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- EMDB-12965: Cryo-EM Structure of the DDB1-DCAF1-CUL4A-RBX1-CSN Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12965
タイトルCryo-EM Structure of the DDB1-DCAF1-CUL4A-RBX1-CSN Complex
マップデータ
試料
  • 複合体: CRL4(DCAF1)-CSN
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
機能・相同性
機能・相同性情報


cell competition in a multicellular organism / histone H2AT120 kinase activity / negative regulation of granulocyte differentiation / negative regulation of beige fat cell differentiation / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / V(D)J recombination / cullin-RING ubiquitin ligase complex / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / cellular response to chemical stress ...cell competition in a multicellular organism / histone H2AT120 kinase activity / negative regulation of granulocyte differentiation / negative regulation of beige fat cell differentiation / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / V(D)J recombination / cullin-RING ubiquitin ligase complex / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / cellular response to chemical stress / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / regulation of DNA damage checkpoint / positive regulation of protein autoubiquitination / regulation of nucleotide-excision repair / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / RNA polymerase II transcription initiation surveillance / protein neddylation / spindle assembly involved in female meiosis / NEDD8 ligase activity / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / protein K27-linked ubiquitination / negative regulation of response to oxidative stress / VCB complex / UV-damage excision repair / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / SCF ubiquitin ligase complex / biological process involved in interaction with symbiont / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / regulation of mitotic cell cycle phase transition / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of type I interferon production / WD40-repeat domain binding / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / Prolactin receptor signaling / negative regulation of mitophagy / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / hemopoiesis / viral release from host cell / somatic stem cell population maintenance / cullin family protein binding / protein monoubiquitination / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of viral genome replication / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / site of DNA damage / signal transduction in response to DNA damage / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / protein K48-linked ubiquitination / transcription-coupled nucleotide-excision repair / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / proteasomal protein catabolic process / regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of TORC1 signaling / post-translational protein modification / intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of gluconeogenesis / B cell differentiation / T cell activation / Regulation of BACH1 activity / nuclear estrogen receptor binding / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / nucleotide-excision repair / sperm end piece / cellular response to amino acid stimulus / Degradation of DVL / Degradation of CRY and PER proteins / G1/S transition of mitotic cell cycle / Degradation of GLI1 by the proteasome / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Hedgehog 'on' state / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / regulation of circadian rhythm / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / RING-type E3 ubiquitin transferase / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / DNA Damage Recognition in GG-NER / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / fibrillar center
類似検索 - 分子機能
VPRBP/DCAF1 family / Lissencephaly type-1-like homology motif / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / Cullin, N-terminal / Cullin protein neddylation domain / : / Cullin, conserved site ...VPRBP/DCAF1 family / Lissencephaly type-1-like homology motif / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / Cullin, N-terminal / Cullin protein neddylation domain / : / Cullin, conserved site / Cullin alpha solenoid domain / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Cullin / : / Cullin alpha+beta domain / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family profile. / : / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / Cullin-4A / DNA damage-binding protein 1 / DDB1- and CUL4-associated factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Mohamed WI / Schenk AD / Kempf G / Cavadini S / Thoma NH
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2021
タイトル: The CRL4 cullin-RING ubiquitin ligase is activated following a switch in oligomerization state.
著者: Weaam I Mohamed / Andreas D Schenk / Georg Kempf / Simone Cavadini / Anja Basters / Alessandro Potenza / Wassim Abdul Rahman / Julius Rabl / Kurt Reichermeier / Nicolas H Thomä /
要旨: The cullin-4-based RING-type (CRL4) family of E3 ubiquitin ligases functions together with dedicated substrate receptors. Out of the ˜29 CRL4 substrate receptors reported, the DDB1- and CUL4- ...The cullin-4-based RING-type (CRL4) family of E3 ubiquitin ligases functions together with dedicated substrate receptors. Out of the ˜29 CRL4 substrate receptors reported, the DDB1- and CUL4-associated factor 1 (DCAF1) is essential for cellular survival and growth, and its deregulation has been implicated in tumorigenesis. We carried out biochemical and structural studies to examine the structure and mechanism of the CRL4 ligase. In the 8.4 Å cryo-EM map of CRL4 , four CUL4-RBX1-DDB1-DCAF1 protomers are organized into two dimeric sub-assemblies. In this arrangement, the WD40 domain of DCAF1 mediates binding with the cullin C-terminal domain (CTD) and the RBX1 subunit of a neighboring CRL4 protomer. This renders RBX1, the catalytic subunit of the ligase, inaccessible to the E2 ubiquitin-conjugating enzymes. Upon CRL4 activation by neddylation, the interaction between the cullin CTD and the neighboring DCAF1 protomer is broken, and the complex assumes an active dimeric conformation. Accordingly, a tetramerization-deficient CRL4 mutant has higher ubiquitin ligase activity compared to the wild-type. This study identifies a novel mechanism by which unneddylated and substrate-free CUL4 ligases can be maintained in an inactive state.
履歴
登録2021年5月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月13日-
マップ公開2021年10月13日-
更新2021年12月1日-
現状2021年12月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00129
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.00129
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12965.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12965.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.24 Å/pix.
x 320 pix.
= 397.216 Å		1.24 Å/pix.
x 320 pix.
= 397.216 Å		1.24 Å/pix.
x 320 pix.
= 397.216 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2413 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00129 / ムービー #1: 0.00129
最小 - 最大-0.005315238 - 0.0097976625
平均 (標準偏差)3.5354697e-05 (±0.0009297621)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 397.216 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.24131.24131.2413
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z397.216397.216397.216
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ384384384
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0050.0100.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CRL4(DCAF1)-CSN

