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万見
- EMDB-12799: SRP-SR at the distal site conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12799
タイトルSRP-SR at the distal site conformation
マップデータSRP-SR complex from 3D focused refinement on ribosome signal subtracted images
試料
  • 複合体: SRP-SR complex
    • 複合体: SRP-SR complex
      • RNA: x 1種
      • タンパク質・ペプチド: x 4種
    • 複合体: EM14S01-3B_G0054400.mRNA.1.CDS.1
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: Signal recognition particle receptor subunit
      • タンパク質・ペプチド: x 2種
  • リガンド: x 3種
キーワードSRP SRP receptor / co-translational protein targeting / endoplasmic reticulum / signal peptide / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / signal recognition particle receptor complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / granulocyte differentiation / signal recognition particle binding / protein localization to Golgi apparatus / protein targeting to ER / signal-recognition-particle GTPase ...SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / signal recognition particle receptor complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / granulocyte differentiation / signal recognition particle binding / protein localization to Golgi apparatus / protein targeting to ER / signal-recognition-particle GTPase / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / Golgi to plasma membrane protein transport / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / exocrine pancreas development / TPR domain binding / membrane => GO:0016020 / aminopeptidase activity / ribonucleoprotein complex binding / cytoplasmic microtubule / neutrophil chemotaxis / intracellular protein transport / GDP binding / ribosome binding / nuclear speck / serine-type endopeptidase activity / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / nucleolus / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle receptor, alpha subunit, N-terminal / Signal recognition particle, alpha subunit, N-terminal / Signal recognition particle receptor, beta subunit / Signal recognition particle receptor beta subunit / Signal recognition particle, SRP72 subunit, RNA-binding / Signal recognition particle, SRP72 subunit / Putative TPR-like repeat / SRP72 RNA-binding domain / Putative TPR-like repeat / Signal recognition particle subunit SRP68 ...Signal recognition particle receptor, alpha subunit, N-terminal / Signal recognition particle, alpha subunit, N-terminal / Signal recognition particle receptor, beta subunit / Signal recognition particle receptor beta subunit / Signal recognition particle, SRP72 subunit, RNA-binding / Signal recognition particle, SRP72 subunit / Putative TPR-like repeat / SRP72 RNA-binding domain / Putative TPR-like repeat / Signal recognition particle subunit SRP68 / Signal recognition particle subunit SRP68, RNA-binding domain / SRP68, N-terminal domain superfamily / RNA-binding signal recognition particle 68 / Signal recognition particle, SRP54 subunit, eukaryotic / Signal recognition particle, SRP19 subunit / Signal recognition particle, subunit SRP19-like superfamily / SRP19 protein / SRP/SRP receptor, N-terminal / Signal recognition particle, SRP54 subunit / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain superfamily / Signal peptide binding domain / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / Small GTPase superfamily, ARF type / Small GTPase Arf domain profile. / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Longin-like domain superfamily / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
SRP receptor subunit alpha / EM14S01-3B_G0054400.mRNA.1.CDS.1 / Signal recognition particle receptor subunit beta / Signal recognition particle 19 kDa protein / Signal recognition particle subunit SRP72 / Signal recognition particle subunit SRP54 / Signal recognition particle subunit SRP68
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Jomaa A / Ban N
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation スイス
引用
ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Molecular mechanism of cargo recognition and handover by the mammalian signal recognition particle.
著者: Ahmad Jomaa / Simon Eitzinger / Zikun Zhu / Sowmya Chandrasekar / Kan Kobayashi / Shu-Ou Shan / Nenad Ban /
要旨: Co-translational protein targeting to membranes by the signal recognition particle (SRP) is a universally conserved pathway from bacteria to humans. In mammals, SRP and its receptor (SR) have many ...Co-translational protein targeting to membranes by the signal recognition particle (SRP) is a universally conserved pathway from bacteria to humans. In mammals, SRP and its receptor (SR) have many additional RNA features and protein components compared to the bacterial system, which were recently shown to play regulatory roles. Due to its complexity, the mammalian SRP targeting process is mechanistically not well understood. In particular, it is not clear how SRP recognizes translating ribosomes with exposed signal sequences and how the GTPase activity of SRP and SR is regulated. Here, we present electron cryo-microscopy structures of SRP and SRP·SR in complex with the translating ribosome. The structures reveal the specific molecular interactions between SRP and the emerging signal sequence and the elements that regulate GTPase activity of SRP·SR. Our results suggest the molecular mechanism of how eukaryote-specific elements regulate the early and late stages of SRP-dependent protein targeting.
#1: ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Molecular mechanism of cargo recognition and handover by the mammalian signal recognition particle
著者: Jomaa A / Eitzinger S / Zhu Z / Chandrasekar S / Kobayashi K / Shan S / Ban N
履歴
登録2021年4月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月21日-
マップ公開2021年7月21日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7obq
  • 表面レベル: 0.01
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7obq
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12799.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12799.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SRP-SR complex from 3D focused refinement on ribosome signal subtracted images
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 448 pix.
= 479.36 Å		1.07 Å/pix.
x 448 pix.
= 479.36 Å		1.07 Å/pix.
x 448 pix.
= 479.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.024083594 - 0.049472265
平均 (標準偏差)0.0003989505 (±0.0018282081)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 479.36002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z448448448
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z479.360479.360479.360
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS448448448
D min/max/mean-0.0240.0490.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SRP-SR complex

全体名称: SRP-SR complex
要素
  • 複合体: SRP-SR complex
    • 複合体: SRP-SR complex
      • RNA: SRP RNA
      • タンパク質・ペプチド: Signal recognition particle 19
      • タンパク質・ペプチド: Signal recognition particle subunit SRP68,Signal recognition particle subunit SRP68
      • タンパク質・ペプチド: Signal recognition particle 54 kDa protein
      • タンパク質・ペプチド: Signal recognition particle subunit SRP72
    • 複合体: EM14S01-3B_G0054400.mRNA.1.CDS.1
      • タンパク質・ペプチド: EM14S01-3B_G0054400.mRNA.1.CDS.1
    • 複合体: Signal recognition particle receptor subunit
      • タンパク質・ペプチド: Signal recognition particle receptor subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: SRP receptor subunit alpha
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER

+
超分子 #1: SRP-SR complex

超分子名称: SRP-SR complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8

+
超分子 #2: SRP-SR complex

超分子名称: SRP-SR complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2, #4, #6, #8
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ)

+
超分子 #3: EM14S01-3B_G0054400.mRNA.1.CDS.1

超分子名称: EM14S01-3B_G0054400.mRNA.1.CDS.1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #4: Signal recognition particle receptor subunit

超分子名称: Signal recognition particle receptor subunit / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5, #7
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

+
分子 #1: SRP RNA

分子名称: SRP RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ)
分子量理論値: 80.701867 KDa
配列文字列: GCCGGGCGCG GUGGCGCGCG CCUGUAGUCC CAGCUACUCG GGAGGCUGAG GCAGGAGGAU CGCUUCGCUA UGCCGAUCGG GUGUCCGCA CUAAGUUCGG CAUCAAUAUG GUGACCUCCC GGGAGCGGGG GACCACCAGG UUGCCUAAGG AGGGGUGAAC C GGCCCAGG ...文字列:
GCCGGGCGCG GUGGCGCGCG CCUGUAGUCC CAGCUACUCG GGAGGCUGAG GCAGGAGGAU CGCUUCGCUA UGCCGAUCGG GUGUCCGCA CUAAGUUCGG CAUCAAUAUG GUGACCUCCC GGGAGCGGGG GACCACCAGG UUGCCUAAGG AGGGGUGAAC C GGCCCAGG UCGGAAACGG AGCAGGUCAA AACUCCCGUG CUGAUCAGUA GUGGGAUCGC GCCUGUGAAU AGCAUAGCGA GA CCCCGUC UC

+
分子 #2: Signal recognition particle 19

分子名称: Signal recognition particle 19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ)
分子量理論値: 16.183746 KDa
配列文字列:
MACAAARSPA EQDRFICIYP AYLNNKKTIA EGRRIPISKA VENPTATEIQ DVCSAVGLNV FLEKNKMYSR EWNRDVQYRG RVRVQLKQE DGSLCLVQFP SRKSVMLYAA EMIPKLKTRT QKTGGGDQSL QQGEGSKKGK GKKKK

UniProtKB: Signal recognition particle 19 kDa protein

+
分子 #3: EM14S01-3B_G0054400.mRNA.1.CDS.1

分子名称: EM14S01-3B_G0054400.mRNA.1.CDS.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 5.294518 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

UniProtKB: EM14S01-3B_G0054400.mRNA.1.CDS.1

+
分子 #4: Signal recognition particle subunit SRP68,Signal recognition part...

