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- EMDB-12798: Hexameric coxsackievirus B3 2C protein in complex with S-fluoxetine -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12798
タイトルHexameric coxsackievirus B3 2C protein in complex with S-fluoxetine
マップデータHexameric coxsackievirus B3 2C protein in complex with S-fluoxetine
試料
  • 複合体: Hexameric coxsackievirus B3 2C protein in complex with S-fluoxetine
    • タンパク質・ペプチド: Coxsackievirus B3 2C protein
生物種Coxsackievirus B3 (strain Nancy) (コクサッキーウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Hurdiss DL / Forster F
資金援助 オランダ, 5件
OrganizationGrant number国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission842333 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)ECHO-711.017.002 オランダ
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission642434 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)NWO-VICI-91812628 オランダ
European Research Council (ERC)724425 オランダ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Fluoxetine targets an allosteric site in the enterovirus 2C AAA+ ATPase and stabilizes a ring-shaped hexameric complex.
著者: Daniel L Hurdiss / Priscila El Kazzi / Lisa Bauer / Nicolas Papageorgiou / François P Ferron / Tim Donselaar / Arno L W van Vliet / Tatiana M Shamorkina / Joost Snijder / Bruno Canard / ...著者: Daniel L Hurdiss / Priscila El Kazzi / Lisa Bauer / Nicolas Papageorgiou / François P Ferron / Tim Donselaar / Arno L W van Vliet / Tatiana M Shamorkina / Joost Snijder / Bruno Canard / Etienne Decroly / Andrea Brancale / Tzviya Zeev-Ben-Mordehai / Friedrich Förster / Frank J M van Kuppeveld / Bruno Coutard /
要旨: Enteroviruses are globally prevalent human pathogens responsible for many diseases. The nonstructural protein 2C is a AAA+ helicase and plays a key role in enterovirus replication. Drug repurposing ...Enteroviruses are globally prevalent human pathogens responsible for many diseases. The nonstructural protein 2C is a AAA+ helicase and plays a key role in enterovirus replication. Drug repurposing screens identified 2C-targeting compounds such as fluoxetine and dibucaine, but how they inhibit 2C is unknown. Here, we present a crystal structure of the soluble and monomeric fragment of coxsackievirus B3 2C protein in complex with ()-fluoxetine (SFX), revealing an allosteric binding site. To study the functional consequences of SFX binding, we engineered an adenosine triphosphatase (ATPase)–competent, hexameric 2C protein. Using this system, we show that SFX, dibucaine, HBB [2-(α-hydroxybenzyl)-benzimidazole], and guanidine hydrochloride inhibit 2C ATPase activity. Moreover, cryo–electron microscopy analysis demonstrated that SFX and dibucaine lock 2C in a defined hexameric state, rationalizing their mode of inhibition. Collectively, these results provide important insights into 2C inhibition and a robust engineering strategy for structural, functional, and drug-screening analysis of 2C proteins.
履歴
登録2021年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月19日-
マップ公開2022年1月19日-
更新2022年6月1日-
現状2022年6月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0661
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0661
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12798.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12798.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Hexameric coxsackievirus B3 2C protein in complex with S-fluoxetine
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.76 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0661 / ムービー #1: 0.0661
最小 - 最大-0.021918446 - 0.12473615
平均 (標準偏差)0.0022112278 (±0.011141417)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 220.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.762.762.76
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z220.800220.800220.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.0220.1250.002

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_12798_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_12798_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hexameric coxsackievirus B3 2C protein in complex with S-fluoxetine

全体名称: Hexameric coxsackievirus B3 2C protein in complex with S-fluoxetine
要素
  • 複合体: Hexameric coxsackievirus B3 2C protein in complex with S-fluoxetine
    • タンパク質・ペプチド: Coxsackievirus B3 2C protein

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超分子 #1: Hexameric coxsackievirus B3 2C protein in complex with S-fluoxetine

超分子名称: Hexameric coxsackievirus B3 2C protein in complex with S-fluoxetine
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Coxsackievirus B3 (strain Nancy) (コクサッキーウイルス)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: Rosetta / 組換プラスミド: pET28b
分子量実験値: 170 KDa

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分子 #1: Coxsackievirus B3 2C protein

分子名称: Coxsackievirus B3 2C protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: nucleoside-triphosphate phosphatase
由来(天然)生物種: Coxsackievirus B3 (strain Nancy) (コクサッキーウイルス)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GPGGGGSGGG GSGELKAIAQ ELKAIAKELK AIAWELKAIA QGAGGSGSYF QSNASKCRIE PVCLLLHGSP GAGKSVATNL IGRSLAEKLN SSVYSLPPDP DHFDGYKQQA VVIMDDLCQN PDGKDVSLFC QMVSSVDFVP PMAALEEKGI LFTSPFVLAS TNAGSINAPT ...文字列:
GPGGGGSGGG GSGELKAIAQ ELKAIAKELK AIAWELKAIA QGAGGSGSYF QSNASKCRIE PVCLLLHGSP GAGKSVATNL IGRSLAEKLN SSVYSLPPDP DHFDGYKQQA VVIMDDLCQN PDGKDVSLFC QMVSSVDFVP PMAALEEKGI LFTSPFVLAS TNAGSINAPT VSDSRALARR FHFDMNIEVI SMYSQNGKIN MPMSVKTCDD ECCPVNFKKC CPLVCGKAIQ FIDRRTQVRY SLDMLVTEMF REYNHRHSVG TTLEALFQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
25.0 millimolarC4H11NO3Tris
300.0 millimolarNaClSodium chloride
1.0 millimolarMgCl2Magnesium chloride
0.5 PercentC2H6OSDimethyl sulfoxide
100.0 micromolarC17H18F3NO(S)-Fluoxetine
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: 20 mA using a PELCO easyGLow
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
詳細To account for the preferred orientation exhibited by the sample an alpha tilt of +30 degrees was used for this data collection.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6119 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 180069
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.1) / 使用した粒子像数: 6856
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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