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- EMDB-13182: Streptomyces coelicolor dATP/ATP-loaded NrdR octamer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13182
タイトルStreptomyces coelicolor dATP/ATP-loaded NrdR octamer
マップデータ
試料
  • 複合体: Octameric assembly of dATP/ATP-loaded NrdR
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional repressor NrdR
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION
キーワードRepressor / Dodecamer / ATP-binding / dATP-binding / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide reductase regulator NrdR-like / : / Transcriptional repressor NrdR-like, N-terminal domain / ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional repressor NrdR
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Martinez-Carranza M / Stenmark P
資金援助 スウェーデン, 5件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council2018-03406 スウェーデン
Swedish Research Council2019-01400 スウェーデン
Wenner-Gren Foundation スウェーデン
Cancerfonden20 1287 PjF スウェーデン
Cancerfonden2018/820 スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A nucleotide-sensing oligomerization mechanism that controls NrdR-dependent transcription of ribonucleotide reductases.
著者: Inna Rozman Grinberg / Markel Martínez-Carranza / Ornella Bimai / Ghada Nouaïria / Saher Shahid / Daniel Lundin / Derek T Logan / Britt-Marie Sjöberg / Pål Stenmark /
要旨: Ribonucleotide reductase (RNR) is an essential enzyme that catalyzes the synthesis of DNA building blocks in virtually all living cells. NrdR, an RNR-specific repressor, controls the transcription of ...Ribonucleotide reductase (RNR) is an essential enzyme that catalyzes the synthesis of DNA building blocks in virtually all living cells. NrdR, an RNR-specific repressor, controls the transcription of RNR genes and, often, its own, in most bacteria and some archaea. NrdR senses the concentration of nucleotides through its ATP-cone, an evolutionarily mobile domain that also regulates the enzymatic activity of many RNRs, while a Zn-ribbon domain mediates binding to NrdR boxes upstream of and overlapping the transcription start site of RNR genes. Here, we combine biochemical and cryo-EM studies of NrdR from Streptomyces coelicolor to show, at atomic resolution, how NrdR binds to DNA. The suggested mechanism involves an initial dodecamer loaded with two ATP molecules that cannot bind to DNA. When dATP concentrations increase, an octamer forms that is loaded with one molecule each of dATP and ATP per monomer. A tetramer derived from this octamer then binds to DNA and represses transcription of RNR. In many bacteria - including well-known pathogens such as Mycobacterium tuberculosis - NrdR simultaneously controls multiple RNRs and hence DNA synthesis, making it an excellent target for novel antibiotics development.
履歴
登録2021年7月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月11日-
マップ公開2022年5月11日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13182.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13182.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.63 Å/pix.
x 300 pix.
= 189. Å		0.63 Å/pix.
x 300 pix.
= 189. Å		0.63 Å/pix.
x 300 pix.
= 189. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.63 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-2.2619653 - 2.903108
平均 (標準偏差)-0.0010125693 (±0.083421126)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 189.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_13182_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_13182_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Octameric assembly of dATP/ATP-loaded NrdR

全体名称: Octameric assembly of dATP/ATP-loaded NrdR
要素
  • 複合体: Octameric assembly of dATP/ATP-loaded NrdR
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional repressor NrdR
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Octameric assembly of dATP/ATP-loaded NrdR

超分子名称: Octameric assembly of dATP/ATP-loaded NrdR / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
分子量理論値: 160 KDa

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分子 #1: Transcriptional repressor NrdR

分子名称: Transcriptional repressor NrdR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
分子量理論値: 21.271629 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MHCPFCRHPD SRVVDSRTTD DGTSIRRRRQ CPDCSRRFTT VETCSLMVVK RSGVTEPFSR TKVINGVRKA CQGRPVTEDA LAQLGQRVE EAVRATGSAE LTTHDVGLAI LGPLQELDLV AYLRFASVYR AFDSLEDFEA AIAELRETTG HPGEEDDTGA G SQENDRGP ...文字列:
MHCPFCRHPD SRVVDSRTTD DGTSIRRRRQ CPDCSRRFTT VETCSLMVVK RSGVTEPFSR TKVINGVRKA CQGRPVTEDA LAQLGQRVE EAVRATGSAE LTTHDVGLAI LGPLQELDLV AYLRFASVYR AFDSLEDFEA AIAELRETTG HPGEEDDTGA G SQENDRGP TGAGQVPEPA GAADKLAAAL EHHHHHH

UniProtKB: Transcriptional repressor NrdR

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分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #3: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: DTP
分子量理論値: 491.182 Da
Chemical component information

ChemComp-DTP:
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8702 / 平均電子線量: 60.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 598518
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7p37


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 1-147 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7p3q:
Streptomyces coelicolor dATP/ATP-loaded NrdR octamer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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