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- EMDB-14185: Human RBBP6-bound CPSF complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14185
タイトルHuman RBBP6-bound CPSF complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of RBBP6-bound CPSF
    • タンパク質・ペプチド: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Symplekin
    • タンパク質・ペプチド: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Cleavage stimulation factor subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase RBBP6
    • タンパク質・ペプチド: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
機能・相同性
機能・相同性情報


cleavage body / co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / 5'-3' RNA exonuclease activity / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / somite development / nuclear stress granule ...cleavage body / co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / 5'-3' RNA exonuclease activity / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / somite development / nuclear stress granule / collagen trimer / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / mRNA 3'-end processing / tRNA processing in the nucleus / postreplication repair / RHOBTB1 GTPase cycle / RNA Polymerase II Transcription Termination / regulation of DNA replication / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / bicellular tight junction / embryonic organ development / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / RNA endonuclease activity / cellular response to nerve growth factor stimulus / negative regulation of protein binding / RING-type E3 ubiquitin transferase / multicellular organism growth / fibrillar center / mRNA processing / ubiquitin-protein transferase activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / chromosome / ubiquitin-dependent protein catabolic process / spermatogenesis / in utero embryonic development / postsynapse / DNA replication / cytoskeleton / nuclear body / cell adhesion / protein ubiquitination / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / centrosome / DNA damage response / glutamatergic synapse / nucleolus / protein kinase binding / enzyme binding / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cleavage stimulation factor subunit 2, hinge domain / Zinc knuckle CX2CX3GHX4C / Zinc knuckle / Hinge domain of cleavage stimulation factor subunit 2 / DWNN domain / Transcription termination and cleavage factor, C-terminal domain / Transcription termination and cleavage factor, C-terminal domain superfamily / DWNN domain / Transcription termination and cleavage factor C-terminal / DWNN domain profile. ...Cleavage stimulation factor subunit 2, hinge domain / Zinc knuckle CX2CX3GHX4C / Zinc knuckle / Hinge domain of cleavage stimulation factor subunit 2 / DWNN domain / Transcription termination and cleavage factor, C-terminal domain / Transcription termination and cleavage factor, C-terminal domain superfamily / DWNN domain / Transcription termination and cleavage factor C-terminal / DWNN domain profile. / DWNN / Cleavage and polyadenylation specificity factor 2, C-terminal / CPSF2, metallo-hydrolase domain / Cleavage and polyadenylation factor 2 C-terminal / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2 / Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term / Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term / CPSF73-100_C / Symplekin/Pta1 / Symplekin C-terminal / Symplekin/Pta1, N-terminal / Symplekin/PTA1 N-terminal / Symplekin tight junction protein C terminal / Zinc-finger CCCH domain / Zinc-finger containing family / CPSF complex subunit CPSF4-like / Pre-mRNA 3' end processing protein Pfs2-like / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / U-box domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / U-box domain / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / : / CPSF A subunit region / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ring finger / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Zinc finger RING-type profile. / RNA-binding domain superfamily / Zinc finger, RING-type / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4 / Cleavage stimulation factor subunit 2 / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 / E3 ubiquitin-protein ligase RBBP6 / Symplekin / pre-mRNA 3' end processing protein WDR33 / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2 / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.98 Å
データ登録者Sandmeir F / Conti E
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Genes Dev / 年: 2022
タイトル: Reconstitution of 3' end processing of mammalian pre-mRNA reveals a central role of RBBP6.
著者: Moritz Schmidt / Florian Kluge / Felix Sandmeir / Uwe Kühn / Peter Schäfer / Christian Tüting / Christian Ihling / Elena Conti / Elmar Wahle /
要旨: The 3' ends of almost all eukaryotic mRNAs are generated in an essential two-step processing reaction: endonucleolytic cleavage of an extended precursor followed by the addition of a poly(A) tail. By ...The 3' ends of almost all eukaryotic mRNAs are generated in an essential two-step processing reaction: endonucleolytic cleavage of an extended precursor followed by the addition of a poly(A) tail. By reconstituting the reaction from overproduced and purified proteins, we provide a minimal list of 14 polypeptides that are essential and two that are stimulatory for RNA processing. In a reaction depending on the polyadenylation signal AAUAAA, the reconstituted system cleaves pre-mRNA at a single preferred site corresponding to the one used in vivo. Among the proteins, cleavage factor I stimulates cleavage but is not essential, consistent with its prominent role in alternative polyadenylation. RBBP6 is required, with structural data showing it to contact and presumably activate the endonuclease CPSF73 through its DWNN domain. The C-terminal domain of RNA polymerase II is dispensable. ATP, but not its hydrolysis, supports RNA cleavage by binding to the hClp1 subunit of cleavage factor II with submicromolar affinity.
履歴
登録2022年1月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月2日-
マップ公開2022年3月2日-
更新2022年3月2日-
現状2022年3月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.31
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_14185.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14185.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 416 pix.
= 455.104 Å		1.09 Å/pix.
x 416 pix.
= 455.104 Å		1.09 Å/pix.
x 416 pix.
= 455.104 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.094 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.31 / ムービー #1: 0.31
最小 - 最大-1.1611375 - 2.0819485
平均 (標準偏差)0.0023898948 (±0.064156316)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 455.104 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0941.0941.094
M x/y/z416416416
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z455.104455.104455.104
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS416416416
D min/max/mean-1.1612.0820.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of RBBP6-bound CPSF