全体名称: CRL4(DCAF1)-CSN
要素
  • 複合体: CRL4(DCAF1)-CSN
    • タンパク質・ペプチド: DCAF1
    • タンパク質・ペプチド: DDB1
    • タンパク質・ペプチド: Cul4A
    • タンパク質・ペプチド: Rbx1-CSN4
    • タンパク質・ペプチド: CSN1
    • タンパク質・ペプチド: CSN2
    • タンパク質・ペプチド: CSN3
    • タンパク質・ペプチド: CSN5
    • タンパク質・ペプチド: CSN6
    • タンパク質・ペプチド: CSN7
    • タンパク質・ペプチド: CSN8

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超分子 #1: CRL4(DCAF1)-CSN

超分子名称: CRL4(DCAF1)-CSN / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #1: DCAF1

分子名称: DCAF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASWSHPQFE KLEVLFQGPT TVVVHVDSKA ELTTLLEQWE KEHGSGQDMV PILTRMSQLI EKETEEYRK GDPDPFDDRH PGRADPECML GHLLRILFKN DDFMNALVNA YVMTSREPPL N TAACRLLL DIMPGLETAV VFQEKEGIVE NLFKWAREAD QPLRTYSTGL ...文字列:
MASWSHPQFE KLEVLFQGPT TVVVHVDSKA ELTTLLEQWE KEHGSGQDMV PILTRMSQLI EKETEEYRK GDPDPFDDRH PGRADPECML GHLLRILFKN DDFMNALVNA YVMTSREPPL N TAACRLLL DIMPGLETAV VFQEKEGIVE NLFKWAREAD QPLRTYSTGL LGGAMENQDI AA NYRDENS QLVAIVLRRL RELQLQEVAL RQENKRPSPR KLSSEPLLPL DEEAVDMDYG DMA VDVVDG DQEEASGDME ISFHLDSGHK TSSRVNSTTK PEDGGLKKNK SAKQGDRENF RKAK QKLGF SSSDPDRMFV ELSNSSWSEM SPWVIGTNYT LYPMTPAIEQ RLILQYLTPL GEYQE LLPI FMQLGSRELM MFYIDLKQTN DVLLTFEALK HLASLLLHNK FATEFVAHGG VQKLLE IPR PSMAATGVSM CLYYLSYNQD AMERVCMHPH NVLSDVVNYT LWLMECSHAS GCCHATM FF SICFSFRAVL ELFDRYDGLR RLVNLISTLE ILNLEDQGAL LSDDEIFASR QTGKHTCM A LRKYFEAHLA IKLEQVKQSL QRTEGGILVH PQPPYKACSY THEQIVEMME FLIEYGPAQ LYWEPAEVFL KLSCVQLLLQ LISIACNWKT YYARNDTVRF ALDVLAILTV VPKIQLQLAE SVDVLDEAG STVSTVGISI ILGVAEGEFF IHDAEIQKSA LQIIINCVCG PDNRISSIGK F ISGTPRRK LPQNPKSSEH TLAKMWNVVQ SNNGIKVLLS LLSIKMPITD ADQIRALACK AL VGLSRSS TVRQIISKLP LFSSCQIQQL MKEPVLQDKR SDHVKFCKYA AELIERVSGK PLL IGTDVS LARLQKADVV AQSRISFPEK ELLLLIRNHL ISKGLGETAT VLTKEADLPM TAAS HSSAF TPVTAAASPV SLPRTPRIAN GIATRLGSHA AVGASAPSAP TAHPQPRPPQ GPLAL PGPS YAGNSPLIGR ISFIRERPSP CNGRKIRVLR QKSDHGAYSQ SPAIKKQLDR HLPSPP TLD SIITEYLREQ HARCKNPVAT CPPFSLFTPH QCPEPKQRRQ APINFTSRLN RRASFPK YG GVDGGCFDRH LIFSRFRPIS VFREANEDES GFTCCAFSAR ERFLMLGTCT GQLKLYNV F SGQEEASYNC HNSAITHLEP SRDGSLLLTS ATWSQPLSAL WGMKSVFDMK HSFTEDHYV EFSKHSQDRV IGTKGDIAHI YDIQTGNKLL TLFNPDLANN YKRNCATFNP TDDLVLNDGV LWDVRSAQA IHKFDKFNMN ISGVFHPNGL EVIINTEIWD LRTFHLLHTV PALDQCRVVF N HTGTVMYG AMLQADDEDD LMEERMKSPF GSSFRTFNAT DYKPIATIDV KRNIFDLCTD TK DCYLAVI ENQGSMDALN MDTVCRLYEV GRQRLAEDED EEEDQEEEEQ EEEDDDEDDD DTD DLDELD TDQLLEAELE EDDNNENAGE DGDNDFSPSD EELANLLEEG EDGEDEDSDA DEEV ELILG DTDSSDNSDL EDDIILSLNE

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分子 #2: DDB1

分子名称: DDB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
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MHHHHHHVDE NLYFQGGGRM SYNYVVTAQK PTAVNGCVTG HFTSAEDLNL LIAKNTRLEI YVVTAEGLRP VKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACILE YKQSGESIDI ITRAHGNVQD RIGRPSETGI IGIIDPECR MIGLRLYDGL FKVIPLDRDN KELKAFNIRL EELHVIDVKF LYGCQAPTIC F VYQDPQGR HVKTYEVSLR EKEFNKGPWK QENVEAEASM VIAVPEPFGG AIIIGQESIT YH NGDKYLA IAPPIIKQST IVCHNRVDPN GSRYLLGDME GRLFMLLLEK EEQMDGTVTL KDL RVELLG ETSIAECLTY LDNGVVFVGS RLGDSQLVKL NVDSNEQGSY VVAMETFTNL GPIV DMCVV DLERQGQGQL VTCSGAFKEG SLRIIRNGIG IHEHASIDLP GIKGLWPLRS DPNRE TDDT LVLSFVGQTR VLMLNGEEVE ETELMGFVDD QQTFFCGNVA HQQLIQITSA SVRLVS QEP KALVSEWKEP QAKNISVASC NSSQVVVAVG RALYYLQIHP QELRQISHTE MEHEVAC LD ITPLGDSNGL SPLCAIGLWT DISARILKLP SFELLHKEML GGEIIPRSIL MTTFESSH Y LLCALGDGAL FYFGLNIETG LLSDRKKVTL GTQPTVLRTF RSLSTTNVFA CSDRPTVIY SSNHKLVFSN VNLKEVNYMC PLNSDGYPDS LALANNSTLT IGTIDEIQKL HIRTVPLYES PRKICYQEV SQCFGVLSSR IEVQDTSGGT TALRPSASTQ ALSSSVSSSK LFSSSTAPHE T SFGEEVEV HNLLIIDQHT FEVLHAHQFL QNEYALSLVS CKLGKDPNTY FIVGTAMVYP EE AEPKQGR IVVFQYSDGK LQTVAEKEVK GAVYSMVEFN GKLLASINST VRLYEWTTEK ELR TECNHY NNIMALYLKT KGDFILVGDL MRSVLLLAYK PMEGNFEEIA RDFNPNWMSA VEIL DDDNF LGAENAFNLF VCQKDSAATT DEERQHLQEV GLFHLGEFVN VFCHGSLVMQ NLGET STPT QGSVLFGTVN GMIGLVTSLS ESWYNLLLDM QNRLNKVIKS VGKIEHSFWR SFHTER KTE PATGFIDGDL IESFLDISRP KMQEVVANLQ YDDGSGMKRE ATADDLIKVV EELTRIH

+
分子 #3: Cul4A

分子名称: Cul4A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
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MHHHHHHVDE ENLYFQGGGR GGSKKLVIKN FRDRPRLPDN YTQDTWRKLH EAVRAVQSST SIRYNLEELY QAVENLCSHK VSPMLYKQL RQACEDHVQA QILPFREDSL DSVLFLKKIN TCWQDHCRQM IMIRSIFLFL D RTYVLQNS TLPSIWDMGL ELFRTHIISD KMVQSKTIDG ILLLIERERS GEAVDRSLLR SL LGMLSDL QVYKDSFELK FLEETNCLYA AEGQRLMQER EVPEYLNHVS KRLEEEGDRV ITY LDHSTQ KPLIACVEKQ LLGEHLTAIL QKGLDHLLDE NRVPDLAQMY QLFSRVRGGQ QALL QHWSE YIKTFGTAIV INPEKDKDMV QDLLDFKDKV DHVIEVCFQK NERFVNLMKE SFETF INKR PNKPAELIAK HVDSKLRAGN KEATDEELER TLDKIMILFR FIHGKDVFEA FYKKDL AKR LLVGKSASVD AEKSMLSKLK HECGAAFTSK LEGMFKDMEL SKDIMVHFKQ HMQNQSD SG PIDLTVNILT MGYWPTYTPM EVHLTPEMIK LQEVFKAFYL GKHSGRKLQW QTTLGHAV L KAEFKEGKKE FQVSLFQTLV LLMFNEGDGF SFEEIKMATG IEDSELRRTL QSLACGKAR VLIKSPKGKE VEDGDKFIFN GEFKHKLFRI KINQIQMKET VEEQVSTTER VFQDRQYQID AAIVRIMKM RKTLGHNLLV SELYNQLKFP VKPGDLKKRI ESLIDRDYME RDKDNPNQYH Y VA

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分子 #4: Rbx1-CSN4

分子名称: Rbx1-CSN4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MHHHHHHVDE NLYFQGGGRT NSGAGKKRFE VKKWNAVALW AWDIVVDNCA ICRNHIMDLC IECQANQASA TSEECTVAWG VCNHAFHFHC ISRWLKTRQV CPLDNREWEF QKYGHTG SG GSGGGGSGGG GSGGGGSGQY NVDYKLETYL KTARAYLEDD DPVQAEAY I ...文字列:
MHHHHHHVDE NLYFQGGGRT NSGAGKKRFE VKKWNAVALW AWDIVVDNCA ICRNHIMDLC IECQANQASA TSEECTVAWG VCNHAFHFHC ISRWLKTRQV CPLDNREWEF QKYGHTG SG GSGGGGSGGG GSGGGGSGQY NVDYKLETYL KTARAYLEDD DPVQAEAY I NRASLLQNES TNEQLQIHYK VCYARVLDYR RKFIEAAQRY NELSYKTIV HESERLEALK HALHCTILAS AGQQRSRMLA TLFKDERCQQ LAAYGILEKM YLDRIIRGN QLQEFAAMLM PHQKATTADG SSILDRAVIE HNLLSASKLY N NITFEELG ALLEIPAAKA EKIASQMITE GRMNGFIDQI DGIVHFETRE AL PTWDKQI QSLCFQVNNL LEKISQTAPE WTAQAMEAQM AQ

+
分子 #5: CSN1

分子名称: CSN1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
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MHHHHHHVDE NLYFQGGGRG AVEPMQIDVD PQEDPQNAPD VNYVVENPSL DLEQYAASYS GLMRIERLQF IADHCPTLRV EALKMALSFV QRTFNVDMYE EIHRKLSEAT RELQNAPDAI PESGVEPPAL DTAWVEATRK KALLKLEKLD TDLKNYKGNS IKESIRRGHD DLGDHYLDCG DLSNALKCYS RARDYCTSAK HVINMCLNVI KVSVYLQNWS HVLSYVSKAE STPEIAEQRG ERDSQTQAIL TKLKCAAGLA ELAARKYKQA AKCLLLASFD HCDFPELLSP SNVAIYGGLC ALATFDRQEL QRNVISSSSF KLFLELEPQV RDIIFKFYES KYASCLKMLD EMKDNLLLDM YLAPHVRTLY TQIRNRALIQ YFSPYVSADM HRMAAAFNTT VAALEDELTQ LILEGLISAR VDSHSKILYA RDVDQRSTTF EKSLLMGKEF QRRAKAMMLR AAVLRNQIHV KSPPREGSQG ELTPANSQSR MSTNM

