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- EMDB-12853: Icosahedral cryo-EM reconstruction of Haliangium ochraceum encapsulin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12853
タイトルIcosahedral cryo-EM reconstruction of Haliangium ochraceum encapsulin
マップデータRefine3D map
試料
  • 複合体: Ternary complex of Haliangium ochraceum encapsulin and encapsulated ferritin proteins
    • タンパク質・ペプチド: Linocin_M18 bacteriocin protein
キーワードEncapsulin / encapsulated ferritin / haliangium ochraceum / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / : / encapsulin nanocompartment / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / Type 1 encapsulin shell protein
機能・相同性情報
生物種Haliangium ochraceum (バクテリア) / Haliangium ochraceum (strain DSM 14365 / JCM 11303 / SMP-2) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Marles-Wright J / Basle A
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/N005570/1 英国
引用
ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Pore dynamics and asymmetric cargo loading in an encapsulin nanocompartment.
著者: Jennifer Ross / Zak McIver / Thomas Lambert / Cecilia Piergentili / Jasmine Emma Bird / Kelly J Gallagher / Faye L Cruickshank / Patrick James / Efrain Zarazúa-Arvizu / Louise E Horsfall / ...著者: Jennifer Ross / Zak McIver / Thomas Lambert / Cecilia Piergentili / Jasmine Emma Bird / Kelly J Gallagher / Faye L Cruickshank / Patrick James / Efrain Zarazúa-Arvizu / Louise E Horsfall / Kevin J Waldron / Marcus D Wilson / C Logan Mackay / Arnaud Baslé / David J Clarke / Jon Marles-Wright /
要旨: Encapsulins are protein nanocompartments that house various cargo enzymes, including a family of decameric ferritin-like proteins. Here, we study a recombinant encapsulin:encapsulated ferritin ...Encapsulins are protein nanocompartments that house various cargo enzymes, including a family of decameric ferritin-like proteins. Here, we study a recombinant encapsulin:encapsulated ferritin complex using cryo-electron microscopy and hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry to gain insight into the structural relationship between the encapsulin shell and its protein cargo. An asymmetric single-particle reconstruction reveals four encapsulated ferritin decamers in a tetrahedral arrangement within the encapsulin nanocompartment. This leads to a symmetry mismatch between the protein cargo and the icosahedral encapsulin shell. The encapsulated ferritin decamers are offset from the interior face of the encapsulin shell. Using hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry, we observed the dynamic behavior of the major fivefold pore in the encapsulin shell and show the pore opening via the movement of the encapsulin A-domain. These data will accelerate efforts to engineer the encapsulation of heterologous cargo proteins and to alter the permeability of the encapsulin shell via pore modifications.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Model of Haliangium ochraceum encapsulin from icosahedral single particle reconstruction
著者: Marles-Wright J / Basle A / Clarke DJ / Ross J
履歴
登録2021年4月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月9日-
マップ公開2022年3月9日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7odw
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7odw
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12853.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12853.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 729 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Refine3D map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 576 pix.
= 375.552 Å		0.65 Å/pix.
x 576 pix.
= 375.552 Å		0.65 Å/pix.
x 576 pix.
= 375.552 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.652 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.005 / ムービー #1: 0.005
最小 - 最大-0.0039608064 - 0.017832879
平均 (標準偏差)-0.000022054184 (±0.0011643725)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ576576576
Spacing576576576
セルA=B=C: 375.552 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.6520.6520.652
M x/y/z576576576
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z375.552375.552375.552
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS576576576
D min/max/mean-0.0040.018-0.000

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添付データ

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追加マップ: Solvent Mask

ファイルemd_12853_additional_1.map
注釈Solvent Mask
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_12853_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_12853_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of Haliangium ochraceum encapsulin and encapsulat...

全体名称: Ternary complex of Haliangium ochraceum encapsulin and encapsulated ferritin proteins
要素
  • 複合体: Ternary complex of Haliangium ochraceum encapsulin and encapsulated ferritin proteins
    • タンパク質・ペプチド: Linocin_M18 bacteriocin protein

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超分子 #1: Ternary complex of Haliangium ochraceum encapsulin and encapsulat...

超分子名称: Ternary complex of Haliangium ochraceum encapsulin and encapsulated ferritin proteins
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Complex produced by co-expression in E. coli
由来(天然)生物種: Haliangium ochraceum (バクテリア)
分子量理論値: 1.8 MDa

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分子 #1: Linocin_M18 bacteriocin protein

分子名称: Linocin_M18 bacteriocin protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haliangium ochraceum (strain DSM 14365 / JCM 11303 / SMP-2) (バクテリア)
株: DSM 14365 / JCM 11303 / SMP-2
分子量理論値: 28.844598 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MDLLKRHLAP IVPDAWSAID EEAKEIFQGH LAGRKLVDFR GPFGWEYAAV NTGELRPIDD TPEDVDMKLR QVQPLAEVRV PFTLDVTEL DSVARGATNP DLDDVARAAE RMVEAEDSAI FHGWAQAGIK GIVDSTPHEA LAVASVSDFP RAVLSAADTL R KAGVTGPY ...文字列:
MDLLKRHLAP IVPDAWSAID EEAKEIFQGH LAGRKLVDFR GPFGWEYAAV NTGELRPIDD TPEDVDMKLR QVQPLAEVRV PFTLDVTEL DSVARGATNP DLDDVARAAE RMVEAEDSAI FHGWAQAGIK GIVDSTPHEA LAVASVSDFP RAVLSAADTL R KAGVTGPY ALVLGPKAYD DLFAATQDGY PVAKQVQRLV VDGPLVRANA LAGALVMSMR GGDYELTVGQ DLSIGYAFHD RS KVELFVA ESFTFRVLEP GAAVHLRYA

UniProtKB: Type 1 encapsulin shell protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium Chloride
20.0 mMHEPES

詳細: Solutions were prepared with MilliQ water and filtered using a 0.22 um filter.
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: blot force -5, wait time 10 seconds and blot time of 3 seconds.
詳細Sample mono disperse as determined by SEC

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8109 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 40.509 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 340403
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3dkt


詳細: Homology model produced in phyre from 3DKT then docked manually in chimera before real space refinement in phenix and manual model building in Coot.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 254134
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: Initial model / 詳細: Initial model produced in Relion
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 254134 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: Final 3D classification used to remove broken particles.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Initial fitting performed using chimera with real space refinement in Phenix.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 86 / 当てはまり具合の基準: CC
得られたモデル

PDB-7odw:
Model of Haliangium ochraceum encapsulin from icosahedral single particle reconstruction

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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