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- EMDB-1461: Near-atomic resolution using electron cryomicroscopy and single-p... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1461
タイトルNear-atomic resolution using electron cryomicroscopy and single-particle reconstruction.
マップデータMap of rotavirus VP6 protein, after icosahedral averaging and 13-fold non-icosahedral averaging
試料
  • 試料: Rotavirus VP6 protein
  • タンパク質・ペプチド: VP6
生物種Bovine rotavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Zhang X / Settembre E / Xu C / Dormitzer PR / Bellamy R / Harrison SC / Grigorieff N
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2008
タイトル: Near-atomic resolution using electron cryomicroscopy and single-particle reconstruction.
著者: Xing Zhang / Ethan Settembre / Chen Xu / Philip R Dormitzer / Richard Bellamy / Stephen C Harrison / Nikolaus Grigorieff /
要旨: Electron cryomicroscopy (cryo-EM) yields images of macromolecular assemblies and their components, from which 3D structures can be determined, by using an image processing method commonly known as ...Electron cryomicroscopy (cryo-EM) yields images of macromolecular assemblies and their components, from which 3D structures can be determined, by using an image processing method commonly known as "single-particle reconstruction." During the past two decades, this technique has become an important tool for 3D structure determination, but it generally has not been possible to determine atomic models. In principle, individual molecular images contain high-resolution information contaminated by a much higher level of noise. In practice, it has been unclear whether current averaging methods are adequate to extract this information from the background. We present here a reconstruction, obtained by using recently developed image processing methods, of the rotavirus inner capsid particle ("double-layer particle" or DLP) at a resolution suitable for interpretation by an atomic model. The result establishes single-particle reconstruction as a high-resolution technique. We show by direct comparison that the cryo-EM reconstruction of viral protein 6 (VP6) of the rotavirus DLP is similar in clarity to a 3.8-A resolution map obtained from x-ray crystallography. At this resolution, most of the amino acid side chains produce recognizable density. The icosahedral symmetry of the particle was an important factor in achieving this resolution in the cryo-EM analysis, but as the size of recordable datasets increases, single-particle reconstruction also is likely to yield structures at comparable resolution from samples of much lower symmetry. This potential has broad implications for structural cell biology.
履歴
登録2007年12月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年12月10日-
マップ公開2008年1月2日-
更新2012年10月31日-
現状2012年10月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-1qhd
  • 表面レベル: 0.775444175
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1461.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1461.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of rotavirus VP6 protein, after icosahedral averaging and 13-fold non-icosahedral averaging
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
1.23 Å/pix.
x 134 pix.
= 774.9 Å		1.23 Å/pix.
x 106 pix.
= 774.9 Å		1.23 Å/pix.
x 122 pix.
= 774.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.23 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 1.04 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-2.16499 - 3.11145
平均 (標準偏差)0.0102024 (±0.246157)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin29-50166
サイズ106122134
Spacing106122134
セルA=B=C: 774.9 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.231.231.23
M x/y/z630630630
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z774.900774.900774.900
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ29-50166
NX/NY/NZ106122134
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-5029166
NC/NR/NS122106134
D min/max/mean-2.1653.1110.010

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rotavirus VP6 protein

全体名称: Rotavirus VP6 protein
要素
  • 試料: Rotavirus VP6 protein
  • タンパク質・ペプチド: VP6

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超分子 #1000: Rotavirus VP6 protein

超分子名称: Rotavirus VP6 protein / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: VP6 is one component of rotavirus DLP, which has been deposited separately (accession number EMD-1460)
集合状態: 780 molecules of VP6 form a DLP particle with 12 molecules of VP1, 120 molecules of VP2, 12 molecules of VP3 and 11 dsRNA molecules
Number unique components: 1
分子量理論値: 41 KDa

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分子 #1: VP6

分子名称: VP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Virus protein 6 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bovine rotavirus (ウイルス)
分子量実験値: 41 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Ice
グリッド詳細: Lacy carbon and C-flat
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 30 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: Home-made. Vitrification carried out in air at room temperature
手法: Blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
温度平均: 90 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected
Legacy - Electron beam tilt params: 0
日付2007年6月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 386 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 56540 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric, side-entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were selected using the computer program SIGNATURE
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: FREALIGN
詳細: The FREALIGN reconstruction was followed by non-icosahedral averaging using the Uppsala program package for X-ray crystallography
使用した粒子像数: 8400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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