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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1424
タイトルThe structure of the prokaryotic cyclic nucleotide-modulated potassium channel MloK1 at 16 A resolution.
マップデータThis is the 3D map of MloK1 in 17-A resolution determined by NS-TEM.
試料
  • 試料: Full-length prokaryotic potassium channel MloK1
  • タンパク質・ペプチド: Prokaryotic potassium channel
  • リガンド: Cyclic nucleotide
生物種Mesorhizobium loti (根粒菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.3 Å
データ登録者Chiu P-L / Pagel M / Evans J / Chou H-T / Gipson B
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: The structure of the prokaryotic cyclic nucleotide-modulated potassium channel MloK1 at 16 A resolution.
著者: Po-Lin Chiu / Matthew D Pagel / James Evans / Hui-Ting Chou / Xiangyan Zeng / Bryant Gipson / Henning Stahlberg / Crina M Nimigean /
要旨: The gating ring of cyclic nucleotide-modulated channels is proposed to be either a two-fold symmetric dimer of dimers or a four-fold symmetric tetramer based on high-resolution structure data of ...The gating ring of cyclic nucleotide-modulated channels is proposed to be either a two-fold symmetric dimer of dimers or a four-fold symmetric tetramer based on high-resolution structure data of soluble cyclic nucleotide-binding domains and functional data on intact channels. We addressed this controversy by obtaining structural data on an intact, full-length, cyclic nucleotide-modulated potassium channel, MloK1, from Mesorhizobium loti, which also features a putative voltage-sensor. We present here the 3D single-particle structure by transmission electron microscopy and the projection map of membrane-reconstituted 2D crystals of MloK1 in the presence of cAMP. Our data show a four-fold symmetric arrangement of the CNBDs, separated by discrete gaps. A homology model for full-length MloK1 suggests a vertical orientation for the CNBDs. The 2D crystal packing in the membrane-embedded state is compatible with the S1-S4 domains in the vertical "up" state.
履歴
登録2007年6月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年9月13日-
マップ公開2007年9月18日-
更新2012年11月7日-
現状2012年11月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1424.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1424.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the 3D map of MloK1 in 17-A resolution determined by NS-TEM.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2 Å/pix.
x 80 pix.
= 160. Å		2 Å/pix.
x 80 pix.
= 160. Å		2 Å/pix.
x 80 pix.
= 160. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.01 / ムービー #1: 1.2
最小 - 最大-2.31585288 - 4.84229708
平均 (標準偏差)0.01301534 (±0.84763032)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 160.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z222
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z160.000160.000160.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-150-150-149
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-2.3164.8420.013

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Full-length prokaryotic potassium channel MloK1

全体名称: Full-length prokaryotic potassium channel MloK1
要素
  • 試料: Full-length prokaryotic potassium channel MloK1
  • タンパク質・ペプチド: Prokaryotic potassium channel
  • リガンド: Cyclic nucleotide

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超分子 #1000: Full-length prokaryotic potassium channel MloK1

超分子名称: Full-length prokaryotic potassium channel MloK1 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One tetramer with ligand binding / Number unique components: 2
分子量実験値: 155.2 KDa / 理論値: 152.5 KDa / 手法: Calculation by the protein sequence

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分子 #1: Prokaryotic potassium channel

分子名称: Prokaryotic potassium channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: MloK1 / 詳細: Each subunit of the MloK1 / コピー数: 1 / 集合状態: Tetramer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mesorhizobium loti (根粒菌) / 株: MloK1 / 別称: Soil bacteria / 組織: Prokaryote / Organelle: Cell membrane / 細胞中の位置: Cell membrane
分子量実験値: 37.74 KDa / 理論値: 38.42 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pASK90

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分子 #2: Cyclic nucleotide

分子名称: Cyclic nucleotide / タイプ: ligand / ID: 2 / Name.synonym: cAMP
詳細: The ligand for cyclic nucleotide-modulated channel, MloK1
組換発現: No
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量実験値: 369.2 Da / 理論値: 369.2 Da

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 100 mM KCl, 20 mM Tris-Cl, 5 mM DM, 200 uM cAMP
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with absorbed proteins deeply stained with 2% uranyl formate
グリッド詳細: 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100F
温度平均: 298.15 K
日付2005年10月27日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 10 µm / 実像数: 34 / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 60000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side-entry room temperature holder / 試料ホルダーモデル: HOME BUILD

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画像解析

CTF補正詳細: CTF correction of each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER, EMAN / 使用した粒子像数: 14921
最終 角度割当詳細: Refinement with MRA method built in EMAN package
最終 2次元分類クラス数: 190

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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