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万見
- EMDB-13720: Cryo electron tomogram of purified AlgoCIS Cgo1 deficient mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13720
タイトルCryo electron tomogram of purified AlgoCIS Cgo1 deficient mutant
マップデータ
試料
  • 複合体: The purified extracellular contractile injection system (AlgoCIS) Cgo1 deficient mutant
生物種Algoriphagus machipongonensis (バクテリア)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Xu J / Ericson C / Feldmueller M / Lien YW / Eisenstein F / Pilhofer M
資金援助 スイス, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)679209 スイス
Swiss National Science Foundation31003A_179255 スイス
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022
タイトル: Identification and structure of an extracellular contractile injection system from the marine bacterium Algoriphagus machipongonensis.
著者: Jingwei Xu / Charles F Ericson / Yun-Wei Lien / Florentine U N Rutaganira / Fabian Eisenstein / Miki Feldmüller / Nicole King / Martin Pilhofer /
要旨: Contractile injection systems (CISs) are phage tail-like nanomachines, mediating bacterial cell-cell interactions as either type VI secretion systems (T6SSs) or extracellular CISs (eCISs). ...Contractile injection systems (CISs) are phage tail-like nanomachines, mediating bacterial cell-cell interactions as either type VI secretion systems (T6SSs) or extracellular CISs (eCISs). Bioinformatic studies uncovered a phylogenetic group of hundreds of putative CIS gene clusters that are highly diverse and widespread; however, only four systems have been characterized. Here we studied a putative CIS gene cluster in the marine bacterium Algoriphagus machipongonensis. Using an integrative approach, we show that the system is compatible with an eCIS mode of action. Our cryo-electron microscopy structure revealed several features that differ from those seen in other CISs: a 'cap adaptor' located at the distal end, a 'plug' exposed to the tube lumen, and a 'cage' formed by massive extensions of the baseplate. These elements are conserved in other CISs, and our genetic tools identified that they are required for assembly, cargo loading and function. Furthermore, our atomic model highlights specific evolutionary hotspots and will serve as a framework for understanding and re-engineering CISs.
履歴
登録2021年10月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月16日-
マップ公開2022年2月16日-
更新2022年3月16日-
現状2022年3月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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ムービービューア
添付画像

emd_13720.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13720.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 127.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
ボクセルのサイズX=Y=Z: 11 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)40.966137 (±18.628868)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin0175
サイズ928960150
Spacing960928150
セルA: 10560.0 Å / B: 10208.0 Å / C: 1650.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z111111
M x/y/z960928150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z10560.00010208.0001650.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS1075
NC/NR/NS960928150
D min/max/mean-128.000127.00040.966

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The purified extracellular contractile injection system (AlgoCIS)...

全体名称: The purified extracellular contractile injection system (AlgoCIS) Cgo1 deficient mutant
要素
  • 複合体: The purified extracellular contractile injection system (AlgoCIS) Cgo1 deficient mutant

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超分子 #1: The purified extracellular contractile injection system (AlgoCIS)...

超分子名称: The purified extracellular contractile injection system (AlgoCIS) Cgo1 deficient mutant
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Algoriphagus machipongonensis (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: cytodiagnostics / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.1 e/Å2
詳細: 2.1 electrons for each tilt, while total ~130 electron for one tilt series (61 tilts).
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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