全体名称: Complex of RBBP6-bound CPSF
要素
  • 複合体: Complex of RBBP6-bound CPSF
    • タンパク質・ペプチド: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Symplekin
    • タンパク質・ペプチド: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Cleavage stimulation factor subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase RBBP6
    • タンパク質・ペプチド: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4

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超分子 #1: Complex of RBBP6-bound CPSF

超分子名称: Complex of RBBP6-bound CPSF / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1

分子名称: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MYAVYKQAHP PTGLEFSMYC NFFNNSERNL VVAGTSQLYV YRLNRDAEAL TKNDRSTEGK AHREKLELAA SFSFFGNVMS MASVQLAGAK RDALLLSFKD AKLSVVEYDP GTHDLKTLSL HYFEEPELRD GFVQNVHTPR VRVDPDGRCA AMLVYGTRLV VLPFRRESLA ...文字列:
MYAVYKQAHP PTGLEFSMYC NFFNNSERNL VVAGTSQLYV YRLNRDAEAL TKNDRSTEGK AHREKLELAA SFSFFGNVMS MASVQLAGAK RDALLLSFKD AKLSVVEYDP GTHDLKTLSL HYFEEPELRD GFVQNVHTPR VRVDPDGRCA AMLVYGTRLV VLPFRRESLA EEHEGLVGEG QRSSFLPSYI IDVRALDEKL LNIIDLQFLH GYYEPTLLIL FEPNQTWPGR VAVRQDTCSI VAISLNITQK VHPVIWSLTS LPFDCTQALA VPKPIGGVVV FAVNSLLYLN QSVPPYGVAL NSLTTGTTAF PLRTQEGVRI TLDCAQATFI SYDKMVISLK GGEIYVLTLI TDGMRSVRAF HFDKAAASVL TTSMVTMEPG YLFLGSRLGN SLLLKYTEKL QEPPASAVRE AADKEEPPSK KKRVDATAGW SAAGKSVPQD EVDEIEVYGS EAQSGTQLAT YSFEVCDSIL NIGPCANAAV GEPAFLSEEF QNSPEPDLEI VVCSGHGKNG ALSVLQKSIR PQVVTTFELP GCYDMWTVIA PVRKEEEDNP KGEGTEQEPS TTPEADDDGR RHGFLILSRE DSTMILQTGQ EIMELDTSGF ATQGPTVFAG NIGDNRYIVQ VSPLGIRLLE GVNQLHFIPV DLGAPIVQCA VADPYVVIMS AEGHVTMFLL KSDSYGGRHH RLALHKPPLH HQSKVITLCL YRDLSGMFTT ESRLGGARDE LGGRSGPEAE GLGSETSPTV DDEEEMLYGD SGSLFSPSKE EARRSSQPPA DRDPAPFRAE PTHWCLLVRE NGTMEIYQLP DWRLVFLVKN FPVGQRVLVD SSFGQPTTQG EARREEATRQ GELPLVKEVL LVALGSRQSR PYLLVHVDQE LLIYEAFPHD SQLGQGNLKV RFKKVPHNIN FREKKPKPSK KKAEGGGAEE GAGARGRVAR FRYFEDIYGY SGVFICGPSP HWLLVTGRGA LRLHPMAIDG PVDSFAPFHN VNCPRGFLYF NRQGELRISV LPAYLSYDAP WPVRKIPLRC TAHYVAYHVE SKVYAVATST NTPCARIPRM TGEEKEFETI ERDERYIHPQ QEAFSIQLIS PVSWEAIPNA RIELQEWEHV TCMKTVSLRS EETVSGLKGY VAAGTCLMQG EEVTCRGRIL IMDVIEVVPE PGQPLTKNKF KVLYEKEQKG PVTALCHCNG HLVSAIGQKI FLWSLRASEL TGMAFIDTQL YIHQMISVKN FILAADVMKS ISLLRYQEES KTLSLVSRDA KPLEVYSVDF MVDNAQLGFL VSDRDRNLMV YMYLPEAKES FGGMRLLRRA DFHVGAHVNT FWRTPCRGAT EGLSKKSVVW ENKHITWFAT LDGGIGLLLP MQEKTYRRLL MLQNALTTML PHHAGLNPRA FRMLHVDRRT LQNAVRNVLD GELLNRYLYL STMERSELAK KIGTTPDIIL DDLLETDRVT AHF

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分子 #2: Symplekin

分子名称: Symplekin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
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MSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KTAGLEVLFQ GPMASGSGDS VTRRSVASQF FTQEEGPGID GMTTSERVVD LLNQAALITN DSKITVLKQV QELIINKDPT LLDNFLDEII AFQADKSIEV RKFVIGFIEE ACKRDIELLL KLIANLNMLL RDENVNVVKK AILTMTQLYK VALQWMVKSR VISELQEACW DMVSAMAGDI ILLLDSDNDG IRTHAIKFVE GLIVTLSPRM ADSEIPRRQE HDISLDRIPR DHPYIQYNVL WEEGKAALEQ LLKFMVHPAI SSINLTTALG SLANIARQRP MFMSEVIQAY ETLHANLPPT LAKSQVSSVR KNLKLHLLSV LKHPASLEFQ AQITTLLVDL GTPQAEIARN MPSSKDTRKR PRDDSDSTLK KMKLEPNLGE DDEDKDLEPG PSGTSKASAQ ISGQSDTDIT AEFLQPLLTP DNVANLVLIS MVYLPEAMPA SFQAIYTPVE SAGTEAQIKH LARLMATQMT AAGLGPGVEQ TKQCKEEPKE EKVVKTESVL IKRRLSAQGQ AISVVGSLSS MSPLEEEAPQ AKRRPEPIIP VTQPRLAGAG GRKKIFRLSD VLKPLTDAQV EAMKLGAVKR ILRAEKAVAC SGAAQVRIKI LASLVTQFNS GLKAEVLSFI LEDVRARLDL AFAWLYQEYN AYLAAGASGS LDKYEDCLIR LLSGLQEKPD QKDGIFTKVV LEAPLITESA LEVVRKYCED ESRTYLGMST LRDLIFKRPS RQFQYLHVLL DLSSHEKDKV RSQALLFIKR MYEKEQLREY VEKFALNYLQ LLVHPNPPSV LFGADKDTEV AAPWTEETVK QCLYLYLALL PQNHKLIHEL AAVYTEAIAD IKRTVLRVIE QPIRGMGMNS PELLLLVENC PKGAETLVTR CLHSLTDKVP PSPELVKRVR DLYHKRLPDV RFLIPVLNGL EKKEVIQALP KLIKLNPIVV KEVFNRLLGT QHGEGNSALS PLNPGELLIA LHNIDSVKCD MKSIIKATNL CFAERNVYTS EVLAVVMQQL MEQSPLPMLL MRTVIQSLTM YPRLGGFVMN ILSRLIMKQV WKYPKVWEGF IKCCQRTKPQ SFQVILQLPP QQLGAVFDKC PELREPLLAH VRSFTPHQQA HIPNSIMTIL EASGKQEPEA KEAPAGPLEE DDLEPLTLAP APAPRPPQDL IGLRLAQEKA LKRQLEEEQK LKPGGVGAPS SSSPSPSPSA RPGPPPSEEA MDFREEGPEC ETPGIFISMD DDSGLTEAAL LDSSLEGPLP KETAAGGLTL KEERSPQTLA PVGEDAMKTP SPAAEDAREP EAKGNS

