[日本語] English
万見
- EMDB-12878: RNA-free Ribonuclease P from Halorhodospira halophila -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12878
タイトルRNA-free Ribonuclease P from Halorhodospira halophila
マップデータ
試料
  • 複合体: Dodecameric assembly of minimal RNAseP system from Halorhodospira halophila
    • タンパク質・ペプチド: RNA-free ribonuclease P
キーワードRNAseP / metallonuclease / HARP / HYDROLASE
機能・相同性RNA-free ribonuclease P / PINc domain ribonuclease / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / PIN-like domain superfamily / RNA-free ribonuclease P
機能・相同性情報
生物種Halorhodospira halophila SL1 (紅色硫黄細菌) / Halorhodospira halophila (strain DSM 244 / SL1) (紅色硫黄細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Altegoer F / Bange G
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Structure and mechanistic features of the prokaryotic minimal RNase P.
著者: Rebecca Feyh / Nadine B Waeber / Simone Prinz / Pietro Ivan Giammarinaro / Gert Bange / Georg Hochberg / Roland K Hartmann / Florian Altegoer /
要旨: Endonucleolytic removal of 5'-leader sequences from tRNA precursor transcripts (pre-tRNAs) by ribonuclease P (RNase P) is essential for protein synthesis. Beyond RNA-based RNase P enzymes, protein- ...Endonucleolytic removal of 5'-leader sequences from tRNA precursor transcripts (pre-tRNAs) by ribonuclease P (RNase P) is essential for protein synthesis. Beyond RNA-based RNase P enzymes, protein-only versions of the enzyme exert this function in various eukarya (there termed PRORPs) and in some bacteria ( and close relatives); both enzyme types belong to distinct subgroups of the PIN domain metallonuclease superfamily. Homologs of RNase P (HARPs) are also expressed in some other bacteria and many archaea, where they coexist with RNA-based RNase P and do not represent the main RNase P activity. Here, we solved the structure of the bacterial HARP from by cryo-electron microscopy, revealing a novel screw-like dodecameric assembly. Biochemical experiments demonstrate that oligomerization is required for RNase P activity of HARPs. We propose that the tRNA substrate binds to an extended spike-helix (SH) domain that protrudes from the screw-like assembly to position the 5'-end in close proximity to the active site of the neighboring dimer. The structure suggests that eukaryotic PRORPs and prokaryotic HARPs recognize the same structural elements of pre-tRNAs (tRNA elbow region and cleavage site). Our analysis thus delivers the structural and mechanistic basis for pre-tRNA processing by the prokaryotic HARP system.
履歴
登録2021年5月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月7日-
マップ公開2021年7月7日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.124
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.124
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7og5
  • 表面レベル: 0.124
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12878.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12878.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 213.248 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 213.248 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 213.248 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.833 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.124 / ムービー #1: 0.124
最小 - 最大-0.62514126 - 0.99049455
平均 (標準偏差)0.0019421679 (±0.031905625)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 213.248 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8330.8330.833
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z213.248213.248213.248
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ192139186
NX/NY/NZ211274246
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.6250.9900.002

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Dodecameric assembly of minimal RNAseP system from Halorhodospira...

全体名称: Dodecameric assembly of minimal RNAseP system from Halorhodospira halophila
要素
  • 複合体: Dodecameric assembly of minimal RNAseP system from Halorhodospira halophila
    • タンパク質・ペプチド: RNA-free ribonuclease P

-
超分子 #1: Dodecameric assembly of minimal RNAseP system from Halorhodospira...

超分子名称: Dodecameric assembly of minimal RNAseP system from Halorhodospira halophila
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Halorhodospira halophila SL1 (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 390 KDa

-
分子 #1: RNA-free ribonuclease P

分子名称: RNA-free ribonuclease P / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P
由来(天然)生物種: Halorhodospira halophila (strain DSM 244 / SL1) (紅色硫黄細菌)
株: DSM 244 / SL1
分子量理論値: 24.051338 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GSHMASRRFV LDTSVFTNPD VYLRFDEEPM QAISVFLGLA RRADAEFYMP GPVYQELCNL RSMDLIGAEF ETEVYIRSPR RFSMTIPSE VLYEFIEEVR TRIQRGLRIA EEHARQAGQA ESLPPELITQ LRERYREAMR RGILDSREDI DVVLLAYELD A TLVSADEG ...文字列:
GSHMASRRFV LDTSVFTNPD VYLRFDEEPM QAISVFLGLA RRADAEFYMP GPVYQELCNL RSMDLIGAEF ETEVYIRSPR RFSMTIPSE VLYEFIEEVR TRIQRGLRIA EEHARQAGQA ESLPPELITQ LRERYREAMR RGILDSREDI DVVLLAYELD A TLVSADEG MRKFAERIGI KLVNPRYLRG VMQNLAGDDP GHAPPCGPDQ PAG

UniProtKB: RNA-free ribonuclease P

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度8 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMKClpotassium chloride
20.0 mMTrisTris(hydroxymethyl)aminomethan

詳細: Solutions were prepared freshly and filtered through a 0.2 um filter
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 11s with blot force -1 before plunging.
詳細The sample was monodisperse

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8393 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 1736597
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 181
得られたモデル

PDB-7og5:
RNA-free Ribonuclease P from Halorhodospira halophila

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る