+
分子 #6: CSN2

分子名称: CSN2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
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+
分子 #7: CSN3

分子名称: CSN3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
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+
分子 #8: CSN5

分子名称: CSN5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
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MHHHHHHVDE NLYFQGGGRM AASGSGMAQK TWELANNMQE AQSIDEIYKY DKKQQQEILA AKPWTKDHHY FKYCKISALA LLKMVMHARS GGNLAVMGLM LGKVDGETMI IMDSFALPVE GTETRVNAQA AAYEYMAAYI ENAKQVGRLE NAIGWYHSHP GYGCWLSGID VSTQMLNQQF QEPFVAVVID PTRTISAGKV NLGAFRTYPK GYKPPDEGPS EYQTIPLNKI EDFGVHCKQY YALEVSYFKS SLDRKLLELL WNKYWVNTLS SSSLLTNADY TTGQVFDLSE KLEQSEAQLG RGSFMLGLET HDRKSEDKLA KATRDSCKTT IEAIHGLMSQ VIKDKLFNQI NIS

+
分子 #9: CSN6

分子名称: CSN6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
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MHHHHHHVDE NLYFQGGGRM AAAAAAAAAT NGTGGSSGME VDAAVVPSVM ACGVTGSVSV ALHPLVILNI SDHWIRMRSQ EGRPVQVIGA LIGKQEGRNI EVMNSFELLS HTVEEKIIID KEYYYTKEEQ FKQVFKELEF LGWYTTGGPP DPSDIHVHKQ VCEIIESPLF LKLNPMTKHT DLPVSVFESV IDIINGEATM LFAELTYTLA TEEAERIGVD HVARMTATGS GENSTVAEHL IAQHSAIKML HSRVKLILEY VKASEAGEVP FNHEILREAY ALCHCLPVLS TDKFKTDFYD QCNDVGLMAY LGTITKTCNT MNQFVNKFNV LYDRQGIGRR MRGLFF

+
分子 #10: CSN7

分子名称: CSN7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MHHHHHHVDE NLYFQGGGRM SAEVKVTGQN QEQFLLLAKS AKGAALATLI HQVLEAPGVY VFGELLDMPN VRELAESDFA STFRLLTVFA YGTYADYLAE ARNLPPLTEA QKNKLRHLSV VTLAAKVKCI PYAVLLEALA LRNVRQLEDL VIEAVYADVL RGSLDQRNQR ...文字列:
MHHHHHHVDE NLYFQGGGRM SAEVKVTGQN QEQFLLLAKS AKGAALATLI HQVLEAPGVY VFGELLDMPN VRELAESDFA STFRLLTVFA YGTYADYLAE ARNLPPLTEA QKNKLRHLSV VTLAAKVKCI PYAVLLEALA LRNVRQLEDL VIEAVYADVL RGSLDQRNQR LEVDYSIGRD IQRQDLSAIA RTLQEWCVGC EVVLSGIEEQ VSRANQHKEQ QLGLKQQIES EVANLKK

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分子 #11: CSN8

分子名称: CSN8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MHHHHHHVDE NLYFQGGGRP VAVMAESAFS FKKLLDQCEN QELEAPGGIA TPPVYGQLLA LYLLHNDMNN ARYLWKRIPP AIKSANSELG GIWSVGQRIW QRDFPGIYTT INAHQWSETV QPIMEALRDA TRRRAFALVS QAYTSIIADD FAAFVGLPVE EAVKGILEQG ...文字列:
MHHHHHHVDE NLYFQGGGRP VAVMAESAFS FKKLLDQCEN QELEAPGGIA TPPVYGQLLA LYLLHNDMNN ARYLWKRIPP AIKSANSELG GIWSVGQRIW QRDFPGIYTT INAHQWSETV QPIMEALRDA TRRRAFALVS QAYTSIIADD FAAFVGLPVE EAVKGILEQG WQADSTTRMV LPRKPVAGAL DVSFNKFIPL SEPAPVPPIP NEQQLARLTD YVAFLEN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 26681
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る