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- EMDB-13160: V. nigripulchritudo ExoY-G-actin-complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13160
タイトルV. nigripulchritudo ExoY-G-actin-complex
マップデータDeepEMhanced map
試料
  • 複合体: V. nigripulchritudo ExoY-G-actin-complex
    • タンパク質・ペプチド: ExoY
    • タンパク質・ペプチド: Actin, alpha skeletal muscle
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium- and calmodulin-responsive adenylate cyclase activity / synapse maturation / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / positive regulation of norepinephrine uptake / adenyl-nucleotide exchange factor activity / negative regulation of actin filament bundle assembly / cellular response to cytochalasin B / bBAF complex / positive regulation of actin filament bundle assembly / npBAF complex ...calcium- and calmodulin-responsive adenylate cyclase activity / synapse maturation / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / positive regulation of norepinephrine uptake / adenyl-nucleotide exchange factor activity / negative regulation of actin filament bundle assembly / cellular response to cytochalasin B / bBAF complex / positive regulation of actin filament bundle assembly / npBAF complex / regulation of transepithelial transport / negative regulation of actin filament polymerization / nBAF complex / brahma complex / morphogenesis of a polarized epithelium / regulation of actin filament polymerization / Signaling by ROBO receptors / protein localization to adherens junction / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / GBAF complex / Formation of annular gap junctions / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / postsynaptic actin cytoskeleton / Gap junction degradation / regulation of G0 to G1 transition / Tat protein binding / Folding of actin by CCT/TriC / dense body / Cell-extracellular matrix interactions / positive regulation of ATP-dependent activity / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / RSC-type complex / apical protein localization / regulation of double-strand break repair / regulation of nucleotide-excision repair / adherens junction assembly / proline-rich region binding / RHOF GTPase cycle / Adherens junctions interactions / PCP/CE pathway / tight junction / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Interaction between L1 and Ankyrins / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of ruffle assembly / negative regulation of stress fiber assembly / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / positive regulation of T cell differentiation / host cell cytosol / regulation of norepinephrine uptake / apical junction complex / transporter regulator activity / maintenance of blood-brain barrier / positive regulation of double-strand break repair / nitric-oxide synthase binding / establishment or maintenance of cell polarity / cortical cytoskeleton / detection of maltose stimulus / NuA4 histone acetyltransferase complex / maltose transport complex / positive regulation of actin filament polymerization / positive regulation of stem cell population maintenance / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / Recycling pathway of L1 / carbohydrate transport / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / brush border / kinesin binding / actin monomer binding / positive regulation of epithelial cell migration / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / negative regulation of cell differentiation / carbohydrate transmembrane transporter activity / regulation of synaptic vesicle endocytosis / maltose binding / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / positive regulation of myoblast differentiation / RHO GTPases activate IQGAPs / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / regulation of protein localization to plasma membrane / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cytoskeleton organization / EPHB-mediated forward signaling / phosphotyrosine residue binding / substantia nigra development / axonogenesis / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / calyx of Held / cell chemotaxis / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / actin filament / adherens junction / positive regulation of cell differentiation / FCGR3A-mediated phagocytosis / neural tube closure
類似検索 - 分子機能
Yersinia/Haemophilus virulence surface antigen / Profilin1/2/3, vertebrate / Peptidase C58, YopT-type domain / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Anthrax toxin, edema factor, central / Anthrax toxin, edema factor, C-terminal / Anthrax toxin, edema factor, central domain superfamily / Anthrax toxin LF subunit / Membrane Localization Domain / Profilin conserved site ...Yersinia/Haemophilus virulence surface antigen / Profilin1/2/3, vertebrate / Peptidase C58, YopT-type domain / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Anthrax toxin, edema factor, central / Anthrax toxin, edema factor, C-terminal / Anthrax toxin, edema factor, central domain superfamily / Anthrax toxin LF subunit / Membrane Localization Domain / Profilin conserved site / Profilin signature. / Profilin / Profilin / : / Profilin / Profilin superfamily / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / alpha/beta hydrolase fold / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
RTX-toxin / Profilin-1 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Actin, cytoplasmic 1
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio nigripulchritudo (バクテリア) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Belyy A / Merino F / Raunser S
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Mechanism of actin-dependent activation of nucleotidyl cyclase toxins from bacterial human pathogens.
著者: Alexander Belyy / Felipe Merino / Undine Mechold / Stefan Raunser /
要旨: Bacterial human pathogens secrete initially inactive nucleotidyl cyclases that become potent enzymes by binding to actin inside eukaryotic host cells. The underlying molecular mechanism of this ...Bacterial human pathogens secrete initially inactive nucleotidyl cyclases that become potent enzymes by binding to actin inside eukaryotic host cells. The underlying molecular mechanism of this activation is, however, unclear. Here, we report structures of ExoY from Pseudomonas aeruginosa and Vibrio vulnificus bound to their corresponding activators F-actin and profilin-G-actin. The structures reveal that in contrast to the apo-state, two flexible regions become ordered and interact strongly with actin. The specific stabilization of these regions results in an allosteric stabilization of the nucleotide binding pocket and thereby to an activation of the enzyme. Differences in the sequence and conformation of the actin-binding regions are responsible for the selective binding to either F- or G-actin. Other nucleotidyl cyclase toxins that bind to calmodulin rather than actin undergo a similar disordered-to-ordered transition during activation, suggesting that the allosteric activation-by-stabilization mechanism of ExoY is conserved in these enzymes, albeit the different activator.
履歴
登録2021年7月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月17日-
マップ公開2021年11月17日-
更新2021年12月1日-
現状2021年12月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13160.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13160.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DeepEMhanced map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 280 pix.
= 238. Å		0.85 Å/pix.
x 280 pix.
= 238. Å		0.85 Å/pix.
x 280 pix.
= 238. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15 / ムービー #1: 0.15
最小 - 最大-0.0017831661 - 2.4429297
平均 (標準偏差)0.0010925975 (±0.024843154)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 238.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.850.850.85
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z238.000238.000238.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.0022.4430.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : V. nigripulchritudo ExoY-G-actin-complex

全体名称: V. nigripulchritudo ExoY-G-actin-complex
要素
  • 複合体: V. nigripulchritudo ExoY-G-actin-complex
    • タンパク質・ペプチド: ExoY
    • タンパク質・ペプチド: Actin, alpha skeletal muscle

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超分子 #1: V. nigripulchritudo ExoY-G-actin-complex

超分子名称: V. nigripulchritudo ExoY-G-actin-complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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分子 #1: ExoY

分子名称: ExoY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio nigripulchritudo (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGYNYGQALQ EAQLDIATMK PRQRVTANEL QLGDDNAITN AVTSEQEATP NQDGSHKTYQ SRDLVLEPIQ HPKSIELGMP EVDQSVLAEV AERENVIIGV RPVDEKSKSL IASKMYSSKG LFVKAKSSDW GPMSGFIPVD QSFAKASARR DLEKFNEYAE QSILSGNAVS ...文字列:
MGYNYGQALQ EAQLDIATMK PRQRVTANEL QLGDDNAITN AVTSEQEATP NQDGSHKTYQ SRDLVLEPIQ HPKSIELGMP EVDQSVLAEV AERENVIIGV RPVDEKSKSL IASKMYSSKG LFVKAKSSDW GPMSGFIPVD QSFAKASARR DLEKFNEYAE QSILSGNAVS ANLYLNQVRI EELVSKYESL TPLELDVDSG MYKTTATNGD QTIPFFLNKV TVDDKELWQV HYLREGELAP FKVIGDPVSK QPMTADYDLL TVMYTYGDLG PQDKVKQPLT WEQWKESVTY EDLSPKYKAR YDNQALYEKQ DGASLGMVSD RLKELKDVIN TSLGRTDGLE MVHHGADDAN PYAVMADNFP ATFFVPKHFF DDDGLGEGKG SIQTYFNVNE QGAVVIQNPQ EFSNFQQVAI NASYRASLND KWNSGLDSPL FTTKRKLSHD YLDARDEVAK KLGLTESSKL NGLG

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分子 #2: Actin, alpha skeletal muscle

分子名称: Actin, alpha skeletal muscle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列: MCDEDETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YPIEHGIITN WDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPTLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLDSGD G VTHNVPIY ...文字列:
MCDEDETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YPIEHGIITN WDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPTLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLDSGD G VTHNVPIY EGYALPHAIM RLDLAGRDLT DYLMKILTER GYSFVTTAER EIVRDIKEKL CYVALDFENE MATAASSSSL EK SYELPDG QVITIGNERF RCPETLFQPS FIGMESAGIH ETTYNSIMKC DIDIRKDLYA NNVMSGGTTM YPGIADRMQK EIT ALAPST MKIKIIAPPE RKYSVWIGGS ILASLSTFQQ MWITKQEYDE AGPSIVHRKC F

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10659 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1865213
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPHIRE / 使用した粒子像数: 236009
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: SPHIRE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: SPHIRE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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