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- EMDB-13162: Cryo EM structure of bison NHA2 in detergent structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13162
タイトルCryo EM structure of bison NHA2 in detergent structure
マップデータ
試料
  • 複合体: detergent structure
    • タンパク質・ペプチド: mitochondrial sodium/hydrogen exchanger 9B2
機能・相同性
機能・相同性情報


lithium ion transport / lithium:proton antiporter activity / sperm principal piece / sodium ion homeostasis / sodium:proton antiporter activity / sodium ion transport / ミトコンドリア / recycling endosome / synaptic vesicle membrane / recycling endosome membrane ...lithium ion transport / lithium:proton antiporter activity / sperm principal piece / sodium ion homeostasis / sodium:proton antiporter activity / sodium ion transport / ミトコンドリア / recycling endosome / synaptic vesicle membrane / recycling endosome membrane / basolateral plasma membrane / endosome membrane / apical plasma membrane / lysosomal membrane / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Sodium/solute symporter superfamily / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger family
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium/hydrogen exchanger 9B2
類似検索 - 構成要素
生物種Bison bison (アメリカバイソン)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Matsuoka R / Fudim R / Jung S / Drew D
引用
ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Structure, mechanism and lipid-mediated remodeling of the mammalian Na/H exchanger NHA2.
著者: Rei Matsuoka / Roman Fudim / Sukkyeong Jung / Chenou Zhang / Andre Bazzone / Yurie Chatzikyriakidou / Carol V Robinson / Norimichi Nomura / So Iwata / Michael Landreh / Laura Orellana / ...著者: Rei Matsuoka / Roman Fudim / Sukkyeong Jung / Chenou Zhang / Andre Bazzone / Yurie Chatzikyriakidou / Carol V Robinson / Norimichi Nomura / So Iwata / Michael Landreh / Laura Orellana / Oliver Beckstein / David Drew /
要旨: The Na/H exchanger SLC9B2, also known as NHA2, correlates with the long-sought-after Na/Li exchanger linked to the pathogenesis of diabetes mellitus and essential hypertension in humans. Despite the ...The Na/H exchanger SLC9B2, also known as NHA2, correlates with the long-sought-after Na/Li exchanger linked to the pathogenesis of diabetes mellitus and essential hypertension in humans. Despite the functional importance of NHA2, structural information and the molecular basis for its ion-exchange mechanism have been lacking. Here we report the cryo-EM structures of bison NHA2 in detergent and in nanodiscs, at 3.0 and 3.5 Å resolution, respectively. The bison NHA2 structure, together with solid-state membrane-based electrophysiology, establishes the molecular basis for electroneutral ion exchange. NHA2 consists of 14 transmembrane (TM) segments, rather than the 13 TMs previously observed in mammalian Na/H exchangers (NHEs) and related bacterial antiporters. The additional N-terminal helix in NHA2 forms a unique homodimer interface with a large intracellular gap between the protomers, which closes in the presence of phosphoinositol lipids. We propose that the additional N-terminal helix has evolved as a lipid-mediated remodeling switch for the regulation of NHA2 activity.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structure, mechanism and lipid-mediated remodeling of the mammalian Na+/H+ exchanger NHA2
著者: Matsuoka R / Fudim F / Jung S / Drew F
履歴
登録2021年7月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月26日-
マップ公開2022年1月26日-
更新2022年3月2日-
現状2022年3月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7p1j
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13162.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13162.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0375 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.014
最小 - 最大-0.03309723 - 0.060427576
平均 (標準偏差)4.7691283e-05 (±0.00173487)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 249.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.03751.03751.0375
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z249.000249.000249.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ512512512
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.0330.0600.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13162_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_13162_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_13162_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : detergent structure

全体名称: detergent structure
要素
  • 複合体: detergent structure
    • タンパク質・ペプチド: mitochondrial sodium/hydrogen exchanger 9B2

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超分子 #1: detergent structure

超分子名称: detergent structure / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bison bison (アメリカバイソン)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量実験値: 57373 kDa/nm

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分子 #1: mitochondrial sodium/hydrogen exchanger 9B2

分子名称: mitochondrial sodium/hydrogen exchanger 9B2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bison bison (アメリカバイソン)
分子量理論値: 57.419203 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MRNQDKRAAH KDSEPSTEVN HTASSYQGRQ QETGMNLRGI DGNEPTEGSN LLNNNEKMQG TPAEPNHLQR RRQIHACPPR GLLARVITN VTMVILLWAV VWSVTGSECL PGGNLFGIIM LFYCAIIGGK LFGLIKLPTL PPLPPLLGML LAGFLIRNVP V ISDNIQIK ...文字列:
MRNQDKRAAH KDSEPSTEVN HTASSYQGRQ QETGMNLRGI DGNEPTEGSN LLNNNEKMQG TPAEPNHLQR RRQIHACPPR GLLARVITN VTMVILLWAV VWSVTGSECL PGGNLFGIIM LFYCAIIGGK LFGLIKLPTL PPLPPLLGML LAGFLIRNVP V ISDNIQIK HKWSSALRSI ALSVILVRAG LGLDSNALKK LKGVCVRLSL GPCLIEACTS AVLAYFLMGL PWQWGFMLGF VL GAVSPAV VVPSMLLLQE GGYGVEKGIP TLLMAAGSFD DILAITGFNT CLGMAFSTGS TVFNVLKGVL EVIIGVVTGL VLG FFIQYF PSSDQDNLVW KRAFLVLGLS VLAVFSSTYF GFPGSGGLCT LVTAFLAGRG WASTKTDVEK VIAVAWDIFQ PLLF GLIGA EVLITALRPE TIGLCVATLG IAVLIRILVT YLMVCFAGFN IKEKIFISFA WLPKATVQAA IGSVALDTAR SHGEK QLEG YGMDVLTVAF LSIIITAPVG SLLIGLLGPR LLQKAEQNKD EEDQGETSIQ V

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
50.0 mMTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタンTris hydroxy chloride
0.001 %LMNGLauryl Maltose Neopentyl Glycol
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.13)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4cz9

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 255710

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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