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- EMDB-13353: Phophorylated Drs2p-Cdc50p in a PS and ATP-bound E2P state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13353
タイトルPhophorylated Drs2p-Cdc50p in a PS and ATP-bound E2P state
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: Binary complex of Drs2p-Cdc50p with the regulatory lipid PI4P and transport substrate PS
    • タンパク質・ペプチド: Probable phospholipid-transporting ATPase DRS2
    • タンパク質・ペプチド: Cell division control protein 50
  • リガンド: (2R)-1-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}-3-(octadecanoyloxy)propan-2-yl (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: O-[(R)-[(2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-(octadecanoyloxy)propoxy](hydroxy)phosphoryl]-D-serine
  • リガンド: water
機能・相同性
機能・相同性情報


Cdc50p-Drs2p complex / actin cortical patch localization / aminophospholipid translocation / Ion transport by P-type ATPases / phosphatidylcholine flippase activity / post-Golgi vesicle-mediated transport / phosphatidylserine flippase activity / phospholipid-translocating ATPase complex / ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity / phosphatidylserine floppase activity ...Cdc50p-Drs2p complex / actin cortical patch localization / aminophospholipid translocation / Ion transport by P-type ATPases / phosphatidylcholine flippase activity / post-Golgi vesicle-mediated transport / phosphatidylserine flippase activity / phospholipid-translocating ATPase complex / ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity / phosphatidylserine floppase activity / phosphatidylethanolamine flippase activity / P-type phospholipid transporter / endocytic recycling / retrograde transport, endosome to Golgi / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / phospholipid translocation / Neutrophil degranulation / intracellular protein transport / trans-Golgi network / endocytosis / late endosome membrane / endosome membrane / Golgi apparatus / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
CDC50/LEM3 family / LEM3 (ligand-effect modulator 3) family / CDC50 family / P-type ATPase, subfamily IV / P-type ATPase, C-terminal / P-type ATPase, N-terminal / Phospholipid-translocating ATPase N-terminal / Phospholipid-translocating P-type ATPase C-terminal / Cation transport ATPase (P-type) / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site ...CDC50/LEM3 family / LEM3 (ligand-effect modulator 3) family / CDC50 family / P-type ATPase, subfamily IV / P-type ATPase, C-terminal / P-type ATPase, N-terminal / Phospholipid-translocating ATPase N-terminal / Phospholipid-translocating P-type ATPase C-terminal / Cation transport ATPase (P-type) / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phospholipid-transporting ATPase accessory subunit CDC50 / Phospholipid-transporting ATPase DRS2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Timcenko M / Wang Y / Lyons JA / Nissen P / Lindorff-Larsen K
資金援助 デンマーク, 1件
OrganizationGrant number国
LundbeckfondenR155-2015-266 デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Substrate Transport and Specificity in a Phospholipid Flippase
著者: Wang Y / Lyons JA / Timcenko M / Kummerer F / de Groot BL / Nissen P / Gapsys V / Lindorff-Larsen K
履歴
登録2021年8月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月24日-
マップ公開2022年8月24日-
更新2022年8月24日-
現状2022年8月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13353.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13353.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0312 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.19
最小 - 最大-0.75901985 - 1.2419199
平均 (標準偏差)0.0009507362 (±0.032908168)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 263.9872 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Map

ファイルemd_13353_additional_1.map
注釈Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map A

ファイルemd_13353_half_map_1.map
注釈Half-map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map B

ファイルemd_13353_half_map_2.map
注釈Half-map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Binary complex of Drs2p-Cdc50p with the regulatory lipid PI4P and...

全体名称: Binary complex of Drs2p-Cdc50p with the regulatory lipid PI4P and transport substrate PS
要素
  • 複合体: Binary complex of Drs2p-Cdc50p with the regulatory lipid PI4P and transport substrate PS
    • タンパク質・ペプチド: Probable phospholipid-transporting ATPase DRS2
    • タンパク質・ペプチド: Cell division control protein 50
  • リガンド: (2R)-1-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}-3-(octadecanoyloxy)propan-2-yl (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: O-[(R)-[(2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-(octadecanoyloxy)propoxy](hydroxy)phosphoryl]-D-serine
  • リガンド: water

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超分子 #1: Binary complex of Drs2p-Cdc50p with the regulatory lipid PI4P and...

超分子名称: Binary complex of Drs2p-Cdc50p with the regulatory lipid PI4P and transport substrate PS
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換株: W303-1A dpep4 / 組換プラスミド: pYeDP60
分子量理論値: 180 KDa

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分子 #1: Probable phospholipid-transporting ATPase DRS2

分子名称: Probable phospholipid-transporting ATPase DRS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Drs2p with a Thrombin cleavable C-terminal biotin acceptor domain (BAD) tag, and additional Thrombin cleavage site in the C-terminus.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: P-type phospholipid transporter
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 154.006766 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MNDDRETPPK RKPGEDDTLF DIDFLDDTTS HSGSRSKVTN SHANANYIPP SHVLPEETID LDADDDNIEN DVHENLFMSN NHDDQTSWN ANRFDSDAYQ PQSLRAVKPP GLFARFGNGL KNAFTFKRKK GPESFEMNHY NAVTNNELDD NYLDSRNKFN I KILFNRYI ...文字列:
MNDDRETPPK RKPGEDDTLF DIDFLDDTTS HSGSRSKVTN SHANANYIPP SHVLPEETID LDADDDNIEN DVHENLFMSN NHDDQTSWN ANRFDSDAYQ PQSLRAVKPP GLFARFGNGL KNAFTFKRKK GPESFEMNHY NAVTNNELDD NYLDSRNKFN I KILFNRYI LRKNVGDAEG NGEPRVIHIN DSLANSSFGY SDNHISTTKY NFATFLPKFL FQEFSKYANL FFLCTSAIQQ VP HVSPTNR YTTIGTLLVV LIVSAMKECI EDIKRANSDK ELNNSTAEIF SEAHDDFVEK RWIDIRVGDI IRVKSEEPIP ADT IILSSS EPEGLCYIET ANLDGETNLK IKQSRVETAK FIDVKTLKNM NGKVVSEQPN SSLYTYEGTM TLNDRQIPLS PDQM ILRGA TLRNTAWIFG LVIFTGHETK LLRNATATPI KRTAVEKIIN RQIIALFTVL IVLILISSIG NVIMSTADAK HLSYL YLEG TNKAGLFFKD FLTFWILFSN LVPISLFVTV ELIKYYQAFM IGSDLDLYYE KTDTPTVVRT SSLVEELGQI EYIFS (PHD)KTG TLTRNIMEFK SCSIAGHCYI DKIPEDKTAT VEDGIEVGYR KFDDLKKKLN DPSDEDSPII NDFLTLLATC HT VIPEFQS DGSIKYQAAS PDEGALVQGG ADLGYKFIIR KPNSVTVLLE ETGEEKEYQL LNICEFNSTR KRMSAIFRFP DGS IKLFCK GADTVILERL DDEANQYVEA TMRHLEDYAS EGLRTLCLAM RDISEGEYEE WNSIYNEAAT TLDNRAEKLD EAAN LIEKN LILIGATAIE DKLQDGVPET IHTLQEAGIK IWVLTGDRQE TAINIGMSCR LLSEDMNLLI INEETRDDTE RNLLE KINA LNEHQLSTHD MNTLALVIDG KSLGFALEPE LEDYLLTVAK LCKAVICCRV SPLQKALVVK MVKRKSSSLL LAIGDG AND VSMIQAAHVG VGISGMEGMQ AARSADIAVG QFKFLKKLLL VHGSWSYQRI SVAILYSFYK NTALYMTQFW YVFANAF SG QSIMESWTMS FYNLFFTVWP PFVIGVFDQF VSSRLLERYP QLYKLGQKGQ FFSVYIFWGW IINGFFHSAI VFIGTILI Y RYGFALNMHG ELADHWSWGV TVYTTSVIIV LGKAALVTNQ WTKFTLIAIP GSLLFWLIFF PIYASIFPHA NISREYYGV VKHTYGSGVF WLTLIVLPIF ALVRDFLWKY YKRMYEPETY HVIQEMQKYN ISDSRPHVQQ FQNAIRKVRQ VQRMKKQRGF AFSQAEEGG QEKIVRMYDT TQKRGKYGEL QDASANPFND NNGLGSNDFE SAEPFIENPF ADGNQNSNRF SSSRDDISFD I

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分子 #2: Cell division control protein 50

分子名称: Cell division control protein 50 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Cdc50p with Thrombin cleavable C-terminal His-tag / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 45.037312 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MVSLFKRGKA PPLTKEGPTS KKPPNTAFRQ QRLKAWQPIL SPQSVLPLLI FVACIFTPIG IGLIVSATKV QDLTIDYSHC DTKASTTAF EDIPKKYIKY HFKSKVENKP QWRLTENENG EQSCELQFEI PNDIKKSIFI YYKITNFYQN HRRYVQSFDT K QILGEPIK ...文字列:
MVSLFKRGKA PPLTKEGPTS KKPPNTAFRQ QRLKAWQPIL SPQSVLPLLI FVACIFTPIG IGLIVSATKV QDLTIDYSHC DTKASTTAF EDIPKKYIKY HFKSKVENKP QWRLTENENG EQSCELQFEI PNDIKKSIFI YYKITNFYQN HRRYVQSFDT K QILGEPIK KDDLDTSCSP IRSREDKIIY PCGLIANSMF NDTFSQVLSG IDDTEDYNLT NKHISWSIDR HRFKTTKYNA SD IVPPPNW MKKYPDGYTD ENLPDIHTWE EFQVWMRTAA FPKFYKLTLK NESASLPKGK YQMNIELNYP ISLFGGTKSF VLT TNGAIG GRNMSLGVLY LIVAGLCALF GIIFLVKLIF QPRAMGDHTY LNFDDEENED YEDVHAENTT LREIL

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分子 #5: (2R)-1-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-...

分子名称: (2R)-1-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}-3-(octadecanoyloxy)propan-2-yl (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: 2Y5
分子量理論値: 967.108 Da
Chemical component information

ChemComp-2Y5:
(2R)-1-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}-3-(octadecanoyloxy)propan-2-yl (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #7: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #8: O-[(R)-[(2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-(octadecanoyloxy)propoxy](hydr...

分子名称: O-[(R)-[(2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-(octadecanoyloxy)propoxy](hydroxy)phosphoryl]-D-serine
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: Q3G
分子量理論値: 764.022 Da
Chemical component information

ChemComp-Q3G:
O-[(R)-[(2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-(octadecanoyloxy)propoxy](hydroxy)phosphoryl]-D-serine / リン脂質*YM

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分子 #9: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMMOPS-Tris
100.0 mMKCl
5.0 mMMgCl2
1.0 mMDTTDithiothreitol
0.03 mg/mLLMNGlauryl maltose neopentyl glycol
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Incubated with 0.1 mg/mL POPS for 1 hour. 3mM ATP was added to the sample just before application to the grid..
詳細Purified in detergent lauryl maltose neopentyl glycol (LMNG)

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9837 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3029402
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / ソフトウェア - 詳細: patch CTF
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio determined in cryoSPARC v2
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) / ソフトウェア - 詳細: non-uniform refinement / 詳細: non-uniform refinement in cryoSPARC v3 / 使用した粒子像数: 91415
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / ソフトウェア - 詳細: heterogeneous refinement
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) / ソフトウェア - 詳細: non-uniform refinement
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / ソフトウェア - 詳細: heterogeneous refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6roj

詳細Molecular dynamics flexible fitting and energy minimization in Gromacs
精密化空間: REAL / 温度因子: 69.1 / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7pem:
Cryo-EM structure of phophorylated Drs2p-Cdc50p in a PS and ATP-bound E2P state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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