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分子 #3: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2

分子名称: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTSIIKLTTL SGVQEESALC YLLQVDEFRF LLDCGWDEHF SMDIIDSLRK HVHQIDAVLL SHPDPLHLGA LPYAVGKLGL NCAIYATIPV YKMGQMFMYD LYQSRHNTED FTLFTLDDVD AAFDKIQQLK FSQIVNLKGK GHGLSITPLP AGHMIGGTIW KIVKDGEEEI ...文字列:
MTSIIKLTTL SGVQEESALC YLLQVDEFRF LLDCGWDEHF SMDIIDSLRK HVHQIDAVLL SHPDPLHLGA LPYAVGKLGL NCAIYATIPV YKMGQMFMYD LYQSRHNTED FTLFTLDDVD AAFDKIQQLK FSQIVNLKGK GHGLSITPLP AGHMIGGTIW KIVKDGEEEI VYAVDFNHKR EIHLNGCSLE MLSRPSLLIT DSFNATYVQP RRKQRDEQLL TNVLETLRGD GNVLIAVDTA GRVLELAQLL DQIWRTKDAG LGVYSLALLN NVSYNVVEFS KSQVEWMSDK LMRCFEDKRN NPFQFRHLSL CHGLSDLARV PSPKVVLASQ PDLECGFSRD LFIQWCQDPK NSIILTYRTT PGTLARFLID NPSEKVTEIE LRKRVKLEGK ELEEYLEKEK LKKEAAKKLE QSKEADIDSS DESDIEEDID QPSAHKTKHD LMMKGEGSRK GSFFKQAKKS YPMFPAPEER IKWDEYGEII KPEDFLVPEL QATEEEKSKL ESGLTNGDEP MDQDLSDVPT KCISTTESIE IKARVTYIDY EGRSDGDSIK KIINQMKPRQ LIIVHGPPEA SQDLAECCRA FGGKDIKVYM PKLHETVDAT SETHIYQVRL KDSLVSSLQF CKAKDAELAW IDGVLDMRVS KVDTGVILEE GELKDDGEDS EMQVEAPSDS SVIAQQKAMK SLFGDDEKET GEESEIIPTL EPLPPHEVPG HQSVFMNEPR LSDFKQVLLR EGIQAEFVGG VLVCNNQVAV RRTETGRIGL EGCLCQDFYR IRDLLYEQYA IV

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分子 #4: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3

