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- EMDB-12746: Structural basis of the activation of the CC chemokine receptor 5... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12746
タイトルStructural basis of the activation of the CC chemokine receptor 5 by a chemokine agonist
マップデータ
試料
  • 複合体: [6P4]CCL5-CCR5-Gi-Fab16
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • 複合体: C-C chemokine receptor type 5
      • タンパク質・ペプチド: C-C chemokine receptor type 5
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1
    • 複合体: C-C motif chemokine 5(0-68)
      • タンパク質・ペプチド: C-C motif chemokine 5
    • 複合体: Fab
      • タンパク質・ペプチド: Fab antibody fragment heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab antibody fragment light chain
キーワードG protein-coupled receptor (GPCR) / CCR5 / CCL5/RANTES / HIV entry / AIDS / membrane protein structure / MEMBRANE PROTEIN / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chronic inflammatory response / CCR4 chemokine receptor binding / chemokine (C-C motif) ligand 5 signaling pathway / chemokine receptor antagonist activity / chemokine (C-C motif) ligand 5 binding / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / negative regulation of macrophage apoptotic process / chemokine receptor binding ...regulation of chronic inflammatory response / CCR4 chemokine receptor binding / chemokine (C-C motif) ligand 5 signaling pathway / chemokine receptor antagonist activity / chemokine (C-C motif) ligand 5 binding / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / negative regulation of macrophage apoptotic process / chemokine receptor binding / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / chemokine receptor activity / Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / CCR5 chemokine receptor binding / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of T cell chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / eye photoreceptor cell development / signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / neutrophil activation / Activation of the phototransduction cascade / C-C chemokine receptor activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / negative regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / chemokine-mediated signaling pathway / C-C chemokine binding / eosinophil chemotaxis / response to cholesterol / positive regulation of calcium ion transport / positive regulation of monocyte chemotaxis / positive regulation of innate immune response / cell surface receptor signaling pathway via STAT / chemokine activity / regulation of T cell activation / Chemokine receptors bind chemokines / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / dendritic cell chemotaxis / positive regulation of smooth muscle cell migration / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G alpha (12/13) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / leukocyte cell-cell adhesion / G alpha (s) signalling events / phospholipase activator activity / negative regulation of viral genome replication / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / positive regulation of macrophage chemotaxis / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / exocytosis / Interleukin-10 signaling / monocyte chemotaxis / positive regulation of translational initiation / cellular response to interleukin-1 / host-mediated suppression of viral transcription / phototransduction / positive regulation of TOR signaling / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of T cell migration / cellular defense response / positive regulation of viral genome replication / adenylate cyclase inhibitor activity / positive regulation of protein localization to cell cortex / coreceptor activity / T cell migration / Adenylate cyclase inhibitory pathway / D2 dopamine receptor binding / response to prostaglandin E / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / adenylate cyclase regulator activity / G protein-coupled serotonin receptor binding
類似検索 - 分子機能
CC chemokine receptor 5 / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine receptor family / : / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like ...CC chemokine receptor 5 / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine receptor family / : / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1 / C-C motif chemokine 5 / C-C chemokine receptor type 5 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Bos taurus (ウシ) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Isaikina P / Tsai C-J
資金援助 スイス, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation31-149927 スイス
Swiss National Science Foundation31-173089 スイス
European Commission6th Framework EMPROEuropean Union
European Commission7th Framework CHAARMEuropean Union
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structural basis of the activation of the CC chemokine receptor 5 by a chemokine agonist.
著者: Polina Isaikina / Ching-Ju Tsai / Nikolaus Dietz / Filip Pamula / Anne Grahl / Kenneth N Goldie / Ramon Guixà-González / Camila Branco / Marianne Paolini-Bertrand / Nicolas Calo / Fabrice ...著者: Polina Isaikina / Ching-Ju Tsai / Nikolaus Dietz / Filip Pamula / Anne Grahl / Kenneth N Goldie / Ramon Guixà-González / Camila Branco / Marianne Paolini-Bertrand / Nicolas Calo / Fabrice Cerini / Gebhard F X Schertler / Oliver Hartley / Henning Stahlberg / Timm Maier / Xavier Deupi / Stephan Grzesiek /
要旨: The human CC chemokine receptor 5 (CCR5) is a G protein-coupled receptor (GPCR) that plays a major role in inflammation and is involved in cancer, HIV, and COVID-19. Despite its importance as a drug ...The human CC chemokine receptor 5 (CCR5) is a G protein-coupled receptor (GPCR) that plays a major role in inflammation and is involved in cancer, HIV, and COVID-19. Despite its importance as a drug target, the molecular activation mechanism of CCR5, i.e., how chemokine agonists transduce the activation signal through the receptor, is yet unknown. Here, we report the cryo-EM structure of wild-type CCR5 in an active conformation bound to the chemokine super-agonist [6P4]CCL5 and the heterotrimeric G protein. The structure provides the rationale for the sequence-activity relation of agonist and antagonist chemokines. The N terminus of agonist chemokines pushes onto specific structural motifs at the bottom of the orthosteric pocket that activate the canonical GPCR microswitch network. This activation mechanism differs substantially from other CC chemokine receptors that bind chemokines with shorter N termini in a shallow binding mode involving unique sequence signatures and a specialized activation mechanism.
履歴
登録2021年4月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月30日-
マップ公開2021年6月30日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7o7f
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12746.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12746.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 360 pix.
= 400.32 Å		1.11 Å/pix.
x 360 pix.
= 400.32 Å		1.11 Å/pix.
x 360 pix.
= 400.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.112 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.16 / ムービー #1: 0.2
最小 - 最大-1.4180621 - 2.1532226
平均 (標準偏差)-0.00004325304 (±0.025594182)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 400.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1121.1121.112
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z400.320400.320400.320
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-1.4182.153-0.000

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_12746_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_12746_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_12746_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : [6P4]CCL5-CCR5-Gi-Fab16

全体名称: [6P4]CCL5-CCR5-Gi-Fab16
要素
  • 複合体: [6P4]CCL5-CCR5-Gi-Fab16
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • 複合体: C-C chemokine receptor type 5
      • タンパク質・ペプチド: C-C chemokine receptor type 5
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1
    • 複合体: C-C motif chemokine 5(0-68)
      • タンパク質・ペプチド: C-C motif chemokine 5
    • 複合体: Fab
      • タンパク質・ペプチド: Fab antibody fragment heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab antibody fragment light chain

+
超分子 #1: [6P4]CCL5-CCR5-Gi-Fab16

超分子名称: [6P4]CCL5-CCR5-Gi-Fab16 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

+
超分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

+
超分子 #4: C-C chemokine receptor type 5

超分子名称: C-C chemokine receptor type 5 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1
タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

+
超分子 #6: C-C motif chemokine 5(0-68)

超分子名称: C-C motif chemokine 5(0-68) / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #7: Fab

超分子名称: Fab / タイプ: complex / ID: 7 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6-#7
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

+
分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.415031 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKSTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKSTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTTGIVETH FTFKDLHFKM FDVGGQRSER KKWIHCFEGV TAIIFCVALS DYDLVLAEDE EM NRMHESM KLFDSICNNK WFTDTSIILF LNKKDLFEEK IKKSPLTICY PEYAGSNTYE EAAAYIQCQF EDLNKRKDTK EIY THFTCA TDTKNVQFVF DAVTDVIIKN NLKDCGLF

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

+
分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 37.41693 KDa
配列文字列: MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL ...文字列:
MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD INAICFFPNG NA FATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAGHDNRVSC LGV TDDGMA VATGSWDSFL KIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

+
分子 #3: C-C chemokine receptor type 5

分子名称: C-C chemokine receptor type 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: UNP P51681 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.726168 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDYQVSSPIY DINYYTSEPC QKINVKQIAA RLLPPLYSLV FIFGFVGNML VILILINCKR LKSMTDIYLL NLAISDLFFL LTVPFWAHY AAAQWDFGNT MCQLLTGLYF IGFFSGIFFI ILLTIDRYLA VVHAVFALKA RTVTFGVVTS VITWVVAVFA S LPGIIFTR ...文字列:
MDYQVSSPIY DINYYTSEPC QKINVKQIAA RLLPPLYSLV FIFGFVGNML VILILINCKR LKSMTDIYLL NLAISDLFFL LTVPFWAHY AAAQWDFGNT MCQLLTGLYF IGFFSGIFFI ILLTIDRYLA VVHAVFALKA RTVTFGVVTS VITWVVAVFA S LPGIIFTR SQKEGLHYTC SSHFPYSQYQ FWKNFQTLKI VILGLVLPLL VMVICYSGIL KTLLRCRNEK KRHRAVRLIF TI MIVYFLF WAPYNIVLLL NTFQEFFGLN NCSSSNRLDQ AMQVTETLGM THCCINPIIY AFVGEKFRNY LLVFFQKHIA KRF CKCCSI FQQEAPERAS SVYTRSTGEQ EISVGLGVAG LEVLFQGPDY KDDDDK

UniProtKB: C-C chemokine receptor type 5

+
分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: UNP P02698 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 8.556918 KDa
配列文字列:
MPVINIEDLT EKDKLKMEVD QLKKEVTLER MLVSKCCEEF RDYVEERSGE DPLVKGIPED KNPFKELKGG CVIS

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1

+
分子 #5: C-C motif chemokine 5

分子名称: C-C motif chemokine 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: UNP P13501 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.857123 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
(PCA)GPPGDIVLA CCFAYIARPL PRAHIKEYFY TSGKCSNPAV VFVTRKNRQV CANPEKKWVR EYINSLEMS

UniProtKB: C-C motif chemokine 5

+
分子 #6: Fab antibody fragment heavy chain

分子名称: Fab antibody fragment heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.542248 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSAKTTPPSV YPLAPGCGDT TGSSVTLGCL VKGYFPESVT V TWNSGSLS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSAKTTPPSV YPLAPGCGDT TGSSVTLGCL VKGYFPESVT V TWNSGSLS SSVHTFPALL QSGLYTMSSS VTVPSSTWPS QTVTCSVAHP ASSTTVDKKL EPS

+
分子 #7: Fab antibody fragment light chain

分子名称: Fab antibody fragment light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.921592 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: DIVMTQATSS VPVTPGESVS ISCRSSKSLL HSNGNTYLYW FLQRPGQSPQ LLIYRMSNLA SGVPDRFSGS GSGTAFTLTI SRLEAEDVG VYYCMQHLEY PLTFGAGTKL ELKRADAAPT VSIFPPSSEQ LTSGGASVVC FLNNFYPKDI NVKWKIDGSE R QNGVLNSW ...文字列:
DIVMTQATSS VPVTPGESVS ISCRSSKSLL HSNGNTYLYW FLQRPGQSPQ LLIYRMSNLA SGVPDRFSGS GSGTAFTLTI SRLEAEDVG VYYCMQHLEY PLTFGAGTKL ELKRADAAPT VSIFPPSSEQ LTSGGASVVC FLNNFYPKDI NVKWKIDGSE R QNGVLNSW TDQDSKDSTY SMSSTLTLTK DEYERHNSYT CEATHKTSTS PIVKSFNRN

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素:
濃度式
25.0 mMHEPES
150.0 mMNaCl
0.01 %LMNG
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 気圧: 0.025 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2466 / 平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.10) / 使用した粒子像数: 345458
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5uiw

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5kdo

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5kdo

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5kdo

chain_id: G, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7o7f:
Structural basis of the activation of the CC chemokine receptor 5 by a chemokine agonist

-
原子モデル構築 2

初期モデル
PDB IDChain

5uiw

chain_id: I, residue_range: 11-69, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6qnk

chain_id: H, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6qnk

chain_id: F, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7o7f:
Structural basis of the activation of the CC chemokine receptor 5 by a chemokine agonist

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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