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- EMDB-1313: Post-translational cleavage of recombinantly expressed nitrilase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1313
タイトルPost-translational cleavage of recombinantly expressed nitrilase from Rhodococcus rhodochrous J1 yields a stable, active helical form.
マップデータMap of the carboxy-terminal truncated nitrilase helix from Rhodococcus rhodochrous J1
試料
  • 試料: Carboxy-terminal truncated nitrilase from Rhodococcus rhodochrous J1
  • タンパク質・ペプチド: J1 nitrilase 1-327
機能・相同性nitrilase activity / Carbon-nitrogen hydrolase
機能・相同性情報
生物種Rhodococcus rhodochrous (バクテリア)
手法らせん対称体再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Thuku RN / Weber BW / Varsani A / Sewell BT
引用ジャーナル: FEBS J / 年: 2007
タイトル: Post-translational cleavage of recombinantly expressed nitrilase from Rhodococcus rhodochrous J1 yields a stable, active helical form.
著者: R Ndoria Thuku / Brandon W Weber / Arvind Varsani / B Trevor Sewell /
要旨: Nitrilases convert nitriles to the corresponding carboxylic acids and ammonia. The nitrilase from Rhodococcus rhodochrous J1 is known to be inactive as a dimer but to become active on oligomerization. ...Nitrilases convert nitriles to the corresponding carboxylic acids and ammonia. The nitrilase from Rhodococcus rhodochrous J1 is known to be inactive as a dimer but to become active on oligomerization. The recombinant enzyme undergoes post-translational cleavage at approximately residue 327, resulting in the formation of active, helical homo-oligomers. Determining the 3D structure of these helices using electron microscopy, followed by fitting the stain envelope with a model based on homology with other members of the nitrilase superfamily, enables the interacting surfaces to be identified. This also suggests that the reason for formation of the helices is related to the removal of steric hindrance arising from the 39 C-terminal amino acids from the wild-type protein. The helical form can be generated by expressing only residues 1-327.
履歴
登録2007年1月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年1月2日-
マップ公開2007年1月2日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1313.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1313.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of the carboxy-terminal truncated nitrilase helix from Rhodococcus rhodochrous J1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4 Å/pix.
x 128 pix.
= 512. Å		4 Å/pix.
x 128 pix.
= 512. Å		4 Å/pix.
x 128 pix.
= 512. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.0406 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大0.0 - 0.0894763
平均 (標準偏差)0.00160742 (±0.0092578)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 512 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z444
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z512.000512.000512.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-63-63-63
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean0.0000.0890.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Carboxy-terminal truncated nitrilase from Rhodococcus rhodochrous J1

全体名称: Carboxy-terminal truncated nitrilase from Rhodococcus rhodochrous J1
要素
  • 試料: Carboxy-terminal truncated nitrilase from Rhodococcus rhodochrous J1
  • タンパク質・ペプチド: J1 nitrilase 1-327

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超分子 #1000: Carboxy-terminal truncated nitrilase from Rhodococcus rhodochrous J1

超分子名称: Carboxy-terminal truncated nitrilase from Rhodococcus rhodochrous J1
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 36 KDa / 理論値: 36 KDa / 手法: SDS-PAGE MALDI-TOF mass spectrometry

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分子 #1: J1 nitrilase 1-327

分子名称: J1 nitrilase 1-327 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 集合状態: helix / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Rhodococcus rhodochrous (バクテリア) / 株: J1
分子量実験値: 36 KDa / 理論値: 36 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET30a
配列GO: nitrilase activity / InterPro: Carbon-nitrogen hydrolase

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 100mM KH2PO4, 400mM KCl, 10% (v/v) EtOH
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Sample was applied to glow discharged carbon films which were then washed twice with distilled water and then stained with 2% w/v uranyl acetate
グリッド詳細: 300 mesh
凍結凍結剤: NONE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2000EX
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 10 µm / 実像数: 50 / 平均電子線量: 30 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: standard / 試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

詳細Helices were formed by autolysis of the wild-type protein after storage for one month at 4 degrees C
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 15.8 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 73.65 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: D1 (2回x1回 2面回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 詳細: D1 symmetry was imposed on map after convergence

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原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: Situs
詳細The helical symmetry was applied to a homology model to generate a helix containing 9 dimers. This was fitted to the map using CoLoRes. A two dimensional search of radial distance and azimuthal angle was conducted to find the best fit.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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