分子名称: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSAIPAEESD QLLIRPLGAG QEVGRSCIIL EFKGRKIMLD CGIHPGLEGM DALPYIDLID PAEIDLLLIS HFHLDHCGAL PWFLQKTSFK GRTFMTHATK AIYRWLLSDY VKVSNISADD MLYTETDLEE SMDKIETINF HEVKEVAGIK FWCYHAGHVL GAAMFMIEIA ...文字列:
MSAIPAEESD QLLIRPLGAG QEVGRSCIIL EFKGRKIMLD CGIHPGLEGM DALPYIDLID PAEIDLLLIS HFHLDHCGAL PWFLQKTSFK GRTFMTHATK AIYRWLLSDY VKVSNISADD MLYTETDLEE SMDKIETINF HEVKEVAGIK FWCYHAGHVL GAAMFMIEIA GVKLLYTGDF SRQEDRHLMA AEIPNIKPDI LIIESTYGTH IHEKREEREA RFCNTVHDIV NRGGRGLIPV FALGRAQELL LILDEYWQNH PELHDIPIYY ASSLAKKCMA VYQTYVNAMN DKIRKQININ NPFVFKHISN LKSMDHFDDI GPSVVMASPG MMQSGLSREL FESWCTDKRN GVIIAGYCVE GTLAKHIMSE PEEITTMSGQ KLPLKMSVDY ISFSAHTDYQ QTSEFIRALK PPHVILVHGE QNEMARLKAA LIREYEDNDE VHIEVHNPRN TEAVTLNFRG EKLAKVMGFL ADKKPEQGQR VSGILVKRNF NYHILSPCDL SNYTDLAMST VKQTQAIPYT GPFNLLCYQL QKLTGDVEEL EIQEKPALKV FKNITVIQEP GMVVLEWLAN PSNDMYADTV TTVILEVQSN PKIRKGAVQK VSKKLEMHVY SKRLEIMLQD IFGEDCVSVK DDSILSVTVD GKTANLNLET RTVECEEGSE DDESLREMVE LAAQRLYEAL TPVH

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分子 #5: Cleavage stimulation factor subunit 2

分子名称: Cleavage stimulation factor subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAGLTVRDPA VDRSLRSVFV GNIPYEATEE QLKDIFSEVG PVVSFRLVYD RETGKPKGYG FCEYQDQETA LSAMRNLNGR EFSGRALRVD NAASEKNKEE LKSLGTGAPV IESPYGETIS PEDAPESISK AVASLPPEQM FELMKQMKLC VQNSPQEARN MLLQNPQLAY ...文字列:
MAGLTVRDPA VDRSLRSVFV GNIPYEATEE QLKDIFSEVG PVVSFRLVYD RETGKPKGYG FCEYQDQETA LSAMRNLNGR EFSGRALRVD NAASEKNKEE LKSLGTGAPV IESPYGETIS PEDAPESISK AVASLPPEQM FELMKQMKLC VQNSPQEARN MLLQNPQLAY ALLQAQVVMR IVDPEIALKI LHRQTNIPTL IAGNPQPVHG AGPGSGSNVS MNQQNPQAPQ AQSLGGMHVN GAPPLMQASM QGGVPAPGQM PAAVTGPGPG SLAPGGGMQA QVGMPGSGPV SMERGQVPMQ DPRAAMQRGS LPANVPTPRG LLGDAPNDPR GGTLLSVTGE VEPRGYLGPP HQGPPMHHVP GHESRGPPPH ELRGGPLPEP RPLMAEPRGP MLDQRGPPLD GRGGRDPRGI DARGMEARAM EARGLDARGL EARAMEARAM EARAMEARAM EARAMEVRGM EARGMDTRGP VPGPRGPIPS GMQGPSPINM GAVVPQGSRQ VPVMQGTGMQ GASIQGGSQP GGFSPGQNQV TPQDHEKAAL IMQVLQLTAD QIAMLPPEQR QSILILKEQI QKSTGAP

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分子 #6: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33

