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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12715 | |||||||||||||||
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タイトル | IMC-Arches C6 at 8.33A - Refinement with C6 symmetry of the Inner Membrane Complex (IMC) with the Arches from the fully-assembled R388 type IV secretion system. | |||||||||||||||
マップデータ | Inner Membrane Complex (IMC) with the Arches, 6-fold symmetry and sharpened map | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | type IV secretion system / type 4 secretion system / T4SS / IMC / inner membrane complex / inner membrane / arches / periplasmic / R388 plasmid / conjugation / bacterial secretion / secretion / secretion system / protein complex / VirB3 / VirB4 / VirB8 / TrwM / TrwK / TrwG / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein secretion by the type IV secretion system / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Mace K / Vadakkepat AK | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structure of a type IV secretion system. 著者: Kévin Macé / Abhinav K Vadakkepat / Adam Redzej / Natalya Lukoyanova / Clasien Oomen / Nathalie Braun / Marta Ukleja / Fang Lu / Tiago R D Costa / Elena V Orlova / David Baker / Qian Cong / ...著者: Kévin Macé / Abhinav K Vadakkepat / Adam Redzej / Natalya Lukoyanova / Clasien Oomen / Nathalie Braun / Marta Ukleja / Fang Lu / Tiago R D Costa / Elena V Orlova / David Baker / Qian Cong / Gabriel Waksman / 要旨: Bacterial conjugation is the fundamental process of unidirectional transfer of DNAs, often plasmid DNAs, from a donor cell to a recipient cell. It is the primary means by which antibiotic resistance ...Bacterial conjugation is the fundamental process of unidirectional transfer of DNAs, often plasmid DNAs, from a donor cell to a recipient cell. It is the primary means by which antibiotic resistance genes spread among bacterial populations. In Gram-negative bacteria, conjugation is mediated by a large transport apparatus-the conjugative type IV secretion system (T4SS)-produced by the donor cell and embedded in both its outer and inner membranes. The T4SS also elaborates a long extracellular filament-the conjugative pilus-that is essential for DNA transfer. Here we present a high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of a 2.8 megadalton T4SS complex composed of 92 polypeptides representing 8 of the 10 essential T4SS components involved in pilus biogenesis. We added the two remaining components to the structural model using co-evolution analysis of protein interfaces, to enable the reconstitution of the entire system including the pilus. This structure describes the exceptionally large protein-protein interaction network required to assemble the many components that constitute a T4SS and provides insights on the unique mechanism by which they elaborate pili. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12715.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12715-v30.xml emd-12715.xml | 20.1 KB 20.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_12715.png | 61.6 KB | ||
マスクデータ | emd_12715_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-12715.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_12715_additional_1.map.gz emd_12715_half_map_1.map.gz emd_12715_half_map_2.map.gz | 31.1 MB 59.3 MB 59.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12715 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12715 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12715_validation.pdf.gz | 1009.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12715_full_validation.pdf.gz | 1008.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12715_validation.xml.gz | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12715_validation.cif.gz | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12715 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12715 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7o41MC 7o3jC 7o3tC 7o3vC 7o42C 7o43C 7oiuC 7q1vC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12715.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Inner Membrane Complex (IMC) with the Arches, 6-fold symmetry and sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.134 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_12715_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Inner Membrane Complex (IMC) with the Arches, 6-fold...
ファイル | emd_12715_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Inner Membrane Complex (IMC) with the Arches, 6-fold symmetry and unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Inner Membrane Complex (IMC) with the Arches, 6-fold...
ファイル | emd_12715_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Inner Membrane Complex (IMC) with the Arches, 6-fold symmetry - Half_B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Inner Membrane Complex (IMC) with the Arches, 6-fold...
ファイル | emd_12715_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Inner Membrane Complex (IMC) with the Arches, 6-fold symmetry - Half_A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Type IV secretion system complex
全体 | 名称: Type IV secretion system complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Type IV secretion system complex
超分子 | 名称: Type IV secretion system complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: R388 plasmid |
分子量 | 理論値: 2.808 MDa |
-分子 #1: TrwM protein
分子 | 名称: TrwM protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 12.292585 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKPPQQQHEA FPLFKGATRL PTIWGVPMIP LMAMVMGVAV IALTVSIWWW ALVPPLWFIM AQITKNDDKA FRIWWLWIDT KFRNRNKGF WGASSYSPAN YRKRR UniProtKB: TrwM protein |
-分子 #2: TrwK protein
分子 | 名称: TrwK protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 93.76993 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGAIESRKLL ASETPVGQFI PYSHHVTDTI ISTKNAEYLS VWKIDGRSHQ SASEADVFQW IRELNNTLRG ISSANLSLWT HIVRRRVYE YPDAEFDNVF CRQLDEKYRE SFTGYNLMVN DLYLTVVYRP VSDKVLSFFA KRERETPDQK KHRQESCIKA L EDINRTLG ...文字列: MGAIESRKLL ASETPVGQFI PYSHHVTDTI ISTKNAEYLS VWKIDGRSHQ SASEADVFQW IRELNNTLRG ISSANLSLWT HIVRRRVYE YPDAEFDNVF CRQLDEKYRE SFTGYNLMVN DLYLTVVYRP VSDKVLSFFA KRERETPDQK KHRQESCIKA L EDINRTLG QSFKRYGAEL LSVYEKGGHA FSAPLEFLAR LVNGEHIPMP ICRDRFSDYM AVNRPMFSKW GEVGELRSLT GL RRFGMLE IREYDDATEP GQLNVLLESD YEFVLTHSFS VLSRPAAKEY LQRHQKNLID ARDVATDQIE EIDEALNQLI SGH FVMGEH HCTLTVYGET VQQVRDNLAH ASAAMLDVAV LPKPVDLALE AGYWAQLPAN WQWRPRPAPI TSLNFLSFSP FHNF MSGKP TGNPWGPAVT ILKTVSGTPL YFNFHASKEE EDATDKRLLG NTMLIGQSSS GKTVLLGFLL AQAQKFKPTI VAFDK DRGM EISIRAMGGR YLPLKTGEPS GFNPFQLPPT HANLIFLKQF VKKLAAAGGE VTHRDEEEID QAITAMMSDS IDKSLR RLS LLLQFLPNPR SDDMDARPTV HARLVKWCEG GDYGWLFDNP TDALDLSTHQ IYGFDITEFL DNPEARTPVM MYLLYRT ES MIDGRRFMYV FDEFWKPLQD EYFEDLAKNK QKTIRKQNGI FVFATQEPSD ALESNIAKTL IQQCATYIFL ANPKADYE D YTQGFKLTDS EFELVRGLGE FSRRFLIKQG DQSALAEMNL GKFRTIVDGE TVERDFDDEL LVLSGTPDNA EIAESIIAE VGDDPAVWLP IFLDRVKAER SDV UniProtKB: Type IV secretion system protein virB4 |
-分子 #3: TrwG protein
分子 | 名称: TrwG protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 25.799994 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSKKQPKPVK AEQLKSYYEE SRGLERDLIG EFVKSRKTAW RVATASGLFG LLGMVCGIVG FSQPAPAPLV LRVDNATGAV DVVTTLREH ESSYGEVVDT YWLNQYVLNR EAYDYNTIQM NYDTTALLSA PAVQQDYYKL FDGSNARDRV LGNKARITVR V RSIQPNGR ...文字列: MSKKQPKPVK AEQLKSYYEE SRGLERDLIG EFVKSRKTAW RVATASGLFG LLGMVCGIVG FSQPAPAPLV LRVDNATGAV DVVTTLREH ESSYGEVVDT YWLNQYVLNR EAYDYNTIQM NYDTTALLSA PAVQQDYYKL FDGSNARDRV LGNKARITVR V RSIQPNGR GQATVRFTTQ QHNSNGTVEA PQHQIATIGY TYIGAPMRSS DRLLNPLGFQ VTSYRADPEI LNN UniProtKB: TrwG protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 57.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: CryoSPARC ab-initio |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 126975 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / 詳細: Stochastic gradient descent (SGD) |