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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1250 | |||||||||
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タイトル | Structure of the E. coli signal recognition particle bound to a translating ribosome. | |||||||||
マップデータ | This is the map file of the E. coli signal recognition particle bound to a ribosome nascent chain complex. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal recognition particle / signal-recognition-particle GTPase / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Schaffitzel C / Oswald M / Berger I / Ishikawa T / Abrahams JP / Koerten HK / Koning RI / Ban N | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2006 タイトル: Structure of the E. coli signal recognition particle bound to a translating ribosome. 著者: Christiane Schaffitzel / Miro Oswald / Imre Berger / Takashi Ishikawa / Jan Pieter Abrahams / Henk K Koerten / Roman I Koning / Nenad Ban / 要旨: The prokaryotic signal recognition particle (SRP) targets membrane proteins into the inner membrane. It binds translating ribosomes and screens the emerging nascent chain for a hydrophobic signal ...The prokaryotic signal recognition particle (SRP) targets membrane proteins into the inner membrane. It binds translating ribosomes and screens the emerging nascent chain for a hydrophobic signal sequence, such as the transmembrane helix of inner membrane proteins. If such a sequence emerges, the SRP binds tightly, allowing the SRP receptor to lock on. This assembly delivers the ribosome-nascent chain complex to the protein translocation machinery in the membrane. Using cryo-electron microscopy and single-particle reconstruction, we obtained a 16 A structure of the Escherichia coli SRP in complex with a translating E. coli ribosome containing a nascent chain with a transmembrane helix anchor. We also obtained structural information on the SRP bound to an empty E. coli ribosome. The latter might share characteristics with a scanning SRP complex, whereas the former represents the next step: the targeting complex ready for receptor binding. High-resolution structures of the bacterial ribosome and of the bacterial SRP components are available, and their fitting explains our electron microscopic density. The structures reveal the regions that are involved in complex formation, provide insight into the conformation of the SRP on the ribosome and indicate the conformational changes that accompany high-affinity SRP binding to ribosome nascent chain complexes upon recognition of the signal sequence. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1250.map.gz | 4.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1250-v30.xml emd-1250.xml | 12.5 KB 12.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1250.gif | 39.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1250 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1250 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1250.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is the map file of the E. coli signal recognition particle bound to a ribosome nascent chain complex. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.81 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : E. coli ribosome nascent chain complexes and signal recognition p...
全体 | 名称: E. coli ribosome nascent chain complexes and signal recognition particle |
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要素 |
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-超分子 #1000: E. coli ribosome nascent chain complexes and signal recognition p...
超分子 | 名称: E. coli ribosome nascent chain complexes and signal recognition particle タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One SRP binds to one ribosome. / Number unique components: 5 |
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-超分子 #1: E.coli 70S ribosome
超分子 | 名称: E.coli 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 2.5 MDa |
-分子 #1: A-site tRNA
分子 | 名称: A-site tRNA / タイプ: rna / ID: 1 / 分類: TRANSFER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 25 KDa |
-分子 #2: P-site tRNA
分子 | 名称: P-site tRNA / タイプ: rna / ID: 2 / 分類: TRANSFER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 25 KDa |
-分子 #3: E-site tRNA
分子 | 名称: E-site tRNA / タイプ: rna / ID: 3 / 分類: TRANSFER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 25 KDa |
-分子 #4: E. coli SRP
分子 | 名称: E. coli SRP / タイプ: ligand / ID: 4 / Name.synonym: Signal recognition particle / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 細胞中の位置: cytosol |
分子量 | 理論値: 90 KDa |
組換発現 | 生物種: BL21StarDE3 / 組換プラスミド: pET24a_Ffh and pUC19_Ffs |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.25 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 50 mM Hepes-KOH pH 7.5, 100 mM KCl, 25 mM MgCl2, 1 mM DTT, 1 mM GTP |
グリッド | 詳細: carbon-coated lacey formvar grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: Vitrification instrument: home-built environmental chamber and vitrification device 手法: blot for 1.5 sec before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / 実像数: 251 / 平均電子線量: 10 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 51000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: cryo stage / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider / 使用した粒子像数: 24382 |
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-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A |
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ソフトウェア | 名称: NOMAD |
詳細 | Protocol: normal mode based flexible fitting. Fitting of SRP atomic model into isolated EM density |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient |
得られたモデル | PDB-2iy3: |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B |
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ソフトウェア | 名称: NOMAD |
詳細 | Protocol: normal mode based flexible fitting. Fitting of SRP atomic model into isolated EM density |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient |
得られたモデル | PDB-2iy3: |