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- EMDB-13765: OMCC C1 at 3.28A - Refinement without symmetry of the outer membr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13765
タイトルOMCC C1 at 3.28A - Refinement without symmetry of the outer membrane core complex (O- and I-layer) from the fully-assembled R388 type IV secretion system.
マップデータOMCC C1 at 3.28 - 3D refinement of the Core Complex (OMCC) without symmetry using all particles - Unsharpened
試料
  • 複合体: Type IV secretion system complex
キーワードtype IV secretion system / type 4 secretion system / T4SS / OMCC / core complex / O-layer / I-layer / R388 plasmid / conjugation / bacterial secretion / secretion / secretion system / protein complex / VirB7 / VirB9 / VirB10 / TrwN / TrwF / TrwE / MEMBRANE PROTEIN
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.61 Å
データ登録者Mace K / Vadakkepat AK / Waksman G / Lukoyanova N
資金援助 英国, 4件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust098302 英国
Wellcome Trust217089 英国
Wellcome Trust202679/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust206166/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of a type IV secretion system.
著者: Kévin Macé / Abhinav K Vadakkepat / Adam Redzej / Natalya Lukoyanova / Clasien Oomen / Nathalie Braun / Marta Ukleja / Fang Lu / Tiago R D Costa / Elena V Orlova / David Baker / Qian Cong / ...著者: Kévin Macé / Abhinav K Vadakkepat / Adam Redzej / Natalya Lukoyanova / Clasien Oomen / Nathalie Braun / Marta Ukleja / Fang Lu / Tiago R D Costa / Elena V Orlova / David Baker / Qian Cong / Gabriel Waksman /
要旨: Bacterial conjugation is the fundamental process of unidirectional transfer of DNAs, often plasmid DNAs, from a donor cell to a recipient cell. It is the primary means by which antibiotic resistance ...Bacterial conjugation is the fundamental process of unidirectional transfer of DNAs, often plasmid DNAs, from a donor cell to a recipient cell. It is the primary means by which antibiotic resistance genes spread among bacterial populations. In Gram-negative bacteria, conjugation is mediated by a large transport apparatus-the conjugative type IV secretion system (T4SS)-produced by the donor cell and embedded in both its outer and inner membranes. The T4SS also elaborates a long extracellular filament-the conjugative pilus-that is essential for DNA transfer. Here we present a high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of a 2.8 megadalton T4SS complex composed of 92 polypeptides representing 8 of the 10 essential T4SS components involved in pilus biogenesis. We added the two remaining components to the structural model using co-evolution analysis of protein interfaces, to enable the reconstitution of the entire system including the pilus. This structure describes the exceptionally large protein-protein interaction network required to assemble the many components that constitute a T4SS and provides insights on the unique mechanism by which they elaborate pili.
履歴
登録2021年10月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月22日-
マップ公開2022年6月22日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13765.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13765.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈OMCC C1 at 3.28 - 3D refinement of the Core Complex (OMCC) without symmetry using all particles - Unsharpened
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 320.1 Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 320.1 Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 320.1 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.067 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-0.24392574 - 0.7559397
平均 (標準偏差)0.012381777 (±0.049714584)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 320.1 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13765_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Original Ab initio OMCC - Ab initio reconstruction...

ファイルemd_13765_additional_1.map
注釈Original Ab initio OMCC - Ab initio reconstruction without symmetry from 100,000 particles
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Ab initio model for OMCC C1 - 3D...

ファイルemd_13765_additional_2.map
注釈Ab initio model for OMCC C1 - 3D refinement using original ab initio as initial model, without symmetry from 100,000 particles - Sharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Ab initio model for OMCC C1 - 3D...

ファイルemd_13765_additional_3.map
注釈Ab initio model for OMCC C1 - 3D refinement using original ab initio as initial model, without symmetry from 100,000 particles - Unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: OMCC C1 at 3.28 - 3D refinement of...

ファイルemd_13765_additional_4.map
注釈OMCC C1 at 3.28 - 3D refinement of the Core Complex (OMCC) without symmetry using all particles - Sharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: OMCC C1 at 3.28 - Half-A

ファイルemd_13765_half_map_1.map
注釈OMCC C1 at 3.28 - Half-A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: OMCC C1 at 3.28 - Half-B

ファイルemd_13765_half_map_2.map
注釈OMCC C1 at 3.28 - Half-B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Type IV secretion system complex

全体名称: Type IV secretion system complex
要素
  • 複合体: Type IV secretion system complex

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超分子 #1: Type IV secretion system complex

超分子名称: Type IV secretion system complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: R388 plasmid
分子量理論値: 2.808 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 57.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: CryoSPARC ab-initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 349413
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: Stochastic gradient descent (SGD)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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