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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13671 | ||||||||||||
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タイトル | In situ cryo-electron tomogram of a podosome in a primary human macrophage (Volta phase plate, bin 4) | ||||||||||||
マップデータ | In situ cryo-electron tomogram of a podosome in a primary human macrophage (Volta phase plate, bin 4) | ||||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | ||||||||||||
データ登録者 | Jasnin M | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Elasticity of podosome actin networks produces nanonewton protrusive forces. 著者: Marion Jasnin / Jordan Hervy / Stéphanie Balor / Anaïs Bouissou / Amsha Proag / Raphaël Voituriez / Jonathan Schneider / Thomas Mangeat / Isabelle Maridonneau-Parini / Wolfgang Baumeister ...著者: Marion Jasnin / Jordan Hervy / Stéphanie Balor / Anaïs Bouissou / Amsha Proag / Raphaël Voituriez / Jonathan Schneider / Thomas Mangeat / Isabelle Maridonneau-Parini / Wolfgang Baumeister / Serge Dmitrieff / Renaud Poincloux / 要旨: Actin filaments assemble into force-generating systems involved in diverse cellular functions, including cell motility, adhesion, contractility and division. It remains unclear how networks of actin ...Actin filaments assemble into force-generating systems involved in diverse cellular functions, including cell motility, adhesion, contractility and division. It remains unclear how networks of actin filaments, which individually generate piconewton forces, can produce forces reaching tens of nanonewtons. Here we use in situ cryo-electron tomography to unveil how the nanoscale architecture of macrophage podosomes enables basal membrane protrusion. We show that the sum of the actin polymerization forces at the membrane is not sufficient to explain podosome protrusive forces. Quantitative analysis of podosome organization demonstrates that the core is composed of a dense network of bent actin filaments storing elastic energy. Theoretical modelling of the network as a spring-loaded elastic material reveals that it exerts forces of a few tens of nanonewtons, in a range similar to that evaluated experimentally. Thus, taking into account not only the interface with the membrane but also the bulk of the network, is crucial to understand force generation by actin machineries. Our integrative approach sheds light on the elastic behavior of dense actin networks and opens new avenues to understand force production inside cells. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13671.map.gz | 527.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13671-v30.xml emd-13671.xml | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13671.png | 249.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13671 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13671 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13671_validation.pdf.gz | 442.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13671_full_validation.pdf.gz | 441.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13671_validation.xml.gz | 4.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13671_validation.cif.gz | 4.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13671 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13671 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13671.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 618.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | In situ cryo-electron tomogram of a podosome in a primary human macrophage (Volta phase plate, bin 4) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 16.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Podosome assembled at the basal membrane of a human primary monoc...
全体 | 名称: Podosome assembled at the basal membrane of a human primary monocyte-derived macrophage |
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要素 |
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-超分子 #1: Podosome assembled at the basal membrane of a human primary monoc...
超分子 | 名称: Podosome assembled at the basal membrane of a human primary monocyte-derived macrophage タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
Cryo protectant | No |
切片作成 | 集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.03 nA / 集束イオンビーム - 時間: 3600 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 93 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 5000 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 300 nm 集束イオンビーム - 詳細: The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is FEI Quanta FIB. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file. |
位置合わせマーカー | Manufacturer: Aurion / 直径: 10 nm |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
詳細 | Bi-directional tilt series were acquired with the Volta phase plate from -30 to +60 degrees and -32 to -60 degrees with a tilt increment of 2 degrees |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 2.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.27 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.27 µm / 倍率(公称値): 33000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 61 |
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