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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14623 | ||||||||||||
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タイトル | Subtomogram averaging of Rubisco from Cyanobium carboxysome (innermost layer) | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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生物種 | Cyanobium sp. PCC 7001 (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Ni T / Seaton-Burn W / Zhu Y / Zhang P | ||||||||||||
資金援助 | 英国, European Union, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structure and assembly of cargo Rubisco in two native α-carboxysomes. 著者: Tao Ni / Yaqi Sun / Will Burn / Monsour M J Al-Hazeem / Yanan Zhu / Xiulian Yu / Lu-Ning Liu / Peijun Zhang / 要旨: Carboxysomes are a family of bacterial microcompartments in cyanobacteria and chemoautotrophs. They encapsulate Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (Rubisco) and carbonic anhydrase ...Carboxysomes are a family of bacterial microcompartments in cyanobacteria and chemoautotrophs. They encapsulate Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (Rubisco) and carbonic anhydrase catalyzing carbon fixation inside a proteinaceous shell. How Rubisco complexes pack within the carboxysomes is unknown. Using cryo-electron tomography, we determine the distinct 3D organization of Rubisco inside two distant α-carboxysomes from a marine α-cyanobacterium Cyanobium sp. PCC 7001 where Rubiscos are organized in three concentric layers, and from a chemoautotrophic bacterium Halothiobacillus neapolitanus where they form intertwining spirals. We further resolve the structures of native Rubisco as well as its higher-order assembly at near-atomic resolutions by subtomogram averaging. The structures surprisingly reveal that the authentic intrinsically disordered linker protein CsoS2 interacts with Rubiscos in native carboxysomes but functions distinctively in the two α-carboxysomes. In contrast to the uniform Rubisco-CsoS2 association in the Cyanobium α-carboxysome, CsoS2 binds only to the Rubiscos close to the shell in the Halo α-carboxysome. Our findings provide critical knowledge of the assembly principles of α-carboxysomes, which may aid in the rational design and repurposing of carboxysome structures for new functions. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14623.map.gz | 32.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14623-v30.xml emd-14623.xml | 15.1 KB 15.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_14623_fsc.xml | 7.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_14623.png | 130.7 KB | ||
マスクデータ | emd_14623_msk_1.map | 34.3 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_14623_half_map_1.map.gz emd_14623_half_map_2.map.gz | 20.2 MB 20.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14623 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14623 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14623_validation.pdf.gz | 871.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14623_full_validation.pdf.gz | 871 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14623_validation.xml.gz | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14623_validation.cif.gz | 18.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14623 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14623 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14623.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 34.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_14623_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: emClarity half map 1 from cisTEM reconstruction
ファイル | emd_14623_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | emClarity half map 1 from cisTEM reconstruction | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: emClarity half map 2 from cisTEM reconstruction
ファイル | emd_14623_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | emClarity half map 2 from cisTEM reconstruction | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Rubisco from Cyanobium carboxysome (innermost layer)
全体 | 名称: Rubisco from Cyanobium carboxysome (innermost layer) |
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要素 |
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-超分子 #1: Rubisco from Cyanobium carboxysome (innermost layer)
超分子 | 名称: Rubisco from Cyanobium carboxysome (innermost layer) タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Cyanobium sp. PCC 7001 (バクテリア) |
-分子 #1: Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (Rubisco) large s...
分子 | 名称: Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (Rubisco) large subunit タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Cyanobium sp. PCC 7001 (バクテリア) |
配列 | 文字列: MSKKYDAGVK EYRDTYWTPD YVPLDTDLLA CFKCTGQEGV PKEEVAAAVA AESSTGTWST VWSELLVDL DFYKGRCYRI EDVPGDKEAF YAFIAYPLDL FEEGSVTNVL TSLVGNVFGF K ALRHLRLE DIRFPMAFIK TCPGPPNGIC VERDRMNKYG RPLLGCTIKP ...文字列: MSKKYDAGVK EYRDTYWTPD YVPLDTDLLA CFKCTGQEGV PKEEVAAAVA AESSTGTWST VWSELLVDL DFYKGRCYRI EDVPGDKEAF YAFIAYPLDL FEEGSVTNVL TSLVGNVFGF K ALRHLRLE DIRFPMAFIK TCPGPPNGIC VERDRMNKYG RPLLGCTIKP KLGLSGKNYG RV VYECLRG GLDFTKDDEN INSQPFQRWQ NRFEFVAEAV ALAQQETGEK KGHYLNCTAA TPE EMYERA EFAKELGQPI IMHDYITGGF TANTGLSKWC RKNGMLLHIH RAMHAVIDRH PKHG IHFRV LAKCLRLSGG DQLHTGTVVG KLEGDRQTTL GFIDQLRESF IPEDRSRGNF FDQDW GSMP GVFAVASGGI HVWHMPALVA IFGDDSVLQF GGGTHGHPWG SAAGAAANRV ALEACV KAR NAGREIEKES RDILMEAAKH SPELAIALET WKEIKFEFDT VDKLDVQ |
-分子 #2: Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (Rubisco) small s...
分子 | 名称: Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (Rubisco) small subunit タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Cyanobium sp. PCC 7001 (バクテリア) |
配列 | 文字列: MPFKSTVGDY QTVATLETFG FLPPMTQDEI YDQIAYIIAQ GWSPLIEHVH PSRSMATYWS YWKLPFFGE KDLGVIVSEL EACHRAYPDH HVRLVGYDAY TQSQGACFVV FEGR |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 3.65 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |