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万見- EMDB-13204: transcriptional activator PafBC bound to mycobacterial RNA polymerase -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13204 | |||||||||
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タイトル | transcriptional activator PafBC bound to mycobacterial RNA polymerase | |||||||||
マップデータ | full map, sharpened | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | : / PafC, HTH domain / PafC helix-turn-helix domain / Protein PafC / WYL domain / WYL domain / Protein pafC / Transcriptional regulator-like protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium smegmatis (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Mueller AU / Kummer E / Schilling CM / Ban N / Weber-Ban E | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Transcriptional control of mycobacterial DNA damage response by sigma adaptation. 著者: Andreas U Müller / Eva Kummer / Charlotte M Schilling / Nenad Ban / Eilika Weber-Ban / 要旨: Transcriptional activator PafBC is the key regulator of the mycobacterial DNA damage response and controls around 150 genes, including genes involved in the canonical SOS response, through an unknown ...Transcriptional activator PafBC is the key regulator of the mycobacterial DNA damage response and controls around 150 genes, including genes involved in the canonical SOS response, through an unknown molecular mechanism. Using a combination of biochemistry and cryo–electron microscopy, we demonstrate that PafBC in the presence of single-stranded DNA activates transcription by reprogramming the canonical −10 and −35 promoter specificity of RNA polymerase associated with the housekeeping sigma subunit. We determine the structure of this transcription initiation complex, revealing a unique mode of promoter recognition, which we term “sigma adaptation.” PafBC inserts between DNA and sigma factor to mediate recognition of hybrid promoters lacking the −35 but featuring the canonical −10 and a PafBC-specific −26 element. Sigma adaptation may constitute a more general mechanism of transcriptional control in mycobacteria. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13204.map.gz | 228.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13204-v30.xml emd-13204.xml | 18.1 KB 18.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13204.png | 106.1 KB | ||
マスクデータ | emd_13204_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_13204_additional_1.map.gz emd_13204_half_map_1.map.gz emd_13204_half_map_2.map.gz | 120.2 MB 226.3 MB 226.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13204 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13204 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13204_validation.pdf.gz | 625.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13204_full_validation.pdf.gz | 625.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13204_validation.xml.gz | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13204_validation.cif.gz | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13204 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13204 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13204.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | full map, sharpened | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_13204_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: full map, unsharpened
ファイル | emd_13204_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | full map, unsharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map
ファイル | emd_13204_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map
ファイル | emd_13204_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : DNA-directed RNA polymerase with transcriptional activator PafBC
全体 | 名称: DNA-directed RNA polymerase with transcriptional activator PafBC |
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要素 |
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-超分子 #1: DNA-directed RNA polymerase with transcriptional activator PafBC
超分子 | 名称: DNA-directed RNA polymerase with transcriptional activator PafBC タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10 |
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-超分子 #2: DNA-dependent RNA polymerase
超分子 | 名称: DNA-dependent RNA polymerase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) |
-超分子 #3: RNA polymerase sigma factor SigA, RNA polymerase-binding protein ...
超分子 | 名称: RNA polymerase sigma factor SigA, RNA polymerase-binding protein RbpA and RNA polymerase-binding transcription factor CarD タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6-#8 |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #4: PafB and PafC
超分子 | 名称: PafB and PafC / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #9-#10 |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 30575 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |