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万見
- EMDB-1338: Structure of fungal fatty acid synthase and implications for iter... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1338
タイトルStructure of fungal fatty acid synthase and implications for iterative substrate shuttling.
マップデータmacromolecular complex
試料
  • 試料: fatty acid synthase from Thermomyces lanuginosus
  • タンパク質・ペプチド: fatty acid synthase
生物種Thermomyces lanuginosus (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Boehringer D
引用ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Structure of fungal fatty acid synthase and implications for iterative substrate shuttling.
著者: Simon Jenni / Marc Leibundgut / Daniel Boehringer / Christian Frick / Bohdan Mikolásek / Nenad Ban /
要旨: We report crystal structures of the 2.6-megadalton alpha6beta6 heterododecameric fatty acid synthase from Thermomyces lanuginosus at 3.1 angstrom resolution. The alpha and beta polypeptide chains ...We report crystal structures of the 2.6-megadalton alpha6beta6 heterododecameric fatty acid synthase from Thermomyces lanuginosus at 3.1 angstrom resolution. The alpha and beta polypeptide chains form the six catalytic domains required for fatty acid synthesis and numerous expansion segments responsible for extensive intersubunit connections. Detailed views of all active sites provide insights into substrate specificities and catalytic mechanisms and reveal their unique characteristics, which are due to the integration into the multienzyme. The mode of acyl carrier protein attachment in the reaction chamber, together with the spatial distribution of active sites, suggests that iterative substrate shuttling is achieved by a relatively restricted circular motion of the carrier domain in the multifunctional enzyme.
履歴
登録2007年3月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年3月9日-
マップ公開2008年3月9日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.087870108
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.087870108
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4v58
  • 表面レベル: 0.0879
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1338.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1338.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈macromolecular complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.39 Å/pix.
x 120 pix.
= 406.4 Å		3.39 Å/pix.
x 120 pix.
= 406.4 Å		3.39 Å/pix.
x 120 pix.
= 406.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.38667 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.0931 / ムービー #1: 0.0878701
最小 - 最大-0.689567 - 0.728768
平均 (標準偏差)-0.000235642 (±0.0983397)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 406.4 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.38666666666673.38666666666673.3866666666667
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z406.400406.400406.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-0.6900.729-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : fatty acid synthase from Thermomyces lanuginosus

全体名称: fatty acid synthase from Thermomyces lanuginosus
要素
  • 試料: fatty acid synthase from Thermomyces lanuginosus
  • タンパク質・ペプチド: fatty acid synthase

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超分子 #1000: fatty acid synthase from Thermomyces lanuginosus

超分子名称: fatty acid synthase from Thermomyces lanuginosus / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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分子 #1: fatty acid synthase

分子名称: fatty acid synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Thermomyces lanuginosus (菌類)
分子量実験値: 2.6 MDa / 理論値: 2.6 MDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: native cryo
グリッド詳細: perforated carbon foil on 200 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2006年6月15日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 24 / ビット/ピクセル: 12
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: global
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 3 SIGMA CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Imagic-5 / 使用した粒子像数: 4050

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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