分子名称: Signal recognition particle subunit SRP68,Signal recognition particle subunit SRP68
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ)
分子量理論値: 67.082898 KDa
配列文字列: MAAEKQVPGG GGGGGGGGGG GGGSGGGRGA GGEENKENER PSAGSKANRE FGDSLSLEIL QIIKESQQQH GLRHGDFQRY RGYCSRRQR RLRKTLNFKM GNRHKFTGKK VTEDLLTDNR YLLLVLMDAE RAWSYAMQLK QEANTEPRKR FHLLSRLRKA V KHAEELER ...文字列:
MAAEKQVPGG GGGGGGGGGG GGGSGGGRGA GGEENKENER PSAGSKANRE FGDSLSLEIL QIIKESQQQH GLRHGDFQRY RGYCSRRQR RLRKTLNFKM GNRHKFTGKK VTEDLLTDNR YLLLVLMDAE RAWSYAMQLK QEANTEPRKR FHLLSRLRKA V KHAEELER LCESNRVDAK TKLEAQAYTA YLSGMLRFEH QEWKAAIEAF NKCKTIYEKL ASAFTEEQAV LYNQRVEEIS PN IRYCAYN IGDQSAINEL MQMRLRSGGT EGLLAEKLEA LITQTRAKQA ATMSEVEWRG RTVPVKIDKV RIFLLGLADN EAA IAQAES EETKERLFES MLSECRDAIQ AVREELKPDQ KQRDYTLDGE SGKVSNLQYL HSYLTYIKLS TAIRRNENMA KGLQ KALQQ QPEDESKRSP RPQDLIRLYD IILQNLVELL QLPGLEEDRA FQKEIGLKTL VFKAYRCFFI AQSYVLVKKW SEALV LYDR VLKYANEVN(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

UniProtKB: Signal recognition particle subunit SRP68, Signal recognition particle subunit SRP68

+
分子 #5: Signal recognition particle receptor subunit beta

分子名称: Signal recognition particle receptor subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 29.846182 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MASADSRRLG DGDGAGGAFQ PYLDSLRQEL QQRDPTVLSV VVALLAVLLT LVFWKLVRSR RSSQRAVLLL GLCDSGKTLL FVRLLTGHY RDTQTSITDS SATYRVNNNR GNSLTLIDLP GHESLRLQFL ERFKTSARAV VFVVDSAAFQ REVKDVAEFL Y QVLIDSMS ...文字列:
MASADSRRLG DGDGAGGAFQ PYLDSLRQEL QQRDPTVLSV VVALLAVLLT LVFWKLVRSR RSSQRAVLLL GLCDSGKTLL FVRLLTGHY RDTQTSITDS SATYRVNNNR GNSLTLIDLP GHESLRLQFL ERFKTSARAV VFVVDSAAFQ REVKDVAEFL Y QVLIDSMS LKNTPSFLIA CNKQDIAMAK SAKLIQQQLE KELNTLRVTR SAAPSTLDSS STAPAQLGKK GKEFEFSQLP LK VEFLECS AKGGRGDPGS ADIQDLEKWL AKIA

UniProtKB: Signal recognition particle receptor subunit beta

+
分子 #6: Signal recognition particle 54 kDa protein

分子名称: Signal recognition particle 54 kDa protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ)
分子量理論値: 55.775672 KDa
配列文字列: MVLADLGRKI TSALRSLSNA TIINEEVLNA MLKEVCTALL EADVNIKLVK QLRENVKSAI DLEEMASGLN KRKMIQHAVF KELVKLVDP GVKAWTPTKG KQNVIMFVGL QGSGKTTTCS KLAYYYQRKG WKTCLICADT FRAGAFDQLK QNATKARIPF Y GSYTEMDP ...文字列:
MVLADLGRKI TSALRSLSNA TIINEEVLNA MLKEVCTALL EADVNIKLVK QLRENVKSAI DLEEMASGLN KRKMIQHAVF KELVKLVDP GVKAWTPTKG KQNVIMFVGL QGSGKTTTCS KLAYYYQRKG WKTCLICADT FRAGAFDQLK QNATKARIPF Y GSYTEMDP VIIASEGVEK FKNENFEIII VDTSGRHKQE DSLFEEMLQV ANAIQPDNIV YVMDASIGQA CEAQAKAFKD KV DVASVIV TKLDGHAKGG GALSAVAATK SPIIFIGTGE HIDDFEPFKT QPFISKLLGM GDIEGLIDKV NELKLDDNEA LIE KLKHGQ FTLRDMYEQF QNIMKMGPFS QILGMIPGFG TDFMSKGNEQ ESMARLKKLM TIMDSMNDQE LDSTDGAKVF SKQP GRIQR VARGSGVSTR DVQELLTQYT KFAQMVKKMG GIKGLFKGGD MSKNVSQSQM AKLNQQMAKM MDPRVLHHMG GMAGL QSMM RQFQQGAAGN MKGMMGFNNM

UniProtKB: Signal recognition particle subunit SRP54

+
分子 #7: SRP receptor subunit alpha

分子名称: SRP receptor subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 69.745945 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLDFFTIFSK GGLVLWCFQG VSDSCTGPVN ALIRSVLLQE RGGNNSFTHE ALTLKYKLDN QFELVFVVGF QKILTLTYVD KLIDDVHRL FRDKYRTEIQ QQSALSLLNG TFDFQNDFLR LLREAEESSK IRAPTTMKKF EDSEKAKKPV RSMIETRGEK P KEKAKNSK ...文字列:
MLDFFTIFSK GGLVLWCFQG VSDSCTGPVN ALIRSVLLQE RGGNNSFTHE ALTLKYKLDN QFELVFVVGF QKILTLTYVD KLIDDVHRL FRDKYRTEIQ QQSALSLLNG TFDFQNDFLR LLREAEESSK IRAPTTMKKF EDSEKAKKPV RSMIETRGEK P KEKAKNSK KKGAKKEGSD GPLATSKAVP AEKSGLPVGP ENGVELSKEE LIRRKREEFI QKHGRGLEKS SKSKSEAPKE KG KKAPRVW ELGGCANKEV LDYSTPTTNG APEAALSEDI NLIRGTGPGG QLQDLDCSSS DDEGAAQNST KPSSTKGTLG GMF GMLKGL VGSKSLSRED MESVLDKMRD HLIAKNVAAD IAVQLCESVA NKLEGKVMGT FSTVTSTVKQ ALQESLVQIL QPQR RVDML RDIMDAQRRQ RPYVVTFCGV NGVGKSTNLA KISFWLLENG FSVLIAACDT FRAGAVEQLR THTRRLSALH PPEKH GGRT MVQLFEKGYG KDAAGIAMEA IAFARNQGFD VVLVDTAGRM QDNAPLMTAL AKLITVNTPD LVLFVGEALV GNEAVD QLV KFNRALADHS MAQTPRLIDG IVLTKFDTID DKVGAAISMT YITSKPIVFV GTGQTYCDLR SLNAKAVVAA LMKA

UniProtKB: SRP receptor subunit alpha

+
分子 #8: Signal recognition particle subunit SRP72

分子名称: Signal recognition particle subunit SRP72 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ)
分子量理論値: 74.608102 KDa
配列文字列: MASGGSGGVS VPALWSEVNR YGQNGDFTRA LKTVNKILQI NKDDVTALHC KVVCLIQNGS FKEALNVINT HTKVLANNSL SFEKAYCEY RLNRIENALK TIESANQQTD KLKELYGQVL YRLERYDECL AVYRDLVRNS QDDYDEERKT NLSAVVAAQS N WEKVVPEN ...文字列:
MASGGSGGVS VPALWSEVNR YGQNGDFTRA LKTVNKILQI NKDDVTALHC KVVCLIQNGS FKEALNVINT HTKVLANNSL SFEKAYCEY RLNRIENALK TIESANQQTD KLKELYGQVL YRLERYDECL AVYRDLVRNS QDDYDEERKT NLSAVVAAQS N WEKVVPEN LGLQEGTHEL CYNAACALIG QGQLSQAMKI LQKAEDLCRR SLSEDSDGTE EDPQAELAII HGQMAYILQL QG RTEEALQ LYNQIIKLKP TDVGLLAVIA NNIITINKDQ NVFDSKKKVK LTNAEGVEFK LSKKQLQAIE FNKALLAMYT NQA EQCRKI SASLQSQSPE HLLPVLIQAA QLCREKQHTK AIELLQEFSD QHPENAAEIK LTMAQLKISQ GNISKACLIL RSIE ELKHK PGMVSALVTM YSHEEDIDSA IEVFTQAIQW YQNHQPKSSA HLSLIREAAN FKLKYGRKKE AISDLEQLWK QNPKD IHTL AQLISAYSLV DPEKAKALSK HLPSSDSMSL KVDVEALENS PGATYIRKKG GKVAGDSQPK EQGQGDLKKK KKKKKG KLP KNYDPKVTPD PERWLPMRER SYYRGRKKGK KKDQIGKGTQ GATAGASSEL DASKTVSSPP TSPRPGSAAT ASASTSN II PPRHQKPAGA PATKKKQQQK KKKGGKGGW

UniProtKB: Signal recognition particle subunit SRP72

+
分子 #9: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #10: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #11: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: GNP
分子量理論値: 522.196 Da
Chemical component information

ChemComp-GNP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: From initial reconstruction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 155989
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6frk


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-7obq:
SRP-SR at the distal site conformation

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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