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- EMDB-14719: FANCD2 Middle and C-terminal domains with USP1-NTE (focused refin... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14719
タイトルFANCD2 Middle and C-terminal domains with USP1-NTE (focused refinement)
マップデータLocally refined, globally sharpened map
試料
  • 複合体: FANCD2 mono-ubiquitinated on K561
    • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia group D2 protein
キーワードComplex / Enzyme-Substrate / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of CD40 signaling pathway / regulation of regulatory T cell differentiation / double-strand break repair involved in meiotic recombination / homologous chromosome pairing at meiosis / gamete generation / neuronal stem cell population maintenance / brain morphogenesis / DNA repair complex / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / interstrand cross-link repair ...regulation of CD40 signaling pathway / regulation of regulatory T cell differentiation / double-strand break repair involved in meiotic recombination / homologous chromosome pairing at meiosis / gamete generation / neuronal stem cell population maintenance / brain morphogenesis / DNA repair complex / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / interstrand cross-link repair / DNA polymerase binding / condensed chromosome / Fanconi Anemia Pathway / response to gamma radiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / cellular response to oxidative stress / regulation of inflammatory response / nuclear body / chromatin / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fanconi anaemia protein FANCD2 / Fanconi anaemia protein FancD2 nuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
Fanconi anemia group D2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Rennie ML / Walden H
資金援助European Union, 英国, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)ERC-2015-CoG-681582European Union
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_12016/12 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM reveals a mechanism of USP1 inhibition through a cryptic binding site.
著者: Martin L Rennie / Connor Arkinson / Viduth K Chaugule / Helen Walden /
要旨: Repair of DNA damage is critical to genomic integrity and frequently disrupted in cancers. Ubiquitin-specific protease 1 (USP1), a nucleus-localized deubiquitinase, lies at the interface of multiple ...Repair of DNA damage is critical to genomic integrity and frequently disrupted in cancers. Ubiquitin-specific protease 1 (USP1), a nucleus-localized deubiquitinase, lies at the interface of multiple DNA repair pathways and is a promising drug target for certain cancers. Although multiple inhibitors of this enzyme, including one in phase 1 clinical trials, have been established, their binding mode is unknown. Here, we use cryo-electron microscopy to study an assembled enzyme-substrate-inhibitor complex of USP1 and the well-established inhibitor, ML323. Achieving 2.5-Å resolution, with and without ML323, we find an unusual binding mode in which the inhibitor disrupts part of the hydrophobic core of USP1. The consequent conformational changes in the secondary structure lead to subtle rearrangements in the active site that underlie the mechanism of inhibition. These structures provide a platform for structure-based drug design targeting USP1.
履歴
登録2022年4月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月9日-
マップ公開2022年11月9日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14719.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14719.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Locally refined, globally sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.2
最小 - 最大-6.333053 - 9.242692999999999
平均 (標準偏差)-0.000025321668 (±0.1463915)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 339.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14719_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: LocSpiral processed map

ファイルemd_14719_additional_1.map
注釈LocSpiral processed map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_14719_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14719_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : FANCD2 mono-ubiquitinated on K561

全体名称: FANCD2 mono-ubiquitinated on K561
要素
  • 複合体: FANCD2 mono-ubiquitinated on K561
    • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia group D2 protein

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超分子 #1: FANCD2 mono-ubiquitinated on K561

超分子名称: FANCD2 mono-ubiquitinated on K561 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Fanconi anemia group D2 protein

分子名称: Fanconi anemia group D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GPGSMVSKRR LSKSEDKESL TEDASKTRKQ PLSKKTKKSH IANEVEENDS IFVKLLKISG IILKTGESQN QLAVDQIAFQ KKLFQTLRRH PSYPKIIEEF VSGLESYIED EDSFRNCLLS CERLQDEEAS MGASYSKSLI KLLLGIDILQ PAIIKTLFEK LPEYFFENKN ...文字列:
GPGSMVSKRR LSKSEDKESL TEDASKTRKQ PLSKKTKKSH IANEVEENDS IFVKLLKISG IILKTGESQN QLAVDQIAFQ KKLFQTLRRH PSYPKIIEEF VSGLESYIED EDSFRNCLLS CERLQDEEAS MGASYSKSLI KLLLGIDILQ PAIIKTLFEK LPEYFFENKN SDEINIPRLI VSQLKWLDRV VDGKDLTTKI MQLISIAPEN LQHDIITSLP EILGDSQHAD VGKELSDLLI ENTSLTVPIL DVLSSLRLDP NFLLKVRQLV MDKLSSIRLE DLPVIIKFIL HSVTAMDTLE VISELREKLD LQHCVLPSRL QASQVKLKSK GRASSSGNQE SSGQSCIILL FDVIKSAIRY EKTISEAWIK AIENTASVSE HKVFDLVMLF IIYSTNTQTK KYIDRVLRNK IRSGCIQEQL LQSTFSVHYL VLKDMCSSIL SLAQSLLHSL DQSIISFGSL LYKYAFKFFD TYCQQEVVGA LVTHICSGNE AEVDTALDVL LELVVLNPSA MMMNAVFVKG ILDYLDNISP QQIRKLFYVL STLAFSKQNE ASSHIQDDMH LVIRKQLSST VFKYKLIGII GAVTMAGIMA ADRSESPSLT QERANLSDEQ CTQVTSLLQL VHSCSEQSPQ ASALYYDEFA NLIQHEKLDP KALEWVGHTI CNDFQDAFVV DSCVVPEGDF PFPVKALYGL EEYDTQDGIA INLLPLLFSQ DFAKDGGPVT SQESGQKLVS PLCLAPYFRL LRLCVERQHN GNLEEIDGLL DCPIFLTDLE PGEKLESMSA KERSFMCSLI FLTLNWFREI VNAFCQETSP EMKGKVLTRL KHIVELQIIL EKYLAVTPDY VPPLGNFDVE TLDITPHTVT AISAKIRKKG KIERKQKTDG SKTSSSDTLS EEKNSECDPT PSHRGQLNKE FTGKEEKTSL LLHNSHAFFR ELDIEVFSIL HCGLVTKFIL DTEMHTEATE VVQLGPPELL FLLEDLSQKL ESMLTPPIAR RVPFLKNKGS RNIGFSHLQQ RSAQEIVHCV FQLLTPMCNH LENIHNYFQC LAAENHGVVD GPGVKVQEYH IMSSCYQRLL QIFHGLFAWS GFSQPENQNL LYSALHVLSS RLKQGEHSQP LEELLSQSVH YLQNFHQSIP SFQCALYLIR LLMVILEKST ASAQNKEKIA SLARQFLCRV WPSGDKEKSN ISNDQLHALL CIYLEHTESI LKAIEEIAGV GVPELINSPK DASSSTFPTL TRHTFVVFFR VMMAELEKTV KKIEPGTAAD SQQIHEEKLL YWNMAVRDFS ILINLIKVFD SHPVLHVCLK YGRLFVEAFL KQCMPLLDFS FRKHREDVLS LLETFQLDTR LLHHLCGHSK IHQDTRLTQH VPLLKKTLEL LVCRVKAMLT LNNCREAFWL GNLKNRDLQG EEIKSQNSQE STADESEDDM SSQASKSKAT EDGEEDEVSA GEKEQDSDES YDDSD

UniProtKB: Fanconi anemia group D2 protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blotting for 3.0 seconds.
詳細9.3 uM USP1-UAF1, 1.8 uM FANCI-FANCD2Ub, 2.2 uM dsDNA (61 base-pairs), 18 uM ML323

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 6716868
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 1154740
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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