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- EMDB-1245: Structural analysis of the anaphase-promoting complex reveals mul... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1245
タイトルStructural analysis of the anaphase-promoting complex reveals multiple active sites and insights into polyubiquitylation.
マップデータStructure of Saccharomyces cerevisiae Anaphase-Promoting Complex/Cyclosome (APC). Due to heterogeneity, we obtained 2 structures (A and B) from our dataset. This is "structure B" while EMD-1174 is "structure A".
試料
  • 試料: Anaphase-Promoting Complex
  • タンパク質・ペプチド: Anaphase-Promoting Complex, Cyclosome
機能・相同性anaphase-promoting complex
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Passmore LA / Booth CR / Venien-Bryan C / Ludtke SJ / Fioretto C / Johnson LN / Chiu W / Barford D
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2005
タイトル: Structural analysis of the anaphase-promoting complex reveals multiple active sites and insights into polyubiquitylation.
著者: Lori A Passmore / Christopher R Booth / Catherine Vénien-Bryan / Steven J Ludtke / Céline Fioretto / Louise N Johnson / Wah Chiu / David Barford /
要旨: The anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) is an E3 ubiquitin ligase composed of approximately 13 distinct subunits required for progression through meiosis, mitosis, and the G1 phase of the ...The anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) is an E3 ubiquitin ligase composed of approximately 13 distinct subunits required for progression through meiosis, mitosis, and the G1 phase of the cell cycle. Despite its central role in these processes, information concerning its composition and structure is limited. Here, we determined the structure of yeast APC/C by cryo-electron microscopy (cryo-EM). Docking of tetratricopeptide repeat (TPR)-containing subunits indicates that they likely form a scaffold-like outer shell, mediating assembly of the complex and providing potential binding sites for regulators and substrates. Quantitative determination of subunit stoichiometry indicates multiple copies of specific subunits, consistent with a total APC/C mass of approximately 1.7 MDa. Moreover, yeast APC/C forms both monomeric and dimeric species. Dimeric APC/C is a more active E3 ligase than the monomer, with greatly enhanced processivity. Our data suggest that multimerisation and/or the presence of multiple active sites facilitates the APC/C's ability to elongate polyubiquitin chains.
履歴
登録2006年7月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年7月18日-
マップ公開2006年7月18日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.889875985
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.889875985
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1245.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1245.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of Saccharomyces cerevisiae Anaphase-Promoting Complex/Cyclosome (APC). Due to heterogeneity, we obtained 2 structures (A and B) from our dataset. This is "structure B" while EMD-1174 is "structure A".
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.17 Å/pix.
x 144 pix.
= 312.192 Å		2.17 Å/pix.
x 144 pix.
= 312.192 Å		2.17 Å/pix.
x 144 pix.
= 312.192 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.168 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 2.45 / ムービー #1: 1.889876
最小 - 最大-0.718464 - 7.37117
平均 (標準偏差)-0.00000000240875 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-72-72-72
サイズ144144144
Spacing144144144
セルA=B=C: 312.192 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.1682.1682.168
M x/y/z144144144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z312.192312.192312.192
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-72-72-72
NC/NR/NS144144144
D min/max/mean-0.7187.371-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Anaphase-Promoting Complex

全体名称: Anaphase-Promoting Complex
要素
  • 試料: Anaphase-Promoting Complex
  • タンパク質・ペプチド: Anaphase-Promoting Complex, Cyclosome

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超分子 #1000: Anaphase-Promoting Complex

超分子名称: Anaphase-Promoting Complex / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The APC was freshly purified before grid preparation.
集合状態: monomer / Number unique components: 1
分子量実験値: 1.7 MDa / 理論値: 1.7 MDa

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分子 #1: Anaphase-Promoting Complex, Cyclosome

分子名称: Anaphase-Promoting Complex, Cyclosome / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: APC
詳細: Endogenous APC was purified using a TAP tag present at the C-terminus of the Cdc16 subunit. The APC has 13 different protein subunits. There are multiple copies of specific APC subunits, ...詳細: Endogenous APC was purified using a TAP tag present at the C-terminus of the Cdc16 subunit. The APC has 13 different protein subunits. There are multiple copies of specific APC subunits, consistent with a total mass of 1.7 MDa.
集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: CDC16-TAP BJ2168 / 別称: budding yeast
分子量実験値: 1.7 MDa / 理論値: 1.7 MDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列GO: anaphase-promoting complex

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.125 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 2 mM EGTA, 3 mM DTT, 1 mM Magnesium acetate, 0.015% (w/v) n-Dodecyl B-D-maltoside (DDM)
グリッド詳細: Quantifoil R2/2, 200 mesh with an additional layer of freshly floated carbon
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot
手法: 4 ul sample was applied to the grid then blotted two times one second on both sides before plunging into liquid ethane.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
温度平均: 92 K
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 650 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 69200 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid-nitrogen cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Complete phase flipping and amplitude weighting with wiener filtration using the 1D structure factor
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: eman
詳細: Due to sample heterogeneity, the data could be separated into two main groups using a multirefinement procedure. Structure A (7500 particles) is in EMD-1174. This is structure B (6800 particles).
使用した粒子像数: 19384

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原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: Foldhunter, DockEM
詳細Protocol: rigid body. 15 or 18 consecutive TPR motifs modelled from PP5 (1A17) were docked as rigid structures into the APC density map using Foldhunter or DockEM. Both programs produced similar results.
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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