNVQS ATPLASDLYQ HRLFIQTPGE WETVVIPIDD F ILTNKGVV ...文字列:
MSFLTKALGG LKRLRPTETT EQVLVNFTKP NSLETVLTKC DEELGGYSTV NLALERPTTG KPYGRFFGNL SLDLPKDNKM VTRSGFAMF RTLDQPSSMF KTNAWNWEQY RHLELRVRGD RRKYFVNVQS ATPLASDLYQ HRLFIQTPGE WETVVIPIDD F ILTNKGVV QEQMAMDTAN VYTVGIGLID RQYGPYNLDI EYIKAVAHPP LEFKPKKEYE VEKETILLTP GQPMELGKGK VK ELEENLY FQGAEAAAKE AAAKAWSHPQ FEKGGGSGGG SGGSAWSHPQ FEK

UniProtKB: NADH:ubiquinone oxidoreductase intermediate-associated protein 30 domain-containing protein

+
分子 #15: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #16: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE

分子名称: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: PLC
分子量理論値: 622.834 Da
Chemical component information

ChemComp-PLC:
DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / リン脂質*YM

+
分子 #17: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: CPL
分子量理論値: 758.06 Da
Chemical component information

ChemComp-CPL:
1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

+
分子 #18: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

+
分子 #19: Phosphatidylinositol

分子名称: Phosphatidylinositol / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: T7X
分子量理論値: 887.128 Da
Chemical component information

ChemComp-T7X:
Phosphatidylinositol

-
実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 276 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The sample was a mixture of assembly intermediates associated with the assembly factor NDUFAF1

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6229 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2048808
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model in CryoSPARC 3.3.1
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 18279
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7o71


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7zkp:
Late assembly intermediate of the proximal proton pumping module of complex I with assembly factors NDUFAF1 and CIA84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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