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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12356 | |||||||||
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タイトル | ordered protein arrays on the outer mitochondrial membrane of pig sperm mitochondria | |||||||||
マップデータ | subtomogram average of ordered protein arrays on the axoneme-facing surface of the outer mitochondrial membrane in pig sperm mitochondria | |||||||||
試料 |
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生物種 | Sus scrofa (ブタ) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 35.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Leung MR / Zeev-Ben-Mordehai T | |||||||||
資金援助 | オランダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: In-cell structures of conserved supramolecular protein arrays at the mitochondria-cytoskeleton interface in mammalian sperm. 著者: Miguel Ricardo Leung / Riccardo Zenezini Chiozzi / Marc C Roelofs / Johannes F Hevler / Ravi Teja Ravi / Paula Maitan / Min Zhang / Heiko Henning / Elizabeth G Bromfield / Stuart C Howes / ...著者: Miguel Ricardo Leung / Riccardo Zenezini Chiozzi / Marc C Roelofs / Johannes F Hevler / Ravi Teja Ravi / Paula Maitan / Min Zhang / Heiko Henning / Elizabeth G Bromfield / Stuart C Howes / Bart M Gadella / Albert J R Heck / Tzviya Zeev-Ben-Mordehai / 要旨: Mitochondria-cytoskeleton interactions modulate cellular physiology by regulating mitochondrial transport, positioning, and immobilization. However, there is very little structural information ...Mitochondria-cytoskeleton interactions modulate cellular physiology by regulating mitochondrial transport, positioning, and immobilization. However, there is very little structural information defining mitochondria-cytoskeleton interfaces in any cell type. Here, we use cryofocused ion beam milling-enabled cryoelectron tomography to image mammalian sperm, where mitochondria wrap around the flagellar cytoskeleton. We find that mitochondria are tethered to their neighbors through intermitochondrial linkers and are anchored to the cytoskeleton through ordered arrays on the outer mitochondrial membrane. We use subtomogram averaging to resolve in-cell structures of these arrays from three mammalian species, revealing they are conserved across species despite variations in mitochondrial dimensions and cristae organization. We find that the arrays consist of boat-shaped particles anchored on a network of membrane pores whose arrangement and dimensions are consistent with voltage-dependent anion channels. Proteomics and in-cell cross-linking mass spectrometry suggest that the conserved arrays are composed of glycerol kinase-like proteins. Ordered supramolecular assemblies may serve to stabilize similar contact sites in other cell types in which mitochondria need to be immobilized in specific subcellular environments, such as in muscles and neurons. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12356.map.gz | 3.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12356-v30.xml emd-12356.xml | 10.7 KB 10.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_12356.png | 147.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12356 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12356 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12356_validation.pdf.gz | 329.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12356_full_validation.pdf.gz | 328.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12356_validation.xml.gz | 5.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12356_validation.cif.gz | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12356 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12356 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12356.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | subtomogram average of ordered protein arrays on the axoneme-facing surface of the outer mitochondrial membrane in pig sperm mitochondria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : ordered protein arrays on the axoneme-facing surface of the outer...
全体 | 名称: ordered protein arrays on the axoneme-facing surface of the outer mitochondrial membrane in pig sperm mitochondria |
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要素 |
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-超分子 #1: ordered protein arrays on the axoneme-facing surface of the outer...
超分子 | 名称: ordered protein arrays on the axoneme-facing surface of the outer mitochondrial membrane in pig sperm mitochondria タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) / 組織: sperm |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
詳細 | lamellae prepared by cryo-focused ion beam milling of pig sperm |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |