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- EMDB-2340: The electron microscopy reconstruction of the baseplate of lactoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2340
タイトルThe electron microscopy reconstruction of the baseplate of lactococcal phage Tuc2009.
マップデータReconstruction of the baseplate of lactococcal phage Tuc2009
試料
  • 試料: Baseplate of lactoccocal phage Tuc2009
  • ウイルス: Lactococcus phage Tuc2009 (ファージ)
キーワードlactococcal phage / tuc2009 / baseplate / electron microscopy / single-particle
生物種Lactococcus phage Tuc2009 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 36.0 Å
データ登録者Collins B / Bebeacua C / Mahony J / Douillard F / Veesler D / Blangy B / Cambillau C / van Sinderen D
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2013
タイトル: Structure and functional analysis of the host recognition device of lactococcal phage tuc2009.
著者: Barry Collins / Cecilia Bebeacua / Jennifer Mahony / Stéphanie Blangy / François P Douillard / David Veesler / Christian Cambillau / Douwe van Sinderen /
要旨: Many phages employ a large heteropolymeric organelle located at the tip of the tail, termed the baseplate, for host recognition. Contrast electron microscopy (EM) of the lactococcal phage Tuc2009 ...Many phages employ a large heteropolymeric organelle located at the tip of the tail, termed the baseplate, for host recognition. Contrast electron microscopy (EM) of the lactococcal phage Tuc2009 baseplate and its host-binding subunits, the so-called tripods, allowed us to obtain a low-resolution structural image of this organelle. Structural comparisons between the baseplate of the related phage TP901-1 and that of Tuc2009 demonstrated that they are highly similar, except for the presence of an additional protein in the Tuc2009 baseplate (BppATuc2009), which is attached to the top of the Tuc2009 tripod structure. Recombinantly produced Tuc2009 or TP901-1 tripods were shown to bind specifically to their particular host cell surfaces and are capable of almost fully and specifically eliminating Tuc2009 or TP901-1 phage adsorption, respectively. In the case of Tuc2009, such adsorption-blocking ability was reduced in tripods that lacked BppATuc2009, indicating that this protein increases the binding specificity and/or affinity of the Tuc2009 tripod to its host receptor.
履歴
登録2013年3月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年4月3日-
マップ公開2013年6月12日-
更新2013年7月17日-
現状2013年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.001
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.001
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2340.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2340.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the baseplate of lactococcal phage Tuc2009
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.95 Å/pix.
x 144 pix.
= 712.8 Å		4.95 Å/pix.
x 144 pix.
= 712.8 Å		4.95 Å/pix.
x 144 pix.
= 712.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.95 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.001 / ムービー #1: 0.001
最小 - 最大-0.0000302 - 0.04787388
平均 (標準偏差)0.00086621 (±0.00411965)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-72-72-72
サイズ144144144
Spacing144144144
セルA=B=C: 712.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.954.954.95
M x/y/z144144144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z712.800712.800712.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-27-15-36
NX/NY/NZ553173
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-72-72-72
NC/NR/NS144144144
D min/max/mean-0.0000.0480.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Baseplate of lactoccocal phage Tuc2009

全体名称: Baseplate of lactoccocal phage Tuc2009
要素
  • 試料: Baseplate of lactoccocal phage Tuc2009
  • ウイルス: Lactococcus phage Tuc2009 (ファージ)

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超分子 #1000: Baseplate of lactoccocal phage Tuc2009

超分子名称: Baseplate of lactoccocal phage Tuc2009 / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The baseplate was selected from images collected from a sample of the entire phages.
集合状態: 6 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Lactococcus phage Tuc2009

超分子名称: Lactococcus phage Tuc2009 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Tuc2009 / NCBI-ID: 35241 / 生物種: Lactococcus phage Tuc2009 / ウイルスタイプ: OTHER / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Tuc2009
宿主生物種: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株: UC509.9 / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Tris-HCL, 10 mM MgSO4, 100 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein floated on 2% w/v uranyl acetate for 20 seconds
グリッド詳細: 300 mesh copper grid with thin carbon layer, glow discharged for 30 seconds
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
日付2012年6月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / 実像数: 2000 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / 詳細: Images were collected using a 2kx2k CCD camera
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 48500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 48500
試料ステージ試料ホルダー: Room temperature holder / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 36.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, Spider, Xmipp / 使用した粒子像数: 2000

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4div
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera
詳細The baseplate was manually fitted and then automatically refined
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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