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- EMDB-14170: Low resolution negative stain map of SslE -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14170
タイトルLow resolution negative stain map of SslE
マップデータLow resolution map of SslE
試料
  • 複合体: SslE
    • タンパク質・ペプチド: SslE
キーワードmetalloprotease / biofilm formation / MEMBRANE PROTEIN
生物種Escherichia coli W (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Fenn K / Darbari VC / Garnett JA / Corsini PM
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R000514/1 英国
引用ジャーナル: NPJ Biofilms Microbiomes / 年: 2022
タイトル: Molecular and cellular insight into Escherichia coli SslE and its role during biofilm maturation.
著者: Paula M Corsini / Sunjun Wang / Saima Rehman / Katherine Fenn / Amin Sagar / Slobodan Sirovica / Leanne Cleaver / Charlotte J C Edwards-Gayle / Giulia Mastroianni / Ben Dorgan / Lee M Sewell ...著者: Paula M Corsini / Sunjun Wang / Saima Rehman / Katherine Fenn / Amin Sagar / Slobodan Sirovica / Leanne Cleaver / Charlotte J C Edwards-Gayle / Giulia Mastroianni / Ben Dorgan / Lee M Sewell / Steven Lynham / Dinu Iuga / W Trent Franks / James Jarvis / Guy H Carpenter / Michael A Curtis / Pau Bernadó / Vidya C Darbari / James A Garnett /
要旨: Escherichia coli is a Gram-negative bacterium that colonises the human intestine and virulent strains can cause severe diarrhoeal and extraintestinal diseases. The protein SslE is secreted by a range ...Escherichia coli is a Gram-negative bacterium that colonises the human intestine and virulent strains can cause severe diarrhoeal and extraintestinal diseases. The protein SslE is secreted by a range of pathogenic and commensal E. coli strains. It can degrade mucins in the intestine, promotes biofilm maturation and it is a major determinant of infection in virulent strains, although how it carries out these functions is not well understood. Here, we examine SslE from the commensal E. coli Waksman and BL21 (DE3) strains and the enterotoxigenic H10407 and enteropathogenic E2348/69 strains. We reveal that SslE has a unique and dynamic structure in solution and in response to acidification within mature biofilms it can form a unique aggregate with amyloid-like properties. Furthermore, we show that both SslE monomers and aggregates bind DNA in vitro and co-localise with extracellular DNA (eDNA) in mature biofilms, and SslE aggregates may also associate with cellulose under certain conditions. Our results suggest that interactions between SslE and eDNA are important for biofilm maturation in many E. coli strains and SslE may also be a factor that drives biofilm formation in other SslE-secreting bacteria.
履歴
登録2022年1月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月16日-
マップ公開2022年3月16日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00562
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00562
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_14170.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14170.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Low resolution map of SslE
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.6 Å/pix.
x 150 pix.
= 390. Å		2.6 Å/pix.
x 150 pix.
= 390. Å		2.6 Å/pix.
x 150 pix.
= 390. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00562 / ムービー #1: 0.00562
最小 - 最大-0.01572856 - 0.100149855
平均 (標準偏差)0.00015534388 (±0.0026861483)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 390.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.62.62.6
M x/y/z150150150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z390.000390.000390.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ640640640
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS150150150
D min/max/mean-0.0160.1000.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SslE

全体名称: SslE
要素
  • 複合体: SslE
    • タンパク質・ペプチド: SslE

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超分子 #1: SslE

超分子名称: SslE / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli W (大腸菌)
分子量理論値: 160 KDa

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分子 #1: SslE

分子名称: SslE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Escherichia coli W (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: CDGGGSGSSS DTPPVDSGTG SLPEVKPDPT PNPEPTPEPT PDPEPTPEPT PDPEPTPEPE PEPVPTKTGY LTLGGSLRVT GDITCNDESS DGFTFTPGDK VTCVAGNNTT IATFDTQSEA ARSLRAVEKV SFSLEDAQEL AGSDNKKSNA LSLVTSMNSC PANTEQVCLE ...文字列:
CDGGGSGSSS DTPPVDSGTG SLPEVKPDPT PNPEPTPEPT PDPEPTPEPT PDPEPTPEPE PEPVPTKTGY LTLGGSLRVT GDITCNDESS DGFTFTPGDK VTCVAGNNTT IATFDTQSEA ARSLRAVEKV SFSLEDAQEL AGSDNKKSNA LSLVTSMNSC PANTEQVCLE FSSVIESKRF DSLYKQIDLA PEEFKKLVNE EVENNAATDK APSTHTSPVV PATTPGTKPD LNASFVSANA EQFYQYQPTE IILSEGRLVD SQGDGVVGVN YYTNSGRGVT GENGEFSFSW GETISFGIDT FELGSVRGNK STIALTELGD EVRGANIDQL IHRYSKAGQN HTRVVPDEVR KVFAEYPNVI NEIINLSLSN GATLGEGEQV VNLPNEFIEQ FKTGQAKEID TAICAKTDGC NEARWFSLTT RNVNDGQIQG VINKLWGVDT NYKSVSKFHV FHDSTNFYGS TGNARGQAVV NISNAAFPIL MARNDKNYWL AFGEKRAWDK NELAYITEAP SIVRPENVTR ETATFNLPFI SLGQVGDGKL MVIGNPHYNS ILRCPNGYSW NGGVNKDGQC TLNSDPDDMK NFMENVLRYL SNDRWLPDAK SSMTVGTNLD TVYFKKHGQV LGNSAPFAFH KDFTGITVKP MTSYGNLNPD EVPLLILNGF EYVTQWGSDP YSIPLRADTS KPKLTQQDVT DLIAYMNKGG SVLIMENVMS NLKEESASGF VRLLDAAGLS MALNKSVVNN DPQGYPDRVR QRRSTPIWVY ERYPAVDGKP PYTIDDTTKE VIWKYQQENK PDDKPKLEVA SWQEEVEGKQ VTQFAFIDEA DHKTPESLAA AKQRILDAFP GLEVCKDSDY HYEVNCLEYR PGTGVPVTGG MYVPQYTQLD LGADTAKAML QAADLGTNIQ RLYQHELYFR TNGRQGERLN SVDLERLYQN MSVWLWNETK YRYEEGKEDE LGFKTFTEFL NCYTNNAYVG TQCSAELKKS LIDNKMIYGE ESSKAGMMNP SYPLNYMEKP LTRLMLGRSW WDLNIKVDVE KYPGAVSEEG QNVTETISLY SNPTKWFAGN MQSTGLWAPA QKEVTIKSNA NVPVTVTVAL ADDLTGREKH EVALNRPPRV TKTYSLDASG TVKFKVPYGG LIYIKGDSKD NESASFTFTG VVKAPFYKDG AWKNDLNSPA PLGELESDAF VYTAPKKNLN ASNYTGGLKQ FANDLDTFAS SMNDFYGRNE EDGKHRMFTY KNLTGHKHRF ANDVQISIGD AHSGYPVMNS SFSTNSTTLP TTPLNDWLIW HEVGHNAAET PLTVPGATEV ANNVLALYMQ DRYLGKMNRV ADDITVAPEY LEESNGQAWA RGGAGDRLLM YAQLKEWAEK NFDIKKWYPE GELPKFFSDR EGMKGWNLFQ LMHRKARGDD VGDKTFGGKN YCAESNGNAA DTLMLCASWV AQTDLSEFFK KWNPGANAYQ LPGASEMSFE GGVSQSAYNT LASLKLPKPE QGPETINKVT EHKMSVE

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 式: Tris-HCl / 構成要素 - 名称: Tris
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate
詳細: 2% (v/v) uranyl acetate was applied for staining for 1 min. The excess liquid was blotted

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 50000

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 11000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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