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- EMDB-1275: The pore structure of the closed RyR1 channel. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1275
タイトルThe pore structure of the closed RyR1 channel.
マップデータZ-axis of a 3D reconstruction coincides with the 4-fold axis of the channel complex
試料
  • 試料: ryanodine receptor 1
  • タンパク質・ペプチド: Ryanodine receptor type 1
機能・相同性ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / RIH domain
機能・相同性情報
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.6 Å
データ登録者Ludtke SJ / Serysheva II / Hamilton SL / Chiu W
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: The pore structure of the closed RyR1 channel.
著者: Steven J Ludtke / Irina I Serysheva / Susan L Hamilton / Wah Chiu /
要旨: Using single particle electron cryomicroscopy, several helices in the membrane-spanning region of RyR1, including an inner transmembrane helix, a short pore helix, and a helix parallel to the ...Using single particle electron cryomicroscopy, several helices in the membrane-spanning region of RyR1, including an inner transmembrane helix, a short pore helix, and a helix parallel to the membrane on the cytoplasmic side, have been clearly resolved. Our model places a highly conserved glycine (G4934) at the hinge position of the bent inner helix and two rings of negative charges at the luminal and cytoplasmic mouths of the pore. The kinked inner helix closely resembles the inner helix of the open MthK channel, suggesting that kinking alone does not open RyR1, as proposed for K+ channels.
履歴
登録2006年1月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年10月16日-
マップ公開2007年10月16日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1275.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1275.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Z-axis of a 3D reconstruction coincides with the 4-fold axis of the channel complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.81 Å/pix.
x 256 pix.
= 461.55 Å		1.81 Å/pix.
x 256 pix.
= 461.55 Å		1.81 Å/pix.
x 256 pix.
= 461.55 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.81 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.631 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-1.24222 - 2.25668
平均 (標準偏差)0.0636951 (±0.267637)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 461.55 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.811.811.81
M x/y/z255255255
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z461.550461.550461.550
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-128-128-128
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-1.2422.2570.064

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ryanodine receptor 1

全体名称: ryanodine receptor 1
要素
  • 試料: ryanodine receptor 1
  • タンパク質・ペプチド: Ryanodine receptor type 1

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超分子 #1000: ryanodine receptor 1

超分子名称: ryanodine receptor 1 / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample was purified after solubilization with detergent from skeletal muscle cells
集合状態: homotetramer / Number unique components: 1
分子量理論値: 565 KDa

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分子 #1: Ryanodine receptor type 1

分子名称: Ryanodine receptor type 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Skeletal muscle calcium release channel / 詳細: detergent solubilized membrane protein / コピー数: 4 / 集合状態: homotetramer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 株: White New Zealand / 別称: rabbit / 組織: fast twitch skeletal muscle / 細胞: muscle cell / Organelle: sarcoplasmic reticulum / 細胞中の位置: sarcoplasmic reticulum membrane
分子量実験値: 565 KDa
配列GO: ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / InterPro: RIH domain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20 mM Mops, 300 mM KCl, 1 mM DTT,0.4% CHAPS,5%sucrose,1mM EGTA
グリッド詳細: holey carbon 400 mesh Cu grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 101 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: Thin carbon film supported by holey carbon film
手法: Blot for 3 second before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
温度最低: 96 K / 最高: 97 K / 平均: 96 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 400,000X
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 1.81 µm / 実像数: 869 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.55 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.37 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: side entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: CTF correction of each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 28036
最終 2次元分類クラス数: 2294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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