分子名称: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MATEIGSPPR FFHMPRFQHQ APRQLFYKRP DFAQQQAMQQ LTFDGKRMRK AVNRKTIDYN PSVIKYLENR IWQRDQRDMR AIQPDAGYYN DLVPPIGMLN NPMNAVTTKF VRTSTNKVKC PVFVVRWTPE GRRLVTGASS GEFTLWNGLT FNFETILQAH DSPVRAMTWS ...文字列:
MATEIGSPPR FFHMPRFQHQ APRQLFYKRP DFAQQQAMQQ LTFDGKRMRK AVNRKTIDYN PSVIKYLENR IWQRDQRDMR AIQPDAGYYN DLVPPIGMLN NPMNAVTTKF VRTSTNKVKC PVFVVRWTPE GRRLVTGASS GEFTLWNGLT FNFETILQAH DSPVRAMTWS HNDMWMLTAD HGGYVKYWQS NMNNVKMFQA HKEAIREASF SPTDNKFATC SDDGTVRIWD FLRCHEERIL RGHGADVKCV DWHPTKGLVV SGSKDSQQPI KFWDPKTGQS LATLHAHKNT VMEVKLNLNG NWLLTASRDH LCKLFDIRNL KEELQVFRGH KKEATAVAWH PVHEGLFASG GSDGSLLFWH VGVEKEVGGM EMAHEGMIWS LAWHPLGHIL CSGSNDHTSK FWTRNRPGDK MRD

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分子 #7: E3 ubiquitin-protein ligase RBBP6

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase RBBP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GPMSCVHYKF SSKLNYDTVT FDGLHISLCD LKKQIMGREK LKAADCDLQI TNAQTKEEYT DDNALIPKNS SVIVRRIPIG GVKSTSKTYV ISRTEPAMAT TKAIDDSSAS ISLAQLTKTA NLAEANASEE DKIKAMMSQS GHEYDPINYM KKPLGPPPPS YTCFRCGKPG ...文字列:
GPMSCVHYKF SSKLNYDTVT FDGLHISLCD LKKQIMGREK LKAADCDLQI TNAQTKEEYT DDNALIPKNS SVIVRRIPIG GVKSTSKTYV ISRTEPAMAT TKAIDDSSAS ISLAQLTKTA NLAEANASEE DKIKAMMSQS GHEYDPINYM KKPLGPPPPS YTCFRCGKPG HYIKNCPTNG DKNFESGPRI KKSTGIPRSF MMEVKDPNMK GAMLTNTGKY AIPTIDAEAY AIGKKEKPPF LPEEPSSSSE EDDPIPDELL CLICKDIMTD AVVIPCCGNS YCDECIRTAL LESDEHTCPT CHQNDVSPDA LIANKFLRQA VNNFKNETGY TKRLRKQ

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分子 #8: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4

分子名称: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MQEIIASVDH IKFDLEIAVE QQLGAQPLPF PGMDKSGAAV CEFFLKAACG KGGMCPFRHI SGEKTVVCKH WLRGLCKKGD QCEFLHEYDM TKMPECYFYS KFGECSNKEC PFLHIDPESK IKDCPWYDRG FCKHGPLCRH RHTRRVICVN YLVGFCPEGP SCKFMHPRFE ...文字列:
MQEIIASVDH IKFDLEIAVE QQLGAQPLPF PGMDKSGAAV CEFFLKAACG KGGMCPFRHI SGEKTVVCKH WLRGLCKKGD QCEFLHEYDM TKMPECYFYS KFGECSNKEC PFLHIDPESK IKDCPWYDRG FCKHGPLCRH RHTRRVICVN YLVGFCPEGP SCKFMHPRFE LPMGTTEQPP LPQQTQPPAK QRTPQVIGVM QSQNSSAGNR GPRPLEQVTC YKCGEKGHYA NRCTKGHLAF LSGQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7462 / 平均露光時間: 9.5 sec. / 平均電子線量: 63.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 69204
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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