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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14170 | |||||||||
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タイトル | Low resolution negative stain map of SslE | |||||||||
![]() | Low resolution map of SslE | |||||||||
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![]() | metalloprotease / biofilm formation / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.0 Å | |||||||||
![]() | Fenn K / Darbari VC / Garnett JA / Corsini PM | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular and cellular insight into Escherichia coli SslE and its role during biofilm maturation. 著者: Paula M Corsini / Sunjun Wang / Saima Rehman / Katherine Fenn / Amin Sagar / Slobodan Sirovica / Leanne Cleaver / Charlotte J C Edwards-Gayle / Giulia Mastroianni / Ben Dorgan / Lee M Sewell ...著者: Paula M Corsini / Sunjun Wang / Saima Rehman / Katherine Fenn / Amin Sagar / Slobodan Sirovica / Leanne Cleaver / Charlotte J C Edwards-Gayle / Giulia Mastroianni / Ben Dorgan / Lee M Sewell / Steven Lynham / Dinu Iuga / W Trent Franks / James Jarvis / Guy H Carpenter / Michael A Curtis / Pau Bernadó / Vidya C Darbari / James A Garnett / ![]() ![]() 要旨: Escherichia coli is a Gram-negative bacterium that colonises the human intestine and virulent strains can cause severe diarrhoeal and extraintestinal diseases. The protein SslE is secreted by a range ...Escherichia coli is a Gram-negative bacterium that colonises the human intestine and virulent strains can cause severe diarrhoeal and extraintestinal diseases. The protein SslE is secreted by a range of pathogenic and commensal E. coli strains. It can degrade mucins in the intestine, promotes biofilm maturation and it is a major determinant of infection in virulent strains, although how it carries out these functions is not well understood. Here, we examine SslE from the commensal E. coli Waksman and BL21 (DE3) strains and the enterotoxigenic H10407 and enteropathogenic E2348/69 strains. We reveal that SslE has a unique and dynamic structure in solution and in response to acidification within mature biofilms it can form a unique aggregate with amyloid-like properties. Furthermore, we show that both SslE monomers and aggregates bind DNA in vitro and co-localise with extracellular DNA (eDNA) in mature biofilms, and SslE aggregates may also associate with cellulose under certain conditions. Our results suggest that interactions between SslE and eDNA are important for biofilm maturation in many E. coli strains and SslE may also be a factor that drives biofilm formation in other SslE-secreting bacteria. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 292.6 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.4 KB 12.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 14.5 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 296.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 296.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Low resolution map of SslE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : SslE
全体 | 名称: SslE |
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要素 |
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-超分子 #1: SslE
超分子 | 名称: SslE / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 160 KDa |
-分子 #1: SslE
分子 | 名称: SslE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: CDGGGSGSSS DTPPVDSGTG SLPEVKPDPT PNPEPTPEPT PDPEPTPEPT PDPEPTPEPE PEPVPTKTGY LTLGGSLRVT GDITCNDESS DGFTFTPGDK VTCVAGNNTT IATFDTQSEA ARSLRAVEKV SFSLEDAQEL AGSDNKKSNA LSLVTSMNSC PANTEQVCLE ...文字列: CDGGGSGSSS DTPPVDSGTG SLPEVKPDPT PNPEPTPEPT PDPEPTPEPT PDPEPTPEPE PEPVPTKTGY LTLGGSLRVT GDITCNDESS DGFTFTPGDK VTCVAGNNTT IATFDTQSEA ARSLRAVEKV SFSLEDAQEL AGSDNKKSNA LSLVTSMNSC PANTEQVCLE FSSVIESKRF DSLYKQIDLA PEEFKKLVNE EVENNAATDK APSTHTSPVV PATTPGTKPD LNASFVSANA EQFYQYQPTE IILSEGRLVD SQGDGVVGVN YYTNSGRGVT GENGEFSFSW GETISFGIDT FELGSVRGNK STIALTELGD EVRGANIDQL IHRYSKAGQN HTRVVPDEVR KVFAEYPNVI NEIINLSLSN GATLGEGEQV VNLPNEFIEQ FKTGQAKEID TAICAKTDGC NEARWFSLTT RNVNDGQIQG VINKLWGVDT NYKSVSKFHV FHDSTNFYGS TGNARGQAVV NISNAAFPIL MARNDKNYWL AFGEKRAWDK NELAYITEAP SIVRPENVTR ETATFNLPFI SLGQVGDGKL MVIGNPHYNS ILRCPNGYSW NGGVNKDGQC TLNSDPDDMK NFMENVLRYL SNDRWLPDAK SSMTVGTNLD TVYFKKHGQV LGNSAPFAFH KDFTGITVKP MTSYGNLNPD EVPLLILNGF EYVTQWGSDP YSIPLRADTS KPKLTQQDVT DLIAYMNKGG SVLIMENVMS NLKEESASGF VRLLDAAGLS MALNKSVVNN DPQGYPDRVR QRRSTPIWVY ERYPAVDGKP PYTIDDTTKE VIWKYQQENK PDDKPKLEVA SWQEEVEGKQ VTQFAFIDEA DHKTPESLAA AKQRILDAFP GLEVCKDSDY HYEVNCLEYR PGTGVPVTGG MYVPQYTQLD LGADTAKAML QAADLGTNIQ RLYQHELYFR TNGRQGERLN SVDLERLYQN MSVWLWNETK YRYEEGKEDE LGFKTFTEFL NCYTNNAYVG TQCSAELKKS LIDNKMIYGE ESSKAGMMNP SYPLNYMEKP LTRLMLGRSW WDLNIKVDVE KYPGAVSEEG QNVTETISLY SNPTKWFAGN MQSTGLWAPA QKEVTIKSNA NVPVTVTVAL ADDLTGREKH EVALNRPPRV TKTYSLDASG TVKFKVPYGG LIYIKGDSKD NESASFTFTG VVKAPFYKDG AWKNDLNSPA PLGELESDAF VYTAPKKNLN ASNYTGGLKQ FANDLDTFAS SMNDFYGRNE EDGKHRMFTY KNLTGHKHRF ANDVQISIGD AHSGYPVMNS SFSTNSTTLP TTPLNDWLIW HEVGHNAAET PLTVPGATEV ANNVLALYMQ DRYLGKMNRV ADDITVAPEY LEESNGQAWA RGGAGDRLLM YAQLKEWAEK NFDIKKWYPE GELPKFFSDR EGMKGWNLFQ LMHRKARGDD VGDKTFGGKN YCAESNGNAA DTLMLCASWV AQTDLSEFFK KWNPGANAYQ LPGASEMSFE GGVSQSAYNT LASLKLPKPE QGPETINKVT EHKMSVE |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 式: Tris-HCl / 構成要素 - 名称: Tris |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate 詳細: 2% (v/v) uranyl acetate was applied for staining for 1 min. The excess liquid was blotted |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2100 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 11000 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |