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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of dodecameric SlyB from Escherichia coli K12 | |||||||||||||||
![]() | SlyB12 | |||||||||||||||
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![]() | Outer membrane chaperon / 2TM glycine zipper / outer membrane lipoprotein SlyB / LPS-LP binding protein / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||||||||
![]() | Nguyen VS / Remaut H | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: SlyB encapsulates outer membrane proteins in stress-induced lipid nanodomains 著者: Janssens A / Nguyen VS / Cecil AJ / Van der Verren SE / Timmerman E / Deghelt M / Pak AJ / Collet JF / Impens F / Remaut H | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 18.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.5 KB 12.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 171.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 386.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 386.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | SlyB12 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.784 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Outer membrane lipoprotein SlyB
全体 | 名称: Outer membrane lipoprotein SlyB |
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要素 |
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-超分子 #1: Outer membrane lipoprotein SlyB
超分子 | 名称: Outer membrane lipoprotein SlyB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Dodecameric SlyB was purified from overexpression of SlyB-TEV-HIS in E. coli using using 2-step Ni-IMAC purification. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 220 KDa |
-分子 #1: Outer membrane lipoprotein SlyB
分子 | 名称: Outer membrane lipoprotein SlyB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: (PLM)CVNNDTLSG DVYTASEAKQ VQNVSYGTIV NVRPVQIQGG DDSNVIGAIG GAVLGGFLGN TVGGGTGRSL ATAAGAVAGG VAGQGVQSAM NKTQGVELEI RKDDGNTIMV VQKQGNTRFS PGQRVVLASN GSQVTVSPRG GGENLYFQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.04 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: Back-blotting for 4 seconds before plunging. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6352 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 61.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.55 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 60000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN |